# TARGET T0232 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0232.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.009 0.024 0.063 0.234 0.646 2 E 0.036 0.018 0.080 0.090 0.466 0.309 3 D 0.040 0.013 0.099 0.092 0.528 0.228 4 G 0.069 0.018 0.090 0.085 0.503 0.236 5 M 0.158 0.033 0.051 0.063 0.438 0.257 6 N 0.194 0.026 0.033 0.047 0.315 0.384 7 T 0.298 0.028 0.070 0.059 0.275 0.271 8 F 0.456 0.023 0.062 0.055 0.186 0.218 9 D 0.574 0.014 0.053 0.044 0.143 0.172 10 L 0.589 0.013 0.051 0.044 0.144 0.159 11 Y 0.577 0.010 0.030 0.052 0.142 0.189 12 Y 0.576 0.012 0.032 0.054 0.143 0.184 13 W 0.422 0.017 0.021 0.055 0.213 0.273 14 P 0.256 0.014 0.017 0.045 0.247 0.420 15 V 0.191 0.017 0.016 0.052 0.271 0.453 16 P 0.126 0.015 0.031 0.084 0.339 0.405 17 F 0.110 0.016 0.064 0.192 0.333 0.285 18 R 0.111 0.011 0.082 0.318 0.274 0.203 19 G 0.094 0.007 0.080 0.461 0.208 0.150 20 Q 0.107 0.007 0.057 0.599 0.120 0.109 21 L 0.202 0.025 0.038 0.558 0.069 0.108 22 I 0.106 0.004 0.024 0.798 0.033 0.036 23 R 0.081 0.001 0.021 0.838 0.034 0.025 24 G 0.059 0.002 0.015 0.869 0.030 0.025 25 I 0.059 0.004 0.014 0.883 0.026 0.013 26 L 0.070 0.003 0.020 0.858 0.033 0.016 27 A 0.066 0.003 0.033 0.808 0.062 0.029 28 H 0.050 0.007 0.039 0.657 0.148 0.098 29 C 0.041 0.009 0.023 0.341 0.273 0.313 30 G 0.041 0.008 0.006 0.027 0.275 0.643 31 C 0.059 0.037 0.006 0.017 0.222 0.660 32 S 0.099 0.045 0.015 0.024 0.395 0.422 33 W 0.071 0.022 0.117 0.116 0.496 0.177 34 D 0.050 0.018 0.111 0.126 0.532 0.162 35 E 0.050 0.011 0.204 0.173 0.472 0.091 36 H 0.040 0.011 0.092 0.236 0.368 0.252 37 D 0.050 0.021 0.067 0.377 0.259 0.226 38 V 0.032 0.007 0.072 0.617 0.170 0.102 39 D 0.036 0.008 0.060 0.663 0.114 0.118 40 A 0.030 0.006 0.086 0.741 0.079 0.058 41 I 0.031 0.003 0.069 0.737 0.097 0.064 42 E 0.046 0.004 0.065 0.716 0.103 0.066 43 G 0.053 0.007 0.050 0.672 0.114 0.104 44 L 0.056 0.007 0.061 0.668 0.114 0.094 45 M 0.066 0.008 0.083 0.603 0.142 0.097 46 D 0.066 0.007 0.069 0.520 0.210 0.127 47 C 0.038 0.011 0.061 0.468 0.223 0.199 48 G 0.027 0.009 0.047 0.151 0.382 0.383 49 A 0.026 0.006 0.132 0.132 0.450 0.255 50 E 0.050 0.018 0.126 0.140 0.392 0.275 51 K 0.097 0.018 0.081 0.110 0.368 0.326 52 Q 0.135 0.015 0.034 0.093 0.259 0.464 53 P 0.216 0.026 0.054 0.142 0.206 0.356 54 V 0.323 0.025 0.097 0.152 0.213 0.190 55 A 0.347 0.013 0.110 0.158 0.191 0.181 56 F 0.350 0.014 0.076 0.131 0.211 0.218 57 M 0.238 0.014 0.024 0.073 0.236 0.416 58 G 0.095 0.011 0.007 0.014 0.219 0.653 59 P 0.093 0.009 0.012 0.013 0.246 0.627 60 P 0.201 0.012 0.030 0.023 0.232 0.501 61 V 0.505 0.027 0.039 0.032 0.151 0.246 62 L 0.669 0.019 0.024 0.031 0.100 0.158 63 I 0.626 0.014 0.017 0.045 0.107 0.190 64 D 0.394 0.011 0.024 0.077 0.238 0.257 65 R 0.110 0.006 0.090 0.233 0.363 0.199 66 E 0.092 0.008 0.124 0.210 0.415 0.150 67 R 0.071 0.008 0.119 0.235 0.414 0.153 68 N 0.091 0.008 0.054 0.194 0.353 0.300 69 F 0.238 0.032 0.044 0.230 0.236 0.221 70 A 0.297 0.019 0.041 0.232 0.171 0.240 71 I 0.290 0.009 0.118 0.252 0.183 0.148 72 S 0.240 0.009 0.104 0.243 0.227 0.177 73 Q 0.204 0.009 0.087 0.308 0.191 0.201 74 M 0.279 0.012 0.028 0.215 0.199 0.268 75 P 0.246 0.005 0.032 0.199 0.166 0.352 76 A 0.354 0.011 0.055 0.320 0.102 0.157 77 I 0.491 0.010 0.046 0.303 0.065 0.085 78 A 0.622 0.006 0.036 0.224 0.050 0.062 79 I 0.614 0.006 0.025 0.224 0.054 0.078 80 Y 0.573 0.015 0.016 0.217 0.082 0.098 81 L 0.214 0.006 0.030 0.428 0.173 0.150 82 G 0.128 0.004 0.041 0.258 0.353 0.217 83 E 0.133 0.010 0.068 0.215 0.369 0.205 84 R 0.199 0.023 0.073 0.236 0.268 0.200 85 L 0.209 0.015 0.086 0.252 0.244 0.194 86 D 0.192 0.011 0.064 0.164 0.257 0.314 87 I 0.237 0.023 0.048 0.186 0.202 0.304 88 L 0.240 0.019 0.033 0.121 0.202 0.384 89 P 0.242 0.012 0.073 0.188 0.218 0.267 90 A 0.245 0.013 0.078 0.200 0.227 0.237 91 T 0.197 0.018 0.064 0.225 0.260 0.235 92 V 0.160 0.016 0.050 0.258 0.368 0.148 93 E 0.091 0.007 0.034 0.235 0.414 0.219 94 G 0.086 0.008 0.027 0.187 0.454 0.238 95 R 0.181 0.014 0.019 0.198 0.313 0.276 96 T 0.348 0.034 0.013 0.177 0.152 0.276 97 L 0.303 0.020 0.021 0.298 0.133 0.225 98 S 0.271 0.012 0.043 0.346 0.118 0.211 99 A 0.229 0.006 0.100 0.441 0.112 0.111 100 K 0.274 0.008 0.095 0.378 0.120 0.125 101 I 0.350 0.013 0.056 0.345 0.106 0.130 102 V 0.326 0.011 0.035 0.314 0.136 0.177 103 N 0.180 0.011 0.031 0.339 0.184 0.254 104 D 0.091 0.012 0.034 0.286 0.279 0.298 105 A 0.030 0.006 0.087 0.511 0.244 0.123 106 N 0.029 0.006 0.128 0.447 0.273 0.116 107 D 0.031 0.005 0.165 0.479 0.228 0.091 108 V 0.061 0.013 0.124 0.519 0.169 0.113 109 L 0.081 0.008 0.140 0.495 0.171 0.104 110 D 0.104 0.004 0.124 0.445 0.184 0.138 111 E 0.156 0.007 0.081 0.432 0.165 0.159 112 L 0.289 0.025 0.046 0.300 0.178 0.162 113 T 0.358 0.020 0.028 0.216 0.203 0.175 114 L 0.301 0.018 0.030 0.137 0.335 0.178 115 N 0.133 0.011 0.030 0.092 0.536 0.197 116 G 0.062 0.006 0.028 0.056 0.621 0.227 117 G 0.114 0.012 0.021 0.029 0.507 0.317 118 R 0.257 0.034 0.036 0.031 0.336 0.306 119 E 0.377 0.025 0.032 0.032 0.214 0.320 120 M 0.424 0.039 0.032 0.038 0.198 0.270 121 W 0.256 0.038 0.014 0.036 0.215 0.443 122 T 0.153 0.013 0.008 0.055 0.211 0.559 123 P 0.034 0.003 0.073 0.530 0.207 0.152 124 E 0.019 0.003 0.087 0.625 0.182 0.085 125 K 0.016 0.003 0.096 0.700 0.135 0.051 126 W 0.016 0.003 0.052 0.774 0.084 0.070 127 Q 0.016 0.003 0.054 0.803 0.071 0.053 128 E 0.012 0.003 0.066 0.786 0.079 0.054 129 F 0.010 0.003 0.045 0.789 0.068 0.085 130 V 0.009 0.002 0.055 0.706 0.105 0.122 131 P 0.009 0.002 0.061 0.722 0.099 0.107 132 R 0.016 0.003 0.057 0.738 0.088 0.098 133 L 0.020 0.003 0.024 0.868 0.041 0.045 134 Q 0.025 0.001 0.015 0.893 0.032 0.034 135 K 0.025 0.001 0.013 0.903 0.025 0.033 136 W 0.034 0.002 0.014 0.910 0.018 0.022 137 I 0.047 0.001 0.012 0.899 0.015 0.024 138 R 0.061 0.001 0.010 0.888 0.015 0.024 139 I 0.066 0.003 0.011 0.872 0.018 0.030 140 F 0.094 0.005 0.010 0.802 0.038 0.050 141 A 0.072 0.002 0.021 0.734 0.098 0.072 142 D 0.040 0.003 0.021 0.643 0.180 0.113 143 T 0.034 0.008 0.032 0.499 0.267 0.161 144 G 0.048 0.010 0.031 0.218 0.406 0.286 145 A 0.047 0.009 0.064 0.180 0.449 0.251 146 R 0.054 0.015 0.104 0.211 0.434 0.182 147 N 0.049 0.009 0.093 0.214 0.434 0.200 148 G 0.071 0.011 0.035 0.100 0.389 0.394 149 L 0.157 0.030 0.043 0.121 0.304 0.345 150 S 0.269 0.026 0.059 0.123 0.284 0.238 151 A 0.236 0.016 0.093 0.181 0.295 0.178 152 A 0.197 0.014 0.095 0.195 0.326 0.172 153 S 0.157 0.007 0.078 0.188 0.367 0.202 154 G 0.248 0.009 0.047 0.117 0.324 0.256 155 F 0.479 0.026 0.031 0.080 0.192 0.192 156 M 0.592 0.024 0.019 0.071 0.149 0.146 157 L 0.458 0.013 0.023 0.104 0.208 0.193 158 G 0.287 0.014 0.023 0.104 0.298 0.273 159 T 0.204 0.012 0.073 0.158 0.365 0.188 160 E 0.196 0.011 0.077 0.205 0.312 0.199 161 K 0.235 0.016 0.058 0.218 0.261 0.212 162 I 0.199 0.015 0.026 0.274 0.229 0.258 163 G 0.177 0.014 0.012 0.200 0.160 0.438 164 V 0.178 0.011 0.036 0.525 0.106 0.144 165 A 0.115 0.004 0.042 0.716 0.062 0.061 166 D 0.114 0.003 0.045 0.740 0.046 0.051 167 I 0.088 0.003 0.030 0.831 0.024 0.023 168 V 0.075 0.002 0.022 0.857 0.019 0.024 169 T 0.098 0.002 0.017 0.849 0.014 0.019 170 A 0.073 0.001 0.012 0.884 0.013 0.017 171 I 0.077 0.002 0.010 0.876 0.014 0.022 172 L 0.073 0.002 0.011 0.879 0.014 0.021 173 W 0.067 0.001 0.014 0.868 0.021 0.029 174 T 0.049 0.002 0.016 0.839 0.040 0.054 175 T 0.045 0.004 0.020 0.783 0.064 0.084 176 V 0.032 0.003 0.031 0.806 0.068 0.059 177 A 0.017 0.002 0.114 0.717 0.105 0.045 178 D 0.013 0.002 0.135 0.609 0.162 0.078 179 R 0.012 0.003 0.091 0.603 0.163 0.128 180 F 0.021 0.006 0.059 0.422 0.256 0.236 181 P 0.027 0.004 0.105 0.353 0.259 0.252 182 A 0.063 0.011 0.155 0.435 0.194 0.141 183 I 0.099 0.011 0.169 0.472 0.160 0.089 184 K 0.123 0.005 0.124 0.453 0.161 0.135 185 G 0.166 0.006 0.092 0.368 0.161 0.206 186 I 0.255 0.027 0.052 0.340 0.152 0.175 187 I 0.248 0.020 0.048 0.335 0.173 0.176 188 E 0.237 0.008 0.067 0.220 0.297 0.172 189 D 0.142 0.012 0.049 0.115 0.404 0.278 190 T 0.093 0.014 0.030 0.103 0.402 0.358 191 S 0.095 0.006 0.014 0.045 0.371 0.469 192 P 0.184 0.009 0.027 0.080 0.263 0.437 193 I 0.452 0.026 0.040 0.094 0.187 0.200 194 I 0.624 0.023 0.035 0.091 0.121 0.105 195 W 0.563 0.007 0.035 0.118 0.140 0.137 196 G 0.472 0.009 0.028 0.109 0.185 0.198 197 L 0.324 0.016 0.046 0.212 0.209 0.193 198 S 0.278 0.011 0.047 0.219 0.221 0.224 199 R 0.221 0.006 0.079 0.367 0.195 0.133 200 R 0.316 0.012 0.046 0.350 0.149 0.127 201 V 0.298 0.012 0.030 0.453 0.100 0.107 202 V 0.310 0.009 0.030 0.435 0.102 0.114 203 A 0.242 0.006 0.026 0.484 0.097 0.145 204 T 0.180 0.007 0.023 0.390 0.142 0.257 205 A 0.112 0.009 0.022 0.279 0.194 0.385 206 P 0.084 0.010 0.051 0.340 0.196 0.319 207 L 0.061 0.008 0.165 0.378 0.227 0.162 208 A 0.056 0.007 0.212 0.392 0.208 0.125 209 A 0.068 0.006 0.173 0.392 0.230 0.130 210 L 0.076 0.009 0.110 0.341 0.256 0.207 211 N 0.081 0.013 0.057 0.239 0.293 0.316 212 S 0.077 0.007 0.064 0.283 0.301 0.268 213 K 0.097 0.011 0.046 0.339 0.277 0.229 214 S 0.113 0.016 0.050 0.312 0.243 0.266 215 F 0.132 0.012 0.087 0.407 0.193 0.169 216 E 0.119 0.009 0.146 0.442 0.168 0.116 217 E 0.132 0.007 0.150 0.403 0.195 0.112 218 Y 0.089 0.011 0.111 0.412 0.214 0.163 219 G 0.075 0.012 0.057 0.230 0.300 0.327 220 N 0.086 0.012 0.061 0.184 0.327 0.331 221 A 0.140 0.021 0.058 0.240 0.290 0.251 222 Y 0.166 0.035 0.043 0.194 0.351 0.210 223 C 0.123 0.019 0.029 0.209 0.363 0.257 224 G 0.075 0.007 0.022 0.239 0.381 0.275 225 G 0.090 0.012 0.027 0.279 0.308 0.284 226 E 0.103 0.023 0.039 0.486 0.180 0.169 227 I 0.101 0.017 0.041 0.575 0.115 0.151 228 E 0.096 0.006 0.053 0.615 0.104 0.126 229 K 0.059 0.004 0.055 0.703 0.085 0.095 230 S 0.040 0.003 0.037 0.788 0.056 0.076 231 L 0.037 0.006 0.044 0.800 0.061 0.051 232 R 0.047 0.003 0.052 0.757 0.077 0.064 233 K 0.048 0.005 0.071 0.638 0.107 0.131 234 V 0.041 0.011 0.025 0.511 0.087 0.324 235 A 0.023 0.010 0.013 0.323 0.069 0.561 236 S 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.985