# TARGET T0235 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0235.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.391 0.311 0.167 0.095 0.030 0.005 0.001 2 E 0.283 0.282 0.218 0.140 0.063 0.013 0.001 3 Y 0.188 0.179 0.171 0.213 0.170 0.072 0.006 4 A 0.145 0.194 0.222 0.227 0.159 0.049 0.003 5 A 0.246 0.309 0.223 0.150 0.055 0.015 0.002 6 E 0.177 0.246 0.208 0.218 0.113 0.034 0.004 7 K 0.122 0.177 0.184 0.216 0.200 0.094 0.009 8 V 0.138 0.201 0.240 0.241 0.142 0.037 0.002 9 K 0.182 0.351 0.288 0.139 0.034 0.005 0.001 10 V 0.119 0.134 0.133 0.216 0.259 0.132 0.007 11 R 0.168 0.229 0.239 0.232 0.106 0.024 0.001 12 D 0.418 0.391 0.140 0.041 0.008 0.001 0.001 13 E 0.374 0.280 0.204 0.113 0.026 0.002 0.001 14 L 0.393 0.180 0.135 0.161 0.106 0.024 0.001 15 R 0.511 0.286 0.141 0.053 0.008 0.001 0.001 16 K 0.709 0.238 0.045 0.006 0.001 0.001 0.001 17 V 0.362 0.227 0.200 0.160 0.046 0.004 0.001 18 E 0.607 0.245 0.104 0.037 0.007 0.001 0.001 19 K 0.705 0.212 0.064 0.017 0.003 0.001 0.001 20 E 0.839 0.129 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 21 K 0.762 0.155 0.055 0.022 0.005 0.001 0.001 22 N 0.830 0.126 0.033 0.009 0.001 0.001 0.001 23 E 0.837 0.125 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 24 K 0.759 0.186 0.040 0.012 0.003 0.001 0.001 25 E 0.622 0.221 0.105 0.042 0.008 0.001 0.001 26 R 0.717 0.191 0.063 0.024 0.005 0.001 0.001 27 E 0.616 0.240 0.088 0.043 0.012 0.001 0.001 28 I 0.477 0.288 0.148 0.067 0.017 0.002 0.001 29 K 0.533 0.256 0.121 0.068 0.019 0.003 0.001 30 R 0.586 0.232 0.112 0.055 0.014 0.002 0.001 31 R 0.641 0.211 0.087 0.043 0.014 0.002 0.001 32 K 0.443 0.304 0.155 0.075 0.020 0.003 0.001 33 F 0.208 0.157 0.187 0.243 0.160 0.042 0.003 34 D 0.431 0.307 0.151 0.078 0.027 0.006 0.001 35 P 0.453 0.262 0.151 0.093 0.034 0.007 0.001 36 S 0.506 0.248 0.119 0.083 0.036 0.008 0.001 37 S 0.629 0.222 0.096 0.038 0.012 0.003 0.001 38 S 0.676 0.159 0.089 0.056 0.017 0.003 0.001 39 E 0.839 0.117 0.028 0.011 0.004 0.001 0.001 40 N 0.738 0.172 0.058 0.025 0.006 0.001 0.001 41 V 0.651 0.218 0.085 0.035 0.009 0.002 0.001 42 M 0.487 0.226 0.140 0.100 0.037 0.009 0.001 43 T 0.494 0.265 0.124 0.072 0.032 0.010 0.002 44 P 0.554 0.222 0.125 0.068 0.026 0.005 0.001 45 R 0.623 0.239 0.087 0.039 0.010 0.002 0.001 46 E 0.502 0.226 0.126 0.093 0.041 0.010 0.001 47 Q 0.613 0.224 0.105 0.044 0.011 0.002 0.001 48 Y 0.560 0.269 0.105 0.048 0.015 0.002 0.001 49 E 0.509 0.245 0.127 0.077 0.034 0.008 0.001 50 T 0.329 0.204 0.161 0.180 0.096 0.028 0.002 51 Q 0.506 0.299 0.124 0.053 0.015 0.003 0.001 52 V 0.512 0.259 0.137 0.061 0.024 0.005 0.001 53 A 0.425 0.174 0.129 0.134 0.101 0.036 0.002 54 L 0.415 0.218 0.173 0.126 0.055 0.013 0.001 55 N 0.519 0.297 0.120 0.049 0.012 0.003 0.001 56 E 0.387 0.277 0.170 0.111 0.044 0.009 0.001 57 S 0.509 0.255 0.135 0.069 0.025 0.006 0.001 58 E 0.403 0.345 0.154 0.077 0.019 0.002 0.001 59 K 0.275 0.300 0.238 0.137 0.043 0.006 0.001 60 D 0.614 0.285 0.077 0.020 0.004 0.001 0.001 61 Q 0.328 0.450 0.174 0.041 0.006 0.001 0.001 62 W 0.037 0.064 0.121 0.287 0.381 0.108 0.003 63 L 0.056 0.147 0.241 0.334 0.186 0.036 0.001 64 E 0.326 0.485 0.146 0.035 0.006 0.001 0.001 65 E 0.060 0.237 0.382 0.250 0.064 0.007 0.001 66 Y 0.026 0.041 0.083 0.272 0.422 0.152 0.004 67 K 0.143 0.291 0.302 0.198 0.055 0.010 0.001 68 K 0.523 0.384 0.076 0.014 0.002 0.001 0.001 69 H 0.199 0.333 0.282 0.147 0.035 0.004 0.001 70 F 0.121 0.143 0.222 0.305 0.178 0.031 0.001 71 P 0.543 0.237 0.120 0.070 0.026 0.004 0.001 72 P 0.585 0.292 0.090 0.028 0.005 0.001 0.001 73 N 0.433 0.297 0.164 0.081 0.021 0.003 0.001 74 L 0.174 0.140 0.209 0.260 0.186 0.029 0.001 75 E 0.660 0.220 0.078 0.034 0.007 0.001 0.001 76 K 0.760 0.184 0.045 0.009 0.001 0.001 0.001 77 G 0.750 0.171 0.051 0.021 0.006 0.001 0.001 78 E 0.667 0.185 0.087 0.045 0.014 0.002 0.001 79 N 0.749 0.151 0.063 0.029 0.007 0.001 0.001 80 P 0.757 0.159 0.051 0.024 0.008 0.001 0.001