# TARGET T0235 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0235.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.28994 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.009 0.625 0.001 0.012 0.245 0.001 0.001 0.001 0.058 0.032 0.003 0.013 2 E 0.003 0.011 0.094 0.001 0.085 0.614 0.001 0.001 0.001 0.026 0.142 0.009 0.014 3 Y 0.009 0.008 0.075 0.004 0.104 0.622 0.002 0.001 0.001 0.031 0.116 0.010 0.017 4 A 0.007 0.008 0.086 0.004 0.070 0.698 0.001 0.001 0.003 0.018 0.074 0.011 0.017 5 A 0.007 0.004 0.071 0.009 0.054 0.714 0.002 0.001 0.004 0.032 0.080 0.008 0.015 6 E 0.009 0.003 0.107 0.006 0.047 0.643 0.002 0.001 0.004 0.061 0.080 0.015 0.024 7 K 0.021 0.003 0.047 0.003 0.024 0.767 0.004 0.002 0.009 0.024 0.032 0.014 0.050 8 V 0.013 0.003 0.067 0.002 0.004 0.784 0.006 0.003 0.018 0.021 0.010 0.044 0.024 9 K 0.026 0.006 0.072 0.001 0.003 0.746 0.008 0.002 0.018 0.010 0.009 0.046 0.052 10 V 0.019 0.003 0.042 0.002 0.005 0.848 0.006 0.004 0.012 0.004 0.014 0.010 0.033 11 R 0.014 0.002 0.036 0.007 0.020 0.860 0.002 0.001 0.004 0.010 0.021 0.010 0.013 12 D 0.005 0.001 0.015 0.002 0.043 0.864 0.001 0.001 0.002 0.010 0.042 0.007 0.009 13 E 0.003 0.001 0.020 0.001 0.040 0.864 0.001 0.001 0.002 0.010 0.045 0.005 0.007 14 L 0.003 0.004 0.064 0.002 0.027 0.822 0.001 0.001 0.006 0.014 0.039 0.003 0.014 15 R 0.006 0.006 0.093 0.011 0.024 0.684 0.002 0.001 0.007 0.058 0.064 0.033 0.013 16 K 0.010 0.004 0.098 0.003 0.018 0.707 0.002 0.001 0.007 0.029 0.054 0.011 0.054 17 V 0.012 0.007 0.143 0.002 0.018 0.676 0.003 0.002 0.012 0.038 0.030 0.025 0.031 18 E 0.008 0.004 0.175 0.002 0.013 0.661 0.004 0.002 0.012 0.027 0.035 0.013 0.043 19 K 0.008 0.007 0.106 0.004 0.030 0.639 0.003 0.001 0.008 0.063 0.071 0.032 0.029 20 E 0.006 0.004 0.161 0.002 0.030 0.597 0.002 0.001 0.006 0.048 0.107 0.014 0.024 21 K 0.002 0.009 0.139 0.002 0.027 0.474 0.001 0.001 0.002 0.059 0.259 0.011 0.015 22 N 0.001 0.007 0.224 0.001 0.019 0.350 0.001 0.001 0.001 0.085 0.299 0.005 0.008 23 E 0.001 0.003 0.295 0.001 0.020 0.390 0.001 0.001 0.001 0.116 0.164 0.003 0.006 24 K 0.001 0.004 0.148 0.001 0.022 0.699 0.001 0.001 0.001 0.052 0.062 0.006 0.005 25 E 0.003 0.004 0.095 0.001 0.024 0.779 0.001 0.001 0.001 0.032 0.030 0.006 0.024 26 R 0.012 0.005 0.056 0.003 0.016 0.822 0.002 0.001 0.002 0.019 0.018 0.027 0.017 27 E 0.022 0.006 0.065 0.003 0.016 0.755 0.003 0.001 0.005 0.017 0.027 0.020 0.058 28 I 0.019 0.009 0.078 0.006 0.022 0.697 0.003 0.001 0.005 0.028 0.059 0.036 0.036 29 K 0.022 0.007 0.134 0.005 0.027 0.574 0.003 0.001 0.004 0.031 0.110 0.036 0.046 30 R 0.014 0.011 0.109 0.004 0.059 0.518 0.001 0.001 0.002 0.071 0.158 0.017 0.035 31 R 0.010 0.011 0.178 0.003 0.063 0.400 0.002 0.001 0.003 0.106 0.165 0.037 0.022 32 K 0.011 0.021 0.242 0.003 0.067 0.209 0.003 0.001 0.005 0.126 0.226 0.021 0.066 33 F 0.003 0.045 0.580 0.004 0.014 0.060 0.001 0.001 0.003 0.190 0.057 0.018 0.023 34 D 0.001 0.009 0.876 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.076 0.014 0.004 0.004 35 P 0.001 0.010 0.546 0.002 0.086 0.032 0.001 0.001 0.002 0.163 0.144 0.001 0.014 36 S 0.001 0.014 0.559 0.003 0.066 0.020 0.001 0.001 0.001 0.236 0.093 0.005 0.003 37 S 0.001 0.013 0.689 0.001 0.085 0.026 0.001 0.001 0.002 0.137 0.043 0.001 0.004 38 S 0.001 0.023 0.416 0.002 0.109 0.080 0.001 0.001 0.006 0.173 0.174 0.004 0.012 39 E 0.001 0.031 0.233 0.004 0.100 0.077 0.001 0.001 0.013 0.263 0.252 0.014 0.011 40 N 0.002 0.026 0.356 0.005 0.071 0.064 0.001 0.002 0.024 0.179 0.230 0.012 0.028 41 V 0.004 0.069 0.532 0.002 0.018 0.026 0.003 0.001 0.029 0.142 0.081 0.028 0.064 42 M 0.004 0.094 0.520 0.002 0.004 0.024 0.002 0.002 0.019 0.215 0.045 0.038 0.031 43 T 0.001 0.021 0.772 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.003 0.172 0.004 0.006 0.007 44 P 0.001 0.002 0.150 0.001 0.019 0.708 0.001 0.001 0.001 0.028 0.089 0.001 0.002 45 R 0.001 0.001 0.014 0.001 0.030 0.891 0.001 0.001 0.001 0.008 0.053 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.014 0.001 0.024 0.937 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.001 0.001 47 Q 0.001 0.001 0.012 0.001 0.008 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 48 Y 0.001 0.002 0.014 0.001 0.006 0.956 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.002 49 E 0.003 0.002 0.013 0.001 0.004 0.942 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.002 0.005 50 T 0.003 0.001 0.016 0.001 0.003 0.954 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.003 0.003 51 Q 0.001 0.001 0.014 0.001 0.006 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.002 0.003 52 V 0.001 0.001 0.015 0.001 0.009 0.928 0.001 0.001 0.001 0.009 0.030 0.003 0.002 53 A 0.002 0.001 0.027 0.001 0.017 0.876 0.001 0.001 0.001 0.008 0.061 0.001 0.005 54 L 0.001 0.003 0.032 0.001 0.026 0.807 0.001 0.001 0.001 0.020 0.106 0.002 0.002 55 N 0.001 0.003 0.084 0.001 0.031 0.615 0.001 0.001 0.001 0.026 0.236 0.001 0.003 56 E 0.001 0.003 0.131 0.001 0.024 0.636 0.001 0.001 0.001 0.077 0.124 0.001 0.002 57 S 0.001 0.004 0.151 0.001 0.011 0.703 0.001 0.001 0.001 0.082 0.046 0.001 0.001 58 E 0.001 0.002 0.049 0.001 0.019 0.861 0.001 0.001 0.001 0.025 0.043 0.001 0.001 59 K 0.001 0.001 0.015 0.001 0.008 0.951 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.001 0.001 60 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 61 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 62 W 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 64 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 66 Y 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 67 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.036 0.917 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.001 0.001 68 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.037 0.815 0.001 0.001 0.001 0.006 0.134 0.001 0.001 69 H 0.001 0.002 0.028 0.001 0.043 0.607 0.001 0.001 0.001 0.042 0.277 0.001 0.001 70 F 0.001 0.016 0.437 0.001 0.003 0.049 0.001 0.001 0.002 0.465 0.027 0.001 0.001 71 P 0.001 0.005 0.878 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.081 0.017 0.001 0.001 72 P 0.001 0.011 0.086 0.001 0.119 0.035 0.001 0.001 0.001 0.124 0.622 0.001 0.001 73 N 0.001 0.010 0.078 0.001 0.152 0.018 0.001 0.001 0.001 0.049 0.689 0.001 0.001 74 L 0.001 0.050 0.572 0.001 0.101 0.042 0.001 0.001 0.006 0.146 0.072 0.002 0.006 75 E 0.001 0.049 0.522 0.002 0.074 0.047 0.001 0.001 0.008 0.131 0.145 0.012 0.007 76 K 0.001 0.012 0.067 0.001 0.102 0.040 0.001 0.001 0.002 0.115 0.654 0.002 0.004 77 G 0.001 0.007 0.161 0.001 0.056 0.013 0.001 0.001 0.001 0.092 0.660 0.004 0.004 78 E 0.001 0.052 0.600 0.001 0.037 0.019 0.001 0.001 0.003 0.171 0.088 0.007 0.020 79 N 0.001 0.036 0.795 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.125 0.015 0.006 0.008 80 P 0.001 0.007 0.784 0.002 0.023 0.021 0.001 0.001 0.001 0.078 0.080 0.002 0.004