This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA S A 3 3 NATAA Q A 4 4 NATAA L A 5 5 NATAA E A 6 6 NATAA K A 7 7 NATAA A A 8 8 NATAA Q A 9 9 NATAA A A 10 10 NATAA E A 11 11 NATAA Y A 12 12 NATAA A A 13 13 NATAA G A 14 14 NATAA F A 15 15 NATAA I A 16 16 NATAA Q A 17 17 NATAA E A 18 18 NATAA F A 19 19 NATAA Q A 20 20 NATAA S A 21 21 NATAA A A 22 22 NATAA I A 23 23 NATAA I A 24 24 NATAA S A 25 25 NATAA T A 26 26 NATAA I A 27 27 NATAA S A 28 28 NATAA E A 29 29 NATAA Q A 30 30 NATAA G A 31 31 NATAA I A 32 32 NATRO P A 33 33 NATAA N A 34 34 NATAA G A 35 35 NATAA S A 36 36 NATAA Y A 37 37 NATAA A A 38 38 NATRO P A 39 39 NATAA F A 40 40 NATAA V A 41 41 NATAA I A 42 42 NATAA D A 43 43 NATAA D A 44 44 NATAA A A 45 45 NATAA K A 46 46 NATAA N A 47 47 NATAA I A 48 48 NATAA Y A 49 49 NATAA I A 50 50 NATAA Y A 51 51 NATAA V A 52 52 NATAA S A 53 53 NATAA G A 54 54 NATAA L A 55 55 NATAA A A 56 56 NATAA V A 57 57 NATAA H A 58 58 NATAA T A 59 59 NATAA K A 60 60 NATAA N A 61 61 NATAA I A 62 62 NATAA E A 63 63 NATAA A A 64 64 NATAA N A 65 65 NATRO P A 66 66 NATAA L A 67 67 NATAA V A 68 68 NATAA N A 69 69 NATAA V A 70 70 NATAA L A 71 71 NATAA F A 72 72 NATAA V A 73 73 NATAA D A 74 74 NATAA D A 75 75 NATAA E A 76 76 NATAA A A 77 77 NATAA K A 78 78 NATAA T A 79 79 NATAA N A 80 80 NATAA Q A 81 81 NATAA I A 82 82 NATAA F A 83 83 NATAA A A 84 84 NATAA R A 85 85 NATAA R A 86 86 NATAA R A 87 87 NATAA L A 88 88 NATAA S A 89 89 NATAA F A 90 90 NATAA D A 91 91 NATRO C A 92 92 NATAA T A 93 93 NATAA A A 94 94 NATAA T A 95 95 NATAA L A 96 96 NATAA I A 97 97 NATAA E A 98 98 NATAA R A 99 99 NATAA E A 100 100 NATAA S A 101 101 NATAA Q A 102 102 NATAA K A 103 103 NATAA W A 104 104 NATAA N A 105 105 NATAA Q A 106 106 NATAA V A 107 107 NATAA V A 108 108 NATAA D A 109 109 NATAA Q A 110 110 NATAA F A 111 111 NATAA Q A 112 112 NATAA E A 113 113 NATAA R A 114 114 NATAA F A 115 115 NATAA G A 116 116 NATAA Q A 117 117 NATAA I A 118 118 NATAA I A 119 119 NATAA E A 120 120 NATAA V A 121 121 NATAA L A 122 122 NATAA R A 123 123 NATAA G A 124 124 NATAA L A 125 125 NATAA A A 126 126 NATAA D A 127 127 NATAA F A 128 128 NATAA R A 129 129 NATAA I A 130 130 NATAA F A 131 131 NATAA Q A 132 132 NATAA L A 133 133 NATAA T A 134 134 NATRO P A 135 135 NATAA K A 136 136 NATAA E A 137 137 NATAA G A 138 138 NATAA R A 139 139 NATAA F A 140 140 NATAA V A 141 141 NATAA I A 142 142 NATAA G A 143 143 NATAA F A 144 144 NATAA G A 145 145 NATAA A A 146 146 NATAA A A 147 147 NATAA Y A 148 148 NATAA H A 149 149 NATAA I A 150 150 NATAA S A 151 151 NATAA G A 152 152 NATAA D A 153 153 NATAA R A 154 154 NATAA L A 155 155 NATAA D A 156 156 NATAA T A 157 157 NATAA L A 158 158 NATAA V A 159 159 NATRO P A 160 160 NATAA I A 161 161 NATAA T A 162 162 NATAA G A 163 163 NATAA D A 164 164 NATAA K A 165 165 NATAA G