# TARGET T0234 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0234.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 364 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.050 0.188 0.077 0.013 0.131 0.007 0.019 0.323 0.109 0.054 0.028 2 S 0.028 0.133 0.041 0.005 0.074 0.010 0.035 0.496 0.130 0.033 0.014 3 Q 0.034 0.062 0.026 0.004 0.052 0.004 0.017 0.515 0.172 0.092 0.022 4 L 0.023 0.065 0.021 0.004 0.045 0.004 0.010 0.633 0.142 0.043 0.011 5 E 0.007 0.033 0.013 0.005 0.019 0.013 0.044 0.727 0.112 0.021 0.006 6 K 0.020 0.042 0.020 0.005 0.025 0.006 0.033 0.601 0.099 0.128 0.022 7 A 0.016 0.115 0.066 0.005 0.029 0.004 0.009 0.569 0.089 0.089 0.010 8 Q 0.002 0.021 0.008 0.001 0.006 0.001 0.002 0.861 0.088 0.008 0.001 9 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.929 0.060 0.002 0.001 10 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.952 0.033 0.009 0.001 11 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.912 0.067 0.019 0.001 12 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.916 0.080 0.001 0.001 13 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.940 0.045 0.004 0.001 14 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.873 0.089 0.020 0.001 15 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.793 0.171 0.017 0.002 16 Q 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.048 0.628 0.281 0.026 0.002 17 E 0.005 0.010 0.006 0.003 0.010 0.011 0.171 0.456 0.203 0.121 0.005 18 F 0.136 0.257 0.043 0.004 0.263 0.003 0.015 0.088 0.063 0.074 0.056 19 Q 0.046 0.029 0.011 0.027 0.041 0.052 0.140 0.274 0.172 0.175 0.034 20 S 0.185 0.161 0.043 0.017 0.356 0.010 0.028 0.042 0.032 0.084 0.042 21 A 0.167 0.200 0.018 0.009 0.560 0.007 0.004 0.008 0.003 0.006 0.017 22 I 0.253 0.042 0.003 0.002 0.660 0.003 0.005 0.005 0.001 0.002 0.024 23 I 0.377 0.043 0.005 0.003 0.492 0.006 0.008 0.007 0.004 0.008 0.045 24 S 0.223 0.133 0.015 0.003 0.523 0.004 0.010 0.009 0.003 0.017 0.060 25 T 0.211 0.242 0.034 0.002 0.412 0.001 0.002 0.007 0.003 0.027 0.059 26 I 0.074 0.365 0.066 0.012 0.286 0.014 0.016 0.022 0.019 0.080 0.044 27 S 0.012 0.220 0.636 0.048 0.046 0.006 0.004 0.013 0.009 0.003 0.003 28 E 0.003 0.008 0.012 0.014 0.004 0.032 0.102 0.578 0.229 0.015 0.002 29 Q 0.002 0.563 0.249 0.068 0.026 0.009 0.032 0.021 0.011 0.017 0.003 30 G 0.027 0.013 0.017 0.024 0.010 0.013 0.006 0.007 0.019 0.587 0.276 31 I 0.013 0.536 0.302 0.003 0.128 0.001 0.002 0.009 0.004 0.002 0.002 32 P 0.102 0.323 0.118 0.008 0.262 0.017 0.040 0.050 0.034 0.018 0.027 33 N 0.148 0.114 0.054 0.033 0.150 0.026 0.085 0.062 0.090 0.142 0.096 34 G 0.102 0.211 0.100 0.013 0.183 0.011 0.011 0.047 0.093 0.155 0.074 35 S 0.039 0.438 0.193 0.014 0.208 0.006 0.013 0.027 0.022 0.033 0.008 36 Y 0.364 0.093 0.045 0.008 0.237 0.005 0.012 0.011 0.019 0.079 0.124 37 A 0.025 0.372 0.359 0.034 0.160 0.013 0.014 0.010 0.005 0.003 0.005 38 P 0.347 0.118 0.024 0.002 0.404 0.002 0.009 0.007 0.008 0.013 0.066 39 F 0.279 0.135 0.031 0.005 0.468 0.010 0.009 0.008 0.009 0.012 0.037 40 V 0.249 0.139 0.024 0.002 0.524 0.003 0.005 0.006 0.004 0.010 0.033 41 I 0.185 0.224 0.042 0.021 0.380 0.025 0.013 0.015 0.009 0.038 0.047 42 D 0.136 0.165 0.133 0.095 0.243 0.025 0.028 0.042 0.030 0.054 0.048 43 D 0.055 0.035 0.073 0.069 0.035 0.040 0.058 0.190 0.250 0.138 0.059 44 A 0.011 0.213 0.092 0.076 0.063 0.050 0.165 0.203 0.087 0.032 0.007 45 K 0.039 0.049 0.015 0.017 0.043 0.017 0.044 0.047 0.072 0.545 0.112 46 N 0.076 0.357 0.194 0.022 0.285 0.009 0.008 0.006 0.005 0.019 0.019 47 I 0.310 0.043 0.002 0.001 0.631 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 48 Y 0.165 0.068 0.006 0.003 0.740 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 49 I 0.365 0.060 0.005 0.002 0.508 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.050 50 Y 0.335 0.067 0.014 0.010 0.385 0.009 0.017 0.008 0.003 0.026 0.126 51 V 0.170 0.183 0.108 0.044 0.227 0.024 0.012 0.021 0.014 0.087 0.111 52 S 0.052 0.149 0.150 0.127 0.104 0.082 0.067 0.081 0.065 0.086 0.037 53 G 0.054 0.079 0.088 0.122 0.066 0.070 0.046 0.135 0.112 0.170 0.058 54 L 0.068 0.125 0.034 0.020 0.138 0.019 0.041 0.218 0.135 0.151 0.050 55 A 0.114 0.133 0.035 0.015 0.205 0.023 0.045 0.230 0.091 0.066 0.042 56 V 0.087 0.116 0.034 0.008 0.190 0.011 0.029 0.364 0.102 0.034 0.025 57 H 0.204 0.077 0.020 0.006 0.179 0.009 0.024 0.361 0.035 0.035 0.050 58 T 0.146 0.059 0.008 0.009 0.260 0.011 0.016 0.271 0.075 0.065 0.079 59 K 0.012 0.016 0.010 0.013 0.018 0.060 0.089 0.646 0.115 0.017 0.005 60 N 0.148 0.028 0.018 0.003 0.114 0.001 0.009 0.326 0.095 0.177 0.081 61 I 0.081 0.012 0.002 0.002 0.073 0.005 0.013 0.303 0.408 0.073 0.028 62 E 0.017 0.014 0.005 0.006 0.024 0.029 0.119 0.571 0.190 0.019 0.005 63 A 0.029 0.076 0.068 0.037 0.092 0.040 0.184 0.176 0.103 0.172 0.023 64 N 0.598 0.015 0.002 0.001 0.283 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.093 65 P 0.049 0.051 0.009 0.002 0.087 0.007 0.009 0.135 0.521 0.107 0.023 66 L 0.160 0.017 0.003 0.004 0.120 0.014 0.145 0.112 0.124 0.238 0.064 67 V 0.196 0.204 0.015 0.003 0.548 0.002 0.003 0.004 0.003 0.010 0.013 68 N 0.203 0.061 0.004 0.002 0.692 0.003 0.007 0.004 0.002 0.003 0.020 69 V 0.362 0.045 0.005 0.001 0.551 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 70 L 0.256 0.071 0.006 0.001 0.607 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.049 71 F 0.298 0.149 0.024 0.003 0.421 0.003 0.005 0.007 0.003 0.020 0.067 72 V 0.135 0.256 0.104 0.027 0.286 0.012 0.015 0.013 0.010 0.069 0.072 73 D 0.091 0.247 0.171 0.063 0.248 0.031 0.020 0.034 0.028 0.037 0.030 74 D 0.028 0.079 0.076 0.021 0.055 0.016 0.033 0.331 0.268 0.073 0.021 75 E 0.014 0.028 0.018 0.010 0.023 0.015 0.064 0.419 0.244 0.151 0.015 76 A 0.023 0.232 0.089 0.018 0.087 0.014 0.058 0.321 0.083 0.063 0.012 77 K 0.045 0.041 0.039 0.017 0.036 0.021 0.038 0.367 0.127 0.192 0.075 78 T 0.031 0.124 0.058 0.027 0.089 0.029 0.048 0.416 0.098 0.058 0.021 79 N 0.056 0.088 0.050 0.027 0.077 0.027 0.031 0.273 0.124 0.199 0.048 80 Q 0.087 0.121 0.080 0.018 0.153 0.011 0.029 0.328 0.071 0.074 0.027 81 I 0.090 0.058 0.016 0.009 0.106 0.018 0.044 0.496 0.104 0.037 0.022 82 F 0.084 0.090 0.041 0.049 0.113 0.037 0.066 0.324 0.085 0.083 0.029 83 A 0.114 0.101 0.032 0.025 0.195 0.034 0.065 0.283 0.070 0.057 0.023 84 R 0.232 0.090 0.016 0.015 0.310 0.024 0.046 0.099 0.042 0.063 0.064 85 R 0.148 0.184 0.024 0.015 0.433 0.019 0.033 0.051 0.021 0.041 0.030 86 R 0.284 0.103 0.009 0.003 0.513 0.005 0.010 0.011 0.006 0.020 0.036 87 L 0.201 0.113 0.006 0.001 0.661 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 88 S 0.306 0.094 0.010 0.003 0.494 0.003 0.002 0.002 0.002 0.011 0.073 89 F 0.273 0.105 0.030 0.007 0.502 0.005 0.004 0.003 0.002 0.007 0.061 90 D 0.235 0.013 0.013 0.020 0.116 0.064 0.191 0.031 0.046 0.143 0.130 91 C 0.075 0.477 0.096 0.003 0.331 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 92 T 0.375 0.046 0.003 0.001 0.474 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.091 93 A 0.227 0.108 0.007 0.002 0.626 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 94 T 0.023 0.425 0.015 0.001 0.533 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 L 0.609 0.015 0.002 0.001 0.231 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.130 96 I 0.040 0.247 0.166 0.115 0.160 0.079 0.105 0.028 0.012 0.022 0.027 97 E 0.108 0.374 0.158 0.015 0.233 0.005 0.008 0.027 0.011 0.017 0.042 98 R 0.038 0.121 0.067 0.010 0.070 0.008 0.010 0.338 0.224 0.088 0.027 99 E 0.018 0.071 0.036 0.011 0.031 0.011 0.023 0.522 0.198 0.066 0.014 100 S 0.007 0.042 0.016 0.006 0.018 0.005 0.022 0.697 0.131 0.047 0.007 101 Q 0.007 0.034 0.010 0.002 0.016 0.005 0.016 0.739 0.130 0.034 0.007 102 K 0.008 0.019 0.010 0.002 0.008 0.003 0.008 0.771 0.097 0.064 0.009 103 W 0.002 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.003 0.849 0.110 0.018 0.002 104 N 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.898 0.077 0.005 0.001 105 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.892 0.065 0.030 0.001 106 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.891 0.076 0.024 0.001 107 V 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.912 0.067 0.007 0.001 108 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.951 0.040 0.002 0.001 109 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.953 0.033 0.004 0.001 110 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.876 0.095 0.024 0.001 111 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.828 0.150 0.008 0.001 112 E 0.001 0.005 0.003 0.001 0.002 0.003 0.068 0.827 0.076 0.012 0.001 113 R 0.004 0.008 0.008 0.006 0.005 0.023 0.185 0.541 0.088 0.126 0.006 114 F 0.091 0.246 0.070 0.020 0.133 0.007 0.018 0.226 0.054 0.088 0.046 115 G 0.006 0.028 0.021 0.045 0.014 0.074 0.030 0.546 0.159 0.067 0.011 116 Q 0.018 0.045 0.018 0.004 0.038 0.004 0.026 0.647 0.122 0.067 0.010 117 I 0.022 0.021 0.006 0.002 0.026 0.003 0.012 0.712 0.122 0.064 0.010 118 I 0.015 0.041 0.007 0.004 0.045 0.004 0.017 0.647 0.178 0.032 0.009 119 E 0.026 0.036 0.011 0.003 0.053 0.007 0.044 0.665 0.128 0.018 0.008 120 V 0.019 0.045 0.022 0.007 0.048 0.014 0.072 0.561 0.133 0.067 0.011 121 L 0.096 0.075 0.042 0.012 0.112 0.009 0.027 0.271 0.140 0.166 0.050 122 R 0.015 0.083 0.049 0.038 0.032 0.100 0.198 0.300 0.135 0.042 0.009 123 G 0.030 0.046 0.045 0.039 0.036 0.021 0.039 0.093 0.110 0.457 0.084 124 L 0.128 0.152 0.072 0.028 0.168 0.024 0.037 0.084 0.108 0.120 0.079 125 A 0.032 0.138 0.080 0.044 0.092 0.061 0.115 0.199 0.161 0.057 0.020 126 D 0.153 0.068 0.018 0.009 0.182 0.013 0.070 0.068 0.111 0.234 0.074 127 F 0.300 0.150 0.020 0.002 0.405 0.002 0.004 0.006 0.011 0.042 0.059 128 R 0.131 0.178 0.019 0.004 0.631 0.004 0.006 0.005 0.003 0.006 0.013 129 I 0.491 0.032 0.003 0.001 0.429 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.035 130 F 0.080 0.196 0.011 0.004 0.686 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.011 131 Q 0.376 0.055 0.005 0.001 0.472 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.078 132 L 0.229 0.221 0.032 0.002 0.463 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.040 133 T 0.040 0.558 0.157 0.003 0.232 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 134 P 0.336 0.078 0.031 0.013 0.295 0.009 0.010 0.018 0.033 0.032 0.146 135 K 0.003 0.010 0.011 0.059 0.009 0.280 0.370 0.165 0.080 0.012 0.002 136 E 0.230 0.090 0.035 0.012 0.235 0.006 0.018 0.049 0.052 0.147 0.125 137 G 0.260 0.108 0.019 0.009 0.413 0.006 0.005 0.015 0.021 0.051 0.092 138 R 0.177 0.130 0.021 0.004 0.523 0.005 0.011 0.019 0.018 0.035 0.056 139 F 0.310 0.141 0.021 0.003 0.415 0.002 0.003 0.011 0.007 0.018 0.068 140 V 0.275 0.103 0.042 0.026 0.338 0.026 0.031 0.031 0.015 0.042 0.071 141 I 0.076 0.094 0.059 0.096 0.096 0.135 0.177 0.120 0.057 0.048 0.042 142 G 0.092 0.097 0.167 0.180 0.106 0.049 0.021 0.061 0.039 0.114 0.075 143 F 0.066 0.112 0.056 0.155 0.091 0.123 0.101 0.085 0.075 0.095 0.041 144 G 0.030 0.062 0.092 0.321 0.039 0.084 0.030 0.043 0.050 0.193 0.056 145 A 0.070 0.224 0.101 0.035 0.175 0.021 0.033 0.087 0.090 0.130 0.035 146 A 0.153 0.167 0.053 0.010 0.274 0.015 0.049 0.078 0.089 0.064 0.048 147 Y 0.131 0.185 0.066 0.022 0.247 0.027 0.045 0.077 0.069 0.064 0.067 148 H 0.215 0.215 0.076 0.004 0.314 0.004 0.010 0.028 0.017 0.054 0.063 149 I 0.154 0.294 0.098 0.019 0.283 0.016 0.014 0.025 0.014 0.033 0.051 150 S 0.053 0.334 0.310 0.060 0.121 0.015 0.016 0.027 0.014 0.031 0.019 151 G 0.007 0.038 0.055 0.042 0.018 0.016 0.011 0.351 0.363 0.089 0.010 152 D 0.012 0.024 0.011 0.004 0.021 0.008 0.034 0.517 0.279 0.078 0.013 153 R 0.015 0.048 0.017 0.005 0.034 0.007 0.028 0.450 0.212 0.175 0.010 154 L 0.067 0.040 0.017 0.005 0.081 0.005 0.014 0.360 0.211 0.158 0.043 155 D 0.023 0.082 0.039 0.012 0.066 0.030 0.064 0.394 0.198 0.078 0.014 156 T 0.067 0.150 0.043 0.004 0.188 0.004 0.028 0.233 0.100 0.154 0.029 157 L 0.238 0.123 0.039 0.005 0.269 0.005 0.019 0.082 0.060 0.084 0.077 158 V 0.035 0.409 0.202 0.020 0.192 0.010 0.021 0.073 0.023 0.008 0.008 159 P 0.163 0.246 0.078 0.006 0.310 0.006 0.021 0.070 0.029 0.031 0.040 160 I 0.111 0.121 0.065 0.032 0.186 0.050 0.092 0.114 0.087 0.091 0.051 161 T 0.088 0.125 0.069 0.077 0.129 0.073 0.135 0.120 0.069 0.068 0.047 162 G 0.027 0.081 0.120 0.213 0.048 0.079 0.034 0.071 0.080 0.211 0.037 163 D 0.099 0.151 0.101 0.047 0.174 0.037 0.056 0.109 0.069 0.113 0.043 164 K 0.037 0.148 0.097 0.093 0.062 0.077 0.111 0.148 0.098 0.090 0.040 165 G 0.029 0.066 0.109 0.236 0.040 0.083 0.028 0.059 0.055 0.233 0.061