# TARGET T0236 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0236.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.42082 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.496 0.103 0.078 0.074 0.051 0.043 0.054 0.038 0.034 0.018 0.010 2 D 0.263 0.296 0.125 0.157 0.082 0.036 0.024 0.009 0.005 0.002 0.001 3 F 0.029 0.070 0.028 0.063 0.075 0.123 0.193 0.159 0.128 0.089 0.044 4 R 0.129 0.131 0.098 0.229 0.221 0.114 0.056 0.014 0.006 0.002 0.001 5 E 0.462 0.138 0.310 0.073 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 V 0.025 0.039 0.093 0.177 0.164 0.178 0.206 0.070 0.032 0.012 0.004 7 I 0.004 0.006 0.040 0.016 0.017 0.054 0.214 0.228 0.202 0.145 0.074 8 E 0.002 0.017 0.349 0.254 0.199 0.118 0.050 0.008 0.002 0.001 0.001 9 Q 0.027 0.036 0.812 0.088 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.003 0.011 0.050 0.091 0.144 0.244 0.307 0.092 0.038 0.015 0.006 11 Y 0.001 0.001 0.007 0.002 0.005 0.017 0.175 0.218 0.273 0.199 0.104 12 H 0.001 0.008 0.273 0.274 0.257 0.135 0.042 0.008 0.002 0.001 0.001 13 Q 0.018 0.053 0.765 0.117 0.034 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.022 0.011 0.017 0.048 0.256 0.223 0.219 0.138 0.064 15 L 0.001 0.001 0.015 0.005 0.009 0.021 0.185 0.199 0.232 0.211 0.122 16 S 0.001 0.006 0.567 0.215 0.132 0.053 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 17 R 0.006 0.028 0.486 0.187 0.136 0.103 0.043 0.007 0.002 0.001 0.001 18 Y 0.004 0.005 0.020 0.014 0.020 0.046 0.221 0.229 0.236 0.147 0.059 19 I 0.003 0.008 0.031 0.036 0.051 0.095 0.261 0.177 0.151 0.115 0.071 20 A 0.015 0.058 0.531 0.149 0.117 0.057 0.046 0.015 0.007 0.003 0.001 21 E 0.134 0.109 0.328 0.185 0.106 0.068 0.046 0.013 0.006 0.003 0.001 22 L 0.090 0.084 0.096 0.096 0.107 0.124 0.189 0.092 0.066 0.038 0.017 23 T 0.067 0.166 0.126 0.132 0.093 0.104 0.129 0.070 0.058 0.037 0.020 24 E 0.090 0.064 0.147 0.196 0.182 0.147 0.108 0.036 0.019 0.008 0.004 25 T 0.309 0.162 0.273 0.140 0.058 0.029 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 26 S 0.005 0.025 0.033 0.097 0.119 0.176 0.268 0.143 0.083 0.038 0.014 27 L 0.002 0.003 0.008 0.014 0.022 0.041 0.117 0.153 0.213 0.225 0.203 28 Y 0.003 0.017 0.148 0.122 0.178 0.200 0.191 0.075 0.042 0.017 0.006 29 Q 0.008 0.061 0.247 0.340 0.193 0.090 0.043 0.011 0.004 0.001 0.001 30 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.038 0.089 0.219 0.335 0.305 31 Q 0.012 0.015 0.032 0.134 0.184 0.216 0.254 0.089 0.044 0.015 0.006 32 K 0.033 0.067 0.529 0.194 0.088 0.047 0.030 0.008 0.004 0.001 0.001 33 F 0.001 0.003 0.010 0.021 0.049 0.132 0.294 0.189 0.133 0.108 0.060 34 S 0.004 0.024 0.016 0.030 0.032 0.053 0.183 0.197 0.209 0.159 0.092 35 R 0.044 0.060 0.154 0.252 0.245 0.143 0.071 0.018 0.008 0.003 0.001 36 K 0.469 0.137 0.293 0.073 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 T 0.005 0.014 0.029 0.086 0.119 0.191 0.291 0.133 0.083 0.035 0.014 38 I 0.002 0.002 0.009 0.008 0.013 0.029 0.117 0.154 0.220 0.225 0.220 39 E 0.016 0.058 0.488 0.193 0.149 0.061 0.027 0.005 0.002 0.001 0.001 40 H 0.060 0.070 0.545 0.190 0.080 0.038 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.244 0.150 0.043 0.133 0.123 0.116 0.122 0.036 0.018 0.009 0.005 42 I 0.005 0.006 0.004 0.012 0.023 0.057 0.176 0.196 0.222 0.168 0.130 43 P 0.262 0.500 0.087 0.077 0.041 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 44 P 0.138 0.087 0.043 0.155 0.140 0.157 0.150 0.064 0.039 0.019 0.008 45 E 0.235 0.095 0.030 0.072 0.109 0.116 0.165 0.080 0.056 0.028 0.015 46 E 0.156 0.150 0.172 0.303 0.119 0.057 0.029 0.008 0.003 0.001 0.001 47 I 0.003 0.009 0.013 0.024 0.028 0.056 0.153 0.193 0.212 0.213 0.096 48 I 0.002 0.004 0.014 0.021 0.040 0.092 0.260 0.206 0.177 0.115 0.070 49 S 0.040 0.067 0.416 0.282 0.107 0.044 0.027 0.010 0.005 0.002 0.001 50 I 0.001 0.013 0.038 0.076 0.132 0.176 0.252 0.147 0.086 0.054 0.026 51 H 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.009 0.060 0.129 0.267 0.280 0.244 52 R 0.001 0.002 0.010 0.064 0.197 0.290 0.316 0.071 0.032 0.013 0.005 53 K 0.081 0.072 0.683 0.121 0.031 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 54 V 0.001 0.001 0.002 0.010 0.024 0.073 0.285 0.238 0.197 0.121 0.047 55 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.083 0.210 0.305 0.371 56 K 0.001 0.004 0.206 0.330 0.305 0.113 0.033 0.006 0.002 0.001 0.001 57 E 0.032 0.069 0.608 0.144 0.078 0.050 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 58 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.029 0.201 0.248 0.258 0.174 0.082 59 Y 0.003 0.005 0.003 0.012 0.028 0.078 0.277 0.250 0.174 0.107 0.064 60 P 0.131 0.167 0.514 0.129 0.041 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 61 S 0.425 0.189 0.075 0.136 0.091 0.049 0.027 0.005 0.002 0.001 0.001 62 L 0.002 0.004 0.001 0.007 0.013 0.037 0.109 0.159 0.218 0.222 0.227 63 P 0.091 0.193 0.050 0.146 0.163 0.162 0.112 0.039 0.025 0.011 0.008 64 E 0.777 0.100 0.054 0.043 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 65 D 0.121 0.130 0.048 0.175 0.165 0.146 0.142 0.043 0.017 0.007 0.004 66 V 0.005 0.006 0.004 0.020 0.027 0.048 0.127 0.159 0.212 0.204 0.188 67 F 0.024 0.031 0.034 0.131 0.216 0.250 0.184 0.062 0.038 0.019 0.010 68 H 0.026 0.060 0.218 0.192 0.141 0.142 0.140 0.046 0.021 0.009 0.004 69 S 0.002 0.005 0.008 0.022 0.037 0.070 0.231 0.203 0.192 0.150 0.081 70 L 0.006 0.004 0.007 0.013 0.018 0.030 0.139 0.169 0.218 0.228 0.168 71 D 0.008 0.021 0.097 0.197 0.237 0.201 0.139 0.051 0.028 0.014 0.007 72 F 0.002 0.004 0.048 0.021 0.024 0.045 0.205 0.184 0.204 0.168 0.095 73 L 0.001 0.001 0.007 0.007 0.007 0.010 0.069 0.140 0.236 0.309 0.213 74 I 0.001 0.003 0.036 0.020 0.029 0.066 0.245 0.163 0.193 0.156 0.087 75 E 0.002 0.006 0.213 0.044 0.038 0.054 0.159 0.140 0.141 0.122 0.082 76 V 0.001 0.002 0.026 0.009 0.008 0.016 0.096 0.153 0.223 0.266 0.199 77 M 0.004 0.006 0.072 0.020 0.013 0.017 0.074 0.129 0.219 0.250 0.194 78 I 0.007 0.014 0.166 0.078 0.089 0.092 0.170 0.126 0.120 0.083 0.055 79 G 0.015 0.021 0.181 0.053 0.056 0.078 0.182 0.121 0.144 0.091 0.059 80 Y 0.013 0.017 0.071 0.055 0.046 0.059 0.177 0.159 0.196 0.138 0.068 81 G 0.049 0.035 0.069 0.057 0.052 0.085 0.186 0.126 0.141 0.116 0.084 82 M 0.034 0.040 0.141 0.070 0.065 0.077 0.146 0.116 0.121 0.103 0.086 83 A 0.034 0.060 0.094 0.092 0.088 0.098 0.165 0.119 0.114 0.085 0.052 84 Y 0.044 0.046 0.078 0.072 0.048 0.061 0.126 0.111 0.149 0.148 0.117 85 Q 0.074 0.075 0.132 0.152 0.150 0.120 0.150 0.068 0.048 0.022 0.010 86 E 0.068 0.074 0.205 0.162 0.095 0.092 0.130 0.070 0.052 0.030 0.021 87 H 0.009 0.015 0.092 0.086 0.090 0.133 0.222 0.121 0.105 0.080 0.046 88 Q 0.040 0.027 0.160 0.106 0.097 0.127 0.227 0.110 0.066 0.029 0.011 89 T 0.018 0.057 0.250 0.272 0.204 0.110 0.059 0.018 0.007 0.003 0.001 90 L 0.006 0.018 0.107 0.032 0.032 0.051 0.156 0.145 0.193 0.169 0.093 91 R 0.033 0.052 0.277 0.274 0.163 0.084 0.077 0.024 0.011 0.004 0.001 92 G 0.218 0.204 0.466 0.076 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 93 I 0.026 0.074 0.256 0.160 0.100 0.135 0.154 0.055 0.026 0.012 0.004 94 Q 0.082 0.073 0.252 0.123 0.119 0.129 0.162 0.038 0.016 0.005 0.001 95 Q 0.212 0.109 0.560 0.082 0.022 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 96 E 0.014 0.049 0.291 0.274 0.184 0.120 0.051 0.011 0.004 0.001 0.001 97 I 0.007 0.010 0.160 0.024 0.033 0.082 0.255 0.168 0.145 0.080 0.034 98 K 0.021 0.027 0.621 0.208 0.081 0.028 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 99 S 0.009 0.033 0.746 0.142 0.049 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 100 E 0.003 0.009 0.318 0.039 0.038 0.083 0.228 0.123 0.091 0.048 0.018 101 I 0.004 0.006 0.450 0.045 0.045 0.076 0.250 0.074 0.035 0.012 0.003 102 E 0.004 0.014 0.890 0.069 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 I 0.003 0.018 0.427 0.108 0.119 0.147 0.127 0.031 0.013 0.005 0.001 104 A 0.005 0.006 0.407 0.020 0.019 0.033 0.160 0.112 0.127 0.075 0.034 105 A 0.011 0.018 0.651 0.157 0.081 0.044 0.029 0.007 0.002 0.001 0.001 106 N 0.006 0.034 0.597 0.178 0.116 0.045 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 107 V 0.015 0.028 0.506 0.047 0.042 0.049 0.111 0.064 0.070 0.044 0.023 108 Q 0.012 0.020 0.327 0.100 0.109 0.116 0.211 0.062 0.028 0.011 0.003 109 Q 0.013 0.051 0.683 0.136 0.070 0.026 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 110 T 0.051 0.097 0.232 0.149 0.150 0.106 0.099 0.051 0.035 0.022 0.010