PFRMAT RR
TARGET T0235
AUTHOR 4204-4258-2837
REMARK From group SAM-TO4-hand under the direction of
REMARK Kevin Karplus.
REMARK Project by George Shackelford and Kevin Karplus
REMARK The value given is an approximation of the probability
REMARK as provided by the neural network.
REMARK The number of predictions is limited to .5*sequence_length.
REMARK
METHOD The predictor is an artificial neural network
METHOD using 134 inputs.
METHOD Input includes separation and sequence length, corrected
METHOD mutual information between columns (M. Cline) and 
METHOD an e-value measure of correlation between columns (K Karplus) 
METHOD Other inputs are from alignments and
METHOD secondary predictions from SAM-t2k and SAM-t04 of 
METHOD University of California, Santa Cruz
METHOD This version uses a new error function designed to improve
METHOD the top scores per protein.
MODEL 1
MSGETFEFNIRHSGKVYPITLSTDATSADLKSKAEELTQVPSARQKYMVK
GGLSGEESIKIYPLIKPGSTVMLLGTPDANLISKPAKKNNFIEDLAPEQQ
VQQFAQLPVGFKNMGNTCYLNATLQALYRVNDLRDMILNYNPSQGVSNSG
AQDEEIHKQIVIEMKRCFENLQNKSFKSVLPIVLLNTLRKCYPQFAERDS
QGGFYKQQDAEELFTQLFHSMSIVFGDKFSEDFRIQFKTTIKDTANDNDI
TVKENESDSKLQCHISGTTNFMRNGLLEGLNEKIEKRSDLTGANSIYSVE
KKISRLPKFLTVQYVRFFWKRSTNKKSKILRKVVFPFQLDVADMLTPEYA
AEKVKVRDELRKVEKEKNEKEREIKRRKFDPSSSENVMTPREQYETQVAL
NESEKDQWLEEYKKHFPPNLEKGENPSCVYNLIGVITHQGANSESGHYQA
FIRDELDENKWYKFNDDKVSVVEKEKIESLAGGGESDSALILMYKGFGL
437 449 0 8 0.472
219 315 0 8 0.451
437 451 0 8 0.415
246 288 0 8 0.409
210 436 0 8 0.409
315 449 0 8 0.404
211 314 0 8 0.395
219 314 0 8 0.381
335 492 0 8 0.372
126 311 0 8 0.372
134 168 0 8 0.364
235 256 0 8 0.361
317 489 0 8 0.358
165 449 0 8 0.358
165 330 0 8 0.356
112 489 0 8 0.356
311 493 0 8 0.353
123 213 0 8 0.353
128 168 0 8 0.35
178 492 0 8 0.347
130 433 0 8 0.345
114 181 0 8 0.345
439 449 0 8 0.342
167 434 0 8 0.342
315 330 0 8 0.337
309 428 0 8 0.331
116 333 0 8 0.329
246 291 0 8 0.326
214 311 0 8 0.323
262 315 0 8 0.321
309 493 0 8 0.313
126 433 0 8 0.313
168 492 0 8 0.31
113 314 0 8 0.31
263 490 0 8 0.303
263 315 0 8 0.303
214 491 0 8 0.303
126 210 0 8 0.303
330 437 0 8 0.3
188 311 0 8 0.3
128 464 0 8 0.3
123 436 0 8 0.3
123 309 0 8 0.3
297 315 0 8 0.298
137 172 0 8 0.298
119 313 0 8 0.298
113 210 0 8 0.298
448 490 0 8 0.295
311 436 0 8 0.295
271 315 0 8 0.293
449 492 0 8 0.29
235 299 0 8 0.29
211 342 0 8 0.29
126 214 0 8 0.29
123 491 0 8 0.29
123 214 0 8 0.29
123 210 0 8 0.29
315 342 0 8 0.288
331 492 0 8 0.283
330 443 0 8 0.283
315 443 0 8 0.283
128 172 0 8 0.283
126 493 0 8 0.283
126 434 0 8 0.283
125 430 0 8 0.283
114 185 0 8 0.283
450 489 0 8 0.28
210 311 0 8 0.28
130 309 0 8 0.28
127 489 0 8 0.28
451 492 0 8 0.278
314 492 0 8 0.278
314 490 0 8 0.278
211 315 0 8 0.278
113 315 0 8 0.278
317 329 0 8 0.276
465 492 0 8 0.273
330 449 0 8 0.273
128 434 0 8 0.273
123 449 0 8 0.273
437 489 0 8 0.271
263 314 0 8 0.271
211 258 0 8 0.271
127 311 0 8 0.268
449 465 0 8 0.266
448 489 0 8 0.266
435 492 0 8 0.266
185 437 0 8 0.266
127 450 0 8 0.266
117 185 0 8 0.266
435 450 0 8 0.264
161 443 0 8 0.264
119 449 0 8 0.264
118 492 0 8 0.264
449 491 0 8 0.261
317 331 0 8 0.261
314 342 0 8 0.261
312 490 0 8 0.261
263 311 0 8 0.261
263 275 0 8 0.261
243 291 0 8 0.261
211 437 0 8 0.261
126 184 0 8 0.261
450 492 0 8 0.259
433 452 0 8 0.259
331 437 0 8 0.259
314 449 0 8 0.259
311 449 0 8 0.259
275 315 0 8 0.259
235 335 0 8 0.259
216 311 0 8 0.259
188 208 0 8 0.259
130 315 0 8 0.259
116 214 0 8 0.259
114 195 0 8 0.259
313 449 0 8 0.257
313 439 0 8 0.257
311 489 0 8 0.257
243 288 0 8 0.257
235 492 0 8 0.257
216 331 0 8 0.257
263 434 0 8 0.255
211 239 0 8 0.255
210 343 0 8 0.255
126 213 0 8 0.255
119 220 0 8 0.255
119 137 0 8 0.255
452 464 0 8 0.252
331 439 0 8 0.252
315 433 0 8 0.252
311 448 0 8 0.252
263 492 0 8 0.252
263 449 0 8 0.252
235 297 0 8 0.252
214 449 0 8 0.252
126 449 0 8 0.252
120 213 0 8 0.252
118 465 0 8 0.252
116 434 0 8 0.252
467 492 0 8 0.25
451 493 0 8 0.25
436 491 0 8 0.25
314 451 0 8 0.25
313 333 0 8 0.25
184 491 0 8 0.25
184 313 0 8 0.25
118 435 0 8 0.25
279 315 0 8 0.248
275 449 0 8 0.248
239 250 0 8 0.248
213 451 0 8 0.248
170 180 0 8 0.248
128 137 0 8 0.248
118 208 0 8 0.248
117 492 0 8 0.248
447 465 0 8 0.246
443 465 0 8 0.246
261 313 0 8 0.246
215 258 0 8 0.246
214 436 0 8 0.246
208 492 0 8 0.246
120 218 0 8 0.246
117 208 0 8 0.246
315 490 0 8 0.243
210 449 0 8 0.243
163 492 0 8 0.243
317 443 0 8 0.241
211 332 0 8 0.241
189 211 0 8 0.241
133 185 0 8 0.241
130 449 0 8 0.241
129 449 0 8 0.241
120 467 0 8 0.241
118 210 0 8 0.241
116 160 0 8 0.241
275 319 0 8 0.239
263 467 0 8 0.239
263 335 0 8 0.239
207 448 0 8 0.239
126 452 0 8 0.239
120 214 0 8 0.239
116 128 0 8 0.239
449 493 0 8 0.237
433 443 0 8 0.237
216 333 0 8 0.237
216 319 0 8 0.237
215 311 0 8 0.237
208 326 0 8 0.237
133 492 0 8 0.237
111 125 0 8 0.237
439 467 0 8 0.235
340 489 0 8 0.235
335 489 0 8 0.235
263 433 0 8 0.235
235 301 0 8 0.235
222 311 0 8 0.235
211 326 0 8 0.235
188 437 0 8 0.235
163 452 0 8 0.235
137 161 0 8 0.235
128 452 0 8 0.235
128 313 0 8 0.235
122 216 0 8 0.235
309 463 0 8 0.232
279 297 0 8 0.232
263 326 0 8 0.232
263 286 0 8 0.232
213 436 0 8 0.232
211 443 0 8 0.232
168 314 0 8 0.232
117 326 0 8 0.232
116 185 0 8 0.232
449 490 0 8 0.23
309 329 0 8 0.23
216 314 0 8 0.23
211 444 0 8 0.23
211 331 0 8 0.23
137 188 0 8 0.23
126 436 0 8 0.23
123 437 0 8 0.23
123 315 0 8 0.23
120 489 0 8 0.23
119 211 0 8 0.23
335 450 0 8 0.228
314 470 0 8 0.228
263 297 0 8 0.228
213 330 0 8 0.228
208 463 0 8 0.228
137 492 0 8 0.228
127 214 0 8 0.228
117 437 0 8 0.228
116 449 0 8 0.228
114 333 0 8 0.228
450 464 0 8 0.226
433 493 0 8 0.226
431 453 0 8 0.226
311 451 0 8 0.226
311 437 0 8 0.226
263 330 0 8 0.226
263 312 0 8 0.226
213 311 0 8 0.226
213 297 0 8 0.226
188 213 0 8 0.226
174 216 0 8 0.226
163 235 0 8 0.226
126 216 0 8 0.226
121 315 0 8 0.226
114 449 0 8 0.226
309 345 0 8 0.224
END