PFRMAT RR TARGET T0235 AUTHOR 4204-4258-2837 REMARK From group SAM-TO4-hand under the direction of REMARK Kevin Karplus. REMARK Project by George Shackelford and Kevin Karplus REMARK The value given is an approximation of the probability REMARK as provided by the neural network. REMARK The predictions are limited to a score >= .18 which REMARK is an approximation of the probability. REMARK METHOD The predictor is an artificial neural network METHOD using 280 inputs. METHOD Input includes separation and sequence length, corrected METHOD mutual information between columns (M. Cline) and METHOD an e-value measure of correlation between columns (K Karplus) METHOD NN: NN280-240n300.net.28 METHOD Other inputs are from alignments and METHOD secondary predictions from SAM-t2k and SAM-t04 of METHOD University of California, Santa Cruz MODEL 1 MSGETFEFNIRHSGKVYPITLSTDATSADLKSKAEELTQVPSARQKYMVK GGLSGEESIKIYPLIKPGSTVMLLGTPDANLISKPAKKNNFIEDLAPEQQ VQQFAQLPVGFKNMGNTCYLNATLQALYRVNDLRDMILNYNPSQGVSNSG AQDEEIHKQIVIEMKRCFENLQNKSFKSVLPIVLLNTLRKCYPQFAERDS QGGFYKQQDAEELFTQLFHSMSIVFGDKFSEDFRIQFKTTIKDTANDNDI TVKENESDSKLQCHISGTTNFMRNGLLEGLNEKIEKRSDLTGANSIYSVE KKISRLPKFLTVQYVRFFWKRSTNKKSKILRKVVFPFQLDVADMLTPEYA AEKVKVRDELRKVEKEKNEKEREIKRRKFDPSSSENVMTPREQYETQVAL NESEKDQWLEEYKKHFPPNLEKGENPSCVYNLIGVITHQGANSESGHYQA FIRDELDENKWYKFNDDKVSVVEKEKIESLAGGGESDSALILMYKGFGL 246 288 0 8 0.73355 210 436 0 8 0.70635 437 449 0 8 0.7004 219 315 0 8 0.59245 246 291 0 8 0.57035 116 333 0 8 0.5593 435 492 0 8 0.54315 235 256 0 8 0.54315 437 451 0 8 0.53805 128 168 0 8 0.50915 111 430 0 8 0.4896 436 452 0 8 0.4743 306 430 0 8 0.46665 211 258 0 8 0.46155 263 312 0 8 0.4539 435 450 0 8 0.4488 113 210 0 8 0.44625 126 493 0 8 0.4437 210 493 0 8 0.44115 167 434 0 8 0.44115 335 492 0 8 0.4369 314 449 0 8 0.43435 314 448 0 8 0.43435 246 290 0 8 0.4318 313 333 0 8 0.4267 333 436 0 8 0.4182 311 493 0 8 0.4182 127 450 0 8 0.41565 126 311 0 8 0.41565 309 428 0 8 0.41055 331 465 0 8 0.40375 125 430 0 8 0.4012 113 314 0 8 0.39865 333 449 0 8 0.3961 311 436 0 8 0.3961 211 437 0 8 0.3961 213 263 0 8 0.39355 261 333 0 8 0.38845 165 449 0 8 0.38845 130 309 0 8 0.3859 448 490 0 8 0.38335 315 330 0 8 0.3808 263 335 0 8 0.3808 443 452 0 8 0.3757 333 433 0 8 0.3757 439 449 0 8 0.37315 211 342 0 8 0.3706 130 433 0 8 0.3706 126 434 0 8 0.3706 214 436 0 8 0.36805 111 121 0 8 0.3655 263 434 0 8 0.36295 235 492 0 8 0.36295 123 214 0 8 0.3604 315 329 0 8 0.35785 309 493 0 8 0.3553 214 491 0 8 0.3553 211 246 0 8 0.3553 120 448 0 8 0.3553 211 291 0 8 0.35275 123 309 0 8 0.35275 114 181 0 8 0.35275 435 451 0 8 0.34595 437 452 0 8 0.3434 314 492 0 8 0.3434 263 492 0 8 0.3383 235 299 0 8 0.3383 127 311 0 8 0.3383 450 464 0 8 0.33575 123 436 0 8 0.33575 181 492 0 8 0.33065 451 493 0 8 0.3281 243 291 0 8 0.3281 126 184 0 8 0.3281 283 297 0 8 0.32385 168 492 0 8 0.32385 127 489 0 8 0.32385 116 434 0 8 0.32385 210 492 0 8 0.3213 210 311 0 8 0.3213 123 213 0 8 0.3213 118 435 0 8 0.3213 114 333 0 8 0.3213 317 489 0 8 0.31875 315 443 0 8 0.31875 163 263 0 8 0.31875 126 210 0 8 0.31875 117 449 0 8 0.31875 437 489 0 8 0.3162 126 452 0 8 0.3162 243 288 0 8 0.3145 126 436 0 8 0.3145 165 330 0 8 0.31195 314 477 0 8 0.3094 123 210 0 8 0.3094 451 492 0 8 0.30685 448 489 0 8 0.30685 437 493 0 8 0.30685 331 344 0 8 0.30685 315 449 0 8 0.30685 117 492 0 8 0.30685 443 492 0 8 0.3043 331 439 0 8 0.3043 291 311 0 8 0.3043 161 443 0 8 0.3043 315 342 0 8 0.3026 211 263 0 8 0.3026 211 243 0 8 0.30005 435 494 0 8 0.29495 113 315 0 8 0.29495 314 451 0 8 0.29325 438 490 0 8 0.2907 449 464 0 8 0.28815 314 489 0 8 0.28815 216 263 0 8 0.28815 129 167 0 8 0.28815 119 464 0 8 0.28815 265 314 0 8 0.28645 235 255 0 8 0.28645 219 314 0 8 0.28645 216 333 0 8 0.2839 309 463 0 8 0.28135 213 311 0 8 0.28135 215 243 0 8 0.27965 313 443 0 8 0.2771 288 449 0 8 0.2771 130 472 0 8 0.27455 433 452 0 8 0.27285 315 331 0 8 0.27285 314 494 0 8 0.27285 211 315 0 8 0.27285 128 263 0 8 0.27285 345 492 0 8 0.2703 161 492 0 8 0.2703 126 214 0 8 0.2703 452 464 0 8 0.2686 214 311 0 8 0.2686 126 213 0 8 0.2686 211 493 0 8 0.26605 431 453 0 8 0.2635 263 490 0 8 0.2635 258 429 0 8 0.2635 119 137 0 8 0.2635 128 449 0 8 0.2618 119 449 0 8 0.2618 161 437 0 8 0.255 121 430 0 8 0.255 120 214 0 8 0.255 128 167 0 8 0.2533 112 489 0 8 0.2533 109 465 0 8 0.2533 317 490 0 8 0.25075 264 331 0 8 0.25075 181 237 0 8 0.25075 335 437 0 8 0.24905 211 429 0 8 0.24905 207 448 0 8 0.24905 128 333 0 8 0.24905 120 213 0 8 0.24905 340 429 0 8 0.2465 235 297 0 8 0.2465 171 452 0 8 0.2465 165 437 0 8 0.2465 163 309 0 8 0.2465 111 237 0 8 0.2465 111 125 0 8 0.2465 130 449 0 8 0.2448 128 464 0 8 0.2448 450 489 0 8 0.24225 271 435 0 8 0.24055 128 434 0 8 0.24055 314 335 0 8 0.238 267 452 0 8 0.238 224 343 0 8 0.238 211 343 0 8 0.238 123 449 0 8 0.238 114 185 0 8 0.238 433 443 0 8 0.2363 225 493 0 8 0.2363 172 493 0 8 0.2363 317 443 0 8 0.2346 317 329 0 8 0.2346 213 490 0 8 0.2346 118 210 0 8 0.2346 330 437 0 8 0.23205 246 493 0 8 0.23205 208 243 0 8 0.23205 188 437 0 8 0.23035 265 433 0 8 0.2278 263 330 0 8 0.2278 232 465 0 8 0.2278 162 291 0 8 0.2261 214 449 0 8 0.2244 195 449 0 8 0.2244 172 452 0 8 0.2244 295 331 0 8 0.22185 108 208 0 8 0.22185 449 465 0 8 0.22015 439 467 0 8 0.22015 264 315 0 8 0.22015 117 443 0 8 0.22015 449 463 0 8 0.21845 235 335 0 8 0.21845 215 258 0 8 0.21845 129 449 0 8 0.21845 128 171 0 8 0.21845 271 492 0 8 0.21675 261 313 0 8 0.21675 142 162 0 8 0.21675 128 172 0 8 0.21675 315 433 0 8 0.2142 299 493 0 8 0.2142 297 490 0 8 0.2142 211 239 0 8 0.2142 335 489 0 8 0.2108 312 449 0 8 0.2108 237 315 0 8 0.2108 117 437 0 8 0.2108 77 429 0 8 0.2108 311 489 0 8 0.2091 267 449 0 8 0.2091 189 211 0 8 0.2091 134 452 0 8 0.2091 117 271 0 8 0.2091 109 451 0 8 0.2091 329 464 0 8 0.20655 313 449 0 8 0.20655 304 465 0 8 0.20655 267 291 0 8 0.20655 211 449 0 8 0.20655 181 195 0 8 0.20655 116 449 0 8 0.20655 330 344 0 8 0.20485 314 330 0 8 0.20485 239 250 0 8 0.20485 211 288 0 8 0.20485 178 465 0 8 0.20485 140 263 0 8 0.20485 134 168 0 8 0.20485 113 180 0 8 0.20485 344 443 0 8 0.20315 306 335 0 8 0.20315 344 451 0 8 0.20145 330 463 0 8 0.20145 311 451 0 8 0.20145 297 449 0 8 0.20145 137 161 0 8 0.20145 120 218 0 8 0.20145 116 160 0 8 0.20145 294 330 0 8 0.19975 277 433 0 8 0.19975 211 443 0 8 0.19975 208 463 0 8 0.19975 185 437 0 8 0.19975 127 214 0 8 0.19975 345 437 0 8 0.1972 337 465 0 8 0.1972 330 488 0 8 0.1972 263 489 0 8 0.1972 211 451 0 8 0.1972 115 237 0 8 0.1972 263 299 0 8 0.1955 237 271 0 8 0.1955 235 443 0 8 0.1955 172 492 0 8 0.1955 130 437 0 8 0.1955 130 315 0 8 0.1955 130 291 0 8 0.1955 129 452 0 8 0.1955 113 443 0 8 0.1955 109 128 0 8 0.1955 437 492 0 8 0.1938 317 452 0 8 0.1938 315 452 0 8 0.1938 314 490 0 8 0.1938 271 462 0 8 0.1938 263 315 0 8 0.1938 210 243 0 8 0.1938 195 214 0 8 0.1938 115 181 0 8 0.1938 108 172 0 8 0.1938 315 451 0 8 0.1921 225 489 0 8 0.1921 208 447 0 8 0.1921 129 267 0 8 0.1921 271 314 0 8 0.1904 120 437 0 8 0.1904 119 313 0 8 0.1904 315 490 0 8 0.1887 128 452 0 8 0.1887 126 433 0 8 0.1887 117 451 0 8 0.1887 99 467 0 8 0.1887 258 332 0 8 0.187 220 254 0 8 0.187 216 452 0 8 0.187 185 214 0 8 0.187 163 452 0 8 0.187 117 185 0 8 0.187 107 172 0 8 0.187 140 188 0 8 0.1853 332 437 0 8 0.1836 272 449 0 8 0.1836 213 241 0 8 0.1836 128 490 0 8 0.1836 126 437 0 8 0.1836 463 492 0 8 0.1819 211 452 0 8 0.1819 317 335 0 8 0.1802 263 297 0 8 0.1802 211 465 0 8 0.1802 210 443 0 8 0.1802 208 449 0 8 0.1802 140 165 0 8 0.1802 117 208 0 8 0.1802 END