# TARGET T0235 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0235.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.001 0.030 0.184 0.016 0.016 0.751 2 E 0.006 0.005 0.090 0.697 0.006 0.092 0.103 3 Y 0.003 0.002 0.105 0.664 0.044 0.090 0.091 4 A 0.003 0.001 0.078 0.750 0.018 0.092 0.058 5 A 0.005 0.001 0.085 0.740 0.022 0.122 0.025 6 E 0.008 0.001 0.081 0.793 0.024 0.064 0.029 7 K 0.010 0.003 0.035 0.878 0.015 0.032 0.026 8 V 0.026 0.005 0.009 0.884 0.014 0.024 0.039 9 K 0.020 0.003 0.012 0.887 0.011 0.029 0.037 10 V 0.009 0.002 0.008 0.912 0.022 0.019 0.028 11 R 0.006 0.001 0.009 0.921 0.015 0.016 0.032 12 D 0.001 0.001 0.011 0.956 0.006 0.021 0.004 13 E 0.001 0.001 0.011 0.944 0.005 0.033 0.006 14 L 0.001 0.001 0.011 0.920 0.009 0.047 0.011 15 R 0.004 0.002 0.010 0.851 0.028 0.067 0.038 16 K 0.006 0.003 0.011 0.789 0.028 0.113 0.049 17 V 0.006 0.004 0.018 0.719 0.048 0.070 0.135 18 E 0.009 0.007 0.022 0.741 0.040 0.070 0.112 19 K 0.008 0.003 0.023 0.770 0.058 0.067 0.071 20 E 0.005 0.002 0.018 0.792 0.050 0.057 0.076 21 K 0.003 0.001 0.013 0.752 0.054 0.073 0.104 22 N 0.004 0.002 0.015 0.730 0.040 0.091 0.118 23 E 0.002 0.002 0.018 0.711 0.047 0.125 0.095 24 K 0.003 0.002 0.015 0.727 0.039 0.107 0.107 25 E 0.005 0.005 0.018 0.725 0.046 0.074 0.128 26 R 0.009 0.004 0.022 0.771 0.044 0.068 0.081 27 E 0.018 0.004 0.036 0.699 0.051 0.094 0.098 28 I 0.016 0.005 0.044 0.696 0.053 0.072 0.114 29 K 0.023 0.006 0.059 0.632 0.045 0.106 0.129 30 R 0.020 0.006 0.103 0.442 0.055 0.247 0.126 31 R 0.030 0.004 0.074 0.297 0.086 0.347 0.162 32 K 0.042 0.018 0.067 0.252 0.143 0.210 0.269 33 F 0.060 0.046 0.026 0.167 0.166 0.066 0.470 34 D 0.058 0.016 0.021 0.115 0.184 0.097 0.509 35 P 0.056 0.023 0.020 0.122 0.249 0.111 0.419 36 S 0.052 0.023 0.022 0.092 0.163 0.055 0.593 37 S 0.042 0.021 0.041 0.072 0.184 0.127 0.512 38 S 0.040 0.029 0.107 0.090 0.138 0.230 0.366 39 E 0.024 0.014 0.110 0.054 0.155 0.365 0.277 40 N 0.017 0.007 0.086 0.035 0.198 0.339 0.318 41 V 0.020 0.017 0.028 0.021 0.232 0.078 0.604 42 M 0.016 0.041 0.017 0.034 0.252 0.045 0.594 43 T 0.016 0.019 0.007 0.097 0.189 0.023 0.648 44 P 0.005 0.007 0.029 0.557 0.054 0.095 0.252 45 R 0.004 0.004 0.035 0.714 0.025 0.112 0.107 46 E 0.002 0.002 0.025 0.800 0.014 0.036 0.121 47 Q 0.004 0.002 0.007 0.917 0.012 0.016 0.041 48 Y 0.007 0.001 0.006 0.925 0.014 0.016 0.030 49 E 0.004 0.001 0.004 0.951 0.009 0.015 0.016 50 T 0.003 0.001 0.003 0.970 0.006 0.009 0.009 51 Q 0.002 0.001 0.003 0.975 0.004 0.009 0.005 52 V 0.001 0.001 0.003 0.967 0.004 0.019 0.005 53 A 0.001 0.001 0.005 0.945 0.004 0.037 0.007 54 L 0.001 0.001 0.009 0.885 0.017 0.071 0.015 55 N 0.002 0.001 0.015 0.814 0.026 0.116 0.026 56 E 0.002 0.001 0.017 0.710 0.056 0.139 0.076 57 S 0.004 0.007 0.020 0.606 0.081 0.120 0.163 58 E 0.005 0.005 0.034 0.504 0.072 0.153 0.227 59 K 0.004 0.002 0.022 0.718 0.061 0.055 0.137 60 D 0.003 0.001 0.013 0.889 0.017 0.037 0.041 61 Q 0.002 0.002 0.012 0.901 0.014 0.040 0.029 62 W 0.003 0.001 0.014 0.924 0.008 0.029 0.022 63 L 0.002 0.001 0.010 0.955 0.010 0.013 0.010 64 E 0.003 0.001 0.010 0.959 0.003 0.018 0.007 65 E 0.001 0.001 0.009 0.956 0.003 0.027 0.005 66 Y 0.001 0.001 0.012 0.944 0.007 0.030 0.006 67 K 0.001 0.001 0.036 0.899 0.005 0.053 0.006 68 K 0.001 0.001 0.023 0.855 0.009 0.104 0.008 69 H 0.001 0.002 0.025 0.743 0.047 0.141 0.041 70 F 0.003 0.016 0.007 0.131 0.340 0.056 0.446 71 P 0.003 0.011 0.057 0.084 0.109 0.221 0.515 72 P 0.003 0.004 0.092 0.073 0.113 0.537 0.178 73 N 0.003 0.006 0.147 0.055 0.085 0.386 0.319 74 L 0.005 0.014 0.164 0.100 0.151 0.103 0.463 75 E 0.011 0.025 0.182 0.121 0.119 0.204 0.338 76 K 0.007 0.015 0.208 0.135 0.146 0.331 0.159 77 G 0.008 0.011 0.113 0.119 0.241 0.203 0.305 78 E 0.013 0.031 0.069 0.114 0.201 0.115 0.456 79 N 0.017 0.028 0.038 0.101 0.065 0.097 0.655 80 P 0.001 0.002 0.019 0.042 0.010 0.020 0.906