# TARGET T0235 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0235.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.28994 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.005 0.001 0.001 0.023 0.003 0.001 0.968 2 E 0.066 0.030 0.008 0.320 0.012 0.012 0.552 3 Y 0.113 0.020 0.028 0.471 0.057 0.028 0.284 4 A 0.097 0.005 0.067 0.565 0.035 0.039 0.192 5 A 0.085 0.006 0.072 0.656 0.049 0.036 0.096 6 E 0.179 0.007 0.065 0.464 0.105 0.089 0.092 7 K 0.344 0.009 0.024 0.353 0.052 0.091 0.127 8 V 0.467 0.020 0.002 0.152 0.034 0.009 0.316 9 K 0.604 0.020 0.004 0.102 0.023 0.014 0.233 10 V 0.435 0.021 0.014 0.294 0.037 0.030 0.169 11 R 0.145 0.008 0.075 0.509 0.056 0.038 0.168 12 D 0.064 0.003 0.208 0.542 0.056 0.072 0.056 13 E 0.059 0.004 0.172 0.556 0.028 0.105 0.075 14 L 0.082 0.012 0.095 0.592 0.028 0.061 0.130 15 R 0.098 0.006 0.041 0.615 0.036 0.089 0.115 16 K 0.147 0.007 0.039 0.626 0.032 0.073 0.077 17 V 0.150 0.012 0.024 0.640 0.035 0.036 0.104 18 E 0.132 0.008 0.021 0.588 0.031 0.034 0.186 19 K 0.043 0.003 0.027 0.718 0.037 0.044 0.129 20 E 0.027 0.003 0.022 0.738 0.029 0.067 0.114 21 K 0.018 0.003 0.018 0.715 0.039 0.121 0.087 22 N 0.022 0.003 0.019 0.551 0.049 0.155 0.201 23 E 0.016 0.002 0.020 0.599 0.079 0.123 0.161 24 K 0.021 0.004 0.018 0.641 0.055 0.106 0.155 25 E 0.026 0.005 0.021 0.749 0.032 0.069 0.098 26 R 0.048 0.005 0.016 0.734 0.033 0.056 0.109 27 E 0.107 0.012 0.021 0.643 0.034 0.034 0.149 28 I 0.142 0.021 0.037 0.547 0.047 0.049 0.157 29 K 0.130 0.009 0.058 0.443 0.058 0.112 0.191 30 R 0.121 0.010 0.110 0.308 0.111 0.104 0.235 31 R 0.102 0.009 0.116 0.228 0.142 0.173 0.230 32 K 0.121 0.031 0.084 0.128 0.175 0.197 0.264 33 F 0.073 0.051 0.017 0.041 0.266 0.051 0.501 34 D 0.023 0.015 0.008 0.004 0.070 0.018 0.862 35 P 0.018 0.021 0.097 0.025 0.129 0.297 0.413 36 S 0.016 0.017 0.130 0.028 0.172 0.279 0.358 37 S 0.015 0.013 0.190 0.043 0.215 0.176 0.348 38 S 0.024 0.019 0.169 0.097 0.137 0.202 0.353 39 E 0.042 0.029 0.189 0.100 0.183 0.200 0.257 40 N 0.086 0.022 0.123 0.074 0.183 0.201 0.311 41 V 0.104 0.028 0.033 0.051 0.122 0.123 0.538 42 M 0.092 0.044 0.008 0.070 0.152 0.060 0.574 43 T 0.046 0.015 0.001 0.027 0.157 0.004 0.750 44 P 0.014 0.005 0.016 0.716 0.040 0.103 0.107 45 R 0.005 0.001 0.015 0.870 0.013 0.081 0.015 46 E 0.012 0.003 0.014 0.896 0.012 0.018 0.046 47 Q 0.027 0.003 0.004 0.899 0.011 0.009 0.046 48 Y 0.029 0.002 0.002 0.929 0.010 0.007 0.021 49 E 0.025 0.001 0.002 0.941 0.007 0.011 0.013 50 T 0.022 0.001 0.001 0.947 0.006 0.011 0.011 51 Q 0.047 0.001 0.004 0.914 0.008 0.010 0.016 52 V 0.080 0.002 0.005 0.881 0.007 0.009 0.016 53 A 0.050 0.004 0.010 0.878 0.009 0.028 0.021 54 L 0.040 0.006 0.034 0.706 0.034 0.140 0.041 55 N 0.040 0.005 0.029 0.486 0.036 0.281 0.123 56 E 0.038 0.008 0.020 0.207 0.087 0.089 0.551 57 S 0.022 0.015 0.011 0.217 0.165 0.079 0.491 58 E 0.011 0.010 0.023 0.518 0.120 0.106 0.212 59 K 0.002 0.001 0.016 0.900 0.016 0.032 0.034 60 D 0.001 0.001 0.015 0.950 0.008 0.010 0.015 61 Q 0.001 0.001 0.015 0.966 0.004 0.006 0.008 62 W 0.001 0.001 0.011 0.970 0.002 0.010 0.006 63 L 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.004 0.001 64 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.005 0.001 65 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.005 0.001 66 Y 0.001 0.001 0.007 0.981 0.001 0.010 0.001 67 K 0.001 0.001 0.018 0.956 0.001 0.023 0.001 68 K 0.001 0.001 0.020 0.845 0.002 0.130 0.002 69 H 0.001 0.001 0.022 0.684 0.024 0.255 0.014 70 F 0.002 0.005 0.004 0.071 0.439 0.082 0.397 71 P 0.001 0.006 0.034 0.025 0.043 0.051 0.839 72 P 0.001 0.004 0.225 0.089 0.128 0.441 0.112 73 N 0.005 0.024 0.365 0.103 0.059 0.235 0.209 74 L 0.003 0.010 0.507 0.172 0.074 0.129 0.106 75 E 0.003 0.004 0.178 0.243 0.025 0.441 0.105 76 K 0.002 0.003 0.136 0.093 0.041 0.704 0.020 77 G 0.006 0.014 0.052 0.043 0.170 0.609 0.106 78 E 0.015 0.027 0.047 0.014 0.276 0.130 0.493 79 N 0.011 0.044 0.008 0.007 0.061 0.025 0.845 80 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.990