# TARGET T0235 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0235.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.28994 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.301 0.172 0.098 0.148 0.093 0.069 0.057 0.029 0.019 0.009 0.004 2 E 0.536 0.152 0.101 0.094 0.048 0.026 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 3 Y 0.067 0.097 0.164 0.200 0.153 0.121 0.118 0.044 0.022 0.010 0.005 4 A 0.042 0.030 0.074 0.071 0.069 0.113 0.224 0.155 0.105 0.076 0.040 5 A 0.032 0.045 0.388 0.280 0.148 0.064 0.033 0.007 0.003 0.001 0.001 6 E 0.069 0.090 0.545 0.172 0.062 0.035 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 7 K 0.023 0.051 0.389 0.163 0.102 0.103 0.104 0.036 0.019 0.009 0.002 8 V 0.020 0.031 0.355 0.073 0.063 0.078 0.197 0.088 0.056 0.027 0.010 9 K 0.028 0.068 0.703 0.152 0.039 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 V 0.010 0.046 0.610 0.080 0.051 0.050 0.075 0.034 0.023 0.014 0.006 11 R 0.011 0.037 0.570 0.126 0.086 0.071 0.072 0.017 0.007 0.002 0.001 12 D 0.153 0.098 0.614 0.091 0.027 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.027 0.030 0.634 0.165 0.078 0.041 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 14 L 0.007 0.012 0.690 0.047 0.033 0.037 0.083 0.038 0.029 0.017 0.006 15 R 0.004 0.010 0.548 0.124 0.091 0.083 0.102 0.027 0.008 0.002 0.001 16 K 0.003 0.016 0.858 0.085 0.028 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 V 0.008 0.027 0.588 0.055 0.064 0.079 0.122 0.034 0.015 0.006 0.002 18 E 0.022 0.030 0.835 0.058 0.025 0.011 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 19 K 0.020 0.048 0.741 0.092 0.052 0.021 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 20 E 0.030 0.057 0.801 0.082 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 K 0.080 0.074 0.673 0.067 0.045 0.030 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 22 N 0.134 0.093 0.676 0.058 0.019 0.009 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 23 E 0.047 0.049 0.729 0.090 0.041 0.022 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 24 K 0.060 0.079 0.728 0.084 0.027 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 25 E 0.041 0.032 0.776 0.093 0.033 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 26 R 0.019 0.035 0.749 0.080 0.049 0.033 0.027 0.005 0.002 0.001 0.001 27 E 0.014 0.020 0.779 0.060 0.035 0.033 0.039 0.012 0.005 0.002 0.001 28 I 0.005 0.013 0.702 0.084 0.080 0.051 0.044 0.013 0.005 0.002 0.001 29 K 0.013 0.042 0.723 0.088 0.057 0.032 0.028 0.010 0.004 0.002 0.001 30 R 0.010 0.028 0.484 0.177 0.156 0.070 0.044 0.016 0.009 0.004 0.001 31 R 0.045 0.074 0.480 0.097 0.098 0.074 0.081 0.028 0.014 0.006 0.002 32 K 0.032 0.080 0.509 0.171 0.099 0.049 0.040 0.012 0.006 0.002 0.001 33 F 0.031 0.037 0.149 0.056 0.073 0.078 0.178 0.129 0.121 0.101 0.047 34 D 0.113 0.287 0.237 0.176 0.089 0.037 0.030 0.013 0.009 0.005 0.003 35 P 0.243 0.130 0.136 0.126 0.100 0.082 0.086 0.039 0.031 0.018 0.008 36 S 0.256 0.143 0.046 0.105 0.093 0.079 0.097 0.064 0.054 0.039 0.024 37 S 0.330 0.217 0.092 0.150 0.084 0.050 0.035 0.018 0.013 0.007 0.004 38 S 0.386 0.133 0.051 0.096 0.079 0.065 0.073 0.045 0.038 0.022 0.012 39 E 0.395 0.180 0.088 0.131 0.072 0.047 0.040 0.021 0.015 0.009 0.004 40 N 0.165 0.124 0.062 0.154 0.128 0.103 0.115 0.067 0.046 0.026 0.011 41 V 0.135 0.083 0.050 0.112 0.095 0.090 0.123 0.099 0.098 0.070 0.045 42 M 0.081 0.071 0.051 0.100 0.106 0.122 0.151 0.112 0.093 0.068 0.044 43 T 0.043 0.139 0.056 0.141 0.144 0.111 0.131 0.096 0.077 0.042 0.020 44 P 0.491 0.152 0.057 0.092 0.068 0.047 0.039 0.024 0.016 0.009 0.005 45 R 0.209 0.154 0.060 0.159 0.146 0.101 0.094 0.039 0.023 0.012 0.006 46 E 0.055 0.050 0.057 0.081 0.068 0.094 0.164 0.138 0.138 0.095 0.059 47 Q 0.123 0.105 0.175 0.265 0.145 0.093 0.058 0.019 0.010 0.004 0.002 48 Y 0.126 0.116 0.346 0.154 0.078 0.066 0.066 0.026 0.014 0.005 0.002 49 E 0.027 0.032 0.173 0.114 0.088 0.119 0.180 0.110 0.080 0.050 0.027 50 T 0.011 0.012 0.134 0.053 0.052 0.083 0.249 0.152 0.121 0.086 0.048 51 Q 0.014 0.024 0.494 0.222 0.119 0.069 0.039 0.012 0.005 0.002 0.001 52 V 0.010 0.033 0.439 0.170 0.145 0.104 0.068 0.018 0.008 0.003 0.001 53 A 0.022 0.029 0.222 0.073 0.058 0.078 0.173 0.117 0.112 0.079 0.037 54 L 0.013 0.028 0.236 0.102 0.109 0.112 0.213 0.091 0.058 0.028 0.009 55 N 0.053 0.081 0.683 0.114 0.042 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 56 E 0.030 0.047 0.315 0.132 0.119 0.129 0.150 0.043 0.021 0.010 0.004 57 S 0.091 0.069 0.282 0.072 0.060 0.060 0.153 0.092 0.069 0.037 0.014 58 E 0.089 0.147 0.362 0.183 0.101 0.062 0.037 0.011 0.005 0.002 0.001 59 K 0.013 0.056 0.247 0.142 0.150 0.149 0.149 0.052 0.026 0.013 0.003 60 D 0.120 0.085 0.359 0.171 0.110 0.070 0.058 0.016 0.008 0.003 0.001 61 Q 0.081 0.069 0.435 0.240 0.108 0.039 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 62 W 0.001 0.008 0.071 0.029 0.034 0.065 0.213 0.205 0.178 0.134 0.062 63 L 0.001 0.002 0.049 0.038 0.085 0.161 0.311 0.159 0.111 0.057 0.026 64 E 0.009 0.022 0.846 0.083 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.010 0.036 0.309 0.244 0.196 0.136 0.058 0.009 0.002 0.001 0.001 66 Y 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.007 0.062 0.125 0.300 0.294 0.202 67 K 0.002 0.006 0.037 0.120 0.229 0.259 0.239 0.071 0.026 0.008 0.002 68 K 0.016 0.035 0.832 0.082 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 69 H 0.034 0.068 0.082 0.148 0.178 0.221 0.200 0.047 0.015 0.006 0.002 70 F 0.016 0.029 0.010 0.024 0.031 0.062 0.185 0.209 0.202 0.147 0.086 71 P 0.092 0.144 0.095 0.166 0.161 0.127 0.109 0.053 0.031 0.015 0.008 72 P 0.658 0.134 0.102 0.056 0.027 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 73 N 0.183 0.214 0.079 0.195 0.143 0.081 0.065 0.022 0.012 0.004 0.002 74 L 0.055 0.017 0.008 0.023 0.033 0.061 0.138 0.171 0.213 0.160 0.121 75 E 0.372 0.249 0.127 0.131 0.062 0.033 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 76 K 0.192 0.221 0.113 0.195 0.111 0.070 0.056 0.024 0.011 0.005 0.001 77 G 0.489 0.134 0.032 0.076 0.060 0.052 0.056 0.041 0.029 0.020 0.010 78 E 0.193 0.160 0.081 0.163 0.121 0.093 0.086 0.043 0.031 0.019 0.009 79 N 0.104 0.127 0.065 0.144 0.138 0.116 0.111 0.083 0.061 0.036 0.015 80 P 0.285 0.169 0.043 0.119 0.110 0.070 0.064 0.055 0.041 0.027 0.017