# TARGET T0235 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0235.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.008 0.691 0.001 0.034 0.114 0.001 0.001 0.002 0.046 0.069 0.003 0.030 2 E 0.013 0.028 0.316 0.004 0.098 0.236 0.001 0.001 0.004 0.095 0.137 0.042 0.026 3 Y 0.019 0.015 0.214 0.005 0.134 0.256 0.003 0.001 0.005 0.112 0.132 0.030 0.075 4 A 0.023 0.008 0.195 0.009 0.088 0.403 0.001 0.001 0.006 0.086 0.114 0.021 0.044 5 A 0.026 0.006 0.154 0.014 0.067 0.462 0.003 0.001 0.007 0.077 0.082 0.033 0.068 6 E 0.042 0.007 0.141 0.008 0.031 0.493 0.005 0.001 0.013 0.075 0.038 0.075 0.070 7 K 0.035 0.005 0.118 0.010 0.015 0.579 0.005 0.001 0.028 0.038 0.027 0.018 0.121 8 V 0.039 0.009 0.095 0.006 0.007 0.615 0.013 0.002 0.039 0.025 0.011 0.084 0.055 9 K 0.056 0.008 0.102 0.008 0.008 0.567 0.008 0.002 0.024 0.022 0.017 0.074 0.104 10 V 0.014 0.003 0.083 0.002 0.020 0.710 0.003 0.001 0.021 0.025 0.028 0.030 0.061 11 R 0.006 0.003 0.118 0.007 0.013 0.764 0.001 0.001 0.007 0.029 0.017 0.011 0.022 12 D 0.003 0.002 0.034 0.001 0.020 0.880 0.001 0.001 0.003 0.015 0.022 0.006 0.013 13 E 0.001 0.001 0.018 0.001 0.011 0.932 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 0.002 0.002 14 L 0.001 0.001 0.014 0.001 0.011 0.923 0.001 0.001 0.001 0.009 0.037 0.001 0.002 15 R 0.001 0.001 0.016 0.001 0.006 0.932 0.001 0.001 0.001 0.011 0.031 0.001 0.001 16 K 0.001 0.001 0.016 0.001 0.005 0.935 0.001 0.001 0.001 0.008 0.033 0.001 0.001 17 V 0.001 0.001 0.044 0.001 0.008 0.881 0.001 0.001 0.001 0.024 0.037 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.043 0.001 0.013 0.877 0.001 0.001 0.001 0.023 0.038 0.001 0.002 19 K 0.001 0.001 0.045 0.001 0.017 0.855 0.001 0.001 0.001 0.021 0.057 0.001 0.001 20 E 0.001 0.001 0.072 0.001 0.018 0.794 0.001 0.001 0.001 0.031 0.081 0.001 0.001 21 K 0.001 0.002 0.113 0.001 0.016 0.727 0.001 0.001 0.001 0.046 0.093 0.001 0.001 22 N 0.001 0.002 0.128 0.001 0.022 0.714 0.001 0.001 0.001 0.049 0.081 0.001 0.001 23 E 0.001 0.003 0.127 0.001 0.017 0.736 0.001 0.001 0.001 0.051 0.063 0.001 0.001 24 K 0.001 0.003 0.135 0.001 0.018 0.760 0.001 0.001 0.001 0.026 0.052 0.001 0.002 25 E 0.001 0.002 0.099 0.001 0.027 0.805 0.001 0.001 0.001 0.023 0.039 0.001 0.002 26 R 0.001 0.002 0.058 0.001 0.021 0.862 0.001 0.001 0.001 0.017 0.032 0.003 0.002 27 E 0.001 0.002 0.027 0.001 0.025 0.888 0.001 0.001 0.001 0.014 0.036 0.001 0.005 28 I 0.001 0.002 0.031 0.001 0.018 0.880 0.001 0.001 0.001 0.015 0.046 0.003 0.002 29 K 0.001 0.003 0.053 0.002 0.023 0.784 0.001 0.001 0.003 0.025 0.097 0.002 0.006 30 R 0.001 0.003 0.120 0.002 0.043 0.588 0.001 0.001 0.003 0.067 0.156 0.006 0.009 31 R 0.002 0.009 0.261 0.002 0.040 0.417 0.001 0.001 0.007 0.093 0.126 0.023 0.019 32 K 0.004 0.031 0.380 0.002 0.032 0.230 0.003 0.001 0.011 0.077 0.149 0.010 0.071 33 F 0.007 0.033 0.383 0.012 0.022 0.168 0.003 0.001 0.017 0.171 0.097 0.041 0.044 34 D 0.003 0.007 0.555 0.005 0.012 0.082 0.001 0.001 0.016 0.186 0.036 0.058 0.039 35 P 0.002 0.028 0.511 0.010 0.027 0.083 0.001 0.001 0.011 0.131 0.087 0.009 0.100 36 S 0.001 0.034 0.587 0.004 0.021 0.051 0.001 0.001 0.013 0.161 0.049 0.052 0.024 37 S 0.001 0.021 0.705 0.002 0.030 0.034 0.001 0.001 0.010 0.084 0.068 0.005 0.038 38 S 0.001 0.020 0.452 0.004 0.094 0.060 0.001 0.001 0.008 0.140 0.196 0.012 0.013 39 E 0.001 0.009 0.190 0.002 0.125 0.046 0.001 0.001 0.003 0.205 0.405 0.006 0.009 40 N 0.001 0.010 0.229 0.002 0.061 0.031 0.001 0.001 0.005 0.303 0.338 0.007 0.011 41 V 0.002 0.030 0.665 0.001 0.016 0.022 0.001 0.001 0.008 0.139 0.057 0.017 0.042 42 M 0.001 0.084 0.658 0.002 0.005 0.040 0.001 0.001 0.010 0.117 0.022 0.014 0.047 43 T 0.001 0.012 0.776 0.001 0.003 0.057 0.001 0.001 0.004 0.121 0.007 0.010 0.010 44 P 0.001 0.003 0.130 0.001 0.024 0.757 0.001 0.001 0.001 0.029 0.048 0.001 0.007 45 R 0.001 0.001 0.033 0.001 0.034 0.878 0.001 0.001 0.001 0.016 0.038 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.018 0.001 0.040 0.907 0.001 0.001 0.001 0.008 0.023 0.001 0.001 47 Q 0.001 0.001 0.019 0.001 0.014 0.947 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 48 Y 0.001 0.001 0.008 0.001 0.008 0.962 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 49 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 50 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.001 0.001 51 Q 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 52 V 0.001 0.001 0.020 0.001 0.010 0.938 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.001 0.002 53 A 0.001 0.001 0.031 0.001 0.017 0.892 0.001 0.001 0.001 0.012 0.045 0.001 0.001 54 L 0.001 0.003 0.032 0.001 0.023 0.847 0.001 0.001 0.001 0.036 0.053 0.001 0.003 55 N 0.001 0.004 0.100 0.001 0.024 0.659 0.001 0.001 0.003 0.041 0.161 0.004 0.003 56 E 0.001 0.006 0.150 0.001 0.013 0.562 0.001 0.001 0.002 0.090 0.174 0.001 0.002 57 S 0.001 0.005 0.577 0.001 0.006 0.240 0.001 0.001 0.001 0.129 0.040 0.001 0.002 58 E 0.001 0.001 0.033 0.001 0.013 0.827 0.001 0.001 0.001 0.033 0.093 0.001 0.001 59 K 0.001 0.001 0.014 0.001 0.009 0.916 0.001 0.001 0.001 0.014 0.046 0.001 0.001 60 D 0.001 0.001 0.009 0.001 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 61 Q 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 62 W 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 64 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 66 Y 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 67 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.036 0.903 0.001 0.001 0.001 0.003 0.051 0.001 0.001 68 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.021 0.798 0.001 0.001 0.001 0.011 0.163 0.001 0.001 69 H 0.001 0.002 0.037 0.001 0.030 0.567 0.001 0.001 0.001 0.038 0.325 0.001 0.001 70 F 0.001 0.011 0.377 0.001 0.008 0.216 0.001 0.001 0.004 0.343 0.038 0.002 0.002 71 P 0.001 0.007 0.724 0.001 0.040 0.088 0.001 0.001 0.002 0.079 0.056 0.001 0.003 72 P 0.001 0.003 0.087 0.001 0.350 0.205 0.001 0.001 0.001 0.097 0.254 0.001 0.001 73 N 0.001 0.009 0.077 0.001 0.383 0.202 0.001 0.001 0.002 0.067 0.254 0.001 0.004 74 L 0.001 0.017 0.246 0.001 0.311 0.173 0.001 0.001 0.002 0.116 0.125 0.002 0.007 75 E 0.001 0.020 0.279 0.001 0.117 0.192 0.001 0.001 0.005 0.111 0.257 0.005 0.012 76 K 0.001 0.006 0.179 0.001 0.103 0.123 0.001 0.001 0.002 0.218 0.356 0.003 0.007 77 G 0.001 0.012 0.295 0.001 0.065 0.073 0.001 0.001 0.003 0.338 0.191 0.008 0.012 78 E 0.001 0.046 0.595 0.001 0.038 0.057 0.001 0.001 0.005 0.146 0.083 0.007 0.021 79 N 0.001 0.015 0.896 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 0.005 0.033 0.015 0.007 0.010 80 P 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002