# TARGET T0234 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0234.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 364 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.004 0.006 0.056 0.094 0.831 2 S 0.018 0.010 0.012 0.252 0.132 0.576 3 Q 0.011 0.010 0.035 0.508 0.130 0.306 4 L 0.014 0.008 0.057 0.660 0.121 0.140 5 E 0.023 0.004 0.103 0.584 0.157 0.129 6 K 0.027 0.005 0.059 0.539 0.160 0.209 7 A 0.012 0.006 0.012 0.645 0.065 0.261 8 Q 0.002 0.001 0.004 0.956 0.012 0.026 9 A 0.001 0.001 0.005 0.983 0.006 0.005 10 E 0.001 0.001 0.005 0.981 0.007 0.005 11 Y 0.002 0.001 0.004 0.982 0.005 0.007 12 A 0.001 0.001 0.004 0.982 0.005 0.007 13 G 0.001 0.001 0.007 0.973 0.008 0.010 14 F 0.002 0.001 0.014 0.943 0.022 0.019 15 I 0.003 0.001 0.012 0.944 0.024 0.017 16 Q 0.003 0.001 0.019 0.914 0.037 0.027 17 E 0.006 0.002 0.036 0.709 0.099 0.148 18 F 0.012 0.002 0.049 0.318 0.282 0.336 19 Q 0.089 0.004 0.038 0.068 0.402 0.400 20 S 0.703 0.006 0.013 0.064 0.119 0.095 21 A 0.959 0.001 0.002 0.012 0.013 0.014 22 I 0.981 0.001 0.001 0.009 0.004 0.005 23 I 0.969 0.001 0.001 0.015 0.005 0.010 24 S 0.866 0.001 0.001 0.018 0.017 0.097 25 T 0.846 0.001 0.001 0.004 0.020 0.127 26 I 0.819 0.023 0.002 0.002 0.020 0.134 27 S 0.434 0.032 0.004 0.004 0.508 0.019 28 E 0.034 0.003 0.017 0.003 0.935 0.008 29 Q 0.003 0.001 0.013 0.002 0.976 0.006 30 G 0.021 0.014 0.009 0.001 0.945 0.010 31 I 0.166 0.068 0.004 0.002 0.335 0.424 32 P 0.459 0.115 0.008 0.002 0.174 0.241 33 N 0.438 0.030 0.016 0.002 0.247 0.267 34 G 0.573 0.015 0.010 0.001 0.180 0.220 35 S 0.558 0.012 0.007 0.001 0.186 0.236 36 Y 0.611 0.018 0.007 0.001 0.148 0.216 37 A 0.585 0.011 0.005 0.001 0.149 0.248 38 P 0.660 0.005 0.007 0.002 0.124 0.201 39 F 0.742 0.008 0.006 0.002 0.087 0.155 40 V 0.902 0.008 0.002 0.002 0.029 0.057 41 I 0.925 0.013 0.001 0.001 0.021 0.039 42 D 0.740 0.026 0.003 0.002 0.187 0.043 43 D 0.162 0.007 0.015 0.001 0.798 0.016 44 A 0.027 0.001 0.017 0.001 0.939 0.016 45 K 0.048 0.002 0.009 0.001 0.913 0.027 46 N 0.550 0.011 0.001 0.001 0.289 0.148 47 I 0.913 0.004 0.001 0.001 0.017 0.066 48 Y 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 49 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 50 Y 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 51 V 0.890 0.002 0.001 0.004 0.029 0.075 52 S 0.264 0.006 0.003 0.010 0.290 0.427 53 G 0.049 0.006 0.041 0.063 0.524 0.318 54 L 0.035 0.008 0.075 0.250 0.466 0.167 55 A 0.037 0.007 0.057 0.461 0.325 0.112 56 V 0.045 0.012 0.026 0.732 0.099 0.086 57 H 0.069 0.008 0.021 0.743 0.070 0.089 58 T 0.035 0.004 0.016 0.867 0.041 0.037 59 K 0.031 0.004 0.022 0.877 0.036 0.031 60 N 0.022 0.004 0.045 0.856 0.038 0.036 61 I 0.022 0.002 0.117 0.754 0.077 0.027 62 E 0.031 0.004 0.093 0.678 0.132 0.062 63 A 0.023 0.007 0.083 0.556 0.169 0.162 64 N 0.022 0.016 0.010 0.007 0.710 0.235 65 P 0.008 0.001 0.101 0.006 0.802 0.082 66 L 0.056 0.002 0.059 0.003 0.781 0.100 67 V 0.640 0.007 0.018 0.002 0.287 0.046 68 N 0.916 0.001 0.001 0.001 0.027 0.054 69 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 70 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 71 F 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 72 V 0.890 0.001 0.001 0.001 0.020 0.087 73 D 0.442 0.008 0.002 0.003 0.179 0.366 74 D 0.100 0.008 0.021 0.021 0.476 0.374 75 E 0.037 0.009 0.123 0.069 0.548 0.214 76 A 0.044 0.015 0.163 0.115 0.508 0.157 77 K 0.058 0.014 0.098 0.144 0.430 0.256 78 T 0.080 0.015 0.066 0.196 0.321 0.322 79 N 0.126 0.012 0.042 0.337 0.210 0.274 80 Q 0.125 0.006 0.037 0.556 0.148 0.129 81 I 0.154 0.010 0.042 0.569 0.139 0.088 82 F 0.252 0.010 0.064 0.435 0.155 0.085 83 A 0.417 0.009 0.080 0.293 0.107 0.095 84 R 0.435 0.006 0.085 0.196 0.126 0.151 85 R 0.532 0.003 0.032 0.052 0.109 0.272 86 R 0.843 0.002 0.004 0.010 0.028 0.113 87 L 0.966 0.002 0.001 0.001 0.006 0.025 88 S 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 89 F 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 90 D 0.941 0.001 0.001 0.001 0.011 0.048 91 C 0.937 0.001 0.001 0.001 0.011 0.051 92 T 0.929 0.001 0.001 0.001 0.016 0.054 93 A 0.956 0.001 0.001 0.001 0.011 0.031 94 T 0.958 0.001 0.001 0.002 0.013 0.025 95 L 0.952 0.002 0.001 0.002 0.013 0.030 96 I 0.804 0.006 0.001 0.005 0.046 0.138 97 E 0.288 0.009 0.002 0.011 0.177 0.513 98 R 0.030 0.005 0.023 0.151 0.366 0.425 99 E 0.010 0.003 0.042 0.592 0.230 0.123 100 S 0.005 0.002 0.058 0.706 0.184 0.045 101 Q 0.002 0.002 0.044 0.841 0.081 0.029 102 K 0.004 0.003 0.049 0.847 0.050 0.047 103 W 0.002 0.001 0.022 0.943 0.016 0.016 104 N 0.002 0.001 0.017 0.938 0.019 0.022 105 Q 0.002 0.001 0.012 0.958 0.014 0.013 106 V 0.002 0.001 0.005 0.976 0.008 0.009 107 V 0.001 0.001 0.003 0.985 0.004 0.006 108 D 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.003 109 Q 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 110 F 0.001 0.001 0.006 0.981 0.005 0.007 111 Q 0.001 0.001 0.013 0.970 0.010 0.007 112 E 0.001 0.001 0.012 0.959 0.015 0.013 113 R 0.001 0.001 0.008 0.917 0.024 0.049 114 F 0.002 0.002 0.013 0.699 0.087 0.197 115 G 0.002 0.001 0.054 0.617 0.151 0.175 116 Q 0.010 0.003 0.072 0.692 0.125 0.099 117 I 0.013 0.002 0.065 0.829 0.056 0.035 118 I 0.018 0.002 0.049 0.863 0.034 0.033 119 E 0.024 0.002 0.064 0.822 0.051 0.037 120 V 0.053 0.005 0.081 0.705 0.082 0.074 121 L 0.067 0.008 0.069 0.613 0.122 0.122 122 R 0.068 0.014 0.069 0.460 0.171 0.218 123 G 0.040 0.009 0.064 0.224 0.270 0.393 124 L 0.043 0.019 0.087 0.048 0.581 0.222 125 A 0.032 0.006 0.069 0.017 0.691 0.185 126 D 0.050 0.004 0.049 0.013 0.698 0.187 127 F 0.404 0.008 0.010 0.003 0.347 0.227 128 R 0.857 0.004 0.001 0.001 0.040 0.098 129 I 0.982 0.002 0.001 0.001 0.004 0.011 130 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 131 Q 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 132 L 0.925 0.002 0.001 0.001 0.009 0.064 133 T 0.760 0.004 0.002 0.001 0.059 0.175 134 P 0.506 0.003 0.079 0.005 0.250 0.158 135 K 0.407 0.002 0.142 0.005 0.316 0.128 136 E 0.625 0.003 0.096 0.008 0.210 0.058 137 G 0.785 0.006 0.008 0.009 0.090 0.103 138 R 0.891 0.005 0.003 0.006 0.039 0.056 139 F 0.911 0.010 0.002 0.007 0.027 0.043 140 V 0.858 0.010 0.003 0.007 0.059 0.063 141 I 0.660 0.011 0.008 0.006 0.169 0.146 142 G 0.358 0.008 0.019 0.008 0.366 0.241 143 F 0.249 0.016 0.023 0.011 0.422 0.280 144 G 0.221 0.022 0.021 0.007 0.365 0.365 145 A 0.269 0.029 0.023 0.011 0.249 0.420 146 A 0.383 0.022 0.049 0.015 0.217 0.315 147 Y 0.498 0.023 0.046 0.015 0.166 0.252 148 H 0.542 0.030 0.026 0.013 0.135 0.255 149 I 0.390 0.054 0.009 0.013 0.130 0.403 150 S 0.216 0.022 0.007 0.018 0.234 0.503 151 G 0.033 0.003 0.282 0.244 0.339 0.098 152 D 0.034 0.003 0.364 0.188 0.363 0.049 153 R 0.046 0.009 0.453 0.157 0.299 0.035 154 L 0.146 0.021 0.217 0.190 0.279 0.147 155 D 0.227 0.014 0.175 0.156 0.228 0.199 156 T 0.308 0.016 0.117 0.134 0.217 0.208 157 L 0.449 0.034 0.024 0.063 0.129 0.301 158 V 0.398 0.018 0.015 0.037 0.136 0.396 159 P 0.407 0.016 0.023 0.032 0.161 0.360 160 I 0.419 0.044 0.029 0.039 0.166 0.304 161 T 0.365 0.034 0.043 0.042 0.252 0.265 162 G 0.230 0.019 0.050 0.032 0.331 0.336 163 D 0.110 0.021 0.053 0.043 0.431 0.342 164 K 0.071 0.036 0.024 0.037 0.358 0.474 165 G 0.020 0.008 0.002 0.007 0.199 0.763