# TARGET T0232 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0232.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1765 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.004 0.015 0.039 0.019 0.037 0.874 2 E 0.022 0.023 0.047 0.056 0.036 0.075 0.740 3 D 0.018 0.011 0.122 0.054 0.139 0.426 0.229 4 G 0.020 0.005 0.091 0.008 0.141 0.443 0.293 5 M 0.043 0.011 0.039 0.002 0.126 0.059 0.719 6 N 0.089 0.012 0.032 0.002 0.270 0.061 0.534 7 T 0.400 0.015 0.018 0.001 0.103 0.023 0.440 8 F 0.670 0.008 0.005 0.001 0.020 0.004 0.292 9 D 0.956 0.006 0.001 0.001 0.004 0.002 0.030 10 L 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 11 Y 0.930 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.057 12 Y 0.812 0.009 0.001 0.001 0.035 0.011 0.132 13 W 0.333 0.016 0.002 0.001 0.252 0.039 0.358 14 P 0.115 0.015 0.006 0.001 0.309 0.138 0.417 15 V 0.023 0.017 0.008 0.003 0.279 0.076 0.594 16 P 0.012 0.020 0.015 0.017 0.163 0.061 0.712 17 F 0.006 0.017 0.117 0.348 0.096 0.273 0.144 18 R 0.003 0.004 0.065 0.772 0.014 0.092 0.051 19 G 0.001 0.001 0.016 0.957 0.004 0.008 0.015 20 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 24 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 25 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 28 H 0.001 0.001 0.002 0.965 0.001 0.031 0.001 29 C 0.001 0.001 0.005 0.313 0.007 0.673 0.002 30 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.954 0.026 31 C 0.013 0.006 0.001 0.001 0.034 0.002 0.945 32 S 0.197 0.025 0.001 0.001 0.010 0.003 0.764 33 W 0.470 0.010 0.009 0.002 0.070 0.013 0.426 34 D 0.756 0.003 0.015 0.004 0.055 0.027 0.140 35 E 0.935 0.004 0.005 0.004 0.009 0.004 0.039 36 H 0.946 0.005 0.001 0.005 0.006 0.001 0.036 37 D 0.880 0.004 0.001 0.005 0.011 0.003 0.096 38 V 0.646 0.009 0.004 0.017 0.050 0.015 0.259 39 D 0.349 0.019 0.015 0.023 0.082 0.031 0.482 40 A 0.111 0.008 0.160 0.110 0.126 0.215 0.272 41 I 0.054 0.015 0.190 0.169 0.106 0.256 0.210 42 E 0.025 0.012 0.210 0.163 0.094 0.407 0.090 43 G 0.017 0.006 0.158 0.100 0.108 0.447 0.164 44 L 0.032 0.029 0.275 0.101 0.095 0.163 0.306 45 M 0.027 0.021 0.232 0.092 0.099 0.385 0.144 46 D 0.014 0.013 0.158 0.063 0.130 0.398 0.223 47 C 0.012 0.017 0.070 0.041 0.387 0.117 0.357 48 G 0.008 0.012 0.061 0.033 0.132 0.064 0.690 49 A 0.002 0.002 0.449 0.068 0.036 0.389 0.055 50 E 0.005 0.006 0.416 0.090 0.027 0.400 0.056 51 K 0.013 0.010 0.487 0.135 0.063 0.182 0.110 52 Q 0.060 0.020 0.103 0.090 0.279 0.077 0.371 53 P 0.073 0.022 0.188 0.129 0.097 0.103 0.387 54 V 0.099 0.066 0.244 0.177 0.105 0.131 0.179 55 A 0.088 0.025 0.136 0.101 0.133 0.192 0.326 56 F 0.048 0.012 0.111 0.029 0.121 0.383 0.296 57 M 0.064 0.016 0.046 0.013 0.270 0.367 0.222 58 G 0.045 0.011 0.002 0.001 0.605 0.026 0.310 59 P 0.073 0.004 0.001 0.001 0.095 0.005 0.821 60 P 0.240 0.009 0.003 0.001 0.077 0.005 0.666 61 V 0.814 0.010 0.003 0.001 0.029 0.002 0.142 62 L 0.971 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 63 I 0.955 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 64 D 0.660 0.025 0.001 0.001 0.003 0.002 0.309 65 R 0.006 0.001 0.011 0.001 0.013 0.960 0.009 66 E 0.001 0.001 0.012 0.001 0.012 0.972 0.002 67 R 0.009 0.002 0.052 0.002 0.214 0.691 0.030 68 N 0.055 0.017 0.015 0.004 0.291 0.327 0.291 69 F 0.379 0.204 0.005 0.004 0.105 0.009 0.294 70 A 0.739 0.103 0.005 0.005 0.015 0.004 0.128 71 I 0.737 0.031 0.024 0.023 0.027 0.029 0.129 72 S 0.451 0.028 0.057 0.025 0.137 0.142 0.160 73 Q 0.132 0.027 0.052 0.052 0.226 0.084 0.427 74 M 0.006 0.003 0.046 0.637 0.033 0.021 0.253 75 P 0.001 0.001 0.008 0.989 0.001 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.006 0.994 0.001 0.001 0.001 77 I 0.001 0.001 0.003 0.997 0.001 0.001 0.001 78 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 79 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.006 0.001 80 Y 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.021 0.001 81 L 0.001 0.001 0.002 0.975 0.001 0.019 0.002 82 G 0.001 0.001 0.026 0.945 0.003 0.021 0.004 83 E 0.001 0.001 0.055 0.852 0.002 0.088 0.003 84 R 0.001 0.001 0.044 0.747 0.007 0.191 0.009 85 L 0.002 0.007 0.078 0.252 0.139 0.200 0.322 86 D 0.003 0.004 0.068 0.063 0.084 0.380 0.397 87 I 0.011 0.024 0.065 0.046 0.261 0.235 0.357 88 L 0.016 0.007 0.008 0.006 0.354 0.028 0.582 89 P 0.018 0.013 0.016 0.015 0.090 0.096 0.753 90 A 0.016 0.045 0.006 0.020 0.474 0.059 0.380 91 T 0.009 0.017 0.002 0.021 0.305 0.005 0.641 92 V 0.001 0.001 0.026 0.952 0.001 0.019 0.002 93 E 0.001 0.001 0.032 0.934 0.001 0.030 0.002 94 G 0.001 0.001 0.022 0.951 0.002 0.012 0.012 95 R 0.001 0.001 0.003 0.985 0.002 0.006 0.004 96 T 0.001 0.001 0.002 0.976 0.002 0.015 0.004 97 L 0.001 0.001 0.002 0.977 0.002 0.013 0.005 98 S 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.005 0.004 99 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.005 0.003 100 K 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.006 0.003 101 I 0.001 0.001 0.003 0.976 0.002 0.014 0.003 102 V 0.001 0.001 0.005 0.960 0.003 0.025 0.005 103 N 0.001 0.001 0.008 0.939 0.004 0.041 0.007 104 D 0.001 0.001 0.017 0.892 0.007 0.055 0.027 105 A 0.001 0.001 0.021 0.864 0.015 0.068 0.029 106 N 0.002 0.001 0.038 0.824 0.021 0.080 0.034 107 D 0.001 0.001 0.038 0.801 0.028 0.107 0.024 108 V 0.003 0.002 0.030 0.844 0.018 0.072 0.032 109 L 0.006 0.004 0.020 0.862 0.025 0.042 0.042 110 D 0.007 0.002 0.031 0.839 0.016 0.035 0.069 111 E 0.003 0.001 0.041 0.900 0.010 0.036 0.010 112 L 0.006 0.002 0.055 0.842 0.008 0.070 0.018 113 T 0.019 0.009 0.090 0.705 0.020 0.116 0.041 114 L 0.041 0.006 0.062 0.616 0.041 0.154 0.079 115 N 0.060 0.007 0.069 0.400 0.068 0.240 0.156 116 G 0.048 0.017 0.053 0.185 0.106 0.327 0.264 117 G 0.048 0.018 0.047 0.080 0.178 0.222 0.406 118 R 0.055 0.027 0.035 0.041 0.266 0.064 0.512 119 E 0.058 0.012 0.046 0.034 0.142 0.099 0.610 120 M 0.037 0.021 0.035 0.034 0.138 0.124 0.611 121 W 0.033 0.054 0.019 0.038 0.220 0.067 0.570 122 T 0.018 0.012 0.005 0.026 0.218 0.007 0.714 123 P 0.001 0.001 0.069 0.857 0.007 0.044 0.022 124 E 0.001 0.002 0.086 0.843 0.007 0.049 0.011 125 K 0.001 0.002 0.111 0.827 0.007 0.027 0.026 126 W 0.001 0.001 0.042 0.933 0.003 0.012 0.009 127 Q 0.001 0.001 0.039 0.932 0.002 0.023 0.003 128 E 0.001 0.001 0.075 0.823 0.003 0.094 0.003 129 F 0.001 0.001 0.057 0.808 0.008 0.113 0.012 130 V 0.001 0.002 0.047 0.836 0.035 0.035 0.043 131 P 0.001 0.001 0.044 0.889 0.008 0.055 0.004 132 R 0.001 0.001 0.029 0.873 0.006 0.083 0.008 133 L 0.001 0.001 0.010 0.976 0.001 0.009 0.004 134 Q 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.002 0.001 135 K 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.006 0.001 136 W 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 137 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 138 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 139 I 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.009 0.001 140 F 0.001 0.001 0.004 0.976 0.001 0.018 0.001 141 A 0.001 0.001 0.013 0.963 0.001 0.022 0.001 142 D 0.001 0.001 0.029 0.898 0.001 0.068 0.004 143 T 0.001 0.001 0.057 0.785 0.006 0.126 0.025 144 G 0.002 0.005 0.075 0.627 0.049 0.177 0.064 145 A 0.005 0.002 0.126 0.406 0.046 0.265 0.150 146 R 0.006 0.003 0.074 0.408 0.103 0.278 0.128 147 N 0.008 0.005 0.053 0.164 0.127 0.374 0.270 148 G 0.010 0.004 0.104 0.053 0.131 0.399 0.299 149 L 0.037 0.018 0.134 0.091 0.139 0.225 0.356 150 S 0.056 0.033 0.144 0.098 0.087 0.250 0.333 151 A 0.049 0.013 0.080 0.068 0.145 0.409 0.235 152 A 0.070 0.017 0.066 0.038 0.131 0.330 0.348 153 S 0.139 0.032 0.064 0.026 0.285 0.120 0.334 154 G 0.183 0.017 0.082 0.024 0.169 0.173 0.352 155 F 0.409 0.039 0.110 0.023 0.104 0.130 0.186 156 M 0.449 0.059 0.084 0.026 0.077 0.088 0.217 157 L 0.378 0.030 0.050 0.024 0.110 0.154 0.253 158 G 0.265 0.023 0.027 0.019 0.191 0.147 0.328 159 T 0.161 0.024 0.028 0.028 0.293 0.129 0.337 160 E 0.116 0.007 0.043 0.035 0.314 0.252 0.233 161 K 0.233 0.021 0.046 0.070 0.172 0.174 0.284 162 I 0.480 0.051 0.016 0.046 0.052 0.023 0.331 163 G 0.526 0.019 0.017 0.080 0.105 0.022 0.231 164 V 0.226 0.004 0.079 0.579 0.021 0.057 0.035 165 A 0.190 0.008 0.099 0.600 0.013 0.030 0.060 166 D 0.155 0.005 0.129 0.507 0.038 0.050 0.117 167 I 0.077 0.003 0.131 0.644 0.023 0.070 0.052 168 V 0.110 0.006 0.056 0.671 0.040 0.035 0.083 169 T 0.080 0.002 0.061 0.687 0.045 0.050 0.076 170 A 0.125 0.003 0.046 0.689 0.030 0.081 0.025 171 I 0.141 0.008 0.018 0.772 0.008 0.038 0.015 172 L 0.081 0.002 0.011 0.841 0.008 0.047 0.011 173 W 0.038 0.001 0.009 0.852 0.006 0.070 0.024 174 T 0.065 0.004 0.026 0.709 0.023 0.071 0.102 175 T 0.099 0.008 0.067 0.544 0.042 0.129 0.111 176 V 0.096 0.011 0.115 0.392 0.062 0.171 0.154 177 A 0.054 0.011 0.083 0.302 0.132 0.206 0.212 178 D 0.037 0.013 0.062 0.140 0.166 0.251 0.331 179 R 0.020 0.011 0.067 0.147 0.250 0.155 0.350 180 F 0.009 0.004 0.109 0.239 0.166 0.060 0.412 181 P 0.005 0.003 0.184 0.488 0.040 0.174 0.106 182 A 0.005 0.005 0.125 0.523 0.024 0.103 0.215 183 I 0.008 0.011 0.106 0.659 0.013 0.068 0.135 184 K 0.008 0.005 0.069 0.754 0.022 0.088 0.055 185 G 0.009 0.001 0.090 0.618 0.042 0.149 0.090 186 I 0.014 0.011 0.107 0.542 0.070 0.092 0.165 187 I 0.011 0.011 0.107 0.564 0.062 0.121 0.124 188 E 0.008 0.004 0.133 0.463 0.059 0.254 0.078 189 D 0.005 0.005 0.085 0.381 0.089 0.339 0.098 190 T 0.004 0.006 0.043 0.353 0.175 0.237 0.182 191 S 0.005 0.007 0.005 0.244 0.220 0.024 0.495 192 P 0.001 0.001 0.010 0.860 0.020 0.053 0.054 193 I 0.002 0.003 0.006 0.932 0.011 0.026 0.019 194 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.003 0.004 195 W 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 196 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 197 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 198 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 199 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 200 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 201 V 0.001 0.001 0.004 0.979 0.001 0.014 0.001 202 V 0.001 0.001 0.011 0.901 0.002 0.085 0.001 203 A 0.001 0.001 0.008 0.805 0.004 0.177 0.005 204 T 0.001 0.001 0.003 0.832 0.040 0.069 0.056 205 A 0.001 0.001 0.006 0.871 0.027 0.031 0.065 206 P 0.001 0.001 0.028 0.887 0.009 0.039 0.035 207 L 0.002 0.001 0.075 0.871 0.005 0.030 0.016 208 A 0.007 0.002 0.058 0.879 0.011 0.031 0.012 209 A 0.003 0.001 0.037 0.882 0.005 0.058 0.014 210 L 0.002 0.002 0.031 0.833 0.009 0.094 0.028 211 N 0.003 0.003 0.024 0.707 0.038 0.127 0.097 212 S 0.003 0.002 0.090 0.631 0.039 0.143 0.093 213 K 0.002 0.001 0.118 0.660 0.038 0.149 0.031 214 S 0.005 0.007 0.101 0.631 0.032 0.168 0.057 215 F 0.008 0.010 0.089 0.652 0.046 0.113 0.082 216 E 0.010 0.005 0.102 0.673 0.038 0.076 0.096 217 E 0.014 0.005 0.112 0.614 0.070 0.132 0.053 218 Y 0.027 0.018 0.087 0.403 0.075 0.225 0.165 219 G 0.044 0.044 0.074 0.214 0.112 0.223 0.289 220 N 0.044 0.024 0.076 0.157 0.133 0.120 0.446 221 A 0.023 0.011 0.120 0.190 0.092 0.430 0.134 222 Y 0.017 0.016 0.113 0.111 0.095 0.472 0.176 223 C 0.028 0.030 0.078 0.083 0.207 0.287 0.287 224 G 0.032 0.024 0.052 0.065 0.183 0.234 0.410 225 G 0.028 0.021 0.046 0.092 0.317 0.174 0.322 226 E 0.037 0.040 0.089 0.118 0.117 0.184 0.414 227 I 0.031 0.031 0.105 0.216 0.116 0.083 0.417 228 E 0.022 0.015 0.142 0.135 0.054 0.044 0.588 229 K 0.003 0.002 0.444 0.280 0.032 0.195 0.044 230 S 0.003 0.003 0.279 0.321 0.016 0.321 0.056 231 L 0.007 0.009 0.382 0.257 0.035 0.161 0.148 232 R 0.012 0.005 0.219 0.249 0.057 0.294 0.165 233 K 0.028 0.009 0.233 0.177 0.095 0.260 0.198 234 V 0.040 0.036 0.071 0.113 0.195 0.080 0.464 235 A 0.023 0.016 0.010 0.029 0.059 0.020 0.842 236 S 0.017 0.008 0.018 0.023 0.042 0.027 0.864