# TARGET T0234 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0234.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 364 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.814 0.130 0.036 0.014 0.005 0.001 0.001 2 S 0.733 0.188 0.053 0.019 0.005 0.001 0.001 3 Q 0.580 0.243 0.111 0.054 0.011 0.001 0.001 4 L 0.321 0.293 0.230 0.122 0.031 0.003 0.001 5 E 0.730 0.211 0.047 0.009 0.002 0.001 0.001 6 K 0.375 0.353 0.185 0.072 0.013 0.001 0.001 7 A 0.096 0.150 0.239 0.326 0.166 0.023 0.001 8 Q 0.285 0.409 0.209 0.078 0.017 0.002 0.001 9 A 0.751 0.203 0.037 0.008 0.001 0.001 0.001 10 E 0.148 0.340 0.293 0.164 0.046 0.009 0.001 11 Y 0.020 0.036 0.081 0.291 0.407 0.160 0.006 12 A 0.062 0.242 0.370 0.249 0.067 0.009 0.001 13 G 0.245 0.507 0.188 0.050 0.008 0.002 0.001 14 F 0.010 0.040 0.133 0.332 0.345 0.133 0.007 15 I 0.007 0.017 0.058 0.207 0.425 0.268 0.017 16 Q 0.150 0.399 0.287 0.124 0.034 0.006 0.001 17 E 0.156 0.380 0.254 0.146 0.048 0.014 0.001 18 F 0.009 0.039 0.091 0.224 0.364 0.248 0.024 19 Q 0.015 0.084 0.196 0.311 0.258 0.116 0.020 20 S 0.011 0.028 0.072 0.169 0.291 0.315 0.114 21 A 0.001 0.005 0.011 0.032 0.114 0.425 0.411 22 I 0.001 0.003 0.010 0.041 0.135 0.370 0.441 23 I 0.001 0.001 0.003 0.010 0.047 0.279 0.658 24 S 0.001 0.004 0.012 0.049 0.161 0.408 0.364 25 T 0.001 0.005 0.016 0.070 0.220 0.478 0.210 26 I 0.006 0.052 0.132 0.275 0.317 0.181 0.038 27 S 0.081 0.266 0.297 0.221 0.102 0.029 0.004 28 E 0.299 0.365 0.210 0.094 0.026 0.005 0.001 29 Q 0.597 0.262 0.090 0.036 0.011 0.003 0.001 30 G 0.119 0.196 0.261 0.240 0.140 0.040 0.004 31 I 0.082 0.177 0.264 0.267 0.147 0.055 0.008 32 P 0.015 0.028 0.047 0.108 0.255 0.404 0.144 33 N 0.021 0.051 0.097 0.183 0.256 0.260 0.132 34 G 0.007 0.014 0.027 0.068 0.158 0.383 0.343 35 S 0.006 0.016 0.034 0.088 0.169 0.330 0.357 36 Y 0.003 0.010 0.023 0.056 0.117 0.345 0.447 37 A 0.004 0.012 0.025 0.059 0.147 0.361 0.391 38 P 0.004 0.013 0.034 0.077 0.180 0.390 0.301 39 F 0.002 0.005 0.012 0.038 0.150 0.470 0.322 40 V 0.004 0.024 0.058 0.148 0.279 0.402 0.084 41 I 0.006 0.036 0.102 0.243 0.362 0.229 0.022 42 D 0.052 0.172 0.268 0.292 0.173 0.040 0.002 43 D 0.436 0.342 0.148 0.059 0.014 0.002 0.001 44 A 0.477 0.324 0.135 0.051 0.011 0.002 0.001 45 K 0.127 0.345 0.300 0.167 0.052 0.009 0.001 46 N 0.007 0.027 0.128 0.346 0.359 0.124 0.008 47 I 0.001 0.002 0.005 0.022 0.136 0.631 0.204 48 Y 0.001 0.002 0.005 0.025 0.134 0.479 0.354 49 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.032 0.242 0.714 50 Y 0.001 0.002 0.004 0.018 0.081 0.321 0.574 51 V 0.001 0.004 0.013 0.042 0.129 0.429 0.382 52 S 0.004 0.021 0.055 0.147 0.276 0.326 0.171 53 G 0.040 0.115 0.167 0.225 0.208 0.179 0.066 54 L 0.048 0.099 0.144 0.198 0.220 0.211 0.080 55 A 0.155 0.205 0.200 0.189 0.144 0.090 0.017 56 V 0.087 0.187 0.227 0.221 0.160 0.094 0.023 57 H 0.043 0.067 0.109 0.215 0.287 0.238 0.041 58 T 0.054 0.102 0.164 0.246 0.255 0.161 0.019 59 K 0.215 0.369 0.239 0.126 0.040 0.011 0.001 60 N 0.057 0.166 0.257 0.287 0.160 0.066 0.007 61 I 0.025 0.033 0.074 0.218 0.394 0.236 0.020 62 E 0.176 0.328 0.270 0.155 0.056 0.012 0.001 63 A 0.277 0.336 0.207 0.117 0.045 0.015 0.002 64 N 0.034 0.129 0.247 0.275 0.225 0.083 0.008 65 P 0.020 0.080 0.163 0.288 0.281 0.149 0.018 66 L 0.008 0.041 0.112 0.258 0.320 0.206 0.055 67 V 0.001 0.002 0.008 0.032 0.134 0.519 0.304 68 N 0.001 0.002 0.007 0.033 0.125 0.439 0.395 69 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 0.277 0.681 70 L 0.001 0.001 0.004 0.022 0.109 0.402 0.461 71 F 0.001 0.001 0.005 0.029 0.144 0.522 0.299 72 V 0.002 0.013 0.048 0.160 0.344 0.366 0.068 73 D 0.021 0.108 0.238 0.337 0.222 0.069 0.007 74 D 0.189 0.318 0.251 0.157 0.063 0.018 0.004 75 E 0.391 0.297 0.161 0.097 0.040 0.013 0.001 76 A 0.348 0.256 0.186 0.129 0.061 0.018 0.001 77 K 0.445 0.286 0.150 0.080 0.029 0.009 0.001 78 T 0.337 0.222 0.174 0.146 0.083 0.034 0.005 79 N 0.313 0.266 0.190 0.132 0.064 0.028 0.006 80 Q 0.224 0.231 0.200 0.171 0.105 0.054 0.014 81 I 0.150 0.152 0.160 0.197 0.192 0.120 0.028 82 F 0.117 0.125 0.152 0.197 0.206 0.156 0.047 83 A 0.110 0.144 0.163 0.194 0.180 0.156 0.051 84 R 0.058 0.097 0.147 0.222 0.247 0.178 0.051 85 R 0.066 0.148 0.191 0.217 0.180 0.147 0.050 86 R 0.037 0.084 0.135 0.192 0.233 0.225 0.094 87 L 0.018 0.031 0.057 0.125 0.222 0.371 0.175 88 S 0.029 0.085 0.137 0.192 0.203 0.223 0.132 89 F 0.010 0.023 0.043 0.099 0.207 0.394 0.224 90 D 0.028 0.124 0.200 0.252 0.200 0.144 0.051 91 C 0.026 0.051 0.101 0.202 0.292 0.270 0.057 92 T 0.035 0.179 0.291 0.270 0.155 0.061 0.008 93 A 0.020 0.023 0.063 0.198 0.427 0.252 0.018 94 T 0.089 0.290 0.336 0.206 0.067 0.012 0.001 95 L 0.105 0.283 0.295 0.217 0.085 0.015 0.001 96 I 0.054 0.112 0.251 0.356 0.198 0.028 0.001 97 E 0.509 0.360 0.104 0.024 0.004 0.001 0.001 98 R 0.663 0.242 0.070 0.021 0.004 0.001 0.001 99 E 0.675 0.239 0.063 0.019 0.004 0.001 0.001 100 S 0.715 0.206 0.059 0.016 0.003 0.001 0.001 101 Q 0.728 0.212 0.046 0.012 0.002 0.001 0.001 102 K 0.246 0.309 0.245 0.147 0.047 0.006 0.001 103 W 0.065 0.153 0.249 0.353 0.155 0.025 0.001 104 N 0.172 0.426 0.278 0.101 0.021 0.003 0.001 105 Q 0.079 0.241 0.329 0.250 0.089 0.012 0.001 106 V 0.017 0.016 0.033 0.144 0.404 0.358 0.029 107 V 0.014 0.079 0.231 0.389 0.223 0.062 0.003 108 D 0.151 0.515 0.248 0.072 0.013 0.002 0.001 109 Q 0.018 0.091 0.215 0.359 0.243 0.069 0.005 110 F 0.008 0.019 0.062 0.215 0.415 0.264 0.017 111 Q 0.115 0.343 0.301 0.171 0.058 0.011 0.001 112 E 0.326 0.372 0.189 0.080 0.024 0.007 0.001 113 R 0.055 0.189 0.272 0.255 0.153 0.069 0.006 114 F 0.047 0.091 0.173 0.272 0.252 0.144 0.020 115 G 0.286 0.229 0.173 0.150 0.101 0.049 0.012 116 Q 0.340 0.261 0.160 0.111 0.070 0.044 0.013 117 I 0.086 0.102 0.137 0.225 0.242 0.174 0.033 118 I 0.127 0.154 0.204 0.232 0.175 0.092 0.016 119 E 0.261 0.299 0.205 0.133 0.068 0.028 0.006 120 V 0.133 0.173 0.215 0.237 0.167 0.066 0.008 121 L 0.082 0.089 0.134 0.226 0.268 0.175 0.025 122 R 0.248 0.261 0.213 0.163 0.080 0.031 0.005 123 G 0.374 0.318 0.172 0.088 0.034 0.012 0.002 124 L 0.125 0.136 0.157 0.231 0.220 0.117 0.015 125 A 0.169 0.204 0.204 0.200 0.137 0.072 0.014 126 D 0.204 0.305 0.231 0.143 0.069 0.036 0.012 127 F 0.024 0.078 0.157 0.253 0.303 0.159 0.026 128 R 0.006 0.026 0.085 0.202 0.317 0.303 0.061 129 I 0.004 0.015 0.031 0.071 0.178 0.449 0.250 130 F 0.002 0.008 0.018 0.063 0.203 0.475 0.230 131 Q 0.001 0.023 0.109 0.264 0.290 0.234 0.080 132 L 0.001 0.002 0.006 0.042 0.216 0.527 0.207 133 T 0.011 0.127 0.251 0.296 0.202 0.098 0.015 134 P 0.011 0.046 0.115 0.278 0.342 0.185 0.022 135 K 0.153 0.382 0.290 0.121 0.036 0.014 0.003 136 E 0.110 0.258 0.287 0.220 0.092 0.028 0.004 137 G 0.040 0.056 0.101 0.214 0.303 0.241 0.045 138 R 0.058 0.160 0.218 0.242 0.197 0.103 0.022 139 F 0.089 0.096 0.115 0.169 0.215 0.235 0.081 140 V 0.088 0.152 0.192 0.225 0.175 0.131 0.037 141 I 0.181 0.172 0.181 0.179 0.141 0.103 0.044 142 G 0.183 0.166 0.145 0.164 0.155 0.134 0.053 143 F 0.131 0.098 0.116 0.159 0.195 0.209 0.092 144 G 0.114 0.120 0.141 0.181 0.192 0.173 0.079 145 A 0.135 0.180 0.187 0.177 0.140 0.124 0.056 146 A 0.090 0.106 0.133 0.190 0.233 0.186 0.061 147 Y 0.056 0.088 0.148 0.223 0.249 0.191 0.044 148 H 0.077 0.138 0.185 0.210 0.202 0.152 0.036 149 I 0.044 0.053 0.091 0.199 0.300 0.251 0.061 150 S 0.181 0.248 0.214 0.169 0.106 0.066 0.016 151 G 0.146 0.190 0.210 0.224 0.147 0.071 0.011 152 D 0.391 0.256 0.154 0.106 0.060 0.026 0.006 153 R 0.226 0.252 0.224 0.159 0.092 0.039 0.007 154 L 0.091 0.093 0.146 0.248 0.253 0.153 0.016 155 D 0.169 0.238 0.255 0.198 0.102 0.035 0.004 156 T 0.155 0.226 0.245 0.197 0.116 0.053 0.008 157 L 0.053 0.052 0.091 0.219 0.328 0.233 0.024 158 V 0.127 0.163 0.206 0.233 0.176 0.085 0.010 159 P 0.258 0.230 0.195 0.165 0.098 0.048 0.006 160 I 0.296 0.258 0.192 0.152 0.078 0.022 0.002 161 T 0.378 0.311 0.186 0.088 0.030 0.007 0.001 162 G 0.454 0.255 0.150 0.096 0.037 0.008 0.001 163 D 0.715 0.181 0.065 0.027 0.009 0.002 0.001 164 K 0.744 0.162 0.062 0.025 0.006 0.001 0.001 165 G 0.738 0.177 0.058 0.021 0.005 0.001 0.001