# TARGET T0235 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0235.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.28994 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.023 0.341 0.115 0.005 0.098 0.004 0.006 0.244 0.131 0.023 0.010 2 E 0.010 0.024 0.008 0.002 0.021 0.013 0.040 0.638 0.217 0.020 0.006 3 Y 0.027 0.052 0.019 0.005 0.032 0.004 0.012 0.571 0.100 0.164 0.014 4 A 0.008 0.017 0.006 0.002 0.014 0.002 0.005 0.720 0.145 0.077 0.003 5 A 0.004 0.005 0.002 0.001 0.006 0.006 0.015 0.819 0.125 0.014 0.002 6 E 0.004 0.016 0.008 0.002 0.013 0.003 0.016 0.837 0.078 0.021 0.003 7 K 0.015 0.009 0.003 0.001 0.021 0.003 0.021 0.778 0.091 0.052 0.005 8 V 0.028 0.139 0.013 0.001 0.130 0.002 0.007 0.608 0.047 0.015 0.009 9 K 0.052 0.114 0.026 0.001 0.108 0.001 0.010 0.589 0.052 0.033 0.014 10 V 0.025 0.031 0.011 0.003 0.024 0.004 0.013 0.757 0.087 0.034 0.011 11 R 0.006 0.077 0.025 0.011 0.022 0.007 0.015 0.732 0.096 0.008 0.002 12 D 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.004 0.023 0.867 0.083 0.006 0.002 13 E 0.003 0.013 0.008 0.002 0.006 0.003 0.018 0.862 0.057 0.029 0.001 14 L 0.016 0.006 0.002 0.001 0.010 0.002 0.004 0.807 0.096 0.047 0.009 15 R 0.002 0.009 0.002 0.002 0.007 0.004 0.007 0.899 0.062 0.004 0.001 16 K 0.009 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.009 0.905 0.039 0.013 0.004 17 V 0.005 0.010 0.006 0.002 0.010 0.003 0.011 0.898 0.043 0.010 0.001 18 E 0.019 0.015 0.004 0.001 0.025 0.001 0.006 0.846 0.058 0.018 0.006 19 K 0.006 0.012 0.003 0.001 0.008 0.002 0.010 0.824 0.116 0.017 0.002 20 E 0.006 0.022 0.010 0.002 0.016 0.005 0.032 0.827 0.057 0.019 0.003 21 K 0.012 0.115 0.051 0.009 0.039 0.010 0.035 0.620 0.073 0.029 0.007 22 N 0.054 0.031 0.016 0.005 0.039 0.007 0.020 0.588 0.070 0.120 0.051 23 E 0.024 0.133 0.036 0.003 0.060 0.005 0.009 0.575 0.092 0.050 0.013 24 K 0.012 0.055 0.026 0.004 0.019 0.003 0.006 0.747 0.070 0.052 0.007 25 E 0.007 0.018 0.006 0.002 0.016 0.002 0.007 0.848 0.075 0.015 0.002 26 R 0.002 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.004 0.933 0.038 0.006 0.001 27 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.941 0.036 0.008 0.001 28 I 0.003 0.007 0.003 0.001 0.007 0.002 0.006 0.910 0.051 0.010 0.001 29 K 0.007 0.008 0.004 0.002 0.008 0.003 0.014 0.757 0.126 0.066 0.005 30 R 0.008 0.045 0.017 0.004 0.027 0.007 0.049 0.553 0.189 0.095 0.006 31 R 0.036 0.115 0.036 0.007 0.090 0.010 0.051 0.328 0.210 0.097 0.020 32 K 0.055 0.068 0.029 0.009 0.098 0.014 0.110 0.310 0.141 0.139 0.026 33 F 0.094 0.200 0.103 0.029 0.196 0.025 0.056 0.065 0.051 0.124 0.056 34 D 0.233 0.163 0.067 0.007 0.435 0.003 0.009 0.018 0.006 0.008 0.050 35 P 0.047 0.156 0.066 0.007 0.106 0.007 0.014 0.153 0.293 0.124 0.026 36 S 0.040 0.217 0.149 0.021 0.114 0.021 0.089 0.154 0.092 0.081 0.020 37 S 0.068 0.215 0.083 0.018 0.125 0.012 0.040 0.156 0.121 0.128 0.036 38 S 0.044 0.112 0.060 0.018 0.105 0.021 0.035 0.195 0.250 0.124 0.036 39 E 0.034 0.133 0.036 0.017 0.096 0.032 0.066 0.285 0.203 0.075 0.022 40 N 0.121 0.070 0.022 0.008 0.157 0.008 0.022 0.105 0.111 0.274 0.101 41 V 0.136 0.167 0.053 0.008 0.257 0.009 0.032 0.097 0.076 0.114 0.052 42 M 0.119 0.253 0.131 0.015 0.208 0.008 0.023 0.052 0.043 0.085 0.063 43 T 0.015 0.492 0.334 0.022 0.071 0.004 0.006 0.032 0.010 0.008 0.006 44 P 0.036 0.254 0.084 0.008 0.099 0.006 0.017 0.326 0.130 0.026 0.015 45 R 0.013 0.060 0.022 0.004 0.028 0.009 0.018 0.590 0.214 0.034 0.009 46 E 0.024 0.030 0.008 0.002 0.034 0.003 0.012 0.735 0.102 0.039 0.011 47 Q 0.017 0.021 0.005 0.003 0.026 0.006 0.014 0.808 0.068 0.026 0.006 48 Y 0.015 0.023 0.005 0.002 0.029 0.003 0.007 0.830 0.059 0.021 0.006 49 E 0.014 0.009 0.002 0.001 0.018 0.002 0.006 0.896 0.037 0.011 0.005 50 T 0.008 0.010 0.003 0.002 0.012 0.002 0.006 0.896 0.045 0.013 0.003 51 Q 0.007 0.005 0.001 0.001 0.011 0.002 0.014 0.890 0.057 0.009 0.003 52 V 0.010 0.016 0.007 0.003 0.015 0.007 0.035 0.822 0.072 0.010 0.003 53 A 0.007 0.008 0.005 0.003 0.009 0.004 0.020 0.831 0.075 0.033 0.004 54 L 0.018 0.055 0.013 0.006 0.033 0.019 0.042 0.619 0.148 0.040 0.009 55 N 0.026 0.037 0.014 0.011 0.026 0.012 0.039 0.550 0.127 0.121 0.037 56 E 0.029 0.050 0.017 0.006 0.052 0.014 0.064 0.442 0.155 0.148 0.024 57 S 0.033 0.251 0.106 0.007 0.096 0.004 0.011 0.325 0.093 0.055 0.018 58 E 0.008 0.011 0.005 0.001 0.008 0.002 0.011 0.673 0.238 0.035 0.008 59 K 0.003 0.032 0.013 0.003 0.009 0.004 0.015 0.791 0.097 0.030 0.003 60 D 0.008 0.026 0.005 0.001 0.025 0.003 0.012 0.795 0.086 0.031 0.008 61 Q 0.004 0.011 0.007 0.001 0.005 0.003 0.007 0.869 0.073 0.017 0.003 62 W 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.887 0.053 0.043 0.002 63 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.926 0.062 0.005 0.001 64 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.946 0.048 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.948 0.038 0.003 0.001 66 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.771 0.168 0.053 0.001 67 K 0.002 0.010 0.002 0.001 0.005 0.004 0.011 0.645 0.299 0.020 0.001 68 K 0.002 0.009 0.006 0.006 0.005 0.013 0.244 0.532 0.137 0.044 0.002 69 H 0.009 0.007 0.008 0.007 0.011 0.030 0.389 0.100 0.091 0.329 0.019 70 F 0.130 0.365 0.154 0.011 0.193 0.002 0.012 0.039 0.020 0.024 0.050 71 P 0.013 0.485 0.192 0.015 0.108 0.006 0.005 0.127 0.042 0.006 0.003 72 P 0.006 0.070 0.019 0.002 0.024 0.014 0.057 0.518 0.263 0.024 0.004 73 N 0.121 0.037 0.009 0.001 0.200 0.002 0.022 0.194 0.084 0.225 0.106 74 L 0.054 0.086 0.030 0.001 0.055 0.001 0.012 0.430 0.245 0.066 0.019 75 E 0.013 0.037 0.030 0.013 0.027 0.031 0.156 0.479 0.138 0.069 0.007 76 K 0.018 0.526 0.166 0.035 0.122 0.014 0.030 0.031 0.020 0.027 0.010 77 G 0.032 0.014 0.045 0.113 0.018 0.035 0.013 0.035 0.037 0.440 0.218 78 E 0.047 0.333 0.164 0.026 0.200 0.025 0.070 0.057 0.027 0.031 0.019 79 N 0.236 0.166 0.057 0.004 0.455 0.001 0.003 0.009 0.004 0.007 0.058 80 P 0.061 0.171 0.037 0.005 0.129 0.008 0.016 0.177 0.299 0.073 0.024