# TARGET T0235 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0235.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.007 0.002 0.005 0.024 0.184 0.778 2 E 0.042 0.016 0.024 0.098 0.197 0.622 3 Y 0.074 0.018 0.069 0.170 0.283 0.387 4 A 0.107 0.015 0.078 0.266 0.232 0.302 5 A 0.115 0.010 0.057 0.289 0.228 0.301 6 E 0.113 0.013 0.042 0.423 0.162 0.246 7 K 0.138 0.009 0.021 0.562 0.087 0.183 8 V 0.177 0.009 0.013 0.569 0.067 0.165 9 K 0.123 0.013 0.009 0.654 0.049 0.152 10 V 0.049 0.003 0.007 0.687 0.039 0.216 11 R 0.009 0.001 0.009 0.872 0.026 0.082 12 D 0.008 0.001 0.021 0.874 0.032 0.065 13 E 0.003 0.001 0.029 0.933 0.016 0.018 14 L 0.004 0.001 0.036 0.904 0.032 0.023 15 R 0.004 0.001 0.028 0.902 0.040 0.026 16 K 0.002 0.001 0.014 0.912 0.038 0.034 17 V 0.004 0.002 0.007 0.830 0.071 0.086 18 E 0.009 0.005 0.010 0.753 0.099 0.125 19 K 0.010 0.004 0.011 0.675 0.128 0.172 20 E 0.006 0.002 0.014 0.642 0.125 0.212 21 K 0.004 0.002 0.013 0.644 0.133 0.204 22 N 0.003 0.001 0.008 0.631 0.150 0.206 23 E 0.002 0.002 0.009 0.673 0.146 0.168 24 K 0.001 0.002 0.011 0.670 0.128 0.189 25 E 0.002 0.001 0.016 0.752 0.124 0.104 26 R 0.003 0.002 0.020 0.807 0.106 0.063 27 E 0.003 0.001 0.022 0.810 0.099 0.065 28 I 0.004 0.001 0.021 0.842 0.067 0.064 29 K 0.005 0.003 0.022 0.783 0.080 0.107 30 R 0.009 0.003 0.028 0.625 0.157 0.178 31 R 0.017 0.003 0.030 0.416 0.208 0.326 32 K 0.039 0.011 0.034 0.233 0.251 0.432 33 F 0.055 0.023 0.022 0.144 0.239 0.518 34 D 0.037 0.006 0.019 0.070 0.231 0.637 35 P 0.079 0.019 0.043 0.102 0.242 0.516 36 S 0.106 0.035 0.020 0.053 0.200 0.586 37 S 0.052 0.020 0.027 0.042 0.293 0.565 38 S 0.015 0.011 0.065 0.051 0.582 0.275 39 E 0.007 0.006 0.114 0.041 0.630 0.202 40 N 0.010 0.006 0.142 0.049 0.657 0.136 41 V 0.017 0.014 0.030 0.041 0.552 0.346 42 M 0.020 0.036 0.014 0.060 0.306 0.564 43 T 0.022 0.018 0.004 0.056 0.227 0.673 44 P 0.004 0.002 0.009 0.882 0.053 0.051 45 R 0.002 0.001 0.007 0.960 0.022 0.008 46 E 0.003 0.001 0.007 0.961 0.021 0.008 47 Q 0.002 0.001 0.004 0.978 0.011 0.005 48 Y 0.001 0.001 0.002 0.985 0.007 0.005 49 E 0.001 0.001 0.003 0.975 0.012 0.009 50 T 0.001 0.001 0.002 0.966 0.012 0.018 51 Q 0.003 0.001 0.005 0.945 0.020 0.025 52 V 0.003 0.001 0.010 0.903 0.040 0.043 53 A 0.003 0.001 0.018 0.875 0.054 0.049 54 L 0.005 0.003 0.028 0.690 0.145 0.129 55 N 0.003 0.002 0.032 0.513 0.240 0.210 56 E 0.002 0.001 0.055 0.651 0.191 0.101 57 S 0.004 0.004 0.043 0.500 0.274 0.175 58 E 0.004 0.002 0.053 0.527 0.271 0.142 59 K 0.004 0.002 0.021 0.617 0.155 0.200 60 D 0.003 0.001 0.012 0.805 0.095 0.084 61 Q 0.002 0.001 0.012 0.900 0.045 0.041 62 W 0.004 0.002 0.011 0.915 0.032 0.036 63 L 0.003 0.001 0.010 0.937 0.027 0.022 64 E 0.001 0.001 0.011 0.944 0.023 0.021 65 E 0.001 0.001 0.014 0.961 0.015 0.008 66 Y 0.001 0.001 0.024 0.944 0.022 0.008 67 K 0.001 0.001 0.085 0.868 0.037 0.010 68 K 0.001 0.001 0.067 0.843 0.062 0.026 69 H 0.002 0.001 0.041 0.673 0.123 0.160 70 F 0.004 0.007 0.010 0.071 0.165 0.742 71 P 0.011 0.014 0.170 0.091 0.373 0.341 72 P 0.008 0.006 0.396 0.134 0.320 0.136 73 N 0.009 0.006 0.423 0.117 0.338 0.107 74 L 0.011 0.014 0.333 0.136 0.366 0.140 75 E 0.014 0.006 0.094 0.141 0.475 0.270 76 K 0.015 0.015 0.102 0.170 0.463 0.235 77 G 0.009 0.015 0.046 0.165 0.443 0.321 78 E 0.012 0.031 0.029 0.098 0.425 0.405 79 N 0.004 0.006 0.008 0.065 0.233 0.685 80 P 0.001 0.003 0.007 0.040 0.172 0.776