# TARGET T0234 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0234.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 364 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.380 0.131 0.070 0.107 0.070 0.062 0.066 0.046 0.036 0.022 0.011 2 S 0.492 0.208 0.074 0.074 0.046 0.031 0.033 0.019 0.011 0.007 0.003 3 Q 0.310 0.237 0.120 0.148 0.079 0.047 0.031 0.014 0.008 0.004 0.002 4 L 0.119 0.096 0.081 0.124 0.130 0.130 0.152 0.080 0.053 0.026 0.008 5 E 0.239 0.094 0.416 0.149 0.053 0.023 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 6 K 0.100 0.090 0.377 0.224 0.109 0.052 0.032 0.010 0.004 0.002 0.001 7 A 0.019 0.040 0.140 0.049 0.052 0.136 0.232 0.144 0.103 0.062 0.024 8 Q 0.009 0.040 0.305 0.201 0.173 0.132 0.099 0.026 0.011 0.003 0.001 9 A 0.173 0.065 0.712 0.039 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.019 0.040 0.298 0.215 0.178 0.133 0.082 0.019 0.009 0.004 0.002 11 Y 0.002 0.003 0.027 0.007 0.010 0.032 0.182 0.183 0.252 0.194 0.109 12 A 0.003 0.010 0.273 0.243 0.229 0.154 0.067 0.014 0.005 0.002 0.001 13 G 0.025 0.038 0.860 0.053 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 F 0.001 0.003 0.015 0.022 0.043 0.129 0.328 0.181 0.149 0.087 0.042 15 I 0.002 0.003 0.013 0.009 0.017 0.038 0.157 0.172 0.235 0.209 0.146 16 Q 0.028 0.057 0.623 0.156 0.081 0.034 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 17 E 0.043 0.100 0.413 0.191 0.109 0.073 0.047 0.012 0.007 0.003 0.001 18 F 0.008 0.007 0.009 0.016 0.023 0.040 0.124 0.150 0.212 0.224 0.186 19 Q 0.077 0.070 0.078 0.155 0.148 0.161 0.172 0.069 0.041 0.019 0.010 20 S 0.005 0.012 0.056 0.059 0.078 0.100 0.187 0.156 0.156 0.113 0.077 21 A 0.002 0.002 0.004 0.008 0.010 0.022 0.100 0.175 0.242 0.253 0.183 22 I 0.001 0.002 0.004 0.018 0.029 0.070 0.186 0.192 0.202 0.162 0.134 23 I 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.007 0.032 0.080 0.194 0.307 0.370 24 S 0.001 0.001 0.002 0.007 0.014 0.033 0.117 0.181 0.250 0.220 0.175 25 T 0.001 0.003 0.004 0.011 0.015 0.027 0.098 0.152 0.242 0.252 0.195 26 I 0.001 0.006 0.006 0.037 0.071 0.105 0.186 0.178 0.178 0.127 0.105 27 S 0.035 0.086 0.058 0.212 0.206 0.155 0.137 0.063 0.029 0.012 0.006 28 E 0.495 0.158 0.064 0.144 0.077 0.035 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 29 Q 0.314 0.192 0.059 0.165 0.092 0.063 0.056 0.025 0.017 0.010 0.007 30 G 0.179 0.130 0.033 0.116 0.115 0.108 0.104 0.069 0.061 0.047 0.038 31 I 0.016 0.077 0.026 0.125 0.159 0.181 0.183 0.099 0.068 0.038 0.029 32 P 0.009 0.008 0.005 0.017 0.026 0.044 0.098 0.126 0.195 0.223 0.250 33 N 0.034 0.032 0.015 0.092 0.124 0.131 0.195 0.136 0.109 0.074 0.059 34 G 0.010 0.009 0.004 0.021 0.026 0.036 0.091 0.146 0.211 0.236 0.209 35 S 0.021 0.022 0.012 0.056 0.069 0.093 0.151 0.147 0.161 0.140 0.126 36 Y 0.004 0.005 0.003 0.016 0.022 0.044 0.133 0.177 0.215 0.220 0.162 37 A 0.004 0.005 0.003 0.016 0.025 0.046 0.123 0.167 0.216 0.213 0.182 38 P 0.008 0.011 0.007 0.031 0.036 0.055 0.128 0.158 0.204 0.196 0.166 39 F 0.003 0.004 0.003 0.016 0.023 0.038 0.100 0.151 0.219 0.243 0.201 40 V 0.006 0.013 0.010 0.057 0.069 0.089 0.160 0.164 0.179 0.146 0.106 41 I 0.006 0.009 0.007 0.043 0.062 0.100 0.186 0.182 0.187 0.126 0.091 42 D 0.041 0.060 0.035 0.119 0.117 0.143 0.177 0.122 0.097 0.057 0.033 43 D 0.256 0.260 0.075 0.182 0.085 0.060 0.045 0.018 0.011 0.006 0.003 44 A 0.357 0.160 0.059 0.148 0.097 0.055 0.049 0.028 0.021 0.015 0.012 45 K 0.138 0.196 0.075 0.239 0.162 0.083 0.062 0.026 0.012 0.005 0.002 46 N 0.002 0.024 0.020 0.153 0.265 0.260 0.177 0.061 0.025 0.009 0.004 47 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.056 0.177 0.274 0.283 0.196 48 Y 0.001 0.001 0.001 0.009 0.032 0.091 0.251 0.246 0.184 0.112 0.073 49 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.082 0.208 0.338 0.345 50 Y 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.024 0.111 0.191 0.251 0.234 0.172 51 V 0.001 0.002 0.002 0.008 0.010 0.017 0.070 0.150 0.258 0.270 0.212 52 S 0.021 0.035 0.018 0.107 0.134 0.135 0.181 0.145 0.113 0.073 0.038 53 G 0.102 0.107 0.051 0.164 0.154 0.136 0.133 0.077 0.044 0.022 0.009 54 L 0.090 0.084 0.045 0.128 0.139 0.123 0.147 0.095 0.074 0.050 0.025 55 A 0.137 0.100 0.069 0.129 0.096 0.095 0.121 0.084 0.082 0.051 0.036 56 V 0.127 0.099 0.082 0.154 0.131 0.129 0.116 0.064 0.048 0.033 0.018 57 H 0.025 0.050 0.053 0.092 0.092 0.113 0.166 0.133 0.126 0.094 0.057 58 T 0.030 0.023 0.038 0.067 0.089 0.119 0.189 0.139 0.138 0.098 0.070 59 K 0.114 0.103 0.228 0.239 0.142 0.079 0.051 0.020 0.013 0.007 0.004 60 N 0.053 0.113 0.133 0.177 0.146 0.128 0.127 0.056 0.037 0.021 0.012 61 I 0.015 0.007 0.012 0.016 0.018 0.029 0.078 0.105 0.187 0.236 0.296 62 E 0.064 0.098 0.135 0.221 0.183 0.129 0.110 0.033 0.017 0.007 0.003 63 A 0.097 0.137 0.274 0.223 0.113 0.072 0.047 0.018 0.011 0.005 0.003 64 N 0.040 0.082 0.052 0.156 0.159 0.137 0.147 0.092 0.060 0.044 0.031 65 P 0.070 0.047 0.018 0.070 0.087 0.107 0.186 0.147 0.126 0.085 0.056 66 L 0.027 0.065 0.045 0.176 0.217 0.193 0.156 0.059 0.034 0.017 0.010 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.029 0.087 0.213 0.324 0.338 68 N 0.003 0.008 0.008 0.063 0.088 0.136 0.237 0.173 0.144 0.080 0.060 69 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.051 0.115 0.237 0.316 0.260 70 L 0.001 0.002 0.002 0.014 0.029 0.057 0.153 0.217 0.225 0.178 0.123 71 F 0.001 0.002 0.002 0.009 0.015 0.026 0.093 0.157 0.226 0.262 0.207 72 V 0.002 0.007 0.007 0.061 0.108 0.120 0.198 0.181 0.153 0.104 0.060 73 D 0.019 0.053 0.026 0.166 0.201 0.180 0.175 0.099 0.051 0.022 0.008 74 D 0.158 0.147 0.071 0.199 0.145 0.102 0.087 0.044 0.025 0.016 0.006 75 E 0.474 0.189 0.071 0.128 0.060 0.030 0.024 0.010 0.007 0.004 0.002 76 A 0.227 0.123 0.033 0.094 0.080 0.082 0.111 0.079 0.074 0.058 0.037 77 K 0.219 0.243 0.082 0.159 0.100 0.069 0.054 0.028 0.023 0.014 0.009 78 T 0.133 0.092 0.050 0.112 0.092 0.106 0.136 0.087 0.085 0.065 0.042 79 N 0.248 0.132 0.094 0.163 0.118 0.089 0.068 0.035 0.029 0.017 0.008 80 Q 0.124 0.101 0.084 0.159 0.119 0.110 0.118 0.068 0.060 0.036 0.020 81 I 0.099 0.052 0.053 0.102 0.080 0.102 0.144 0.106 0.116 0.087 0.060 82 F 0.078 0.050 0.085 0.104 0.102 0.121 0.160 0.104 0.101 0.063 0.034 83 A 0.050 0.045 0.119 0.144 0.103 0.117 0.161 0.098 0.083 0.050 0.030 84 R 0.023 0.031 0.104 0.134 0.139 0.156 0.154 0.095 0.082 0.054 0.029 85 R 0.027 0.033 0.110 0.138 0.125 0.143 0.177 0.110 0.074 0.042 0.020 86 R 0.018 0.047 0.143 0.199 0.188 0.170 0.122 0.056 0.035 0.017 0.007 87 L 0.002 0.003 0.010 0.011 0.015 0.024 0.090 0.146 0.222 0.247 0.229 88 S 0.011 0.049 0.103 0.294 0.259 0.147 0.083 0.031 0.015 0.006 0.003 89 F 0.001 0.002 0.005 0.008 0.012 0.021 0.089 0.136 0.243 0.244 0.238 90 D 0.072 0.193 0.164 0.389 0.138 0.031 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 91 C 0.002 0.003 0.002 0.007 0.014 0.034 0.145 0.189 0.262 0.209 0.133 92 T 0.091 0.272 0.156 0.340 0.109 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 93 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.058 0.108 0.266 0.283 0.269 94 T 0.051 0.148 0.128 0.381 0.193 0.065 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 95 L 0.015 0.077 0.028 0.103 0.140 0.169 0.235 0.111 0.073 0.035 0.014 96 I 0.002 0.006 0.008 0.023 0.036 0.058 0.122 0.134 0.184 0.199 0.229 97 E 0.160 0.334 0.132 0.196 0.107 0.039 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 98 R 0.446 0.212 0.104 0.142 0.061 0.020 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 99 E 0.431 0.275 0.080 0.105 0.049 0.029 0.018 0.005 0.003 0.002 0.001 100 S 0.155 0.096 0.075 0.133 0.113 0.136 0.158 0.061 0.045 0.019 0.009 101 Q 0.386 0.110 0.231 0.139 0.064 0.035 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 102 K 0.041 0.100 0.318 0.145 0.085 0.115 0.114 0.041 0.023 0.011 0.006 103 W 0.002 0.006 0.027 0.042 0.069 0.159 0.275 0.176 0.132 0.081 0.031 104 N 0.055 0.070 0.332 0.180 0.117 0.096 0.085 0.031 0.021 0.010 0.004 105 Q 0.018 0.045 0.484 0.201 0.126 0.070 0.038 0.011 0.005 0.002 0.001 106 V 0.001 0.002 0.008 0.007 0.009 0.024 0.120 0.165 0.255 0.256 0.152 107 V 0.001 0.001 0.006 0.028 0.074 0.180 0.313 0.177 0.133 0.063 0.025 108 D 0.014 0.035 0.680 0.144 0.067 0.033 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 109 Q 0.006 0.021 0.071 0.153 0.186 0.245 0.213 0.065 0.028 0.010 0.003 110 F 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.007 0.051 0.131 0.301 0.322 0.179 111 Q 0.002 0.005 0.030 0.131 0.216 0.241 0.225 0.087 0.043 0.015 0.004 112 E 0.010 0.031 0.736 0.138 0.053 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 113 R 0.003 0.010 0.015 0.048 0.093 0.232 0.349 0.144 0.071 0.028 0.007 114 F 0.003 0.006 0.004 0.012 0.018 0.051 0.185 0.253 0.236 0.161 0.072 115 G 0.140 0.148 0.208 0.159 0.117 0.081 0.066 0.033 0.025 0.015 0.009 116 Q 0.311 0.171 0.162 0.158 0.094 0.049 0.030 0.011 0.008 0.004 0.002 117 I 0.018 0.019 0.012 0.031 0.034 0.059 0.150 0.163 0.218 0.178 0.119 118 I 0.017 0.014 0.021 0.059 0.083 0.150 0.211 0.153 0.154 0.092 0.046 119 E 0.098 0.119 0.411 0.182 0.087 0.048 0.030 0.012 0.007 0.003 0.002 120 V 0.016 0.027 0.064 0.094 0.113 0.176 0.230 0.127 0.084 0.046 0.022 121 L 0.019 0.012 0.012 0.025 0.027 0.049 0.129 0.159 0.184 0.203 0.181 122 R 0.083 0.105 0.130 0.184 0.140 0.119 0.110 0.054 0.041 0.023 0.013 123 G 0.263 0.148 0.170 0.158 0.089 0.066 0.049 0.023 0.017 0.010 0.007 124 L 0.039 0.031 0.015 0.047 0.049 0.069 0.145 0.135 0.164 0.160 0.146 125 A 0.146 0.098 0.060 0.124 0.111 0.133 0.135 0.072 0.062 0.037 0.021 126 D 0.151 0.184 0.095 0.255 0.152 0.081 0.048 0.017 0.010 0.005 0.003 127 F 0.008 0.012 0.015 0.050 0.064 0.101 0.164 0.173 0.184 0.148 0.080 128 R 0.005 0.020 0.018 0.137 0.198 0.206 0.225 0.099 0.056 0.025 0.011 129 I 0.001 0.002 0.003 0.017 0.023 0.039 0.100 0.175 0.217 0.221 0.202 130 F 0.001 0.001 0.003 0.014 0.027 0.052 0.171 0.224 0.227 0.180 0.100 131 Q 0.007 0.043 0.040 0.294 0.261 0.155 0.115 0.049 0.024 0.008 0.004 132 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.026 0.076 0.233 0.343 0.314 133 T 0.025 0.189 0.055 0.423 0.217 0.060 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 134 P 0.002 0.004 0.001 0.010 0.016 0.030 0.114 0.176 0.265 0.224 0.159 135 K 0.285 0.269 0.082 0.243 0.083 0.026 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 136 E 0.147 0.262 0.046 0.256 0.142 0.082 0.045 0.013 0.005 0.002 0.001 137 G 0.022 0.011 0.006 0.024 0.028 0.044 0.092 0.144 0.228 0.220 0.180 138 R 0.028 0.112 0.046 0.256 0.222 0.169 0.104 0.036 0.017 0.006 0.003 139 F 0.006 0.015 0.023 0.043 0.050 0.064 0.146 0.165 0.208 0.161 0.120 140 V 0.018 0.028 0.025 0.117 0.146 0.172 0.195 0.127 0.089 0.052 0.032 141 I 0.069 0.079 0.035 0.154 0.149 0.129 0.141 0.101 0.078 0.044 0.021 142 G 0.092 0.089 0.059 0.145 0.130 0.122 0.121 0.086 0.078 0.051 0.027 143 F 0.040 0.038 0.016 0.064 0.076 0.097 0.180 0.151 0.140 0.113 0.085 144 G 0.066 0.057 0.026 0.077 0.085 0.100 0.143 0.133 0.134 0.108 0.072 145 A 0.147 0.168 0.082 0.203 0.144 0.092 0.073 0.037 0.027 0.016 0.010 146 A 0.055 0.031 0.021 0.064 0.070 0.078 0.144 0.139 0.153 0.135 0.111 147 Y 0.042 0.044 0.026 0.092 0.116 0.144 0.195 0.131 0.104 0.069 0.037 148 H 0.055 0.079 0.057 0.176 0.147 0.127 0.155 0.084 0.063 0.036 0.022 149 I 0.005 0.005 0.005 0.012 0.019 0.037 0.095 0.130 0.191 0.244 0.259 150 S 0.118 0.429 0.107 0.180 0.083 0.035 0.024 0.010 0.007 0.004 0.003 151 G 0.240 0.083 0.039 0.132 0.134 0.125 0.113 0.058 0.041 0.023 0.012 152 D 0.631 0.172 0.051 0.074 0.033 0.016 0.011 0.005 0.004 0.002 0.002 153 R 0.043 0.122 0.098 0.254 0.179 0.126 0.102 0.038 0.023 0.009 0.005 154 L 0.024 0.016 0.010 0.034 0.053 0.084 0.158 0.170 0.174 0.147 0.131 155 D 0.127 0.167 0.177 0.202 0.135 0.090 0.060 0.022 0.012 0.006 0.003 156 T 0.089 0.127 0.134 0.229 0.155 0.103 0.091 0.035 0.021 0.010 0.004 157 L 0.007 0.006 0.004 0.016 0.023 0.041 0.106 0.138 0.205 0.238 0.215 158 V 0.061 0.118 0.057 0.139 0.142 0.138 0.144 0.082 0.062 0.037 0.020 159 P 0.080 0.067 0.052 0.120 0.118 0.106 0.149 0.114 0.098 0.062 0.035 160 I 0.080 0.053 0.036 0.076 0.088 0.113 0.174 0.127 0.105 0.090 0.059 161 T 0.132 0.247 0.088 0.205 0.122 0.065 0.060 0.035 0.024 0.015 0.008 162 G 0.241 0.081 0.037 0.103 0.110 0.105 0.110 0.078 0.063 0.046 0.026 163 D 0.382 0.182 0.080 0.112 0.061 0.043 0.053 0.030 0.024 0.019 0.014 164 K 0.266 0.170 0.076 0.151 0.106 0.070 0.074 0.037 0.028 0.016 0.007 165 G 0.602 0.157 0.030 0.068 0.042 0.028 0.024 0.016 0.014 0.010 0.008