# TARGET T0234 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0234.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.9153 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.183 0.093 0.078 0.114 0.084 0.088 0.115 0.081 0.077 0.053 0.034 2 S 0.246 0.206 0.117 0.123 0.085 0.063 0.061 0.036 0.028 0.021 0.013 3 Q 0.096 0.167 0.090 0.147 0.108 0.110 0.107 0.069 0.053 0.036 0.018 4 L 0.053 0.052 0.053 0.095 0.140 0.166 0.217 0.107 0.071 0.034 0.013 5 E 0.395 0.118 0.311 0.108 0.038 0.015 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 6 K 0.030 0.066 0.201 0.293 0.197 0.115 0.065 0.019 0.008 0.003 0.002 7 A 0.006 0.010 0.067 0.019 0.020 0.052 0.160 0.168 0.205 0.179 0.113 8 Q 0.009 0.027 0.264 0.267 0.197 0.132 0.079 0.015 0.005 0.001 0.001 9 A 0.084 0.065 0.778 0.059 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.006 0.012 0.130 0.084 0.097 0.190 0.309 0.093 0.045 0.022 0.010 11 Y 0.001 0.001 0.034 0.008 0.013 0.041 0.270 0.211 0.204 0.144 0.074 12 A 0.002 0.010 0.560 0.204 0.125 0.063 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 13 G 0.011 0.034 0.665 0.158 0.086 0.033 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 14 F 0.001 0.003 0.026 0.009 0.015 0.039 0.199 0.183 0.244 0.183 0.098 15 I 0.002 0.005 0.069 0.054 0.093 0.156 0.325 0.140 0.090 0.046 0.020 16 Q 0.013 0.036 0.781 0.106 0.044 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.012 0.047 0.279 0.152 0.127 0.137 0.158 0.051 0.024 0.010 0.004 18 F 0.011 0.009 0.035 0.021 0.022 0.031 0.118 0.146 0.231 0.217 0.158 19 Q 0.020 0.028 0.115 0.142 0.160 0.177 0.202 0.083 0.042 0.021 0.010 20 S 0.005 0.020 0.208 0.165 0.158 0.136 0.138 0.077 0.053 0.030 0.012 21 A 0.004 0.003 0.013 0.011 0.013 0.027 0.126 0.185 0.240 0.234 0.143 22 I 0.003 0.007 0.019 0.049 0.066 0.127 0.251 0.179 0.144 0.096 0.059 23 I 0.001 0.003 0.025 0.010 0.010 0.015 0.060 0.109 0.212 0.282 0.272 24 S 0.002 0.004 0.009 0.026 0.043 0.070 0.168 0.178 0.208 0.165 0.126 25 T 0.003 0.008 0.010 0.018 0.023 0.035 0.120 0.158 0.243 0.223 0.158 26 I 0.006 0.019 0.016 0.082 0.131 0.157 0.203 0.149 0.117 0.072 0.049 27 S 0.060 0.117 0.074 0.191 0.177 0.136 0.128 0.060 0.032 0.016 0.009 28 E 0.520 0.153 0.063 0.124 0.070 0.034 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 29 Q 0.444 0.185 0.052 0.127 0.068 0.045 0.039 0.017 0.011 0.007 0.005 30 G 0.254 0.150 0.036 0.109 0.099 0.083 0.087 0.061 0.053 0.039 0.028 31 I 0.020 0.069 0.025 0.113 0.147 0.176 0.190 0.111 0.075 0.043 0.031 32 P 0.015 0.015 0.008 0.029 0.043 0.068 0.125 0.140 0.182 0.188 0.187 33 N 0.037 0.022 0.009 0.055 0.072 0.092 0.172 0.164 0.157 0.123 0.096 34 G 0.013 0.009 0.004 0.019 0.023 0.033 0.085 0.130 0.198 0.229 0.256 35 S 0.014 0.015 0.009 0.036 0.040 0.055 0.110 0.146 0.196 0.193 0.186 36 Y 0.011 0.015 0.007 0.043 0.059 0.090 0.184 0.190 0.174 0.138 0.090 37 A 0.005 0.007 0.005 0.021 0.031 0.054 0.127 0.164 0.198 0.211 0.178 38 P 0.011 0.014 0.010 0.046 0.059 0.089 0.167 0.166 0.183 0.148 0.105 39 F 0.002 0.003 0.002 0.012 0.018 0.033 0.100 0.155 0.221 0.238 0.213 40 V 0.003 0.005 0.005 0.019 0.023 0.035 0.087 0.126 0.196 0.241 0.262 41 I 0.004 0.008 0.007 0.041 0.064 0.101 0.186 0.181 0.187 0.125 0.098 42 D 0.056 0.077 0.042 0.144 0.130 0.145 0.161 0.103 0.073 0.043 0.024 43 D 0.254 0.196 0.079 0.176 0.100 0.075 0.062 0.026 0.016 0.010 0.006 44 A 0.336 0.161 0.066 0.139 0.084 0.059 0.065 0.032 0.026 0.018 0.014 45 K 0.240 0.216 0.080 0.210 0.125 0.064 0.039 0.014 0.007 0.004 0.002 46 N 0.015 0.082 0.056 0.212 0.252 0.191 0.122 0.042 0.018 0.007 0.003 47 I 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.059 0.202 0.239 0.220 0.162 0.086 48 Y 0.001 0.002 0.003 0.018 0.047 0.104 0.233 0.205 0.174 0.131 0.082 49 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.068 0.152 0.244 0.291 0.225 50 Y 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.036 0.129 0.200 0.233 0.219 0.151 51 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.039 0.101 0.245 0.332 0.268 52 S 0.005 0.010 0.017 0.083 0.134 0.156 0.240 0.154 0.118 0.055 0.027 53 G 0.058 0.070 0.086 0.170 0.137 0.142 0.182 0.084 0.042 0.020 0.008 54 L 0.005 0.015 0.033 0.066 0.067 0.077 0.173 0.181 0.184 0.137 0.062 55 A 0.017 0.019 0.048 0.051 0.047 0.069 0.152 0.147 0.181 0.147 0.122 56 V 0.063 0.059 0.173 0.217 0.188 0.132 0.096 0.040 0.021 0.009 0.004 57 H 0.010 0.041 0.071 0.102 0.104 0.144 0.209 0.137 0.105 0.057 0.021 58 T 0.023 0.022 0.044 0.057 0.052 0.061 0.128 0.143 0.184 0.165 0.120 59 K 0.126 0.104 0.172 0.189 0.140 0.110 0.091 0.033 0.020 0.010 0.006 60 N 0.029 0.076 0.129 0.141 0.139 0.124 0.154 0.088 0.067 0.038 0.017 61 I 0.032 0.019 0.023 0.034 0.034 0.049 0.113 0.124 0.180 0.192 0.199 62 E 0.086 0.091 0.110 0.189 0.163 0.130 0.131 0.049 0.028 0.014 0.007 63 A 0.080 0.108 0.173 0.199 0.135 0.104 0.090 0.048 0.034 0.019 0.010 64 N 0.061 0.116 0.058 0.169 0.149 0.121 0.120 0.082 0.056 0.040 0.028 65 P 0.120 0.065 0.025 0.074 0.080 0.087 0.153 0.128 0.119 0.089 0.061 66 L 0.060 0.092 0.051 0.182 0.211 0.167 0.139 0.051 0.028 0.013 0.007 67 V 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.035 0.086 0.205 0.298 0.355 68 N 0.012 0.027 0.024 0.133 0.156 0.173 0.205 0.117 0.084 0.041 0.027 69 V 0.004 0.008 0.008 0.017 0.018 0.039 0.116 0.176 0.245 0.231 0.139 70 L 0.002 0.003 0.003 0.013 0.024 0.049 0.135 0.187 0.224 0.206 0.153 71 F 0.002 0.006 0.006 0.021 0.029 0.042 0.120 0.155 0.198 0.221 0.201 72 V 0.004 0.012 0.012 0.062 0.114 0.121 0.199 0.170 0.145 0.100 0.061 73 D 0.057 0.112 0.058 0.226 0.199 0.137 0.109 0.054 0.028 0.013 0.007 74 D 0.160 0.154 0.068 0.182 0.157 0.106 0.090 0.041 0.023 0.015 0.006 75 E 0.247 0.154 0.068 0.159 0.109 0.078 0.079 0.041 0.030 0.020 0.014 76 A 0.199 0.136 0.040 0.109 0.102 0.098 0.122 0.068 0.056 0.041 0.029 77 K 0.349 0.254 0.110 0.147 0.065 0.034 0.021 0.008 0.006 0.003 0.002 78 T 0.289 0.122 0.064 0.121 0.089 0.085 0.093 0.048 0.040 0.029 0.019 79 N 0.345 0.168 0.082 0.138 0.087 0.069 0.049 0.023 0.020 0.013 0.008 80 Q 0.078 0.115 0.064 0.159 0.128 0.127 0.148 0.074 0.059 0.032 0.016 81 I 0.096 0.055 0.069 0.114 0.098 0.119 0.144 0.090 0.098 0.069 0.049 82 F 0.062 0.052 0.080 0.120 0.123 0.142 0.174 0.093 0.079 0.046 0.028 83 A 0.022 0.019 0.052 0.092 0.077 0.103 0.185 0.149 0.142 0.098 0.061 84 R 0.016 0.022 0.111 0.132 0.143 0.167 0.162 0.096 0.080 0.048 0.023 85 R 0.021 0.035 0.211 0.186 0.145 0.136 0.132 0.067 0.040 0.019 0.009 86 R 0.011 0.021 0.108 0.095 0.106 0.138 0.177 0.121 0.111 0.076 0.035 87 L 0.003 0.003 0.014 0.014 0.015 0.023 0.089 0.132 0.205 0.251 0.252 88 S 0.011 0.057 0.184 0.277 0.225 0.126 0.070 0.027 0.014 0.006 0.002 89 F 0.004 0.006 0.020 0.023 0.030 0.054 0.168 0.168 0.209 0.181 0.136 90 D 0.099 0.196 0.195 0.322 0.129 0.038 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 91 C 0.003 0.003 0.003 0.007 0.011 0.027 0.120 0.156 0.245 0.232 0.194 92 T 0.118 0.263 0.189 0.304 0.098 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 93 A 0.002 0.002 0.001 0.004 0.006 0.014 0.082 0.124 0.272 0.259 0.235 94 T 0.081 0.159 0.155 0.322 0.167 0.070 0.033 0.008 0.003 0.001 0.001 95 L 0.023 0.073 0.033 0.102 0.126 0.147 0.221 0.114 0.087 0.049 0.025 96 I 0.009 0.019 0.024 0.057 0.078 0.105 0.167 0.137 0.151 0.140 0.115 97 E 0.214 0.279 0.133 0.189 0.100 0.041 0.029 0.008 0.004 0.002 0.001 98 R 0.255 0.156 0.133 0.189 0.127 0.064 0.049 0.016 0.007 0.003 0.001 99 E 0.336 0.310 0.117 0.114 0.051 0.033 0.022 0.008 0.005 0.003 0.002 100 S 0.076 0.150 0.089 0.186 0.159 0.139 0.123 0.040 0.024 0.010 0.004 101 Q 0.763 0.075 0.084 0.041 0.018 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 102 K 0.095 0.171 0.299 0.216 0.101 0.063 0.039 0.009 0.004 0.002 0.001 103 W 0.003 0.005 0.019 0.019 0.030 0.094 0.281 0.219 0.178 0.109 0.043 104 N 0.033 0.042 0.189 0.291 0.199 0.135 0.074 0.022 0.010 0.004 0.001 105 Q 0.014 0.041 0.733 0.114 0.054 0.027 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 106 V 0.001 0.002 0.013 0.017 0.023 0.063 0.224 0.207 0.212 0.163 0.076 107 V 0.001 0.001 0.006 0.009 0.027 0.079 0.292 0.219 0.190 0.116 0.061 108 D 0.008 0.026 0.660 0.170 0.079 0.036 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 109 Q 0.002 0.013 0.095 0.174 0.246 0.252 0.164 0.037 0.012 0.004 0.001 110 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.025 0.080 0.258 0.356 0.275 111 Q 0.001 0.001 0.010 0.061 0.181 0.268 0.311 0.104 0.045 0.014 0.004 112 E 0.007 0.025 0.782 0.130 0.040 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 113 R 0.001 0.003 0.004 0.017 0.053 0.206 0.438 0.172 0.071 0.028 0.007 114 F 0.001 0.002 0.001 0.004 0.007 0.020 0.121 0.220 0.267 0.218 0.139 115 G 0.099 0.110 0.162 0.165 0.167 0.127 0.091 0.035 0.022 0.014 0.009 116 Q 0.227 0.190 0.211 0.226 0.092 0.033 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 117 I 0.001 0.003 0.003 0.009 0.011 0.023 0.101 0.163 0.273 0.240 0.172 118 I 0.003 0.002 0.006 0.026 0.051 0.120 0.214 0.178 0.194 0.123 0.084 119 E 0.038 0.059 0.609 0.182 0.069 0.028 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 120 V 0.001 0.004 0.021 0.048 0.082 0.226 0.344 0.150 0.077 0.034 0.014 121 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.043 0.113 0.204 0.283 0.342 122 R 0.030 0.047 0.112 0.172 0.165 0.175 0.163 0.067 0.039 0.020 0.010 123 G 0.081 0.102 0.355 0.213 0.121 0.069 0.036 0.011 0.007 0.003 0.002 124 L 0.004 0.005 0.004 0.016 0.023 0.047 0.150 0.171 0.198 0.209 0.173 125 A 0.132 0.128 0.064 0.150 0.124 0.133 0.128 0.062 0.043 0.023 0.014 126 D 0.029 0.073 0.060 0.182 0.167 0.155 0.146 0.076 0.057 0.033 0.022 127 F 0.006 0.004 0.004 0.013 0.020 0.040 0.111 0.156 0.232 0.234 0.181 128 R 0.020 0.042 0.030 0.184 0.193 0.152 0.189 0.090 0.058 0.027 0.015 129 I 0.002 0.006 0.010 0.038 0.041 0.061 0.108 0.144 0.185 0.207 0.196 130 F 0.003 0.005 0.012 0.038 0.052 0.078 0.182 0.201 0.201 0.144 0.084 131 Q 0.019 0.064 0.059 0.331 0.233 0.142 0.098 0.034 0.014 0.005 0.002 132 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.009 0.037 0.084 0.237 0.323 0.299 133 T 0.053 0.224 0.075 0.392 0.179 0.052 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 134 P 0.011 0.010 0.003 0.015 0.018 0.030 0.108 0.151 0.235 0.214 0.205 135 K 0.167 0.261 0.103 0.277 0.121 0.048 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 136 E 0.144 0.226 0.045 0.254 0.163 0.089 0.053 0.015 0.007 0.002 0.001 137 G 0.042 0.030 0.014 0.067 0.075 0.082 0.128 0.148 0.172 0.143 0.098 138 R 0.007 0.035 0.022 0.146 0.213 0.246 0.204 0.075 0.034 0.012 0.005 139 F 0.003 0.007 0.009 0.022 0.029 0.044 0.137 0.192 0.232 0.188 0.137 140 V 0.009 0.010 0.012 0.044 0.048 0.065 0.144 0.178 0.188 0.172 0.130 141 I 0.008 0.016 0.019 0.067 0.081 0.090 0.152 0.171 0.185 0.133 0.078 142 G 0.018 0.029 0.034 0.072 0.068 0.075 0.139 0.149 0.185 0.145 0.086 143 F 0.010 0.016 0.018 0.057 0.059 0.069 0.150 0.165 0.178 0.155 0.123 144 G 0.018 0.023 0.025 0.065 0.079 0.104 0.191 0.170 0.163 0.108 0.055 145 A 0.044 0.084 0.081 0.212 0.195 0.146 0.129 0.054 0.032 0.015 0.007 146 A 0.008 0.006 0.011 0.017 0.015 0.018 0.050 0.096 0.200 0.259 0.320 147 Y 0.012 0.022 0.023 0.084 0.121 0.172 0.240 0.135 0.105 0.056 0.029 148 H 0.023 0.059 0.046 0.128 0.120 0.125 0.201 0.122 0.095 0.052 0.028 149 I 0.002 0.002 0.002 0.006 0.011 0.022 0.065 0.109 0.197 0.259 0.325 150 S 0.107 0.411 0.120 0.206 0.092 0.034 0.019 0.006 0.003 0.002 0.001 151 G 0.368 0.149 0.052 0.159 0.116 0.071 0.048 0.019 0.010 0.005 0.002 152 D 0.609 0.169 0.048 0.082 0.040 0.022 0.015 0.006 0.004 0.003 0.003 153 R 0.069 0.161 0.105 0.242 0.168 0.115 0.085 0.028 0.017 0.007 0.004 154 L 0.021 0.014 0.008 0.026 0.039 0.069 0.142 0.160 0.187 0.166 0.167 155 D 0.120 0.132 0.125 0.193 0.146 0.115 0.086 0.036 0.023 0.013 0.009 156 T 0.074 0.102 0.114 0.219 0.159 0.117 0.108 0.047 0.032 0.018 0.009 157 L 0.015 0.011 0.008 0.029 0.038 0.057 0.122 0.138 0.182 0.200 0.201 158 V 0.047 0.058 0.037 0.090 0.110 0.146 0.179 0.120 0.104 0.070 0.039 159 P 0.075 0.097 0.066 0.174 0.157 0.118 0.136 0.076 0.055 0.031 0.016 160 I 0.013 0.007 0.007 0.014 0.019 0.032 0.094 0.130 0.211 0.251 0.223 161 T 0.097 0.259 0.100 0.238 0.148 0.066 0.049 0.021 0.012 0.006 0.003 162 G 0.175 0.105 0.047 0.136 0.126 0.115 0.111 0.074 0.054 0.038 0.021 163 D 0.279 0.185 0.082 0.129 0.088 0.071 0.070 0.037 0.026 0.019 0.013 164 K 0.324 0.229 0.097 0.167 0.089 0.042 0.030 0.011 0.007 0.003 0.002 165 G 0.621 0.134 0.024 0.057 0.040 0.029 0.030 0.021 0.018 0.014 0.011