# TARGET T0234 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0234.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.826 0.130 0.034 0.008 0.001 0.001 0.001 2 S 0.828 0.122 0.035 0.012 0.003 0.001 0.001 3 Q 0.755 0.139 0.056 0.032 0.014 0.004 0.001 4 L 0.743 0.147 0.059 0.035 0.013 0.003 0.001 5 E 0.861 0.114 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 6 K 0.782 0.174 0.034 0.008 0.001 0.001 0.001 7 A 0.504 0.228 0.137 0.093 0.033 0.004 0.001 8 Q 0.581 0.274 0.109 0.031 0.004 0.001 0.001 9 A 0.837 0.144 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 10 E 0.506 0.284 0.143 0.057 0.009 0.001 0.001 11 Y 0.299 0.209 0.183 0.207 0.090 0.011 0.001 12 A 0.564 0.313 0.098 0.022 0.002 0.001 0.001 13 G 0.707 0.240 0.045 0.008 0.001 0.001 0.001 14 F 0.309 0.175 0.168 0.209 0.119 0.020 0.001 15 I 0.188 0.216 0.223 0.224 0.121 0.027 0.001 16 Q 0.545 0.303 0.096 0.039 0.013 0.003 0.001 17 E 0.371 0.274 0.181 0.121 0.041 0.011 0.001 18 F 0.088 0.108 0.157 0.272 0.236 0.124 0.017 19 Q 0.184 0.227 0.197 0.176 0.142 0.063 0.011 20 S 0.125 0.185 0.204 0.220 0.167 0.083 0.016 21 A 0.059 0.057 0.075 0.164 0.224 0.313 0.107 22 I 0.021 0.038 0.065 0.136 0.240 0.349 0.151 23 I 0.019 0.022 0.043 0.104 0.223 0.430 0.157 24 S 0.018 0.037 0.067 0.162 0.299 0.327 0.090 25 T 0.032 0.075 0.138 0.229 0.247 0.211 0.068 26 I 0.086 0.140 0.169 0.252 0.228 0.108 0.017 27 S 0.268 0.360 0.209 0.110 0.042 0.009 0.001 28 E 0.431 0.264 0.161 0.101 0.032 0.009 0.002 29 Q 0.594 0.247 0.095 0.041 0.016 0.006 0.001 30 G 0.271 0.201 0.172 0.178 0.123 0.047 0.007 31 I 0.135 0.217 0.212 0.215 0.141 0.061 0.018 32 P 0.144 0.154 0.131 0.171 0.177 0.150 0.073 33 N 0.072 0.131 0.139 0.171 0.189 0.169 0.129 34 G 0.024 0.038 0.067 0.119 0.178 0.277 0.297 35 S 0.015 0.047 0.076 0.142 0.186 0.259 0.275 36 Y 0.011 0.025 0.048 0.103 0.155 0.292 0.366 37 A 0.007 0.015 0.029 0.075 0.143 0.322 0.409 38 P 0.009 0.019 0.040 0.094 0.197 0.341 0.300 39 F 0.002 0.006 0.016 0.045 0.117 0.369 0.444 40 V 0.002 0.009 0.022 0.066 0.193 0.458 0.250 41 I 0.007 0.034 0.103 0.268 0.327 0.226 0.035 42 D 0.091 0.238 0.241 0.257 0.139 0.031 0.003 43 D 0.313 0.302 0.223 0.121 0.034 0.006 0.001 44 A 0.690 0.224 0.059 0.020 0.005 0.001 0.001 45 K 0.444 0.345 0.146 0.050 0.012 0.002 0.001 46 N 0.044 0.170 0.267 0.313 0.164 0.040 0.002 47 I 0.007 0.026 0.063 0.220 0.362 0.286 0.037 48 Y 0.005 0.014 0.038 0.101 0.278 0.433 0.130 49 I 0.004 0.005 0.015 0.043 0.103 0.413 0.417 50 Y 0.004 0.010 0.020 0.072 0.168 0.406 0.321 51 V 0.004 0.009 0.020 0.052 0.149 0.417 0.348 52 S 0.012 0.040 0.072 0.152 0.248 0.323 0.153 53 G 0.025 0.087 0.149 0.240 0.249 0.189 0.061 54 L 0.031 0.068 0.111 0.188 0.267 0.272 0.063 55 A 0.055 0.093 0.145 0.235 0.259 0.185 0.027 56 V 0.154 0.277 0.227 0.176 0.108 0.050 0.009 57 H 0.060 0.100 0.159 0.242 0.256 0.160 0.023 58 T 0.091 0.110 0.125 0.193 0.249 0.205 0.026 59 K 0.193 0.258 0.226 0.185 0.094 0.037 0.007 60 N 0.264 0.234 0.192 0.154 0.100 0.048 0.008 61 I 0.111 0.104 0.136 0.234 0.258 0.141 0.016 62 E 0.314 0.252 0.179 0.151 0.074 0.026 0.003 63 A 0.385 0.312 0.161 0.089 0.039 0.012 0.001 64 N 0.197 0.218 0.209 0.206 0.125 0.041 0.004 65 P 0.103 0.151 0.186 0.257 0.198 0.093 0.011 66 L 0.084 0.201 0.248 0.236 0.151 0.069 0.010 67 V 0.020 0.034 0.065 0.167 0.298 0.336 0.079 68 N 0.011 0.032 0.069 0.155 0.281 0.365 0.086 69 V 0.004 0.006 0.018 0.051 0.126 0.480 0.315 70 L 0.007 0.016 0.040 0.122 0.237 0.400 0.178 71 F 0.005 0.011 0.030 0.081 0.247 0.489 0.138 72 V 0.008 0.032 0.089 0.227 0.381 0.241 0.021 73 D 0.051 0.177 0.273 0.279 0.167 0.048 0.004 74 D 0.276 0.273 0.228 0.149 0.056 0.017 0.001 75 E 0.574 0.234 0.101 0.061 0.025 0.006 0.001 76 A 0.678 0.195 0.080 0.035 0.010 0.002 0.001 77 K 0.751 0.159 0.057 0.024 0.007 0.001 0.001 78 T 0.686 0.189 0.074 0.036 0.012 0.002 0.001 79 N 0.658 0.224 0.076 0.031 0.008 0.002 0.001 80 Q 0.476 0.312 0.124 0.063 0.020 0.005 0.001 81 I 0.305 0.247 0.193 0.158 0.074 0.020 0.002 82 F 0.207 0.209 0.183 0.195 0.141 0.060 0.005 83 A 0.205 0.208 0.202 0.210 0.125 0.046 0.005 84 R 0.134 0.198 0.190 0.224 0.164 0.080 0.010 85 R 0.102 0.208 0.209 0.216 0.170 0.081 0.015 86 R 0.034 0.112 0.191 0.261 0.219 0.151 0.033 87 L 0.007 0.023 0.049 0.125 0.275 0.402 0.119 88 S 0.011 0.077 0.204 0.325 0.242 0.119 0.022 89 F 0.003 0.009 0.021 0.077 0.269 0.497 0.124 90 D 0.016 0.120 0.327 0.356 0.140 0.037 0.004 91 C 0.008 0.036 0.076 0.218 0.383 0.256 0.022 92 T 0.026 0.182 0.378 0.280 0.109 0.024 0.001 93 A 0.012 0.034 0.092 0.295 0.409 0.153 0.005 94 T 0.136 0.396 0.301 0.127 0.034 0.006 0.001 95 L 0.167 0.314 0.270 0.173 0.063 0.012 0.001 96 I 0.057 0.127 0.235 0.373 0.185 0.023 0.001 97 E 0.461 0.354 0.131 0.043 0.010 0.002 0.001 98 R 0.640 0.217 0.093 0.039 0.010 0.001 0.001 99 E 0.627 0.238 0.082 0.040 0.011 0.002 0.001 100 S 0.615 0.242 0.098 0.035 0.009 0.002 0.001 101 Q 0.755 0.181 0.044 0.014 0.004 0.001 0.001 102 K 0.309 0.329 0.208 0.112 0.035 0.006 0.001 103 W 0.060 0.170 0.283 0.290 0.164 0.032 0.001 104 N 0.327 0.432 0.173 0.054 0.011 0.002 0.001 105 Q 0.152 0.416 0.308 0.104 0.018 0.003 0.001 106 V 0.011 0.027 0.060 0.210 0.459 0.224 0.008 107 V 0.011 0.074 0.234 0.396 0.233 0.049 0.002 108 D 0.195 0.487 0.218 0.071 0.022 0.006 0.001 109 Q 0.023 0.119 0.319 0.355 0.153 0.030 0.002 110 F 0.006 0.008 0.022 0.101 0.358 0.466 0.039 111 Q 0.056 0.170 0.248 0.300 0.167 0.052 0.006 112 E 0.271 0.406 0.181 0.079 0.040 0.020 0.003 113 R 0.041 0.117 0.237 0.340 0.197 0.061 0.006 114 F 0.063 0.142 0.188 0.234 0.234 0.130 0.010 115 G 0.488 0.264 0.117 0.082 0.037 0.011 0.001 116 Q 0.370 0.377 0.169 0.063 0.017 0.003 0.001 117 I 0.137 0.140 0.187 0.254 0.204 0.072 0.007 118 I 0.160 0.248 0.244 0.211 0.106 0.028 0.002 119 E 0.535 0.323 0.093 0.036 0.010 0.002 0.001 120 V 0.134 0.231 0.274 0.234 0.102 0.024 0.001 121 L 0.068 0.088 0.134 0.254 0.297 0.147 0.012 122 R 0.170 0.267 0.237 0.186 0.104 0.032 0.004 123 G 0.293 0.363 0.204 0.100 0.032 0.008 0.001 124 L 0.045 0.089 0.148 0.289 0.304 0.115 0.010 125 A 0.159 0.264 0.228 0.181 0.105 0.054 0.009 126 D 0.045 0.104 0.168 0.274 0.250 0.139 0.021 127 F 0.013 0.016 0.031 0.090 0.236 0.452 0.163 128 R 0.013 0.048 0.087 0.171 0.254 0.316 0.111 129 I 0.007 0.013 0.039 0.096 0.190 0.432 0.223 130 F 0.005 0.017 0.032 0.096 0.232 0.437 0.180 131 Q 0.014 0.087 0.211 0.313 0.228 0.121 0.025 132 L 0.008 0.026 0.051 0.153 0.389 0.333 0.041 133 T 0.064 0.275 0.341 0.235 0.071 0.012 0.001 134 P 0.093 0.200 0.230 0.284 0.155 0.036 0.003 135 K 0.266 0.406 0.204 0.092 0.026 0.006 0.001 136 E 0.221 0.336 0.233 0.145 0.052 0.013 0.001 137 G 0.038 0.080 0.140 0.234 0.317 0.176 0.015 138 R 0.030 0.117 0.198 0.287 0.243 0.108 0.016 139 F 0.019 0.029 0.048 0.106 0.199 0.403 0.196 140 V 0.019 0.063 0.098 0.180 0.242 0.259 0.139 141 I 0.028 0.056 0.085 0.148 0.204 0.282 0.197 142 G 0.018 0.033 0.046 0.116 0.218 0.340 0.229 143 F 0.019 0.031 0.050 0.091 0.156 0.350 0.303 144 G 0.024 0.046 0.078 0.151 0.202 0.308 0.191 145 A 0.024 0.069 0.113 0.197 0.259 0.243 0.094 146 A 0.013 0.022 0.043 0.102 0.230 0.433 0.157 147 Y 0.016 0.063 0.115 0.232 0.258 0.248 0.067 148 H 0.027 0.108 0.209 0.272 0.239 0.130 0.015 149 I 0.013 0.036 0.078 0.234 0.417 0.209 0.014 150 S 0.168 0.351 0.261 0.166 0.047 0.007 0.001 151 G 0.378 0.379 0.164 0.064 0.013 0.002 0.001 152 D 0.562 0.318 0.086 0.027 0.006 0.001 0.001 153 R 0.312 0.383 0.208 0.077 0.017 0.003 0.001 154 L 0.083 0.131 0.213 0.295 0.217 0.058 0.002 155 D 0.074 0.163 0.226 0.275 0.194 0.063 0.004 156 T 0.107 0.211 0.248 0.237 0.140 0.054 0.003 157 L 0.053 0.067 0.140 0.246 0.299 0.179 0.016 158 V 0.061 0.131 0.198 0.291 0.228 0.085 0.006 159 P 0.116 0.226 0.287 0.215 0.119 0.035 0.002 160 I 0.046 0.047 0.098 0.240 0.349 0.203 0.017 161 T 0.298 0.404 0.203 0.075 0.017 0.003 0.001 162 G 0.260 0.210 0.221 0.204 0.089 0.015 0.001 163 D 0.582 0.248 0.101 0.051 0.015 0.003 0.001 164 K 0.745 0.165 0.059 0.023 0.006 0.001 0.001 165 G 0.788 0.143 0.044 0.017 0.006 0.002 0.001