# TARGET T0235 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0235.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.28994 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.022 0.008 0.204 0.148 0.269 0.349 2 E 0.032 0.011 0.371 0.179 0.232 0.176 3 Y 0.041 0.009 0.501 0.138 0.207 0.105 4 A 0.090 0.012 0.239 0.195 0.257 0.207 5 A 0.150 0.007 0.159 0.148 0.292 0.243 6 E 0.324 0.006 0.074 0.143 0.201 0.251 7 K 0.629 0.010 0.021 0.107 0.068 0.166 8 V 0.767 0.013 0.006 0.063 0.030 0.121 9 K 0.778 0.008 0.003 0.052 0.018 0.140 10 V 0.628 0.005 0.012 0.224 0.023 0.108 11 R 0.380 0.004 0.033 0.360 0.078 0.144 12 D 0.231 0.004 0.099 0.401 0.177 0.088 13 E 0.086 0.003 0.118 0.642 0.108 0.043 14 L 0.053 0.003 0.072 0.761 0.069 0.041 15 R 0.045 0.003 0.045 0.725 0.073 0.109 16 K 0.056 0.007 0.029 0.622 0.080 0.206 17 V 0.057 0.011 0.020 0.596 0.116 0.199 18 E 0.065 0.009 0.035 0.414 0.199 0.278 19 K 0.038 0.007 0.055 0.526 0.204 0.170 20 E 0.034 0.010 0.063 0.502 0.230 0.161 21 K 0.010 0.005 0.059 0.548 0.211 0.166 22 N 0.008 0.004 0.025 0.336 0.212 0.415 23 E 0.004 0.002 0.032 0.752 0.105 0.104 24 K 0.009 0.003 0.018 0.836 0.058 0.077 25 E 0.010 0.002 0.017 0.877 0.049 0.044 26 R 0.026 0.003 0.022 0.847 0.053 0.049 27 E 0.030 0.004 0.023 0.855 0.054 0.035 28 I 0.025 0.003 0.029 0.814 0.074 0.055 29 K 0.018 0.003 0.028 0.775 0.068 0.109 30 R 0.024 0.006 0.046 0.720 0.077 0.127 31 R 0.036 0.008 0.040 0.596 0.089 0.231 32 K 0.052 0.016 0.037 0.253 0.143 0.498 33 F 0.038 0.025 0.010 0.048 0.137 0.743 34 D 0.023 0.011 0.007 0.014 0.209 0.736 35 P 0.011 0.007 0.025 0.016 0.298 0.643 36 S 0.013 0.018 0.034 0.011 0.372 0.552 37 S 0.015 0.024 0.067 0.013 0.554 0.327 38 S 0.011 0.012 0.228 0.028 0.448 0.273 39 E 0.018 0.011 0.266 0.035 0.452 0.218 40 N 0.039 0.014 0.208 0.031 0.463 0.245 41 V 0.081 0.023 0.039 0.026 0.304 0.527 42 M 0.107 0.060 0.010 0.025 0.180 0.619 43 T 0.063 0.034 0.003 0.022 0.155 0.723 44 P 0.016 0.007 0.023 0.346 0.160 0.449 45 R 0.002 0.001 0.048 0.888 0.034 0.027 46 E 0.003 0.001 0.056 0.904 0.024 0.012 47 Q 0.006 0.001 0.047 0.892 0.032 0.022 48 Y 0.010 0.002 0.028 0.902 0.032 0.027 49 E 0.008 0.002 0.016 0.939 0.021 0.015 50 T 0.011 0.002 0.015 0.926 0.024 0.021 51 Q 0.010 0.001 0.023 0.914 0.031 0.021 52 V 0.009 0.001 0.023 0.922 0.027 0.018 53 A 0.009 0.003 0.031 0.864 0.060 0.032 54 L 0.005 0.003 0.025 0.805 0.096 0.067 55 N 0.005 0.002 0.031 0.610 0.139 0.214 56 E 0.010 0.008 0.020 0.446 0.171 0.345 57 S 0.005 0.006 0.005 0.416 0.096 0.471 58 E 0.001 0.001 0.013 0.957 0.013 0.017 59 K 0.001 0.001 0.015 0.960 0.013 0.011 60 D 0.001 0.001 0.020 0.937 0.027 0.015 61 Q 0.001 0.001 0.015 0.958 0.014 0.011 62 W 0.001 0.001 0.005 0.983 0.004 0.005 63 L 0.001 0.001 0.004 0.986 0.004 0.005 64 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.003 65 E 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 66 Y 0.001 0.001 0.007 0.986 0.004 0.003 67 K 0.001 0.001 0.025 0.945 0.018 0.012 68 K 0.001 0.001 0.017 0.926 0.030 0.026 69 H 0.001 0.002 0.015 0.761 0.062 0.159 70 F 0.001 0.003 0.004 0.033 0.160 0.800 71 P 0.001 0.003 0.044 0.040 0.335 0.577 72 P 0.004 0.011 0.210 0.069 0.418 0.288 73 N 0.005 0.014 0.199 0.068 0.538 0.175 74 L 0.003 0.007 0.422 0.119 0.399 0.049 75 E 0.007 0.009 0.170 0.150 0.565 0.100 76 K 0.005 0.005 0.129 0.111 0.663 0.087 77 G 0.012 0.012 0.011 0.013 0.540 0.412 78 E 0.021 0.067 0.008 0.021 0.224 0.660 79 N 0.012 0.028 0.002 0.004 0.274 0.679 80 P 0.004 0.004 0.007 0.014 0.224 0.747