# TARGET T0234 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0234.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 364 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.374 0.128 0.270 0.059 0.055 0.018 0.034 0.018 0.019 0.023 0.001 2 S 0.601 0.047 0.203 0.076 0.014 0.021 0.020 0.006 0.006 0.006 0.002 3 Q 0.520 0.103 0.132 0.142 0.022 0.031 0.023 0.006 0.018 0.003 0.001 4 L 0.665 0.080 0.155 0.055 0.010 0.016 0.007 0.002 0.008 0.002 0.001 5 E 0.841 0.031 0.061 0.035 0.005 0.012 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 6 K 0.822 0.029 0.063 0.055 0.008 0.008 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 7 A 0.738 0.020 0.145 0.048 0.006 0.023 0.003 0.001 0.008 0.004 0.001 8 Q 0.977 0.002 0.010 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 A 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.968 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 Y 0.972 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 A 0.988 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 G 0.984 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 14 F 0.965 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.962 0.003 0.006 0.023 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.965 0.001 0.004 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.482 0.007 0.006 0.490 0.003 0.002 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 18 F 0.076 0.127 0.582 0.073 0.023 0.064 0.019 0.005 0.030 0.001 0.001 19 Q 0.481 0.055 0.051 0.331 0.014 0.024 0.030 0.004 0.007 0.002 0.001 20 S 0.016 0.585 0.057 0.045 0.283 0.005 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 21 A 0.008 0.801 0.064 0.004 0.103 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 22 I 0.004 0.827 0.105 0.001 0.018 0.021 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 23 I 0.016 0.642 0.237 0.007 0.021 0.055 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 24 S 0.024 0.594 0.168 0.013 0.116 0.045 0.005 0.001 0.035 0.001 0.001 25 T 0.011 0.599 0.148 0.030 0.168 0.024 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 26 I 0.009 0.461 0.307 0.068 0.077 0.058 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 27 S 0.001 0.166 0.639 0.001 0.155 0.019 0.001 0.001 0.015 0.004 0.001 28 E 0.961 0.003 0.004 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Q 0.065 0.001 0.007 0.901 0.001 0.001 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 30 G 0.007 0.001 0.024 0.018 0.006 0.001 0.065 0.805 0.001 0.072 0.001 31 I 0.015 0.223 0.678 0.002 0.006 0.011 0.005 0.001 0.059 0.001 0.001 32 P 0.068 0.003 0.887 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 33 N 0.098 0.151 0.234 0.240 0.093 0.067 0.066 0.022 0.025 0.003 0.001 34 G 0.063 0.199 0.221 0.074 0.338 0.010 0.019 0.038 0.008 0.028 0.001 35 S 0.036 0.500 0.218 0.030 0.184 0.011 0.003 0.002 0.010 0.005 0.001 36 Y 0.056 0.341 0.431 0.047 0.043 0.048 0.005 0.002 0.024 0.002 0.001 37 A 0.010 0.564 0.187 0.003 0.064 0.023 0.006 0.001 0.142 0.001 0.001 38 P 0.038 0.043 0.804 0.004 0.001 0.079 0.001 0.001 0.004 0.001 0.026 39 F 0.041 0.619 0.138 0.033 0.090 0.036 0.005 0.002 0.035 0.001 0.001 40 V 0.026 0.730 0.129 0.010 0.060 0.020 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 41 I 0.060 0.466 0.287 0.029 0.026 0.086 0.004 0.001 0.040 0.001 0.001 42 D 0.117 0.292 0.148 0.106 0.097 0.091 0.030 0.003 0.107 0.009 0.001 43 D 0.289 0.055 0.082 0.284 0.050 0.045 0.122 0.013 0.042 0.011 0.005 44 A 0.206 0.035 0.129 0.370 0.046 0.013 0.088 0.082 0.005 0.021 0.003 45 K 0.122 0.135 0.137 0.322 0.087 0.012 0.107 0.055 0.011 0.011 0.001 46 N 0.006 0.629 0.198 0.009 0.112 0.013 0.011 0.001 0.020 0.001 0.001 47 I 0.002 0.652 0.293 0.001 0.007 0.026 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 48 Y 0.002 0.827 0.122 0.001 0.013 0.018 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 49 I 0.005 0.786 0.143 0.001 0.011 0.037 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 50 Y 0.011 0.603 0.226 0.006 0.024 0.092 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 51 V 0.071 0.567 0.130 0.067 0.067 0.044 0.005 0.001 0.047 0.001 0.001 52 S 0.134 0.189 0.323 0.077 0.190 0.023 0.017 0.005 0.013 0.027 0.001 53 G 0.426 0.023 0.065 0.066 0.050 0.006 0.061 0.176 0.004 0.122 0.001 54 L 0.694 0.046 0.075 0.130 0.014 0.013 0.013 0.005 0.008 0.003 0.001 55 A 0.647 0.072 0.121 0.064 0.025 0.025 0.021 0.010 0.008 0.005 0.001 56 V 0.783 0.078 0.053 0.048 0.012 0.013 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 57 H 0.751 0.084 0.092 0.035 0.015 0.011 0.003 0.002 0.006 0.002 0.001 58 T 0.910 0.021 0.014 0.041 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 59 K 0.914 0.021 0.021 0.023 0.006 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 60 N 0.900 0.005 0.015 0.037 0.003 0.016 0.016 0.002 0.005 0.001 0.001 61 I 0.944 0.007 0.009 0.035 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.974 0.005 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.347 0.008 0.006 0.628 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 64 N 0.004 0.086 0.243 0.004 0.007 0.022 0.029 0.001 0.604 0.001 0.001 65 P 0.555 0.009 0.335 0.049 0.002 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.034 66 L 0.089 0.302 0.297 0.178 0.080 0.028 0.007 0.005 0.011 0.002 0.001 67 V 0.006 0.704 0.192 0.008 0.045 0.016 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 68 N 0.005 0.634 0.267 0.003 0.011 0.048 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 69 V 0.002 0.826 0.122 0.001 0.014 0.018 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 70 L 0.004 0.792 0.117 0.001 0.009 0.042 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 71 F 0.008 0.668 0.194 0.004 0.020 0.068 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 72 V 0.037 0.567 0.178 0.029 0.056 0.080 0.004 0.001 0.049 0.001 0.001 73 D 0.091 0.217 0.276 0.071 0.120 0.128 0.014 0.002 0.068 0.012 0.001 74 D 0.446 0.057 0.101 0.236 0.035 0.054 0.033 0.004 0.027 0.004 0.003 75 E 0.693 0.021 0.041 0.195 0.008 0.012 0.013 0.008 0.007 0.002 0.001 76 A 0.623 0.053 0.103 0.151 0.021 0.011 0.015 0.007 0.011 0.003 0.001 77 K 0.543 0.035 0.095 0.184 0.015 0.024 0.060 0.021 0.013 0.009 0.002 78 T 0.471 0.100 0.161 0.178 0.028 0.017 0.020 0.005 0.012 0.007 0.001 79 N 0.414 0.047 0.100 0.196 0.035 0.034 0.118 0.034 0.011 0.010 0.001 80 Q 0.343 0.162 0.189 0.128 0.040 0.052 0.033 0.005 0.046 0.002 0.001 81 I 0.685 0.087 0.100 0.080 0.009 0.021 0.006 0.002 0.008 0.001 0.001 82 F 0.658 0.097 0.083 0.089 0.016 0.017 0.018 0.003 0.016 0.003 0.001 83 A 0.563 0.109 0.104 0.132 0.029 0.022 0.021 0.004 0.013 0.002 0.001 84 R 0.313 0.175 0.233 0.142 0.042 0.026 0.040 0.005 0.020 0.003 0.001 85 R 0.179 0.261 0.285 0.126 0.069 0.024 0.028 0.009 0.014 0.004 0.001 86 R 0.036 0.601 0.158 0.044 0.078 0.025 0.024 0.001 0.031 0.001 0.001 87 L 0.004 0.697 0.211 0.006 0.047 0.022 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 88 S 0.002 0.886 0.060 0.002 0.035 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 89 F 0.002 0.841 0.044 0.003 0.075 0.014 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 90 D 0.005 0.639 0.225 0.007 0.031 0.048 0.003 0.001 0.041 0.001 0.001 91 C 0.007 0.393 0.097 0.007 0.451 0.008 0.015 0.006 0.011 0.006 0.001 92 T 0.005 0.674 0.244 0.008 0.029 0.027 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 93 A 0.005 0.592 0.195 0.004 0.183 0.009 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 94 T 0.002 0.876 0.045 0.001 0.033 0.009 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 95 L 0.003 0.090 0.851 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 96 I 0.164 0.445 0.155 0.098 0.024 0.066 0.003 0.001 0.044 0.001 0.001 97 E 0.021 0.296 0.524 0.003 0.119 0.021 0.002 0.001 0.009 0.004 0.001 98 R 0.692 0.066 0.081 0.092 0.026 0.014 0.008 0.004 0.011 0.004 0.001 99 E 0.792 0.026 0.086 0.054 0.014 0.007 0.004 0.003 0.005 0.009 0.001 100 S 0.952 0.002 0.013 0.023 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 Q 0.967 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 K 0.960 0.002 0.004 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 W 0.960 0.002 0.005 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 N 0.980 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 105 Q 0.983 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 V 0.977 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 V 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 D 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 Q 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 F 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 Q 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 E 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 R 0.871 0.002 0.003 0.122 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 F 0.657 0.018 0.033 0.233 0.003 0.006 0.019 0.003 0.025 0.001 0.001 115 G 0.703 0.004 0.040 0.031 0.012 0.003 0.033 0.082 0.001 0.090 0.001 116 Q 0.815 0.011 0.044 0.096 0.008 0.010 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 117 I 0.873 0.018 0.032 0.059 0.003 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 118 I 0.873 0.031 0.043 0.032 0.004 0.009 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 119 E 0.889 0.022 0.036 0.031 0.006 0.006 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 120 V 0.817 0.037 0.050 0.072 0.010 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 121 L 0.579 0.079 0.123 0.160 0.009 0.022 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 122 R 0.473 0.087 0.275 0.096 0.018 0.016 0.016 0.003 0.014 0.003 0.001 123 G 0.252 0.013 0.073 0.110 0.050 0.008 0.057 0.328 0.005 0.103 0.001 124 L 0.193 0.119 0.433 0.099 0.018 0.059 0.013 0.002 0.062 0.002 0.002 125 A 0.449 0.081 0.304 0.092 0.020 0.022 0.013 0.005 0.005 0.006 0.004 126 D 0.137 0.086 0.077 0.483 0.036 0.044 0.092 0.015 0.027 0.003 0.001 127 F 0.014 0.430 0.320 0.044 0.145 0.012 0.012 0.006 0.015 0.002 0.001 128 R 0.006 0.722 0.203 0.005 0.035 0.018 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 129 I 0.003 0.760 0.193 0.001 0.015 0.016 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 130 F 0.003 0.856 0.047 0.005 0.067 0.009 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 131 Q 0.001 0.737 0.184 0.001 0.022 0.036 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 132 L 0.004 0.692 0.227 0.002 0.030 0.026 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 133 T 0.001 0.390 0.442 0.001 0.010 0.040 0.002 0.001 0.115 0.001 0.001 134 P 0.236 0.010 0.684 0.003 0.001 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 135 K 0.749 0.015 0.005 0.223 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 E 0.038 0.459 0.033 0.193 0.250 0.003 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 137 G 0.013 0.316 0.167 0.018 0.417 0.006 0.008 0.020 0.011 0.022 0.001 138 R 0.009 0.727 0.090 0.013 0.115 0.017 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 139 F 0.009 0.541 0.281 0.010 0.094 0.043 0.002 0.001 0.017 0.003 0.001 140 V 0.020 0.683 0.149 0.026 0.022 0.053 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 141 I 0.023 0.270 0.375 0.039 0.091 0.037 0.119 0.005 0.031 0.009 0.001 142 G 0.022 0.029 0.053 0.010 0.176 0.004 0.057 0.387 0.003 0.259 0.001 143 F 0.138 0.197 0.214 0.305 0.059 0.015 0.035 0.006 0.022 0.009 0.001 144 G 0.026 0.011 0.063 0.017 0.076 0.002 0.049 0.311 0.001 0.443 0.001 145 A 0.140 0.308 0.362 0.060 0.072 0.027 0.009 0.003 0.014 0.005 0.001 146 A 0.139 0.246 0.430 0.074 0.037 0.031 0.012 0.003 0.020 0.003 0.003 147 Y 0.128 0.307 0.314 0.091 0.065 0.050 0.014 0.003 0.024 0.002 0.001 148 H 0.043 0.419 0.289 0.037 0.061 0.071 0.020 0.001 0.056 0.001 0.001 149 I 0.042 0.338 0.476 0.038 0.025 0.054 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 150 S 0.017 0.200 0.586 0.019 0.079 0.051 0.006 0.002 0.034 0.006 0.001 151 G 0.622 0.012 0.040 0.051 0.038 0.004 0.025 0.112 0.003 0.092 0.001 152 D 0.672 0.014 0.046 0.240 0.006 0.006 0.007 0.004 0.003 0.002 0.001 153 R 0.469 0.052 0.066 0.303 0.023 0.013 0.044 0.011 0.015 0.003 0.001 154 L 0.515 0.068 0.182 0.141 0.016 0.023 0.033 0.006 0.011 0.004 0.001 155 D 0.553 0.114 0.141 0.114 0.025 0.016 0.019 0.005 0.010 0.002 0.001 156 T 0.341 0.248 0.185 0.133 0.031 0.028 0.014 0.002 0.015 0.001 0.001 157 L 0.162 0.368 0.333 0.057 0.024 0.029 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 158 V 0.027 0.488 0.223 0.002 0.013 0.023 0.007 0.001 0.217 0.001 0.001 159 P 0.084 0.008 0.865 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 160 I 0.316 0.257 0.191 0.115 0.043 0.043 0.007 0.003 0.021 0.001 0.001 161 T 0.138 0.364 0.229 0.161 0.055 0.016 0.009 0.002 0.023 0.003 0.001 162 G 0.051 0.018 0.102 0.019 0.139 0.002 0.028 0.204 0.003 0.435 0.001 163 D 0.179 0.135 0.352 0.130 0.054 0.065 0.034 0.009 0.025 0.009 0.007 164 K 0.139 0.175 0.345 0.226 0.027 0.028 0.026 0.007 0.023 0.003 0.002 165 G 0.046 0.022 0.103 0.020 0.117 0.004 0.040 0.242 0.003 0.403 0.001