# TARGET T0235 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0235.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.095 0.200 0.141 0.037 0.180 0.024 0.034 0.124 0.061 0.062 0.042 2 E 0.091 0.113 0.055 0.033 0.128 0.057 0.082 0.225 0.096 0.068 0.051 3 Y 0.106 0.137 0.103 0.027 0.149 0.014 0.022 0.168 0.078 0.133 0.062 4 A 0.075 0.150 0.048 0.016 0.127 0.016 0.028 0.320 0.124 0.067 0.030 5 A 0.066 0.059 0.028 0.033 0.093 0.039 0.038 0.358 0.170 0.079 0.038 6 E 0.036 0.119 0.060 0.030 0.101 0.019 0.046 0.418 0.108 0.049 0.014 7 K 0.128 0.096 0.026 0.006 0.148 0.006 0.017 0.326 0.107 0.093 0.048 8 V 0.089 0.245 0.033 0.010 0.230 0.014 0.017 0.221 0.081 0.031 0.030 9 K 0.074 0.243 0.091 0.007 0.208 0.004 0.016 0.284 0.036 0.013 0.025 10 V 0.037 0.034 0.020 0.006 0.042 0.008 0.012 0.662 0.117 0.046 0.017 11 R 0.005 0.012 0.005 0.007 0.014 0.008 0.012 0.799 0.127 0.007 0.003 12 D 0.002 0.005 0.005 0.007 0.004 0.008 0.019 0.824 0.108 0.015 0.003 13 E 0.004 0.006 0.003 0.001 0.006 0.003 0.025 0.817 0.089 0.043 0.003 14 L 0.010 0.019 0.005 0.003 0.012 0.005 0.012 0.714 0.145 0.067 0.009 15 R 0.008 0.107 0.022 0.007 0.030 0.008 0.033 0.658 0.102 0.021 0.005 16 K 0.027 0.030 0.011 0.005 0.035 0.007 0.038 0.642 0.092 0.092 0.023 17 V 0.017 0.064 0.030 0.011 0.043 0.025 0.048 0.600 0.102 0.044 0.015 18 E 0.059 0.024 0.007 0.003 0.053 0.004 0.011 0.643 0.119 0.040 0.038 19 K 0.003 0.019 0.011 0.006 0.008 0.014 0.023 0.750 0.129 0.033 0.005 20 E 0.028 0.043 0.014 0.007 0.043 0.008 0.026 0.670 0.081 0.067 0.014 21 K 0.015 0.094 0.043 0.008 0.034 0.011 0.033 0.598 0.106 0.051 0.007 22 N 0.024 0.067 0.025 0.011 0.038 0.016 0.030 0.607 0.082 0.078 0.022 23 E 0.029 0.092 0.026 0.013 0.060 0.015 0.025 0.594 0.079 0.049 0.018 24 K 0.017 0.044 0.025 0.007 0.028 0.010 0.018 0.698 0.082 0.056 0.014 25 E 0.013 0.012 0.005 0.003 0.017 0.005 0.006 0.795 0.099 0.034 0.009 26 R 0.009 0.028 0.010 0.003 0.016 0.004 0.008 0.843 0.067 0.009 0.004 27 E 0.008 0.009 0.005 0.004 0.017 0.006 0.011 0.815 0.087 0.032 0.005 28 I 0.014 0.036 0.018 0.009 0.032 0.009 0.023 0.743 0.092 0.020 0.006 29 K 0.030 0.028 0.009 0.006 0.035 0.006 0.022 0.564 0.153 0.128 0.018 30 R 0.024 0.094 0.032 0.017 0.069 0.022 0.050 0.436 0.156 0.084 0.015 31 R 0.046 0.115 0.049 0.018 0.106 0.013 0.035 0.326 0.153 0.108 0.032 32 K 0.061 0.052 0.029 0.013 0.106 0.017 0.088 0.336 0.137 0.131 0.031 33 F 0.129 0.161 0.048 0.019 0.268 0.022 0.035 0.104 0.061 0.101 0.052 34 D 0.095 0.237 0.108 0.033 0.275 0.015 0.026 0.085 0.047 0.044 0.034 35 P 0.109 0.169 0.070 0.011 0.202 0.008 0.021 0.136 0.118 0.113 0.043 36 S 0.045 0.316 0.207 0.044 0.161 0.020 0.034 0.093 0.042 0.023 0.014 37 S 0.141 0.219 0.095 0.013 0.200 0.013 0.032 0.101 0.063 0.071 0.053 38 S 0.088 0.100 0.088 0.048 0.108 0.039 0.034 0.150 0.145 0.128 0.073 39 E 0.016 0.086 0.048 0.097 0.038 0.155 0.209 0.171 0.104 0.064 0.012 40 N 0.044 0.045 0.049 0.076 0.048 0.029 0.019 0.052 0.077 0.455 0.106 41 V 0.114 0.170 0.069 0.032 0.190 0.021 0.039 0.093 0.067 0.144 0.062 42 M 0.129 0.210 0.112 0.046 0.225 0.018 0.022 0.042 0.023 0.095 0.078 43 T 0.017 0.439 0.364 0.056 0.063 0.011 0.005 0.020 0.006 0.011 0.009 44 P 0.030 0.034 0.029 0.009 0.035 0.010 0.014 0.590 0.176 0.053 0.021 45 R 0.003 0.010 0.006 0.001 0.005 0.002 0.006 0.785 0.152 0.023 0.007 46 E 0.002 0.012 0.004 0.001 0.007 0.002 0.005 0.870 0.083 0.014 0.001 47 Q 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.902 0.077 0.005 0.001 48 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.931 0.054 0.003 0.001 49 E 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.940 0.040 0.004 0.001 50 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.928 0.062 0.003 0.001 51 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.905 0.077 0.004 0.001 52 V 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.010 0.911 0.059 0.006 0.001 53 A 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.011 0.860 0.094 0.019 0.001 54 L 0.002 0.014 0.007 0.003 0.009 0.005 0.016 0.790 0.140 0.012 0.002 55 N 0.006 0.012 0.004 0.003 0.008 0.007 0.028 0.807 0.093 0.028 0.005 56 E 0.009 0.030 0.016 0.009 0.019 0.030 0.041 0.650 0.110 0.075 0.010 57 S 0.020 0.085 0.036 0.009 0.046 0.007 0.015 0.636 0.093 0.036 0.019 58 E 0.007 0.017 0.007 0.002 0.010 0.003 0.008 0.751 0.141 0.047 0.008 59 K 0.002 0.011 0.003 0.001 0.005 0.003 0.008 0.875 0.074 0.016 0.002 60 D 0.002 0.006 0.002 0.001 0.005 0.003 0.008 0.885 0.077 0.008 0.002 61 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.926 0.049 0.006 0.001 62 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.920 0.059 0.013 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.909 0.080 0.005 0.001 64 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.929 0.055 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.881 0.078 0.017 0.001 66 Y 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.007 0.771 0.175 0.030 0.003 67 K 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 0.003 0.025 0.660 0.262 0.032 0.002 68 K 0.002 0.012 0.004 0.004 0.008 0.009 0.165 0.627 0.141 0.027 0.002 69 H 0.022 0.022 0.019 0.015 0.021 0.029 0.190 0.337 0.141 0.185 0.020 70 F 0.054 0.229 0.123 0.028 0.139 0.010 0.031 0.159 0.075 0.096 0.056 71 P 0.031 0.108 0.050 0.017 0.086 0.009 0.020 0.412 0.184 0.065 0.019 72 P 0.007 0.050 0.032 0.007 0.035 0.023 0.107 0.468 0.210 0.057 0.005 73 N 0.135 0.040 0.020 0.004 0.158 0.005 0.025 0.218 0.133 0.209 0.052 74 L 0.038 0.086 0.025 0.006 0.065 0.005 0.020 0.330 0.283 0.116 0.027 75 E 0.019 0.064 0.095 0.074 0.041 0.063 0.131 0.299 0.092 0.109 0.012 76 K 0.028 0.267 0.109 0.058 0.094 0.060 0.142 0.130 0.047 0.049 0.016 77 G 0.051 0.031 0.049 0.073 0.052 0.032 0.023 0.078 0.057 0.350 0.203 78 E 0.092 0.131 0.121 0.067 0.126 0.072 0.077 0.118 0.076 0.073 0.049 79 N 0.114 0.191 0.132 0.034 0.226 0.013 0.018 0.059 0.039 0.092 0.082 80 P 0.047 0.165 0.093 0.040 0.110 0.030 0.057 0.174 0.140 0.114 0.029