# TARGET T0235 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0235.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.28981 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.290 0.008 0.605 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 2 E 0.620 0.107 0.160 0.048 0.027 0.016 0.004 0.007 0.007 0.003 0.001 3 Y 0.539 0.152 0.149 0.064 0.043 0.018 0.006 0.003 0.021 0.006 0.001 4 A 0.774 0.048 0.081 0.042 0.020 0.016 0.008 0.003 0.005 0.003 0.001 5 A 0.793 0.029 0.030 0.123 0.010 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 6 E 0.392 0.247 0.126 0.123 0.075 0.009 0.015 0.002 0.009 0.001 0.001 7 K 0.341 0.202 0.187 0.135 0.022 0.040 0.035 0.002 0.033 0.001 0.001 8 V 0.054 0.555 0.256 0.014 0.023 0.037 0.003 0.001 0.057 0.001 0.001 9 K 0.079 0.316 0.414 0.009 0.009 0.133 0.009 0.001 0.030 0.001 0.001 10 V 0.201 0.396 0.250 0.029 0.009 0.068 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 11 R 0.450 0.176 0.243 0.022 0.031 0.044 0.006 0.001 0.023 0.003 0.001 12 D 0.901 0.008 0.029 0.023 0.006 0.009 0.017 0.005 0.002 0.002 0.001 13 E 0.884 0.023 0.026 0.046 0.007 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 14 L 0.809 0.033 0.060 0.080 0.004 0.008 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 15 R 0.871 0.031 0.057 0.018 0.006 0.005 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 16 K 0.846 0.025 0.034 0.070 0.005 0.009 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 17 V 0.641 0.122 0.149 0.051 0.003 0.016 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 18 E 0.701 0.082 0.115 0.047 0.008 0.023 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 19 K 0.801 0.053 0.088 0.024 0.012 0.006 0.006 0.003 0.004 0.004 0.001 20 E 0.724 0.050 0.090 0.097 0.008 0.014 0.005 0.002 0.007 0.001 0.001 21 K 0.652 0.060 0.131 0.107 0.014 0.013 0.008 0.002 0.010 0.003 0.001 22 N 0.400 0.040 0.173 0.134 0.027 0.069 0.097 0.018 0.032 0.009 0.001 23 E 0.850 0.016 0.053 0.054 0.004 0.008 0.007 0.002 0.003 0.002 0.001 24 K 0.862 0.016 0.050 0.050 0.005 0.005 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 25 E 0.862 0.018 0.045 0.055 0.004 0.006 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 26 R 0.870 0.029 0.045 0.029 0.006 0.004 0.006 0.004 0.003 0.002 0.001 27 E 0.935 0.014 0.024 0.015 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 28 I 0.929 0.020 0.019 0.021 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 29 K 0.872 0.026 0.030 0.040 0.006 0.009 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 30 R 0.815 0.039 0.046 0.073 0.005 0.008 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 31 R 0.526 0.113 0.101 0.158 0.026 0.017 0.034 0.006 0.017 0.001 0.001 32 K 0.529 0.105 0.132 0.144 0.010 0.035 0.026 0.001 0.017 0.001 0.001 33 F 0.189 0.316 0.231 0.146 0.043 0.042 0.005 0.001 0.024 0.002 0.001 34 D 0.038 0.167 0.369 0.007 0.041 0.071 0.032 0.001 0.271 0.003 0.001 35 P 0.522 0.007 0.352 0.051 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 36 S 0.408 0.110 0.239 0.104 0.064 0.017 0.008 0.016 0.022 0.011 0.001 37 S 0.333 0.055 0.385 0.136 0.028 0.029 0.007 0.006 0.009 0.008 0.004 38 S 0.432 0.087 0.143 0.191 0.042 0.019 0.025 0.028 0.018 0.015 0.001 39 E 0.435 0.076 0.179 0.225 0.027 0.010 0.023 0.008 0.008 0.009 0.001 40 N 0.137 0.030 0.074 0.264 0.019 0.043 0.334 0.075 0.019 0.002 0.001 41 V 0.157 0.251 0.334 0.139 0.036 0.041 0.018 0.005 0.017 0.002 0.001 42 M 0.118 0.324 0.342 0.116 0.027 0.047 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 43 T 0.022 0.279 0.540 0.004 0.046 0.019 0.003 0.001 0.084 0.002 0.001 44 P 0.728 0.003 0.245 0.010 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 45 R 0.875 0.012 0.043 0.048 0.003 0.004 0.004 0.005 0.004 0.002 0.001 46 E 0.759 0.036 0.131 0.047 0.005 0.011 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 47 Q 0.799 0.035 0.083 0.057 0.006 0.009 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 48 Y 0.752 0.056 0.067 0.060 0.030 0.009 0.010 0.008 0.004 0.004 0.001 49 E 0.832 0.059 0.047 0.030 0.012 0.009 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 50 T 0.894 0.038 0.020 0.034 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 51 Q 0.907 0.035 0.024 0.019 0.005 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 52 V 0.905 0.035 0.027 0.020 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 53 A 0.905 0.012 0.040 0.024 0.002 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 54 L 0.841 0.021 0.046 0.078 0.004 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 55 N 0.834 0.018 0.040 0.074 0.005 0.007 0.013 0.003 0.003 0.002 0.001 56 E 0.641 0.027 0.052 0.254 0.008 0.008 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 57 S 0.502 0.029 0.291 0.060 0.041 0.020 0.014 0.019 0.008 0.015 0.001 58 E 0.880 0.007 0.022 0.066 0.003 0.010 0.004 0.002 0.004 0.002 0.001 59 K 0.934 0.006 0.012 0.042 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.956 0.003 0.012 0.018 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 61 Q 0.965 0.004 0.006 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 W 0.988 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 Y 0.951 0.001 0.002 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 K 0.981 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 68 K 0.920 0.006 0.008 0.063 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 H 0.548 0.022 0.063 0.331 0.005 0.010 0.012 0.001 0.006 0.001 0.001 70 F 0.066 0.208 0.373 0.015 0.018 0.019 0.011 0.001 0.286 0.001 0.001 71 P 0.161 0.004 0.786 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.005 0.016 0.015 72 P 0.696 0.001 0.245 0.021 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 73 N 0.147 0.020 0.065 0.436 0.015 0.157 0.056 0.018 0.086 0.001 0.001 74 L 0.496 0.075 0.184 0.172 0.009 0.043 0.009 0.001 0.010 0.001 0.001 75 E 0.669 0.065 0.095 0.116 0.011 0.017 0.015 0.004 0.007 0.002 0.001 76 K 0.316 0.109 0.174 0.354 0.023 0.008 0.004 0.002 0.011 0.001 0.001 77 G 0.093 0.012 0.113 0.032 0.063 0.003 0.074 0.449 0.003 0.156 0.001 78 E 0.335 0.164 0.230 0.189 0.017 0.047 0.002 0.001 0.011 0.002 0.001 79 N 0.027 0.169 0.289 0.023 0.047 0.096 0.049 0.001 0.294 0.005 0.001 80 P 0.662 0.007 0.218 0.066 0.002 0.017 0.003 0.002 0.002 0.003 0.019