# TARGET T0232 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0232.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.645 0.223 0.089 0.036 0.007 0.001 0.001 2 E 0.619 0.218 0.094 0.051 0.016 0.003 0.001 3 D 0.721 0.169 0.062 0.031 0.013 0.004 0.001 4 G 0.640 0.201 0.077 0.046 0.024 0.009 0.001 5 M 0.417 0.178 0.163 0.145 0.070 0.023 0.003 6 N 0.588 0.220 0.087 0.061 0.029 0.012 0.002 7 T 0.321 0.258 0.189 0.136 0.066 0.026 0.004 8 F 0.252 0.150 0.135 0.186 0.169 0.093 0.015 9 D 0.220 0.253 0.216 0.167 0.098 0.039 0.006 10 L 0.166 0.113 0.135 0.211 0.200 0.146 0.028 11 Y 0.109 0.137 0.142 0.215 0.224 0.147 0.027 12 Y 0.088 0.096 0.142 0.205 0.230 0.192 0.047 13 W 0.098 0.099 0.118 0.196 0.257 0.192 0.040 14 P 0.183 0.201 0.198 0.195 0.128 0.077 0.018 15 V 0.099 0.116 0.141 0.214 0.228 0.165 0.037 16 P 0.160 0.213 0.207 0.193 0.138 0.076 0.013 17 F 0.100 0.096 0.119 0.207 0.247 0.189 0.042 18 R 0.224 0.243 0.195 0.168 0.100 0.057 0.012 19 G 0.242 0.199 0.169 0.165 0.135 0.076 0.014 20 Q 0.190 0.213 0.180 0.181 0.135 0.081 0.020 21 L 0.092 0.102 0.129 0.195 0.223 0.205 0.054 22 I 0.071 0.060 0.078 0.146 0.237 0.305 0.103 23 R 0.134 0.182 0.188 0.200 0.158 0.110 0.029 24 G 0.133 0.144 0.150 0.189 0.190 0.151 0.043 25 I 0.079 0.073 0.086 0.145 0.221 0.295 0.101 26 L 0.076 0.085 0.119 0.190 0.220 0.230 0.080 27 A 0.150 0.159 0.154 0.174 0.173 0.146 0.045 28 H 0.168 0.155 0.161 0.177 0.166 0.132 0.040 29 C 0.120 0.114 0.135 0.195 0.204 0.183 0.049 30 G 0.179 0.214 0.200 0.176 0.128 0.083 0.020 31 C 0.147 0.154 0.159 0.212 0.196 0.110 0.022 32 S 0.223 0.269 0.203 0.160 0.098 0.042 0.006 33 W 0.159 0.154 0.182 0.243 0.182 0.071 0.009 34 D 0.440 0.307 0.140 0.077 0.027 0.009 0.001 35 E 0.430 0.263 0.154 0.092 0.043 0.015 0.002 36 H 0.274 0.219 0.182 0.167 0.106 0.046 0.006 37 D 0.264 0.271 0.191 0.142 0.083 0.042 0.007 38 V 0.106 0.128 0.187 0.246 0.209 0.107 0.017 39 D 0.306 0.304 0.184 0.115 0.060 0.026 0.004 40 A 0.118 0.190 0.217 0.223 0.160 0.077 0.015 41 I 0.092 0.094 0.126 0.226 0.272 0.168 0.022 42 E 0.195 0.250 0.231 0.179 0.095 0.043 0.007 43 G 0.249 0.248 0.188 0.148 0.099 0.059 0.009 44 L 0.094 0.108 0.134 0.197 0.240 0.192 0.034 45 M 0.114 0.122 0.167 0.237 0.211 0.127 0.021 46 D 0.267 0.284 0.195 0.133 0.076 0.038 0.008 47 C 0.204 0.190 0.190 0.206 0.140 0.061 0.009 48 G 0.406 0.261 0.151 0.104 0.053 0.022 0.004 49 A 0.384 0.204 0.155 0.137 0.083 0.032 0.005 50 E 0.499 0.250 0.124 0.077 0.035 0.013 0.002 51 K 0.407 0.270 0.155 0.100 0.048 0.017 0.003 52 Q 0.253 0.232 0.200 0.170 0.098 0.040 0.007 53 P 0.244 0.213 0.176 0.167 0.119 0.069 0.012 54 V 0.133 0.111 0.136 0.210 0.220 0.158 0.033 55 A 0.167 0.144 0.151 0.181 0.177 0.146 0.033 56 F 0.120 0.090 0.107 0.171 0.220 0.227 0.065 57 M 0.119 0.109 0.125 0.176 0.214 0.200 0.058 58 G 0.191 0.182 0.177 0.188 0.142 0.094 0.025 59 P 0.190 0.179 0.157 0.177 0.157 0.111 0.029 60 P 0.200 0.187 0.171 0.172 0.144 0.101 0.025 61 V 0.152 0.147 0.158 0.201 0.186 0.133 0.024 62 L 0.135 0.115 0.131 0.184 0.212 0.187 0.036 63 I 0.140 0.128 0.147 0.224 0.213 0.128 0.021 64 D 0.325 0.252 0.172 0.128 0.077 0.037 0.008 65 R 0.344 0.232 0.171 0.135 0.074 0.035 0.008 66 E 0.402 0.230 0.136 0.108 0.072 0.042 0.010 67 R 0.261 0.219 0.185 0.159 0.107 0.058 0.012 68 N 0.291 0.220 0.170 0.148 0.102 0.058 0.011 69 F 0.162 0.137 0.141 0.184 0.190 0.149 0.037 70 A 0.174 0.138 0.144 0.189 0.184 0.138 0.032 71 I 0.136 0.099 0.120 0.182 0.220 0.191 0.051 72 S 0.249 0.177 0.147 0.160 0.141 0.099 0.027 73 Q 0.229 0.184 0.157 0.158 0.129 0.106 0.037 74 M 0.130 0.097 0.104 0.164 0.208 0.218 0.079 75 P 0.178 0.159 0.162 0.170 0.154 0.131 0.046 76 A 0.151 0.116 0.114 0.156 0.183 0.205 0.075 77 I 0.104 0.067 0.078 0.141 0.207 0.286 0.117 78 A 0.105 0.089 0.099 0.149 0.203 0.257 0.099 79 I 0.122 0.095 0.103 0.142 0.185 0.248 0.105 80 Y 0.107 0.108 0.120 0.182 0.213 0.207 0.064 81 L 0.102 0.098 0.120 0.183 0.227 0.216 0.055 82 G 0.189 0.190 0.168 0.187 0.154 0.094 0.019 83 E 0.243 0.259 0.188 0.147 0.098 0.055 0.010 84 R 0.176 0.219 0.206 0.200 0.129 0.061 0.009 85 L 0.115 0.114 0.144 0.219 0.234 0.153 0.021 86 D 0.219 0.247 0.210 0.165 0.098 0.053 0.008 87 I 0.121 0.110 0.139 0.203 0.227 0.172 0.028 88 L 0.088 0.101 0.126 0.207 0.249 0.196 0.033 89 P 0.200 0.214 0.211 0.182 0.115 0.066 0.013 90 A 0.183 0.188 0.166 0.191 0.163 0.094 0.016 91 T 0.223 0.271 0.215 0.160 0.087 0.038 0.005 92 V 0.143 0.137 0.169 0.239 0.202 0.096 0.013 93 E 0.414 0.277 0.148 0.094 0.045 0.018 0.003 94 G 0.351 0.244 0.165 0.129 0.073 0.033 0.005 95 R 0.307 0.240 0.177 0.149 0.087 0.035 0.005 96 T 0.289 0.275 0.195 0.132 0.073 0.032 0.005 97 L 0.124 0.110 0.144 0.240 0.236 0.127 0.018 98 S 0.208 0.225 0.208 0.182 0.115 0.055 0.008 99 A 0.209 0.181 0.163 0.187 0.160 0.087 0.013 100 K 0.233 0.261 0.205 0.160 0.092 0.042 0.007 101 I 0.119 0.127 0.157 0.230 0.220 0.129 0.018 102 V 0.140 0.167 0.183 0.217 0.180 0.099 0.014 103 N 0.339 0.266 0.167 0.118 0.069 0.036 0.006 104 D 0.295 0.277 0.192 0.133 0.069 0.027 0.005 105 A 0.166 0.170 0.168 0.198 0.174 0.105 0.018 106 N 0.278 0.269 0.195 0.146 0.076 0.032 0.005 107 D 0.262 0.307 0.209 0.126 0.064 0.027 0.005 108 V 0.090 0.115 0.155 0.241 0.246 0.139 0.014 109 L 0.078 0.091 0.147 0.249 0.263 0.153 0.020 110 D 0.279 0.296 0.199 0.129 0.065 0.028 0.004 111 E 0.205 0.259 0.229 0.175 0.092 0.036 0.004 112 L 0.067 0.079 0.120 0.223 0.286 0.200 0.024 113 T 0.173 0.267 0.240 0.177 0.097 0.041 0.005 114 L 0.124 0.128 0.174 0.250 0.213 0.101 0.011 115 N 0.357 0.279 0.168 0.116 0.056 0.020 0.003 116 G 0.397 0.237 0.168 0.115 0.059 0.021 0.003 117 G 0.341 0.225 0.149 0.139 0.095 0.044 0.007 118 R 0.250 0.248 0.214 0.167 0.087 0.031 0.004 119 E 0.276 0.269 0.185 0.148 0.083 0.035 0.004 120 M 0.149 0.173 0.183 0.208 0.178 0.099 0.010 121 W 0.092 0.129 0.189 0.262 0.226 0.094 0.008 122 T 0.200 0.273 0.239 0.181 0.082 0.023 0.002 123 P 0.307 0.271 0.201 0.146 0.058 0.015 0.001 124 E 0.566 0.268 0.096 0.045 0.018 0.006 0.001 125 K 0.338 0.337 0.193 0.092 0.031 0.008 0.001 126 W 0.072 0.106 0.184 0.298 0.251 0.083 0.006 127 Q 0.290 0.322 0.209 0.117 0.046 0.014 0.001 128 E 0.314 0.363 0.188 0.092 0.032 0.010 0.001 129 F 0.050 0.095 0.157 0.282 0.284 0.121 0.010 130 V 0.046 0.105 0.192 0.279 0.251 0.115 0.012 131 P 0.279 0.325 0.188 0.121 0.059 0.024 0.004 132 R 0.121 0.222 0.257 0.233 0.122 0.041 0.005 133 L 0.032 0.046 0.082 0.199 0.332 0.274 0.035 134 Q 0.090 0.191 0.225 0.235 0.169 0.079 0.011 135 K 0.143 0.269 0.241 0.187 0.104 0.049 0.007 136 W 0.032 0.061 0.111 0.223 0.298 0.237 0.037 137 I 0.023 0.038 0.076 0.172 0.288 0.338 0.065 138 R 0.070 0.136 0.179 0.223 0.201 0.160 0.031 139 I 0.039 0.054 0.088 0.180 0.292 0.296 0.052 140 F 0.038 0.057 0.085 0.174 0.276 0.305 0.064 141 A 0.091 0.133 0.171 0.235 0.214 0.131 0.026 142 D 0.222 0.260 0.196 0.160 0.102 0.050 0.010 143 T 0.291 0.229 0.176 0.153 0.094 0.047 0.010 144 G 0.372 0.231 0.154 0.121 0.073 0.040 0.010 145 A 0.250 0.179 0.165 0.176 0.139 0.075 0.015 146 R 0.322 0.238 0.171 0.137 0.086 0.038 0.008 147 N 0.379 0.248 0.153 0.111 0.066 0.034 0.008 148 G 0.294 0.221 0.163 0.147 0.097 0.060 0.018 149 L 0.166 0.117 0.130 0.185 0.201 0.152 0.048 150 S 0.221 0.179 0.170 0.167 0.136 0.094 0.033 151 A 0.177 0.143 0.139 0.173 0.168 0.145 0.056 152 A 0.152 0.122 0.124 0.169 0.187 0.175 0.072 153 S 0.150 0.166 0.170 0.178 0.156 0.129 0.051 154 G 0.152 0.151 0.138 0.166 0.166 0.156 0.071 155 F 0.101 0.097 0.106 0.153 0.194 0.233 0.117 156 M 0.112 0.097 0.118 0.166 0.193 0.225 0.088 157 L 0.088 0.086 0.098 0.163 0.224 0.248 0.094 158 G 0.136 0.147 0.160 0.197 0.182 0.133 0.045 159 T 0.174 0.164 0.159 0.182 0.164 0.118 0.040 160 E 0.248 0.233 0.181 0.152 0.102 0.064 0.020 161 K 0.186 0.202 0.174 0.177 0.140 0.093 0.029 162 I 0.116 0.102 0.133 0.189 0.216 0.189 0.053 163 G 0.150 0.147 0.151 0.181 0.177 0.148 0.045 164 V 0.094 0.075 0.086 0.150 0.212 0.264 0.119 165 A 0.119 0.119 0.129 0.181 0.207 0.179 0.065 166 D 0.147 0.145 0.156 0.177 0.167 0.145 0.062 167 I 0.068 0.057 0.067 0.116 0.183 0.315 0.193 168 V 0.059 0.046 0.060 0.118 0.198 0.330 0.189 169 T 0.089 0.099 0.120 0.162 0.183 0.224 0.124 170 A 0.084 0.076 0.087 0.136 0.200 0.268 0.150 171 I 0.054 0.050 0.065 0.112 0.180 0.322 0.217 172 L 0.055 0.047 0.062 0.122 0.197 0.331 0.187 173 W 0.086 0.080 0.090 0.143 0.216 0.269 0.116 174 T 0.134 0.124 0.129 0.165 0.187 0.194 0.068 175 T 0.166 0.153 0.152 0.187 0.169 0.137 0.037 176 V 0.125 0.112 0.124 0.180 0.219 0.197 0.042 177 A 0.220 0.181 0.162 0.188 0.147 0.085 0.016 178 D 0.362 0.259 0.155 0.110 0.070 0.037 0.007 179 R 0.240 0.231 0.183 0.165 0.106 0.063 0.012 180 F 0.126 0.118 0.152 0.225 0.225 0.133 0.021 181 P 0.277 0.244 0.188 0.142 0.090 0.050 0.009 182 A 0.149 0.164 0.179 0.211 0.173 0.106 0.019 183 I 0.078 0.071 0.095 0.181 0.268 0.255 0.052 184 K 0.145 0.215 0.222 0.200 0.133 0.072 0.014 185 G 0.186 0.206 0.182 0.184 0.139 0.085 0.018 186 I 0.089 0.114 0.143 0.214 0.229 0.174 0.036 187 I 0.122 0.131 0.156 0.222 0.218 0.130 0.022 188 E 0.305 0.271 0.180 0.133 0.072 0.033 0.007 189 D 0.387 0.228 0.152 0.121 0.071 0.034 0.007 190 T 0.282 0.219 0.173 0.155 0.105 0.055 0.011 191 S 0.280 0.228 0.182 0.156 0.098 0.047 0.009 192 P 0.216 0.190 0.166 0.171 0.140 0.092 0.026 193 I 0.119 0.103 0.117 0.179 0.215 0.207 0.060 194 I 0.080 0.064 0.084 0.145 0.210 0.296 0.122 195 W 0.110 0.088 0.100 0.154 0.204 0.241 0.102 196 G 0.109 0.111 0.126 0.172 0.195 0.199 0.088 197 L 0.085 0.083 0.102 0.168 0.228 0.240 0.095 198 S 0.119 0.149 0.159 0.184 0.171 0.153 0.065 199 R 0.150 0.165 0.152 0.182 0.168 0.136 0.046 200 R 0.156 0.176 0.176 0.178 0.157 0.119 0.038 201 V 0.108 0.088 0.103 0.164 0.220 0.244 0.073 202 V 0.111 0.099 0.115 0.174 0.207 0.221 0.073 203 A 0.145 0.126 0.126 0.165 0.190 0.187 0.061 204 T 0.155 0.165 0.166 0.183 0.160 0.129 0.042 205 A 0.144 0.133 0.139 0.182 0.198 0.157 0.048 206 P 0.191 0.197 0.166 0.164 0.134 0.112 0.037 207 L 0.119 0.099 0.122 0.183 0.213 0.210 0.054 208 A 0.154 0.158 0.155 0.179 0.174 0.145 0.034 209 A 0.159 0.173 0.173 0.182 0.159 0.127 0.027 210 L 0.098 0.109 0.142 0.221 0.242 0.160 0.027 211 N 0.239 0.268 0.213 0.157 0.084 0.034 0.005 212 S 0.285 0.265 0.195 0.145 0.075 0.031 0.005 213 K 0.413 0.283 0.154 0.091 0.041 0.016 0.002 214 S 0.255 0.276 0.205 0.153 0.080 0.028 0.003 215 F 0.112 0.122 0.169 0.258 0.234 0.096 0.008 216 E 0.359 0.303 0.177 0.106 0.041 0.013 0.001 217 E 0.421 0.268 0.154 0.096 0.044 0.015 0.002 218 Y 0.216 0.180 0.179 0.197 0.152 0.069 0.008 219 G 0.286 0.204 0.169 0.159 0.116 0.059 0.008 220 N 0.337 0.259 0.182 0.123 0.064 0.030 0.005 221 A 0.249 0.180 0.158 0.178 0.147 0.079 0.010 222 Y 0.186 0.185 0.186 0.188 0.152 0.089 0.015 223 C 0.196 0.159 0.170 0.213 0.166 0.083 0.013 224 G 0.339 0.274 0.175 0.123 0.062 0.023 0.004 225 G 0.430 0.239 0.141 0.108 0.059 0.020 0.003 226 E 0.368 0.302 0.168 0.099 0.045 0.016 0.003 227 I 0.225 0.186 0.198 0.212 0.134 0.042 0.004 228 E 0.372 0.269 0.181 0.115 0.047 0.014 0.002 229 K 0.535 0.258 0.119 0.058 0.022 0.006 0.001 230 S 0.370 0.248 0.179 0.122 0.061 0.018 0.002 231 L 0.246 0.173 0.170 0.196 0.153 0.056 0.005 232 R 0.432 0.265 0.167 0.094 0.032 0.008 0.001 233 K 0.580 0.255 0.097 0.046 0.017 0.005 0.001 234 V 0.462 0.210 0.139 0.116 0.058 0.015 0.001 235 A 0.605 0.193 0.102 0.066 0.027 0.007 0.001 236 S 0.762 0.161 0.049 0.020 0.006 0.002 0.001