# TARGET T0235 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0235.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.28994 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.823 0.141 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 2 E 0.652 0.232 0.075 0.029 0.009 0.002 0.001 3 Y 0.377 0.193 0.160 0.173 0.076 0.020 0.001 4 A 0.354 0.229 0.197 0.155 0.058 0.007 0.001 5 A 0.505 0.344 0.125 0.023 0.003 0.001 0.001 6 E 0.459 0.257 0.162 0.091 0.026 0.004 0.001 7 K 0.360 0.172 0.183 0.141 0.112 0.030 0.001 8 V 0.579 0.145 0.102 0.112 0.052 0.011 0.001 9 K 0.528 0.323 0.113 0.031 0.005 0.001 0.001 10 V 0.579 0.158 0.107 0.104 0.045 0.007 0.001 11 R 0.704 0.179 0.070 0.036 0.010 0.001 0.001 12 D 0.881 0.105 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 13 E 0.851 0.101 0.034 0.012 0.002 0.001 0.001 14 L 0.750 0.130 0.065 0.040 0.013 0.002 0.001 15 R 0.868 0.089 0.028 0.012 0.003 0.001 0.001 16 K 0.766 0.180 0.042 0.010 0.002 0.001 0.001 17 V 0.737 0.126 0.087 0.039 0.010 0.001 0.001 18 E 0.874 0.104 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 19 K 0.863 0.108 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 20 E 0.944 0.047 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 21 K 0.897 0.084 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 22 N 0.922 0.066 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 23 E 0.916 0.068 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 24 K 0.897 0.084 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 25 E 0.830 0.124 0.034 0.010 0.001 0.001 0.001 26 R 0.675 0.234 0.068 0.019 0.004 0.001 0.001 27 E 0.639 0.192 0.103 0.053 0.012 0.001 0.001 28 I 0.509 0.223 0.145 0.090 0.030 0.004 0.001 29 K 0.618 0.258 0.093 0.026 0.005 0.001 0.001 30 R 0.619 0.233 0.097 0.041 0.010 0.001 0.001 31 R 0.524 0.255 0.134 0.064 0.019 0.003 0.001 32 K 0.439 0.305 0.159 0.072 0.021 0.003 0.001 33 F 0.244 0.171 0.194 0.232 0.131 0.026 0.001 34 D 0.546 0.297 0.106 0.038 0.010 0.002 0.001 35 P 0.567 0.242 0.107 0.060 0.019 0.005 0.001 36 S 0.668 0.180 0.077 0.050 0.020 0.004 0.001 37 S 0.678 0.201 0.075 0.033 0.011 0.002 0.001 38 S 0.540 0.230 0.130 0.069 0.024 0.005 0.001 39 E 0.525 0.299 0.117 0.043 0.013 0.003 0.001 40 N 0.390 0.270 0.171 0.110 0.047 0.012 0.001 41 V 0.188 0.198 0.206 0.208 0.140 0.053 0.006 42 M 0.131 0.153 0.176 0.225 0.188 0.105 0.022 43 T 0.197 0.219 0.202 0.179 0.117 0.069 0.017 44 P 0.258 0.230 0.182 0.160 0.103 0.053 0.013 45 R 0.350 0.266 0.172 0.119 0.060 0.024 0.007 46 E 0.282 0.248 0.214 0.145 0.072 0.032 0.006 47 Q 0.654 0.230 0.073 0.029 0.011 0.003 0.001 48 Y 0.504 0.242 0.134 0.077 0.034 0.009 0.001 49 E 0.381 0.170 0.164 0.170 0.090 0.023 0.001 50 T 0.387 0.240 0.184 0.123 0.049 0.016 0.001 51 Q 0.622 0.255 0.085 0.029 0.007 0.001 0.001 52 V 0.497 0.230 0.149 0.086 0.030 0.007 0.001 53 A 0.514 0.156 0.123 0.117 0.072 0.018 0.001 54 L 0.403 0.219 0.196 0.126 0.047 0.008 0.001 55 N 0.732 0.227 0.033 0.006 0.001 0.001 0.001 56 E 0.475 0.256 0.169 0.080 0.018 0.002 0.001 57 S 0.797 0.119 0.041 0.027 0.013 0.003 0.001 58 E 0.660 0.251 0.064 0.020 0.004 0.001 0.001 59 K 0.333 0.233 0.191 0.160 0.069 0.012 0.001 60 D 0.476 0.273 0.165 0.067 0.017 0.003 0.001 61 Q 0.499 0.407 0.076 0.015 0.002 0.001 0.001 62 W 0.097 0.085 0.170 0.324 0.270 0.053 0.001 63 L 0.124 0.109 0.181 0.328 0.217 0.040 0.001 64 E 0.444 0.434 0.101 0.019 0.002 0.001 0.001 65 E 0.231 0.341 0.283 0.125 0.019 0.001 0.001 66 Y 0.031 0.047 0.109 0.271 0.405 0.133 0.003 67 K 0.181 0.316 0.299 0.163 0.037 0.003 0.001 68 K 0.543 0.338 0.087 0.025 0.006 0.001 0.001 69 H 0.166 0.272 0.296 0.195 0.062 0.009 0.001 70 F 0.188 0.218 0.224 0.246 0.104 0.019 0.001 71 P 0.454 0.318 0.149 0.062 0.016 0.002 0.001 72 P 0.615 0.240 0.090 0.040 0.013 0.003 0.001 73 N 0.580 0.287 0.093 0.030 0.007 0.001 0.001 74 L 0.347 0.180 0.190 0.192 0.080 0.011 0.001 75 E 0.697 0.217 0.060 0.020 0.005 0.001 0.001 76 K 0.712 0.192 0.066 0.024 0.006 0.001 0.001 77 G 0.691 0.174 0.083 0.040 0.011 0.002 0.001 78 E 0.561 0.230 0.116 0.066 0.023 0.005 0.001 79 N 0.607 0.218 0.112 0.047 0.014 0.003 0.001 80 P 0.749 0.152 0.064 0.026 0.008 0.001 0.001