# TARGET T0234 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0234.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.090 0.123 0.049 0.023 0.155 0.020 0.022 0.216 0.154 0.102 0.046 2 S 0.089 0.156 0.052 0.009 0.188 0.010 0.031 0.313 0.091 0.024 0.036 3 Q 0.118 0.089 0.043 0.014 0.101 0.013 0.020 0.184 0.114 0.230 0.073 4 L 0.034 0.148 0.041 0.019 0.121 0.010 0.017 0.351 0.200 0.047 0.012 5 E 0.005 0.027 0.015 0.019 0.010 0.035 0.054 0.584 0.213 0.030 0.007 6 K 0.020 0.052 0.022 0.006 0.036 0.006 0.040 0.413 0.128 0.252 0.026 7 A 0.034 0.080 0.033 0.005 0.032 0.004 0.005 0.441 0.155 0.175 0.036 8 Q 0.006 0.038 0.023 0.005 0.016 0.003 0.005 0.796 0.096 0.008 0.004 9 A 0.001 0.006 0.002 0.002 0.002 0.004 0.008 0.911 0.059 0.004 0.001 10 E 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.013 0.921 0.044 0.009 0.001 11 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.065 0.014 0.001 12 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.923 0.060 0.005 0.001 13 G 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.011 0.912 0.052 0.012 0.002 14 F 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.015 0.863 0.084 0.024 0.001 15 I 0.006 0.007 0.001 0.001 0.010 0.002 0.013 0.751 0.165 0.039 0.006 16 Q 0.002 0.006 0.003 0.002 0.004 0.005 0.031 0.743 0.180 0.021 0.003 17 E 0.010 0.015 0.006 0.003 0.018 0.007 0.074 0.575 0.167 0.116 0.010 18 F 0.077 0.092 0.012 0.003 0.138 0.009 0.050 0.316 0.159 0.110 0.033 19 Q 0.032 0.015 0.006 0.012 0.031 0.038 0.154 0.404 0.145 0.137 0.027 20 S 0.079 0.050 0.015 0.022 0.110 0.022 0.053 0.224 0.108 0.262 0.055 21 A 0.179 0.118 0.025 0.025 0.388 0.015 0.024 0.075 0.032 0.071 0.049 22 I 0.237 0.092 0.023 0.009 0.454 0.032 0.040 0.051 0.020 0.015 0.026 23 I 0.319 0.058 0.008 0.007 0.415 0.009 0.009 0.028 0.023 0.034 0.092 24 S 0.286 0.106 0.031 0.023 0.365 0.025 0.026 0.031 0.015 0.036 0.056 25 T 0.123 0.287 0.055 0.002 0.445 0.004 0.008 0.012 0.006 0.031 0.027 26 I 0.082 0.329 0.026 0.012 0.465 0.007 0.003 0.007 0.004 0.025 0.040 27 S 0.013 0.167 0.738 0.049 0.016 0.004 0.002 0.004 0.003 0.001 0.003 28 E 0.001 0.002 0.020 0.020 0.001 0.029 0.083 0.539 0.301 0.004 0.001 29 Q 0.001 0.673 0.275 0.030 0.009 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 30 G 0.006 0.012 0.009 0.017 0.008 0.007 0.004 0.005 0.015 0.575 0.343 31 I 0.082 0.455 0.082 0.003 0.309 0.007 0.013 0.014 0.012 0.012 0.011 32 P 0.249 0.156 0.035 0.006 0.394 0.006 0.011 0.009 0.014 0.024 0.095 33 N 0.172 0.108 0.104 0.083 0.232 0.052 0.084 0.032 0.039 0.040 0.055 34 G 0.217 0.216 0.053 0.026 0.315 0.011 0.011 0.013 0.024 0.049 0.066 35 S 0.083 0.254 0.085 0.008 0.476 0.003 0.009 0.015 0.015 0.026 0.025 36 Y 0.404 0.054 0.012 0.004 0.311 0.007 0.013 0.021 0.029 0.086 0.058 37 A 0.105 0.324 0.138 0.027 0.338 0.013 0.010 0.010 0.006 0.009 0.020 38 P 0.204 0.205 0.055 0.008 0.389 0.015 0.019 0.026 0.015 0.015 0.050 39 F 0.185 0.228 0.083 0.007 0.392 0.004 0.004 0.010 0.010 0.024 0.052 40 V 0.179 0.255 0.063 0.005 0.416 0.008 0.010 0.015 0.004 0.011 0.034 41 I 0.050 0.445 0.034 0.008 0.373 0.008 0.007 0.016 0.006 0.030 0.024 42 D 0.119 0.206 0.427 0.065 0.070 0.016 0.009 0.035 0.020 0.008 0.024 43 D 0.002 0.003 0.021 0.027 0.002 0.036 0.044 0.512 0.330 0.020 0.002 44 A 0.001 0.515 0.230 0.134 0.013 0.015 0.030 0.034 0.015 0.011 0.001 45 K 0.008 0.014 0.012 0.009 0.008 0.004 0.004 0.007 0.013 0.696 0.224 46 N 0.018 0.634 0.108 0.004 0.194 0.009 0.010 0.010 0.005 0.005 0.003 47 I 0.261 0.083 0.006 0.001 0.614 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.028 48 Y 0.178 0.149 0.010 0.004 0.606 0.006 0.012 0.021 0.003 0.001 0.011 49 I 0.178 0.086 0.009 0.002 0.641 0.007 0.008 0.030 0.006 0.003 0.030 50 Y 0.380 0.049 0.011 0.001 0.451 0.001 0.003 0.019 0.003 0.002 0.079 51 V 0.093 0.053 0.017 0.017 0.077 0.031 0.017 0.262 0.155 0.211 0.066 52 S 0.026 0.245 0.116 0.042 0.096 0.013 0.015 0.354 0.071 0.010 0.013 53 G 0.004 0.009 0.006 0.006 0.005 0.003 0.012 0.754 0.162 0.032 0.005 54 L 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.006 0.026 0.799 0.139 0.017 0.002 55 A 0.005 0.007 0.002 0.002 0.007 0.002 0.011 0.802 0.142 0.017 0.004 56 V 0.002 0.008 0.005 0.003 0.005 0.010 0.077 0.733 0.130 0.024 0.003 57 H 0.017 0.012 0.004 0.003 0.017 0.005 0.033 0.588 0.136 0.159 0.026 58 T 0.021 0.051 0.010 0.005 0.055 0.017 0.063 0.582 0.133 0.049 0.013 59 K 0.027 0.032 0.013 0.010 0.041 0.023 0.110 0.492 0.120 0.094 0.038 60 N 0.079 0.028 0.017 0.011 0.059 0.011 0.031 0.415 0.164 0.136 0.048 61 I 0.018 0.035 0.004 0.004 0.045 0.006 0.026 0.494 0.296 0.061 0.011 62 E 0.017 0.028 0.010 0.010 0.029 0.016 0.133 0.566 0.153 0.033 0.006 63 A 0.027 0.042 0.035 0.024 0.041 0.053 0.148 0.266 0.160 0.179 0.025 64 N 0.175 0.189 0.044 0.010 0.333 0.005 0.009 0.057 0.062 0.054 0.060 65 P 0.033 0.059 0.031 0.014 0.072 0.018 0.039 0.247 0.353 0.117 0.019 66 L 0.061 0.049 0.013 0.003 0.099 0.012 0.109 0.252 0.213 0.159 0.030 67 V 0.381 0.092 0.014 0.005 0.329 0.002 0.002 0.011 0.012 0.040 0.112 68 N 0.106 0.186 0.035 0.023 0.464 0.027 0.056 0.049 0.016 0.022 0.018 69 V 0.310 0.059 0.005 0.001 0.591 0.001 0.001 0.007 0.003 0.005 0.018 70 L 0.246 0.079 0.009 0.007 0.601 0.007 0.005 0.006 0.002 0.006 0.032 71 F 0.271 0.124 0.019 0.003 0.501 0.002 0.003 0.008 0.003 0.011 0.055 72 V 0.132 0.238 0.091 0.022 0.272 0.019 0.039 0.048 0.028 0.043 0.068 73 D 0.119 0.211 0.124 0.052 0.241 0.030 0.026 0.041 0.034 0.058 0.065 74 D 0.093 0.184 0.125 0.046 0.203 0.032 0.046 0.096 0.077 0.058 0.041 75 E 0.039 0.145 0.096 0.064 0.084 0.043 0.072 0.129 0.147 0.153 0.029 76 A 0.085 0.213 0.129 0.030 0.204 0.019 0.046 0.122 0.076 0.047 0.028 77 K 0.037 0.091 0.070 0.034 0.055 0.051 0.051 0.142 0.156 0.263 0.049 78 T 0.065 0.164 0.061 0.026 0.175 0.038 0.100 0.194 0.098 0.056 0.023 79 N 0.054 0.043 0.028 0.023 0.041 0.019 0.020 0.077 0.096 0.467 0.132 80 Q 0.088 0.285 0.118 0.015 0.297 0.005 0.013 0.084 0.041 0.033 0.021 81 I 0.110 0.068 0.012 0.005 0.117 0.007 0.016 0.387 0.202 0.045 0.032 82 F 0.021 0.048 0.024 0.023 0.046 0.031 0.127 0.489 0.137 0.046 0.009 83 A 0.106 0.046 0.013 0.010 0.077 0.021 0.063 0.303 0.137 0.176 0.048 84 R 0.093 0.190 0.082 0.042 0.193 0.014 0.020 0.123 0.094 0.099 0.051 85 R 0.057 0.140 0.068 0.036 0.125 0.051 0.084 0.237 0.125 0.055 0.022 86 R 0.228 0.116 0.024 0.006 0.330 0.006 0.021 0.051 0.045 0.097 0.075 87 L 0.337 0.106 0.005 0.002 0.476 0.002 0.003 0.007 0.005 0.011 0.045 88 S 0.194 0.154 0.031 0.007 0.564 0.008 0.008 0.007 0.004 0.007 0.017 89 F 0.304 0.103 0.016 0.010 0.487 0.005 0.004 0.014 0.006 0.007 0.044 90 D 0.340 0.020 0.006 0.021 0.205 0.035 0.029 0.021 0.017 0.100 0.207 91 C 0.079 0.339 0.111 0.050 0.354 0.011 0.004 0.009 0.006 0.021 0.017 92 T 0.319 0.073 0.020 0.008 0.419 0.004 0.006 0.013 0.008 0.038 0.092 93 A 0.313 0.130 0.032 0.020 0.377 0.010 0.006 0.011 0.009 0.022 0.070 94 T 0.058 0.413 0.105 0.004 0.387 0.002 0.004 0.009 0.003 0.005 0.009 95 L 0.311 0.177 0.045 0.002 0.376 0.003 0.004 0.014 0.007 0.010 0.050 96 I 0.064 0.345 0.192 0.053 0.214 0.027 0.021 0.032 0.015 0.014 0.023 97 E 0.053 0.223 0.150 0.047 0.119 0.059 0.070 0.130 0.068 0.050 0.032 98 R 0.051 0.199 0.172 0.035 0.112 0.024 0.041 0.158 0.087 0.080 0.041 99 E 0.051 0.160 0.086 0.031 0.087 0.024 0.029 0.161 0.121 0.195 0.056 100 S 0.030 0.242 0.119 0.022 0.104 0.015 0.018 0.256 0.126 0.051 0.016 101 Q 0.008 0.021 0.010 0.004 0.017 0.004 0.016 0.686 0.188 0.037 0.010 102 K 0.004 0.014 0.005 0.001 0.007 0.002 0.015 0.739 0.148 0.060 0.005 103 W 0.004 0.010 0.004 0.001 0.006 0.001 0.004 0.825 0.116 0.025 0.003 104 N 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.909 0.070 0.004 0.001 105 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.945 0.039 0.004 0.001 106 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.039 0.005 0.001 107 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.046 0.003 0.001 108 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.038 0.001 0.001 109 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.955 0.037 0.002 0.001 110 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.883 0.103 0.009 0.001 111 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.802 0.169 0.007 0.001 112 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.141 0.753 0.084 0.012 0.001 113 R 0.009 0.032 0.032 0.011 0.020 0.039 0.298 0.341 0.084 0.125 0.009 114 F 0.173 0.154 0.079 0.018 0.139 0.008 0.016 0.144 0.057 0.092 0.119 115 G 0.010 0.065 0.044 0.028 0.027 0.047 0.042 0.456 0.226 0.044 0.011 116 Q 0.015 0.028 0.020 0.009 0.025 0.006 0.025 0.553 0.176 0.121 0.022 117 I 0.012 0.021 0.008 0.002 0.015 0.005 0.017 0.597 0.226 0.089 0.008 118 I 0.011 0.041 0.008 0.003 0.029 0.005 0.021 0.664 0.186 0.027 0.005 119 E 0.012 0.011 0.004 0.007 0.016 0.009 0.042 0.658 0.192 0.040 0.010 120 V 0.019 0.030 0.020 0.008 0.031 0.010 0.036 0.576 0.186 0.073 0.012 121 L 0.040 0.022 0.006 0.005 0.042 0.005 0.018 0.380 0.259 0.192 0.032 122 R 0.012 0.068 0.023 0.013 0.030 0.028 0.093 0.460 0.251 0.015 0.006 123 G 0.053 0.083 0.020 0.008 0.065 0.007 0.026 0.143 0.146 0.397 0.051 124 L 0.133 0.101 0.023 0.005 0.252 0.008 0.012 0.113 0.218 0.094 0.041 125 A 0.009 0.008 0.011 0.022 0.009 0.038 0.068 0.409 0.382 0.038 0.006 126 D 0.036 0.034 0.013 0.010 0.043 0.008 0.025 0.099 0.204 0.485 0.044 127 F 0.272 0.101 0.005 0.001 0.379 0.001 0.001 0.009 0.018 0.086 0.127 128 R 0.063 0.050 0.020 0.033 0.194 0.091 0.224 0.156 0.088 0.063 0.018 129 I 0.484 0.023 0.002 0.003 0.360 0.001 0.002 0.011 0.009 0.031 0.074 130 F 0.141 0.142 0.012 0.017 0.622 0.015 0.008 0.006 0.003 0.011 0.022 131 Q 0.324 0.045 0.005 0.001 0.564 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.046 132 L 0.247 0.167 0.019 0.002 0.498 0.001 0.002 0.002 0.002 0.007 0.053 133 T 0.073 0.432 0.115 0.008 0.348 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.012 134 P 0.298 0.059 0.011 0.007 0.299 0.007 0.010 0.088 0.119 0.030 0.073 135 K 0.003 0.010 0.015 0.063 0.007 0.200 0.368 0.206 0.105 0.020 0.002 136 E 0.219 0.082 0.013 0.007 0.246 0.010 0.023 0.040 0.051 0.192 0.118 137 G 0.271 0.115 0.013 0.010 0.454 0.004 0.003 0.006 0.008 0.028 0.089 138 R 0.178 0.118 0.026 0.007 0.531 0.008 0.028 0.035 0.015 0.018 0.034 139 F 0.358 0.083 0.013 0.006 0.417 0.005 0.007 0.019 0.009 0.020 0.064 140 V 0.342 0.072 0.017 0.040 0.303 0.037 0.039 0.023 0.011 0.027 0.089 141 I 0.100 0.121 0.093 0.154 0.156 0.074 0.063 0.041 0.035 0.103 0.060 142 G 0.074 0.159 0.188 0.167 0.132 0.037 0.048 0.046 0.028 0.070 0.051 143 F 0.155 0.076 0.025 0.037 0.121 0.039 0.047 0.057 0.071 0.203 0.169 144 G 0.036 0.164 0.169 0.223 0.103 0.110 0.047 0.042 0.028 0.054 0.023 145 A 0.304 0.096 0.023 0.004 0.418 0.005 0.012 0.044 0.025 0.028 0.041 146 A 0.293 0.090 0.016 0.015 0.371 0.030 0.024 0.050 0.034 0.020 0.057 147 Y 0.112 0.219 0.044 0.012 0.448 0.016 0.018 0.039 0.024 0.032 0.037 148 H 0.313 0.102 0.012 0.001 0.421 0.002 0.008 0.019 0.011 0.036 0.074 149 I 0.175 0.200 0.062 0.036 0.220 0.037 0.030 0.028 0.026 0.095 0.092 150 S 0.018 0.344 0.479 0.054 0.084 0.004 0.002 0.005 0.003 0.003 0.004 151 G 0.008 0.023 0.021 0.029 0.015 0.018 0.030 0.365 0.433 0.050 0.008 152 D 0.008 0.049 0.036 0.015 0.022 0.019 0.067 0.401 0.292 0.080 0.010 153 R 0.024 0.073 0.021 0.007 0.054 0.008 0.031 0.234 0.195 0.320 0.034 154 L 0.163 0.079 0.010 0.003 0.188 0.005 0.019 0.199 0.160 0.114 0.061 155 D 0.057 0.085 0.024 0.023 0.121 0.036 0.110 0.296 0.168 0.054 0.026 156 T 0.122 0.077 0.029 0.012 0.200 0.011 0.061 0.171 0.108 0.160 0.049 157 L 0.159 0.214 0.093 0.031 0.240 0.012 0.028 0.058 0.048 0.068 0.048 158 V 0.045 0.387 0.218 0.027 0.208 0.011 0.021 0.037 0.022 0.011 0.015 159 P 0.212 0.189 0.054 0.004 0.327 0.004 0.012 0.035 0.034 0.050 0.077 160 I 0.162 0.200 0.060 0.016 0.287 0.015 0.025 0.057 0.046 0.079 0.054 161 T 0.091 0.152 0.081 0.048 0.173 0.051 0.081 0.108 0.066 0.097 0.052 162 G 0.055 0.165 0.150 0.132 0.113 0.041 0.024 0.093 0.081 0.102 0.044 163 D 0.082 0.110 0.086 0.043 0.150 0.025 0.040 0.159 0.114 0.140 0.052 164 K 0.052 0.111 0.080 0.054 0.092 0.040 0.066 0.201 0.135 0.132 0.038 165 G 0.046 0.114 0.093 0.069 0.089 0.043 0.062 0.151 0.097 0.180 0.057