# TARGET T0232 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0232.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 E 0.023 0.020 0.016 0.081 0.004 0.051 0.805 3 D 0.015 0.006 0.043 0.074 0.285 0.268 0.309 4 G 0.023 0.007 0.060 0.073 0.202 0.352 0.282 5 M 0.059 0.014 0.072 0.083 0.162 0.142 0.467 6 N 0.123 0.021 0.072 0.084 0.212 0.098 0.392 7 T 0.208 0.021 0.098 0.155 0.137 0.108 0.273 8 F 0.325 0.024 0.074 0.155 0.099 0.087 0.236 9 D 0.378 0.029 0.067 0.120 0.076 0.063 0.268 10 L 0.517 0.023 0.060 0.090 0.057 0.053 0.200 11 Y 0.548 0.011 0.046 0.093 0.063 0.061 0.178 12 Y 0.571 0.022 0.034 0.070 0.064 0.053 0.186 13 W 0.502 0.024 0.015 0.044 0.085 0.028 0.303 14 P 0.348 0.018 0.013 0.028 0.095 0.038 0.460 15 V 0.237 0.036 0.016 0.079 0.109 0.029 0.494 16 P 0.150 0.021 0.024 0.104 0.090 0.089 0.522 17 F 0.096 0.022 0.050 0.178 0.128 0.199 0.327 18 R 0.101 0.014 0.057 0.254 0.121 0.178 0.275 19 G 0.057 0.005 0.092 0.436 0.109 0.165 0.136 20 Q 0.100 0.009 0.071 0.565 0.080 0.063 0.113 21 L 0.135 0.019 0.046 0.652 0.035 0.045 0.067 22 I 0.126 0.008 0.023 0.734 0.018 0.037 0.054 23 R 0.098 0.002 0.027 0.751 0.020 0.066 0.036 24 G 0.088 0.003 0.030 0.740 0.029 0.076 0.034 25 I 0.092 0.005 0.032 0.762 0.024 0.041 0.043 26 L 0.120 0.006 0.054 0.694 0.029 0.044 0.053 27 A 0.100 0.005 0.082 0.597 0.044 0.120 0.051 28 H 0.081 0.007 0.074 0.502 0.071 0.194 0.070 29 C 0.061 0.016 0.047 0.270 0.162 0.256 0.188 30 G 0.040 0.014 0.032 0.076 0.222 0.323 0.294 31 C 0.067 0.022 0.038 0.064 0.239 0.127 0.445 32 S 0.093 0.033 0.051 0.067 0.177 0.112 0.466 33 W 0.068 0.024 0.101 0.142 0.155 0.154 0.356 34 D 0.058 0.017 0.082 0.138 0.141 0.122 0.441 35 E 0.018 0.007 0.170 0.414 0.113 0.151 0.126 36 H 0.023 0.007 0.118 0.454 0.103 0.160 0.135 37 D 0.025 0.013 0.075 0.504 0.080 0.111 0.192 38 V 0.034 0.011 0.032 0.631 0.057 0.049 0.185 39 D 0.042 0.008 0.036 0.691 0.038 0.073 0.111 40 A 0.031 0.005 0.039 0.737 0.044 0.074 0.070 41 I 0.031 0.008 0.034 0.787 0.024 0.060 0.055 42 E 0.038 0.003 0.035 0.729 0.035 0.111 0.050 43 G 0.048 0.004 0.038 0.658 0.044 0.149 0.059 44 L 0.065 0.012 0.050 0.581 0.077 0.065 0.150 45 M 0.102 0.020 0.073 0.540 0.066 0.082 0.117 46 D 0.077 0.014 0.064 0.446 0.090 0.169 0.139 47 C 0.032 0.008 0.057 0.260 0.175 0.260 0.208 48 G 0.025 0.010 0.051 0.132 0.172 0.365 0.246 49 A 0.038 0.015 0.082 0.117 0.177 0.210 0.360 50 E 0.052 0.016 0.106 0.122 0.160 0.198 0.346 51 K 0.070 0.020 0.076 0.144 0.229 0.149 0.311 52 Q 0.088 0.015 0.025 0.092 0.306 0.042 0.432 53 P 0.091 0.017 0.029 0.065 0.114 0.049 0.635 54 V 0.274 0.043 0.060 0.094 0.084 0.051 0.394 55 A 0.400 0.026 0.081 0.085 0.086 0.062 0.259 56 F 0.372 0.020 0.085 0.084 0.089 0.108 0.242 57 M 0.298 0.017 0.026 0.065 0.201 0.115 0.278 58 G 0.146 0.013 0.009 0.019 0.287 0.054 0.471 59 P 0.110 0.012 0.018 0.029 0.224 0.071 0.535 60 P 0.233 0.015 0.026 0.036 0.132 0.082 0.476 61 V 0.489 0.035 0.038 0.057 0.072 0.046 0.264 62 L 0.603 0.032 0.025 0.061 0.043 0.031 0.206 63 I 0.511 0.023 0.022 0.074 0.066 0.039 0.266 64 D 0.353 0.019 0.027 0.084 0.104 0.062 0.351 65 R 0.152 0.013 0.081 0.180 0.151 0.160 0.262 66 E 0.099 0.010 0.125 0.194 0.162 0.184 0.226 67 R 0.091 0.009 0.133 0.211 0.159 0.217 0.181 68 N 0.091 0.011 0.110 0.201 0.136 0.195 0.256 69 F 0.134 0.019 0.081 0.235 0.138 0.104 0.289 70 A 0.153 0.021 0.076 0.259 0.085 0.082 0.325 71 I 0.106 0.012 0.154 0.372 0.069 0.093 0.195 72 S 0.115 0.007 0.137 0.370 0.070 0.144 0.157 73 Q 0.082 0.009 0.073 0.422 0.087 0.155 0.172 74 M 0.078 0.009 0.015 0.257 0.168 0.033 0.440 75 P 0.088 0.007 0.026 0.436 0.070 0.067 0.307 76 A 0.166 0.011 0.034 0.593 0.038 0.052 0.106 77 I 0.217 0.008 0.039 0.629 0.020 0.030 0.057 78 A 0.234 0.004 0.033 0.633 0.022 0.021 0.053 79 I 0.215 0.006 0.038 0.629 0.028 0.035 0.048 80 Y 0.145 0.008 0.045 0.604 0.040 0.088 0.070 81 L 0.076 0.005 0.044 0.494 0.054 0.234 0.093 82 G 0.041 0.005 0.067 0.277 0.132 0.347 0.131 83 E 0.067 0.009 0.086 0.254 0.189 0.166 0.228 84 R 0.098 0.020 0.129 0.275 0.098 0.124 0.256 85 L 0.132 0.015 0.123 0.298 0.097 0.160 0.176 86 D 0.149 0.008 0.092 0.226 0.098 0.181 0.246 87 I 0.187 0.027 0.061 0.216 0.156 0.097 0.254 88 L 0.263 0.025 0.030 0.145 0.096 0.040 0.401 89 P 0.154 0.013 0.085 0.225 0.079 0.117 0.329 90 A 0.193 0.013 0.094 0.234 0.098 0.125 0.243 91 T 0.226 0.021 0.096 0.210 0.095 0.140 0.213 92 V 0.209 0.027 0.058 0.230 0.121 0.113 0.242 93 E 0.135 0.011 0.049 0.185 0.143 0.237 0.241 94 G 0.099 0.006 0.057 0.166 0.181 0.300 0.191 95 R 0.207 0.014 0.044 0.160 0.156 0.101 0.319 96 T 0.363 0.033 0.036 0.145 0.098 0.057 0.268 97 L 0.403 0.017 0.049 0.209 0.063 0.058 0.201 98 S 0.403 0.011 0.056 0.197 0.051 0.059 0.222 99 A 0.314 0.007 0.094 0.322 0.059 0.061 0.143 100 K 0.390 0.013 0.079 0.287 0.057 0.049 0.125 101 I 0.405 0.025 0.061 0.283 0.053 0.045 0.127 102 V 0.315 0.019 0.040 0.283 0.071 0.068 0.204 103 N 0.130 0.012 0.044 0.281 0.150 0.137 0.246 104 D 0.057 0.011 0.041 0.244 0.191 0.137 0.319 105 A 0.021 0.007 0.068 0.395 0.113 0.204 0.191 106 N 0.018 0.003 0.102 0.346 0.123 0.284 0.124 107 D 0.039 0.008 0.101 0.363 0.137 0.166 0.186 108 V 0.072 0.021 0.060 0.478 0.097 0.089 0.182 109 L 0.105 0.015 0.069 0.474 0.062 0.091 0.184 110 D 0.134 0.010 0.090 0.407 0.062 0.131 0.166 111 E 0.193 0.011 0.083 0.376 0.077 0.112 0.147 112 L 0.301 0.026 0.058 0.285 0.078 0.074 0.178 113 T 0.321 0.045 0.036 0.233 0.065 0.093 0.206 114 L 0.212 0.027 0.036 0.167 0.124 0.151 0.284 115 N 0.105 0.011 0.034 0.107 0.208 0.329 0.206 116 G 0.042 0.009 0.030 0.063 0.252 0.429 0.176 117 G 0.046 0.010 0.039 0.057 0.251 0.241 0.356 118 R 0.154 0.027 0.066 0.085 0.195 0.139 0.333 119 E 0.263 0.043 0.075 0.095 0.131 0.093 0.299 120 M 0.195 0.031 0.063 0.098 0.120 0.099 0.394 121 W 0.153 0.060 0.036 0.086 0.186 0.080 0.399 122 T 0.058 0.019 0.011 0.046 0.163 0.023 0.679 123 P 0.020 0.008 0.095 0.292 0.109 0.155 0.320 124 E 0.012 0.006 0.168 0.456 0.075 0.181 0.102 125 K 0.009 0.007 0.217 0.481 0.055 0.113 0.118 126 W 0.007 0.005 0.176 0.631 0.027 0.077 0.078 127 Q 0.008 0.003 0.147 0.653 0.036 0.103 0.050 128 E 0.011 0.004 0.146 0.602 0.038 0.146 0.053 129 F 0.009 0.006 0.077 0.655 0.054 0.116 0.083 130 V 0.014 0.009 0.040 0.610 0.083 0.069 0.176 131 P 0.006 0.002 0.078 0.711 0.032 0.110 0.062 132 R 0.004 0.002 0.056 0.764 0.028 0.102 0.044 133 L 0.006 0.003 0.044 0.850 0.013 0.044 0.041 134 Q 0.011 0.002 0.026 0.885 0.013 0.037 0.026 135 K 0.023 0.001 0.023 0.881 0.013 0.039 0.020 136 W 0.031 0.002 0.019 0.892 0.012 0.027 0.017 137 I 0.059 0.003 0.012 0.878 0.011 0.017 0.021 138 R 0.103 0.002 0.015 0.823 0.009 0.026 0.021 139 I 0.112 0.004 0.018 0.771 0.019 0.046 0.030 140 F 0.127 0.009 0.018 0.719 0.030 0.048 0.050 141 A 0.067 0.006 0.028 0.656 0.060 0.089 0.095 142 D 0.046 0.007 0.037 0.494 0.103 0.171 0.143 143 T 0.027 0.005 0.045 0.339 0.144 0.316 0.123 144 G 0.025 0.010 0.050 0.229 0.149 0.395 0.143 145 A 0.040 0.018 0.058 0.210 0.150 0.143 0.381 146 R 0.052 0.022 0.078 0.227 0.156 0.173 0.293 147 N 0.034 0.009 0.056 0.201 0.165 0.367 0.168 148 G 0.050 0.014 0.053 0.170 0.156 0.327 0.231 149 L 0.119 0.033 0.058 0.187 0.123 0.094 0.387 150 S 0.207 0.034 0.077 0.174 0.109 0.086 0.314 151 A 0.130 0.014 0.142 0.292 0.096 0.157 0.169 152 A 0.125 0.013 0.122 0.285 0.107 0.175 0.174 153 S 0.132 0.010 0.095 0.277 0.103 0.225 0.158 154 G 0.212 0.012 0.068 0.199 0.129 0.188 0.192 155 F 0.314 0.030 0.050 0.191 0.100 0.078 0.237 156 M 0.412 0.057 0.036 0.164 0.069 0.067 0.195 157 L 0.294 0.025 0.036 0.189 0.087 0.166 0.202 158 G 0.168 0.012 0.029 0.129 0.155 0.243 0.264 159 T 0.125 0.013 0.064 0.212 0.183 0.163 0.241 160 E 0.152 0.011 0.076 0.221 0.191 0.148 0.202 161 K 0.149 0.017 0.078 0.267 0.117 0.152 0.220 162 I 0.125 0.019 0.047 0.245 0.138 0.117 0.309 163 G 0.144 0.022 0.023 0.237 0.110 0.144 0.321 164 V 0.064 0.008 0.042 0.648 0.051 0.059 0.129 165 A 0.049 0.004 0.033 0.774 0.029 0.032 0.079 166 D 0.067 0.003 0.030 0.792 0.026 0.033 0.048 167 I 0.078 0.004 0.016 0.836 0.015 0.025 0.026 168 V 0.098 0.003 0.011 0.833 0.009 0.017 0.029 169 T 0.112 0.002 0.016 0.820 0.012 0.019 0.019 170 A 0.141 0.001 0.015 0.789 0.013 0.022 0.018 171 I 0.119 0.004 0.025 0.794 0.010 0.027 0.021 172 L 0.123 0.005 0.024 0.757 0.019 0.045 0.026 173 W 0.113 0.004 0.030 0.702 0.027 0.072 0.052 174 T 0.109 0.004 0.051 0.619 0.059 0.072 0.086 175 T 0.091 0.010 0.067 0.558 0.066 0.095 0.113 176 V 0.028 0.007 0.084 0.616 0.054 0.104 0.106 177 A 0.013 0.003 0.125 0.564 0.063 0.153 0.079 178 D 0.012 0.002 0.111 0.468 0.065 0.267 0.074 179 R 0.012 0.007 0.072 0.497 0.097 0.181 0.133 180 F 0.024 0.015 0.032 0.358 0.142 0.062 0.367 181 P 0.030 0.006 0.084 0.433 0.080 0.161 0.207 182 A 0.046 0.009 0.128 0.462 0.064 0.161 0.131 183 I 0.065 0.015 0.174 0.457 0.046 0.105 0.139 184 K 0.100 0.008 0.129 0.434 0.054 0.154 0.120 185 G 0.137 0.006 0.102 0.384 0.075 0.170 0.126 186 I 0.203 0.031 0.080 0.362 0.081 0.079 0.165 187 I 0.234 0.039 0.048 0.322 0.076 0.070 0.211 188 E 0.131 0.013 0.052 0.243 0.126 0.199 0.236 189 D 0.065 0.009 0.034 0.160 0.208 0.289 0.236 190 T 0.068 0.012 0.025 0.130 0.299 0.171 0.296 191 S 0.069 0.011 0.022 0.115 0.289 0.078 0.416 192 P 0.118 0.012 0.051 0.154 0.135 0.116 0.413 193 I 0.346 0.030 0.074 0.189 0.065 0.094 0.202 194 I 0.450 0.038 0.062 0.161 0.053 0.062 0.174 195 W 0.405 0.015 0.065 0.138 0.064 0.116 0.197 196 G 0.332 0.013 0.061 0.117 0.119 0.186 0.172 197 L 0.338 0.016 0.061 0.122 0.113 0.110 0.240 198 S 0.337 0.017 0.051 0.131 0.111 0.088 0.264 199 R 0.363 0.009 0.056 0.194 0.105 0.087 0.185 200 R 0.405 0.012 0.049 0.218 0.079 0.061 0.176 201 V 0.392 0.021 0.034 0.320 0.052 0.035 0.147 202 V 0.389 0.015 0.034 0.344 0.034 0.047 0.138 203 A 0.276 0.008 0.039 0.356 0.059 0.103 0.159 204 T 0.215 0.012 0.030 0.350 0.110 0.103 0.181 205 A 0.135 0.012 0.023 0.284 0.212 0.047 0.287 206 P 0.092 0.012 0.051 0.310 0.089 0.073 0.373 207 L 0.053 0.010 0.168 0.502 0.047 0.098 0.122 208 A 0.055 0.005 0.200 0.462 0.068 0.119 0.092 209 A 0.053 0.005 0.164 0.500 0.062 0.114 0.101 210 L 0.051 0.015 0.081 0.468 0.119 0.124 0.142 211 N 0.044 0.009 0.048 0.319 0.120 0.169 0.290 212 S 0.026 0.007 0.066 0.449 0.110 0.180 0.163 213 K 0.025 0.005 0.066 0.543 0.089 0.169 0.103 214 S 0.039 0.015 0.055 0.549 0.056 0.115 0.172 215 F 0.025 0.009 0.072 0.700 0.040 0.055 0.100 216 E 0.026 0.003 0.089 0.730 0.033 0.068 0.049 217 E 0.020 0.003 0.080 0.726 0.033 0.099 0.040 218 Y 0.020 0.006 0.046 0.646 0.059 0.149 0.075 219 G 0.036 0.009 0.038 0.329 0.078 0.377 0.133 220 N 0.072 0.014 0.074 0.235 0.133 0.237 0.235 221 A 0.125 0.025 0.083 0.276 0.157 0.143 0.192 222 Y 0.100 0.021 0.069 0.283 0.123 0.223 0.182 223 C 0.078 0.021 0.034 0.245 0.146 0.240 0.236 224 G 0.041 0.008 0.028 0.227 0.165 0.265 0.265 225 G 0.042 0.006 0.041 0.394 0.186 0.173 0.158 226 E 0.073 0.017 0.057 0.525 0.079 0.082 0.167 227 I 0.073 0.019 0.049 0.593 0.046 0.051 0.169 228 E 0.074 0.010 0.046 0.607 0.043 0.056 0.163 229 K 0.042 0.005 0.068 0.705 0.038 0.076 0.065 230 S 0.038 0.004 0.081 0.674 0.042 0.066 0.094 231 L 0.054 0.008 0.078 0.657 0.043 0.058 0.102 232 R 0.085 0.004 0.070 0.641 0.036 0.072 0.092 233 K 0.071 0.005 0.067 0.577 0.067 0.109 0.103 234 V 0.060 0.012 0.041 0.475 0.114 0.113 0.185 235 A 0.035 0.015 0.021 0.274 0.007 0.143 0.505 236 S 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.993