# TARGET T0236 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0236.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.42082 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.774 0.179 0.035 0.010 0.002 0.001 0.001 2 D 0.612 0.221 0.096 0.052 0.016 0.002 0.001 3 F 0.261 0.226 0.239 0.201 0.065 0.008 0.001 4 R 0.512 0.364 0.101 0.019 0.003 0.001 0.001 5 E 0.843 0.126 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 6 V 0.201 0.286 0.279 0.163 0.061 0.010 0.001 7 I 0.090 0.108 0.183 0.372 0.213 0.033 0.001 8 E 0.262 0.429 0.232 0.065 0.010 0.001 0.001 9 Q 0.678 0.260 0.052 0.009 0.001 0.001 0.001 10 R 0.179 0.271 0.291 0.193 0.058 0.009 0.001 11 Y 0.035 0.032 0.079 0.249 0.428 0.173 0.004 12 H 0.151 0.298 0.344 0.169 0.034 0.003 0.001 13 Q 0.377 0.446 0.127 0.039 0.009 0.001 0.001 14 L 0.094 0.085 0.169 0.340 0.243 0.067 0.002 15 L 0.098 0.083 0.129 0.261 0.288 0.134 0.006 16 S 0.318 0.356 0.210 0.093 0.022 0.003 0.001 17 R 0.433 0.351 0.144 0.056 0.014 0.002 0.001 18 Y 0.214 0.156 0.198 0.215 0.161 0.053 0.003 19 I 0.218 0.169 0.184 0.227 0.148 0.051 0.002 20 A 0.448 0.329 0.139 0.059 0.021 0.004 0.001 21 E 0.648 0.239 0.079 0.027 0.006 0.001 0.001 22 L 0.485 0.246 0.139 0.092 0.032 0.007 0.001 23 T 0.493 0.265 0.126 0.075 0.033 0.007 0.001 24 E 0.271 0.230 0.231 0.178 0.079 0.012 0.001 25 T 0.524 0.361 0.092 0.020 0.004 0.001 0.001 26 S 0.072 0.155 0.250 0.333 0.155 0.035 0.001 27 L 0.028 0.045 0.078 0.227 0.391 0.220 0.011 28 Y 0.077 0.223 0.304 0.275 0.101 0.019 0.001 29 Q 0.092 0.259 0.336 0.236 0.067 0.011 0.001 30 A 0.019 0.021 0.044 0.146 0.397 0.351 0.021 31 Q 0.072 0.192 0.266 0.298 0.142 0.029 0.001 32 K 0.189 0.439 0.248 0.095 0.025 0.005 0.001 33 F 0.028 0.066 0.169 0.359 0.289 0.085 0.003 34 S 0.038 0.097 0.167 0.270 0.267 0.148 0.013 35 R 0.248 0.355 0.231 0.115 0.041 0.009 0.001 36 K 0.319 0.368 0.194 0.086 0.027 0.006 0.001 37 T 0.055 0.133 0.221 0.304 0.207 0.074 0.006 38 I 0.032 0.058 0.122 0.289 0.347 0.143 0.008 39 E 0.276 0.359 0.234 0.100 0.027 0.004 0.001 40 H 0.426 0.325 0.153 0.071 0.020 0.004 0.001 41 Q 0.333 0.318 0.194 0.105 0.040 0.010 0.001 42 I 0.081 0.090 0.163 0.287 0.260 0.110 0.009 43 P 0.287 0.286 0.211 0.135 0.055 0.023 0.004 44 P 0.182 0.208 0.160 0.179 0.149 0.102 0.020 45 E 0.176 0.196 0.203 0.205 0.135 0.069 0.016 46 E 0.136 0.242 0.229 0.179 0.118 0.076 0.020 47 I 0.058 0.073 0.097 0.165 0.256 0.279 0.072 48 I 0.048 0.113 0.165 0.247 0.246 0.160 0.021 49 S 0.090 0.270 0.289 0.193 0.103 0.046 0.008 50 I 0.010 0.031 0.086 0.235 0.340 0.259 0.039 51 H 0.007 0.016 0.033 0.105 0.310 0.447 0.083 52 R 0.068 0.294 0.337 0.220 0.066 0.014 0.001 53 K 0.078 0.389 0.347 0.151 0.031 0.004 0.001 54 V 0.003 0.014 0.053 0.229 0.453 0.238 0.009 55 L 0.005 0.022 0.082 0.337 0.444 0.107 0.003 56 K 0.157 0.549 0.240 0.048 0.006 0.001 0.001 57 E 0.190 0.410 0.283 0.103 0.014 0.001 0.001 58 L 0.017 0.043 0.116 0.324 0.368 0.130 0.003 59 Y 0.068 0.198 0.320 0.291 0.110 0.012 0.001 60 P 0.534 0.335 0.096 0.029 0.006 0.001 0.001 61 S 0.455 0.337 0.139 0.054 0.012 0.002 0.001 62 L 0.056 0.122 0.238 0.346 0.199 0.039 0.001 63 P 0.279 0.387 0.230 0.083 0.019 0.002 0.001 64 E 0.590 0.285 0.088 0.027 0.008 0.001 0.001 65 D 0.140 0.236 0.282 0.228 0.090 0.022 0.002 66 V 0.029 0.056 0.114 0.284 0.342 0.165 0.011 67 F 0.041 0.133 0.246 0.284 0.201 0.084 0.011 68 H 0.064 0.176 0.234 0.244 0.173 0.094 0.014 69 S 0.023 0.044 0.072 0.138 0.269 0.350 0.105 70 L 0.009 0.022 0.055 0.154 0.286 0.356 0.117 71 D 0.019 0.069 0.158 0.248 0.248 0.190 0.067 72 F 0.008 0.014 0.029 0.075 0.183 0.413 0.278 73 L 0.006 0.009 0.011 0.026 0.083 0.345 0.521 74 I 0.011 0.026 0.050 0.098 0.165 0.291 0.359 75 E 0.013 0.028 0.061 0.122 0.161 0.231 0.384 76 V 0.011 0.014 0.019 0.041 0.081 0.258 0.576 77 M 0.043 0.056 0.069 0.108 0.135 0.258 0.331 78 I 0.071 0.094 0.131 0.173 0.147 0.196 0.187 79 G 0.126 0.093 0.088 0.119 0.156 0.239 0.180 80 Y 0.135 0.109 0.094 0.141 0.145 0.217 0.159 81 G 0.221 0.127 0.116 0.152 0.139 0.156 0.089 82 M 0.259 0.202 0.162 0.137 0.082 0.096 0.061 83 A 0.222 0.136 0.153 0.188 0.134 0.118 0.050 84 Y 0.284 0.191 0.136 0.132 0.118 0.111 0.030 85 Q 0.341 0.238 0.157 0.152 0.078 0.029 0.005 86 E 0.289 0.296 0.196 0.132 0.058 0.026 0.002 87 H 0.313 0.163 0.173 0.179 0.131 0.039 0.002 88 Q 0.386 0.280 0.188 0.102 0.036 0.008 0.001 89 T 0.418 0.329 0.158 0.072 0.019 0.004 0.001 90 L 0.257 0.173 0.200 0.206 0.129 0.035 0.002 91 R 0.625 0.222 0.094 0.042 0.014 0.003 0.001 92 G 0.669 0.237 0.062 0.024 0.006 0.001 0.001 93 I 0.548 0.261 0.129 0.048 0.013 0.001 0.001 94 Q 0.702 0.220 0.056 0.018 0.003 0.001 0.001 95 Q 0.749 0.202 0.039 0.009 0.001 0.001 0.001 96 E 0.428 0.285 0.177 0.090 0.019 0.001 0.001 97 I 0.183 0.139 0.187 0.304 0.164 0.023 0.001 98 K 0.458 0.359 0.144 0.034 0.004 0.001 0.001 99 S 0.421 0.348 0.166 0.055 0.009 0.001 0.001 100 E 0.160 0.111 0.159 0.259 0.241 0.068 0.001 101 I 0.227 0.141 0.158 0.245 0.187 0.042 0.001 102 E 0.458 0.376 0.125 0.035 0.005 0.001 0.001 103 I 0.519 0.176 0.148 0.114 0.036 0.006 0.001 104 A 0.726 0.111 0.054 0.047 0.044 0.018 0.001 105 A 0.788 0.146 0.045 0.017 0.004 0.001 0.001 106 N 0.847 0.111 0.031 0.009 0.002 0.001 0.001 107 V 0.855 0.083 0.035 0.019 0.007 0.001 0.001 108 Q 0.882 0.087 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 109 Q 0.909 0.074 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 110 T 0.924 0.054 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001