# TARGET T0232 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0232.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1765 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.012 0.020 0.017 0.296 0.636 2 E 0.026 0.018 0.089 0.030 0.439 0.397 3 D 0.018 0.010 0.090 0.015 0.540 0.326 4 G 0.017 0.010 0.098 0.009 0.502 0.363 5 M 0.044 0.013 0.015 0.002 0.259 0.667 6 N 0.187 0.009 0.009 0.001 0.186 0.607 7 T 0.512 0.012 0.004 0.001 0.117 0.354 8 F 0.845 0.008 0.001 0.001 0.029 0.117 9 D 0.929 0.003 0.001 0.001 0.014 0.053 10 L 0.941 0.002 0.001 0.001 0.012 0.043 11 Y 0.907 0.004 0.002 0.001 0.020 0.066 12 Y 0.828 0.008 0.003 0.001 0.048 0.112 13 W 0.471 0.015 0.003 0.003 0.205 0.303 14 P 0.189 0.017 0.006 0.004 0.368 0.415 15 V 0.090 0.028 0.012 0.010 0.472 0.388 16 P 0.037 0.024 0.022 0.036 0.558 0.324 17 F 0.029 0.025 0.056 0.113 0.491 0.285 18 R 0.033 0.026 0.047 0.278 0.262 0.354 19 G 0.025 0.008 0.036 0.727 0.081 0.123 20 Q 0.011 0.003 0.010 0.934 0.018 0.024 21 L 0.004 0.001 0.005 0.981 0.003 0.005 22 I 0.004 0.001 0.003 0.990 0.001 0.002 23 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 24 G 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 25 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 27 A 0.001 0.001 0.009 0.988 0.001 0.001 28 H 0.001 0.001 0.023 0.970 0.004 0.002 29 C 0.001 0.001 0.021 0.947 0.007 0.024 30 G 0.001 0.001 0.002 0.006 0.019 0.972 31 C 0.018 0.007 0.001 0.001 0.046 0.927 32 S 0.192 0.009 0.002 0.001 0.073 0.725 33 W 0.509 0.010 0.008 0.002 0.084 0.387 34 D 0.672 0.005 0.009 0.002 0.082 0.230 35 E 0.848 0.003 0.013 0.003 0.045 0.088 36 H 0.858 0.005 0.004 0.005 0.031 0.098 37 D 0.847 0.005 0.003 0.005 0.036 0.104 38 V 0.604 0.026 0.004 0.010 0.063 0.294 39 D 0.262 0.022 0.009 0.010 0.281 0.417 40 A 0.045 0.010 0.195 0.077 0.458 0.215 41 I 0.018 0.003 0.420 0.130 0.351 0.078 42 E 0.015 0.004 0.437 0.134 0.360 0.050 43 G 0.023 0.009 0.198 0.209 0.396 0.164 44 L 0.038 0.038 0.172 0.265 0.316 0.170 45 M 0.067 0.032 0.182 0.231 0.317 0.171 46 D 0.075 0.021 0.121 0.224 0.320 0.239 47 C 0.043 0.027 0.053 0.247 0.288 0.342 48 G 0.019 0.015 0.030 0.074 0.412 0.450 49 A 0.003 0.002 0.408 0.225 0.296 0.066 50 E 0.008 0.006 0.338 0.270 0.310 0.068 51 K 0.012 0.018 0.346 0.247 0.310 0.068 52 Q 0.021 0.026 0.089 0.160 0.312 0.391 53 P 0.038 0.030 0.129 0.201 0.265 0.337 54 V 0.068 0.047 0.160 0.162 0.296 0.268 55 A 0.083 0.032 0.096 0.060 0.428 0.300 56 F 0.049 0.019 0.086 0.050 0.477 0.319 57 M 0.045 0.013 0.048 0.042 0.489 0.362 58 G 0.048 0.006 0.008 0.002 0.313 0.622 59 P 0.109 0.007 0.007 0.002 0.200 0.675 60 P 0.290 0.011 0.018 0.003 0.159 0.520 61 V 0.801 0.017 0.009 0.002 0.044 0.127 62 L 0.955 0.003 0.001 0.001 0.013 0.026 63 I 0.973 0.005 0.001 0.001 0.005 0.016 64 D 0.826 0.019 0.001 0.001 0.131 0.023 65 R 0.037 0.002 0.014 0.001 0.943 0.003 66 E 0.005 0.001 0.013 0.001 0.979 0.002 67 R 0.002 0.001 0.014 0.001 0.979 0.003 68 N 0.093 0.028 0.004 0.002 0.730 0.144 69 F 0.557 0.109 0.002 0.006 0.061 0.265 70 A 0.882 0.027 0.003 0.006 0.031 0.052 71 I 0.895 0.007 0.009 0.012 0.027 0.050 72 S 0.712 0.011 0.025 0.051 0.050 0.151 73 Q 0.247 0.006 0.027 0.172 0.092 0.457 74 M 0.035 0.002 0.006 0.788 0.035 0.135 75 P 0.003 0.001 0.004 0.976 0.009 0.009 76 A 0.002 0.001 0.004 0.987 0.005 0.002 77 I 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 78 A 0.001 0.001 0.005 0.992 0.002 0.001 79 I 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 80 Y 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 81 L 0.001 0.001 0.008 0.983 0.004 0.004 82 G 0.001 0.001 0.051 0.921 0.021 0.006 83 E 0.002 0.001 0.028 0.945 0.019 0.006 84 R 0.002 0.002 0.017 0.914 0.028 0.037 85 L 0.003 0.007 0.023 0.575 0.111 0.282 86 D 0.003 0.003 0.037 0.100 0.203 0.655 87 I 0.008 0.012 0.029 0.013 0.204 0.734 88 L 0.010 0.023 0.016 0.009 0.390 0.551 89 P 0.007 0.016 0.040 0.030 0.473 0.433 90 A 0.006 0.014 0.021 0.024 0.475 0.461 91 T 0.006 0.010 0.012 0.040 0.479 0.453 92 V 0.001 0.001 0.047 0.838 0.069 0.044 93 E 0.001 0.001 0.023 0.931 0.029 0.014 94 G 0.001 0.001 0.019 0.940 0.026 0.012 95 R 0.001 0.001 0.008 0.978 0.007 0.006 96 T 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.003 97 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 98 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 99 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 100 K 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 101 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 102 V 0.001 0.001 0.006 0.985 0.005 0.003 103 N 0.001 0.001 0.012 0.971 0.010 0.006 104 D 0.001 0.001 0.016 0.929 0.024 0.029 105 A 0.001 0.001 0.019 0.930 0.024 0.025 106 N 0.002 0.001 0.048 0.856 0.054 0.039 107 D 0.003 0.001 0.065 0.780 0.089 0.063 108 V 0.009 0.004 0.070 0.724 0.093 0.101 109 L 0.009 0.006 0.028 0.838 0.047 0.073 110 D 0.012 0.002 0.030 0.771 0.078 0.106 111 E 0.003 0.001 0.051 0.882 0.042 0.023 112 L 0.012 0.003 0.065 0.812 0.076 0.032 113 T 0.014 0.004 0.058 0.808 0.078 0.038 114 L 0.016 0.003 0.056 0.782 0.067 0.076 115 N 0.023 0.005 0.067 0.613 0.137 0.154 116 G 0.038 0.009 0.081 0.336 0.249 0.286 117 G 0.052 0.021 0.054 0.157 0.266 0.449 118 R 0.062 0.021 0.089 0.152 0.333 0.343 119 E 0.058 0.017 0.089 0.138 0.397 0.300 120 M 0.034 0.018 0.059 0.116 0.398 0.375 121 W 0.024 0.041 0.015 0.083 0.315 0.522 122 T 0.011 0.010 0.005 0.044 0.186 0.745 123 P 0.001 0.001 0.112 0.787 0.060 0.039 124 E 0.002 0.001 0.131 0.802 0.048 0.016 125 K 0.002 0.002 0.164 0.793 0.033 0.007 126 W 0.004 0.002 0.062 0.890 0.023 0.019 127 Q 0.004 0.001 0.092 0.853 0.033 0.017 128 E 0.004 0.001 0.067 0.868 0.035 0.024 129 F 0.003 0.001 0.021 0.929 0.020 0.026 130 V 0.003 0.002 0.016 0.896 0.031 0.052 131 P 0.001 0.001 0.023 0.954 0.014 0.010 132 R 0.001 0.001 0.023 0.959 0.009 0.008 133 L 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.002 134 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 135 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 136 W 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 137 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 138 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 139 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 140 F 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 141 A 0.001 0.001 0.007 0.987 0.004 0.002 142 D 0.001 0.001 0.007 0.985 0.005 0.003 143 T 0.001 0.001 0.006 0.973 0.009 0.011 144 G 0.001 0.002 0.020 0.791 0.075 0.110 145 A 0.002 0.001 0.066 0.707 0.153 0.070 146 R 0.005 0.002 0.074 0.580 0.256 0.083 147 N 0.006 0.004 0.051 0.290 0.443 0.206 148 G 0.015 0.006 0.052 0.056 0.437 0.433 149 L 0.081 0.042 0.133 0.093 0.327 0.325 150 S 0.151 0.043 0.142 0.056 0.392 0.215 151 A 0.082 0.011 0.282 0.072 0.369 0.184 152 A 0.109 0.019 0.103 0.052 0.464 0.254 153 S 0.128 0.012 0.040 0.015 0.539 0.266 154 G 0.253 0.011 0.018 0.009 0.324 0.386 155 F 0.630 0.098 0.015 0.011 0.116 0.130 156 M 0.611 0.097 0.014 0.007 0.173 0.099 157 L 0.536 0.023 0.020 0.007 0.291 0.123 158 G 0.238 0.012 0.016 0.004 0.519 0.210 159 T 0.073 0.011 0.013 0.004 0.639 0.260 160 E 0.096 0.004 0.007 0.003 0.308 0.582 161 K 0.483 0.047 0.006 0.011 0.176 0.277 162 I 0.558 0.049 0.003 0.011 0.117 0.264 163 G 0.796 0.027 0.007 0.024 0.034 0.112 164 V 0.413 0.012 0.073 0.381 0.037 0.084 165 A 0.102 0.003 0.117 0.650 0.031 0.097 166 D 0.040 0.002 0.118 0.773 0.024 0.042 167 I 0.015 0.003 0.034 0.886 0.029 0.033 168 V 0.012 0.002 0.029 0.890 0.045 0.021 169 T 0.022 0.003 0.065 0.840 0.060 0.010 170 A 0.022 0.002 0.059 0.851 0.061 0.006 171 I 0.019 0.002 0.050 0.875 0.048 0.006 172 L 0.013 0.001 0.020 0.938 0.021 0.007 173 W 0.012 0.001 0.016 0.927 0.019 0.026 174 T 0.015 0.003 0.030 0.844 0.033 0.075 175 T 0.031 0.006 0.050 0.754 0.062 0.096 176 V 0.037 0.008 0.085 0.617 0.105 0.149 177 A 0.042 0.012 0.133 0.430 0.200 0.183 178 D 0.042 0.012 0.106 0.275 0.284 0.281 179 R 0.026 0.012 0.104 0.256 0.271 0.332 180 F 0.024 0.016 0.063 0.099 0.398 0.400 181 P 0.008 0.007 0.169 0.119 0.490 0.207 182 A 0.005 0.008 0.363 0.181 0.337 0.105 183 I 0.008 0.016 0.305 0.236 0.356 0.079 184 K 0.008 0.005 0.228 0.288 0.360 0.111 185 G 0.008 0.010 0.122 0.351 0.324 0.185 186 I 0.022 0.057 0.089 0.249 0.369 0.214 187 I 0.026 0.029 0.115 0.325 0.352 0.153 188 E 0.016 0.005 0.193 0.365 0.340 0.081 189 D 0.008 0.007 0.119 0.478 0.282 0.107 190 T 0.013 0.011 0.065 0.579 0.185 0.147 191 S 0.019 0.010 0.024 0.485 0.173 0.289 192 P 0.007 0.002 0.027 0.846 0.050 0.068 193 I 0.015 0.003 0.026 0.871 0.030 0.054 194 I 0.002 0.001 0.006 0.987 0.003 0.002 195 W 0.002 0.001 0.003 0.989 0.003 0.002 196 G 0.003 0.001 0.004 0.987 0.003 0.002 197 L 0.002 0.001 0.004 0.989 0.003 0.002 198 S 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 199 R 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 200 R 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.003 201 V 0.001 0.001 0.007 0.977 0.008 0.007 202 V 0.001 0.001 0.011 0.954 0.020 0.014 203 A 0.001 0.001 0.004 0.928 0.017 0.050 204 T 0.001 0.002 0.004 0.536 0.065 0.392 205 A 0.001 0.001 0.010 0.897 0.039 0.054 206 P 0.001 0.001 0.032 0.898 0.047 0.021 207 L 0.001 0.001 0.036 0.940 0.018 0.004 208 A 0.002 0.001 0.065 0.905 0.021 0.006 209 A 0.003 0.001 0.029 0.932 0.021 0.014 210 L 0.006 0.003 0.022 0.859 0.041 0.068 211 N 0.008 0.007 0.012 0.268 0.210 0.496 212 S 0.003 0.001 0.118 0.408 0.222 0.248 213 K 0.013 0.004 0.196 0.293 0.325 0.170 214 S 0.019 0.007 0.186 0.328 0.336 0.125 215 F 0.026 0.010 0.111 0.420 0.214 0.220 216 E 0.057 0.015 0.087 0.459 0.147 0.234 217 E 0.093 0.008 0.102 0.341 0.224 0.232 218 Y 0.106 0.016 0.066 0.273 0.207 0.332 219 G 0.111 0.069 0.037 0.186 0.198 0.399 220 N 0.092 0.034 0.032 0.120 0.273 0.448 221 A 0.067 0.007 0.095 0.223 0.340 0.268 222 Y 0.102 0.016 0.104 0.160 0.385 0.233 223 C 0.118 0.029 0.084 0.180 0.376 0.213 224 G 0.111 0.020 0.060 0.087 0.365 0.357 225 G 0.108 0.023 0.069 0.068 0.287 0.446 226 E 0.135 0.044 0.079 0.073 0.214 0.454 227 I 0.083 0.047 0.076 0.091 0.226 0.478 228 E 0.021 0.013 0.088 0.152 0.433 0.293 229 K 0.003 0.001 0.433 0.320 0.206 0.036 230 S 0.005 0.004 0.406 0.317 0.236 0.032 231 L 0.005 0.004 0.420 0.330 0.211 0.030 232 R 0.013 0.004 0.255 0.242 0.254 0.232 233 K 0.051 0.023 0.183 0.253 0.199 0.290 234 V 0.074 0.029 0.048 0.150 0.162 0.537 235 A 0.052 0.018 0.007 0.035 0.074 0.815 236 S 0.016 0.003 0.001 0.007 0.042 0.930