# TARGET T0236 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0236.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.42082 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.064 0.294 0.123 0.022 0.194 0.017 0.016 0.112 0.036 0.074 0.048 2 D 0.136 0.283 0.073 0.003 0.221 0.003 0.009 0.185 0.021 0.028 0.037 3 F 0.039 0.039 0.009 0.002 0.034 0.001 0.002 0.627 0.155 0.074 0.018 4 R 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.914 0.064 0.003 0.001 5 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.970 0.021 0.001 0.001 6 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.020 0.002 0.001 7 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.037 0.008 0.001 8 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.950 0.038 0.003 0.001 9 Q 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.018 0.949 0.019 0.004 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.952 0.027 0.015 0.001 11 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.035 0.002 0.001 12 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.021 0.001 0.001 13 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.009 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.019 0.004 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.054 0.005 0.001 16 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.953 0.040 0.001 0.001 17 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.942 0.033 0.003 0.001 18 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.890 0.065 0.021 0.001 19 I 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.012 0.774 0.166 0.030 0.003 20 A 0.004 0.036 0.009 0.003 0.013 0.013 0.046 0.715 0.130 0.027 0.004 21 E 0.037 0.076 0.031 0.005 0.066 0.008 0.055 0.400 0.099 0.190 0.033 22 L 0.088 0.169 0.058 0.013 0.139 0.018 0.053 0.239 0.072 0.109 0.044 23 T 0.037 0.365 0.177 0.021 0.088 0.006 0.008 0.139 0.043 0.094 0.021 24 E 0.007 0.010 0.004 0.002 0.011 0.002 0.007 0.661 0.248 0.042 0.007 25 T 0.006 0.026 0.008 0.001 0.017 0.003 0.011 0.805 0.106 0.014 0.004 26 S 0.005 0.013 0.004 0.001 0.011 0.001 0.006 0.833 0.076 0.048 0.002 27 L 0.013 0.004 0.001 0.001 0.013 0.001 0.003 0.858 0.082 0.019 0.004 28 Y 0.003 0.010 0.003 0.003 0.008 0.008 0.020 0.866 0.065 0.012 0.002 29 Q 0.010 0.013 0.006 0.001 0.013 0.001 0.010 0.829 0.064 0.048 0.005 30 A 0.017 0.006 0.002 0.001 0.013 0.003 0.010 0.776 0.127 0.037 0.008 31 Q 0.004 0.025 0.005 0.004 0.017 0.010 0.027 0.769 0.124 0.012 0.002 32 K 0.020 0.020 0.013 0.003 0.021 0.007 0.058 0.766 0.057 0.024 0.011 33 F 0.011 0.031 0.019 0.025 0.019 0.024 0.049 0.593 0.087 0.128 0.014 34 S 0.032 0.191 0.069 0.013 0.062 0.007 0.007 0.504 0.069 0.038 0.009 35 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.817 0.158 0.012 0.001 36 K 0.002 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.013 0.912 0.051 0.006 0.001 37 T 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.021 0.837 0.094 0.032 0.001 38 I 0.006 0.011 0.004 0.002 0.013 0.002 0.008 0.714 0.177 0.057 0.006 39 E 0.005 0.021 0.010 0.005 0.011 0.015 0.053 0.579 0.245 0.054 0.004 40 H 0.005 0.219 0.086 0.015 0.069 0.022 0.192 0.257 0.079 0.050 0.005 41 Q 0.091 0.010 0.004 0.001 0.028 0.002 0.012 0.015 0.038 0.612 0.186 42 I 0.021 0.628 0.213 0.003 0.124 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 43 P 0.001 0.699 0.276 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 44 P 0.003 0.008 0.003 0.001 0.007 0.001 0.003 0.464 0.502 0.008 0.001 45 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.924 0.071 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.834 0.092 0.060 0.001 47 I 0.010 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 0.867 0.083 0.021 0.001 48 I 0.002 0.007 0.001 0.001 0.012 0.003 0.006 0.897 0.063 0.008 0.001 49 S 0.004 0.011 0.002 0.001 0.019 0.001 0.010 0.907 0.032 0.009 0.006 50 I 0.004 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.905 0.057 0.015 0.004 51 H 0.002 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.849 0.113 0.015 0.001 52 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.077 0.001 0.001 53 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.970 0.022 0.001 0.001 54 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.947 0.040 0.009 0.001 55 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.800 0.179 0.017 0.001 56 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.735 0.233 0.002 0.001 57 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.129 0.757 0.083 0.026 0.001 58 L 0.001 0.007 0.010 0.007 0.003 0.029 0.270 0.295 0.159 0.214 0.004 59 Y 0.144 0.066 0.009 0.003 0.178 0.002 0.006 0.206 0.211 0.068 0.107 60 P 0.001 0.017 0.007 0.002 0.004 0.014 0.052 0.494 0.395 0.013 0.001 61 S 0.004 0.004 0.003 0.001 0.005 0.001 0.035 0.054 0.093 0.785 0.016 62 L 0.082 0.472 0.114 0.002 0.171 0.001 0.009 0.056 0.032 0.037 0.025 63 P 0.007 0.323 0.079 0.006 0.066 0.006 0.013 0.322 0.158 0.016 0.005 64 E 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.005 0.025 0.617 0.330 0.009 0.001 65 D 0.008 0.006 0.003 0.001 0.008 0.002 0.016 0.646 0.181 0.122 0.009 66 V 0.008 0.005 0.001 0.001 0.010 0.002 0.007 0.630 0.218 0.112 0.005 67 F 0.003 0.007 0.002 0.002 0.007 0.011 0.035 0.755 0.156 0.018 0.003 68 H 0.003 0.011 0.008 0.004 0.008 0.006 0.043 0.770 0.122 0.022 0.003 69 S 0.005 0.009 0.004 0.002 0.009 0.004 0.020 0.808 0.102 0.033 0.003 70 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.788 0.184 0.009 0.002 71 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.943 0.044 0.001 0.001 72 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.943 0.050 0.003 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.924 0.071 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.057 0.001 0.001 75 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.954 0.040 0.001 0.001 76 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.949 0.044 0.001 0.001 77 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.934 0.055 0.002 0.001 78 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.888 0.088 0.003 0.001 79 G 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.027 0.873 0.078 0.009 0.001 80 Y 0.003 0.017 0.007 0.008 0.007 0.012 0.056 0.718 0.140 0.033 0.002 81 G 0.014 0.021 0.009 0.010 0.017 0.017 0.042 0.642 0.142 0.072 0.015 82 M 0.029 0.065 0.015 0.004 0.053 0.011 0.042 0.534 0.177 0.053 0.017 83 A 0.042 0.109 0.029 0.007 0.087 0.007 0.046 0.486 0.107 0.063 0.017 84 Y 0.038 0.041 0.011 0.004 0.046 0.007 0.023 0.465 0.266 0.076 0.022 85 Q 0.010 0.088 0.040 0.009 0.039 0.014 0.041 0.548 0.186 0.020 0.004 86 E 0.052 0.042 0.009 0.003 0.061 0.005 0.042 0.603 0.097 0.060 0.025 87 H 0.063 0.052 0.014 0.007 0.079 0.009 0.024 0.420 0.169 0.126 0.037 88 Q 0.028 0.090 0.019 0.006 0.083 0.016 0.027 0.563 0.125 0.029 0.014 89 T 0.099 0.109 0.042 0.003 0.119 0.003 0.021 0.454 0.065 0.053 0.031 90 L 0.073 0.027 0.011 0.011 0.055 0.015 0.025 0.569 0.096 0.078 0.040 91 R 0.005 0.049 0.019 0.036 0.022 0.075 0.118 0.589 0.073 0.010 0.003 92 G 0.041 0.031 0.030 0.017 0.027 0.010 0.016 0.411 0.088 0.256 0.073 93 I 0.015 0.047 0.022 0.006 0.032 0.007 0.016 0.667 0.113 0.068 0.007 94 Q 0.016 0.054 0.014 0.004 0.031 0.004 0.008 0.739 0.091 0.030 0.009 95 Q 0.002 0.015 0.004 0.002 0.010 0.004 0.018 0.854 0.082 0.007 0.002 96 E 0.008 0.014 0.008 0.001 0.010 0.003 0.013 0.879 0.040 0.019 0.005 97 I 0.003 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.002 0.829 0.096 0.049 0.003 98 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.882 0.093 0.003 0.001 99 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.904 0.068 0.012 0.001 100 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.874 0.072 0.038 0.001 101 I 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.874 0.107 0.008 0.001 102 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.915 0.068 0.003 0.001 103 I 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.851 0.085 0.041 0.001 104 A 0.003 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.003 0.800 0.146 0.031 0.003 105 A 0.001 0.010 0.003 0.002 0.003 0.010 0.033 0.794 0.141 0.004 0.001 106 N 0.005 0.003 0.002 0.002 0.004 0.002 0.023 0.577 0.139 0.231 0.012 107 V 0.023 0.035 0.011 0.002 0.044 0.008 0.038 0.563 0.169 0.094 0.011 108 Q 0.032 0.046 0.008 0.004 0.064 0.007 0.025 0.562 0.176 0.055 0.021 109 Q 0.079 0.060 0.026 0.008 0.113 0.011 0.070 0.368 0.141 0.095 0.029 110 T 0.042 0.170 0.097 0.021 0.142 0.019 0.051 0.241 0.089 0.104 0.023