# TARGET T0234 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0234.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.002 0.005 0.059 0.141 0.773 2 S 0.070 0.032 0.023 0.250 0.186 0.439 3 Q 0.088 0.025 0.027 0.233 0.211 0.416 4 L 0.036 0.004 0.073 0.375 0.252 0.259 5 E 0.015 0.005 0.087 0.436 0.256 0.201 6 K 0.009 0.008 0.074 0.456 0.228 0.225 7 A 0.005 0.008 0.033 0.701 0.107 0.147 8 Q 0.004 0.002 0.018 0.755 0.080 0.142 9 A 0.002 0.001 0.015 0.928 0.028 0.026 10 E 0.001 0.001 0.009 0.962 0.014 0.013 11 Y 0.001 0.001 0.005 0.961 0.016 0.017 12 A 0.001 0.001 0.005 0.966 0.015 0.014 13 G 0.001 0.001 0.006 0.940 0.029 0.023 14 F 0.001 0.001 0.009 0.932 0.033 0.025 15 I 0.001 0.001 0.021 0.881 0.058 0.038 16 Q 0.002 0.001 0.030 0.763 0.133 0.072 17 E 0.005 0.001 0.027 0.627 0.173 0.167 18 F 0.033 0.006 0.026 0.231 0.308 0.397 19 Q 0.133 0.008 0.036 0.106 0.332 0.385 20 S 0.558 0.010 0.025 0.047 0.150 0.211 21 A 0.812 0.005 0.012 0.016 0.062 0.093 22 I 0.911 0.002 0.006 0.007 0.024 0.051 23 I 0.907 0.003 0.006 0.006 0.020 0.058 24 S 0.865 0.003 0.003 0.004 0.024 0.101 25 T 0.847 0.006 0.002 0.004 0.033 0.109 26 I 0.782 0.069 0.001 0.002 0.034 0.112 27 S 0.222 0.068 0.003 0.003 0.671 0.033 28 E 0.014 0.002 0.009 0.003 0.959 0.014 29 Q 0.007 0.001 0.003 0.001 0.974 0.015 30 G 0.039 0.047 0.002 0.001 0.873 0.038 31 I 0.225 0.131 0.001 0.001 0.227 0.416 32 P 0.454 0.142 0.002 0.001 0.164 0.237 33 N 0.395 0.020 0.004 0.002 0.269 0.310 34 G 0.439 0.030 0.002 0.002 0.176 0.351 35 S 0.398 0.036 0.003 0.005 0.101 0.457 36 Y 0.532 0.036 0.020 0.017 0.120 0.275 37 A 0.558 0.011 0.034 0.016 0.155 0.227 38 P 0.578 0.009 0.047 0.012 0.136 0.219 39 F 0.652 0.015 0.033 0.008 0.116 0.176 40 V 0.693 0.023 0.029 0.007 0.109 0.138 41 I 0.752 0.053 0.013 0.003 0.074 0.105 42 D 0.239 0.042 0.019 0.006 0.640 0.053 43 D 0.007 0.001 0.044 0.009 0.931 0.008 44 A 0.003 0.001 0.024 0.005 0.961 0.006 45 K 0.026 0.008 0.013 0.004 0.933 0.016 46 N 0.341 0.013 0.002 0.003 0.269 0.372 47 I 0.857 0.013 0.001 0.001 0.020 0.109 48 Y 0.987 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 49 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 50 Y 0.961 0.005 0.001 0.005 0.003 0.025 51 V 0.788 0.004 0.007 0.031 0.021 0.148 52 S 0.147 0.003 0.046 0.127 0.109 0.569 53 G 0.027 0.002 0.247 0.582 0.096 0.047 54 L 0.014 0.002 0.205 0.618 0.140 0.020 55 A 0.014 0.007 0.115 0.710 0.135 0.020 56 V 0.015 0.002 0.049 0.781 0.129 0.025 57 H 0.013 0.002 0.028 0.683 0.184 0.091 58 T 0.011 0.008 0.029 0.805 0.102 0.045 59 K 0.027 0.016 0.043 0.570 0.199 0.146 60 N 0.036 0.015 0.126 0.356 0.272 0.195 61 I 0.043 0.012 0.211 0.270 0.294 0.170 62 E 0.076 0.053 0.100 0.223 0.400 0.148 63 A 0.095 0.079 0.058 0.172 0.400 0.195 64 N 0.024 0.007 0.007 0.011 0.888 0.064 65 P 0.016 0.001 0.014 0.006 0.893 0.070 66 L 0.145 0.017 0.016 0.004 0.724 0.094 67 V 0.560 0.018 0.011 0.002 0.344 0.066 68 N 0.786 0.004 0.004 0.001 0.051 0.154 69 V 0.969 0.006 0.001 0.001 0.006 0.018 70 L 0.976 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 71 F 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 72 V 0.876 0.006 0.001 0.001 0.027 0.089 73 D 0.547 0.026 0.002 0.002 0.095 0.328 74 D 0.122 0.009 0.011 0.006 0.395 0.458 75 E 0.023 0.009 0.044 0.011 0.601 0.312 76 A 0.008 0.009 0.076 0.016 0.763 0.127 77 K 0.005 0.004 0.094 0.025 0.777 0.096 78 T 0.011 0.008 0.054 0.049 0.625 0.253 79 N 0.019 0.026 0.034 0.051 0.550 0.320 80 Q 0.068 0.025 0.028 0.044 0.395 0.439 81 I 0.133 0.021 0.201 0.115 0.353 0.178 82 F 0.251 0.025 0.270 0.078 0.250 0.125 83 A 0.345 0.011 0.233 0.070 0.217 0.124 84 R 0.376 0.006 0.060 0.045 0.258 0.256 85 R 0.412 0.010 0.020 0.024 0.182 0.352 86 R 0.647 0.010 0.008 0.010 0.095 0.230 87 L 0.792 0.003 0.003 0.004 0.050 0.148 88 S 0.898 0.004 0.001 0.001 0.023 0.074 89 F 0.957 0.002 0.001 0.001 0.008 0.032 90 D 0.965 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 91 C 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 92 T 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 93 A 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 94 T 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 95 L 0.905 0.006 0.001 0.001 0.014 0.075 96 I 0.563 0.007 0.002 0.003 0.083 0.342 97 E 0.168 0.011 0.007 0.004 0.218 0.592 98 R 0.023 0.006 0.011 0.008 0.321 0.631 99 E 0.006 0.005 0.022 0.028 0.334 0.605 100 S 0.004 0.004 0.056 0.155 0.392 0.389 101 Q 0.002 0.003 0.105 0.531 0.240 0.120 102 K 0.002 0.003 0.092 0.725 0.119 0.060 103 W 0.002 0.002 0.038 0.865 0.065 0.029 104 N 0.001 0.001 0.014 0.917 0.043 0.023 105 Q 0.001 0.002 0.010 0.949 0.021 0.017 106 V 0.002 0.002 0.008 0.964 0.011 0.013 107 V 0.001 0.001 0.004 0.978 0.007 0.009 108 D 0.001 0.001 0.002 0.986 0.006 0.006 109 Q 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 110 F 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 111 Q 0.001 0.001 0.012 0.980 0.006 0.002 112 E 0.001 0.001 0.014 0.967 0.012 0.006 113 R 0.001 0.001 0.015 0.905 0.031 0.049 114 F 0.001 0.003 0.015 0.349 0.111 0.522 115 G 0.001 0.001 0.195 0.353 0.191 0.260 116 Q 0.001 0.001 0.426 0.411 0.120 0.041 117 I 0.002 0.002 0.478 0.411 0.092 0.015 118 I 0.004 0.001 0.283 0.523 0.157 0.032 119 E 0.007 0.002 0.171 0.577 0.187 0.056 120 V 0.008 0.008 0.152 0.526 0.209 0.098 121 L 0.009 0.013 0.151 0.381 0.338 0.108 122 R 0.020 0.015 0.184 0.289 0.365 0.127 123 G 0.031 0.017 0.096 0.177 0.459 0.220 124 L 0.026 0.014 0.135 0.070 0.683 0.073 125 A 0.020 0.003 0.071 0.022 0.747 0.137 126 D 0.060 0.004 0.104 0.014 0.688 0.129 127 F 0.364 0.010 0.019 0.007 0.421 0.179 128 R 0.668 0.007 0.005 0.004 0.081 0.235 129 I 0.956 0.004 0.001 0.001 0.008 0.030 130 F 0.973 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 131 Q 0.977 0.002 0.001 0.001 0.005 0.016 132 L 0.931 0.002 0.001 0.001 0.013 0.053 133 T 0.857 0.004 0.001 0.001 0.030 0.107 134 P 0.628 0.006 0.011 0.012 0.103 0.241 135 K 0.646 0.009 0.024 0.019 0.139 0.163 136 E 0.751 0.009 0.022 0.024 0.084 0.110 137 G 0.772 0.004 0.014 0.027 0.094 0.089 138 R 0.883 0.005 0.004 0.018 0.044 0.045 139 F 0.929 0.008 0.003 0.012 0.025 0.024 140 V 0.786 0.007 0.009 0.060 0.083 0.055 141 I 0.333 0.006 0.036 0.152 0.333 0.140 142 G 0.264 0.005 0.047 0.119 0.422 0.142 143 F 0.499 0.015 0.031 0.102 0.235 0.118 144 G 0.685 0.011 0.014 0.086 0.104 0.100 145 A 0.867 0.005 0.011 0.040 0.040 0.036 146 A 0.883 0.006 0.014 0.028 0.033 0.036 147 Y 0.931 0.002 0.008 0.014 0.025 0.020 148 H 0.929 0.004 0.008 0.010 0.029 0.020 149 I 0.845 0.014 0.005 0.008 0.051 0.078 150 S 0.413 0.020 0.006 0.017 0.361 0.184 151 G 0.026 0.002 0.154 0.100 0.671 0.047 152 D 0.017 0.002 0.210 0.080 0.662 0.029 153 R 0.057 0.010 0.285 0.083 0.523 0.042 154 L 0.343 0.015 0.075 0.061 0.280 0.226 155 D 0.658 0.013 0.031 0.041 0.121 0.136 156 T 0.787 0.011 0.024 0.028 0.076 0.074 157 L 0.778 0.013 0.018 0.021 0.074 0.097 158 V 0.550 0.007 0.018 0.032 0.122 0.271 159 P 0.451 0.012 0.033 0.054 0.154 0.296 160 I 0.341 0.044 0.043 0.042 0.291 0.239 161 T 0.292 0.009 0.038 0.041 0.322 0.298 162 G 0.206 0.013 0.051 0.034 0.339 0.356 163 D 0.133 0.042 0.019 0.026 0.261 0.519 164 K 0.056 0.017 0.012 0.041 0.149 0.724 165 G 0.002 0.002 0.001 0.004 0.035 0.956