# TARGET T0232 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0232.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1765 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.747 0.177 0.049 0.019 0.006 0.001 0.001 2 E 0.782 0.150 0.046 0.017 0.004 0.001 0.001 3 D 0.796 0.162 0.033 0.008 0.001 0.001 0.001 4 G 0.624 0.256 0.086 0.029 0.005 0.001 0.001 5 M 0.324 0.288 0.236 0.122 0.028 0.002 0.001 6 N 0.277 0.405 0.227 0.076 0.013 0.001 0.001 7 T 0.134 0.397 0.305 0.139 0.023 0.002 0.001 8 F 0.005 0.017 0.074 0.269 0.467 0.162 0.005 9 D 0.020 0.125 0.317 0.380 0.136 0.020 0.001 10 L 0.009 0.018 0.031 0.085 0.242 0.521 0.093 11 Y 0.006 0.036 0.095 0.243 0.333 0.237 0.049 12 Y 0.012 0.045 0.096 0.187 0.254 0.299 0.107 13 W 0.024 0.056 0.087 0.167 0.253 0.288 0.124 14 P 0.057 0.154 0.205 0.216 0.169 0.138 0.062 15 V 0.036 0.083 0.127 0.198 0.233 0.228 0.095 16 P 0.065 0.143 0.170 0.194 0.194 0.168 0.067 17 F 0.024 0.062 0.108 0.168 0.245 0.273 0.120 18 R 0.010 0.038 0.092 0.186 0.255 0.278 0.140 19 G 0.005 0.010 0.019 0.055 0.170 0.434 0.307 20 Q 0.006 0.031 0.080 0.199 0.279 0.272 0.133 21 L 0.003 0.016 0.046 0.096 0.170 0.331 0.338 22 I 0.001 0.001 0.002 0.011 0.054 0.282 0.649 23 R 0.001 0.005 0.019 0.097 0.248 0.376 0.254 24 G 0.005 0.018 0.038 0.071 0.130 0.333 0.405 25 I 0.004 0.008 0.014 0.041 0.107 0.390 0.438 26 L 0.009 0.018 0.037 0.104 0.211 0.375 0.246 27 A 0.030 0.086 0.127 0.226 0.247 0.216 0.068 28 H 0.039 0.120 0.184 0.236 0.211 0.175 0.035 29 C 0.016 0.055 0.140 0.295 0.309 0.166 0.019 30 G 0.147 0.300 0.241 0.150 0.098 0.055 0.010 31 C 0.041 0.084 0.168 0.285 0.276 0.134 0.012 32 S 0.189 0.335 0.216 0.133 0.076 0.042 0.009 33 W 0.015 0.054 0.165 0.323 0.308 0.123 0.012 34 D 0.247 0.288 0.212 0.145 0.077 0.026 0.004 35 E 0.148 0.294 0.282 0.184 0.070 0.020 0.002 36 H 0.109 0.191 0.254 0.254 0.147 0.043 0.003 37 D 0.179 0.296 0.251 0.168 0.079 0.025 0.002 38 V 0.054 0.082 0.169 0.313 0.279 0.097 0.006 39 D 0.336 0.308 0.175 0.104 0.051 0.023 0.003 40 A 0.235 0.187 0.196 0.206 0.131 0.044 0.003 41 I 0.294 0.232 0.204 0.163 0.080 0.026 0.002 42 E 0.492 0.291 0.129 0.060 0.022 0.005 0.001 43 G 0.537 0.236 0.125 0.066 0.027 0.007 0.001 44 L 0.219 0.177 0.195 0.224 0.137 0.047 0.003 45 M 0.368 0.289 0.182 0.105 0.043 0.011 0.001 46 D 0.331 0.319 0.188 0.106 0.041 0.013 0.002 47 C 0.134 0.184 0.231 0.248 0.152 0.049 0.003 48 G 0.424 0.303 0.144 0.080 0.036 0.012 0.001 49 A 0.608 0.233 0.097 0.043 0.015 0.003 0.001 50 E 0.402 0.286 0.173 0.097 0.033 0.007 0.001 51 K 0.265 0.253 0.223 0.178 0.066 0.013 0.001 52 Q 0.424 0.329 0.160 0.066 0.018 0.003 0.001 53 P 0.518 0.271 0.127 0.059 0.021 0.005 0.001 54 V 0.134 0.177 0.234 0.260 0.152 0.041 0.003 55 A 0.219 0.237 0.195 0.183 0.110 0.050 0.005 56 F 0.165 0.170 0.190 0.226 0.171 0.067 0.010 57 M 0.091 0.166 0.230 0.228 0.171 0.094 0.021 58 G 0.068 0.128 0.202 0.248 0.206 0.120 0.028 59 P 0.012 0.026 0.052 0.107 0.228 0.396 0.180 60 P 0.007 0.022 0.035 0.071 0.189 0.421 0.254 61 V 0.003 0.014 0.044 0.123 0.263 0.364 0.190 62 L 0.002 0.005 0.017 0.088 0.306 0.476 0.106 63 I 0.012 0.089 0.194 0.282 0.251 0.151 0.021 64 D 0.029 0.149 0.274 0.322 0.180 0.043 0.003 65 R 0.339 0.361 0.207 0.073 0.017 0.002 0.001 66 E 0.760 0.174 0.047 0.015 0.003 0.001 0.001 67 R 0.649 0.216 0.090 0.035 0.009 0.001 0.001 68 N 0.473 0.327 0.137 0.049 0.012 0.002 0.001 69 F 0.064 0.144 0.247 0.302 0.185 0.054 0.004 70 A 0.039 0.121 0.203 0.259 0.225 0.135 0.018 71 I 0.028 0.048 0.077 0.159 0.287 0.327 0.074 72 S 0.024 0.055 0.110 0.199 0.274 0.260 0.077 73 Q 0.017 0.052 0.098 0.152 0.191 0.320 0.170 74 M 0.006 0.010 0.016 0.050 0.168 0.404 0.345 75 P 0.008 0.042 0.107 0.222 0.282 0.240 0.099 76 A 0.007 0.030 0.090 0.182 0.249 0.283 0.159 77 I 0.001 0.003 0.006 0.020 0.085 0.466 0.420 78 A 0.002 0.005 0.011 0.042 0.154 0.477 0.308 79 I 0.006 0.062 0.158 0.296 0.245 0.196 0.037 80 Y 0.002 0.025 0.113 0.319 0.339 0.177 0.025 81 L 0.001 0.004 0.010 0.061 0.278 0.555 0.091 82 G 0.023 0.122 0.251 0.346 0.210 0.045 0.002 83 E 0.126 0.376 0.310 0.138 0.041 0.008 0.001 84 R 0.070 0.248 0.353 0.233 0.077 0.018 0.001 85 L 0.025 0.070 0.178 0.327 0.304 0.091 0.005 86 D 0.250 0.348 0.217 0.111 0.053 0.018 0.003 87 I 0.078 0.081 0.115 0.215 0.286 0.200 0.025 88 L 0.081 0.115 0.145 0.256 0.245 0.138 0.020 89 P 0.118 0.231 0.262 0.223 0.113 0.045 0.009 90 A 0.236 0.266 0.201 0.156 0.090 0.041 0.011 91 T 0.239 0.293 0.200 0.134 0.078 0.042 0.014 92 V 0.148 0.144 0.182 0.234 0.188 0.087 0.017 93 E 0.240 0.298 0.215 0.129 0.067 0.039 0.012 94 G 0.116 0.219 0.234 0.206 0.133 0.072 0.020 95 R 0.045 0.118 0.167 0.214 0.214 0.195 0.046 96 T 0.045 0.072 0.097 0.164 0.252 0.277 0.092 97 L 0.023 0.093 0.183 0.253 0.209 0.179 0.059 98 S 0.017 0.019 0.028 0.081 0.200 0.426 0.229 99 A 0.015 0.065 0.158 0.293 0.272 0.162 0.036 100 K 0.049 0.142 0.222 0.246 0.190 0.123 0.029 101 I 0.021 0.027 0.044 0.102 0.246 0.402 0.159 102 V 0.019 0.032 0.061 0.146 0.285 0.358 0.100 103 N 0.079 0.213 0.256 0.230 0.141 0.066 0.015 104 D 0.037 0.114 0.201 0.288 0.229 0.109 0.021 105 A 0.019 0.032 0.058 0.126 0.271 0.378 0.117 106 N 0.051 0.125 0.178 0.252 0.223 0.143 0.028 107 D 0.173 0.289 0.233 0.155 0.094 0.043 0.013 108 V 0.078 0.154 0.205 0.242 0.187 0.105 0.028 109 L 0.027 0.031 0.050 0.125 0.249 0.392 0.126 110 D 0.091 0.160 0.216 0.230 0.171 0.103 0.029 111 E 0.186 0.288 0.240 0.160 0.078 0.036 0.011 112 L 0.056 0.059 0.089 0.192 0.282 0.257 0.065 113 T 0.066 0.088 0.131 0.193 0.231 0.227 0.065 114 L 0.132 0.141 0.160 0.200 0.193 0.144 0.030 115 N 0.159 0.232 0.228 0.197 0.120 0.053 0.010 116 G 0.067 0.109 0.181 0.258 0.245 0.123 0.016 117 G 0.172 0.174 0.187 0.201 0.169 0.087 0.010 118 R 0.213 0.238 0.249 0.190 0.088 0.020 0.001 119 E 0.546 0.255 0.118 0.057 0.020 0.004 0.001 120 M 0.541 0.273 0.108 0.053 0.019 0.005 0.001 121 W 0.297 0.268 0.217 0.149 0.056 0.011 0.001 122 T 0.586 0.266 0.096 0.038 0.011 0.002 0.001 123 P 0.732 0.189 0.057 0.017 0.004 0.001 0.001 124 E 0.641 0.255 0.073 0.024 0.006 0.001 0.001 125 K 0.158 0.291 0.282 0.203 0.059 0.007 0.001 126 W 0.052 0.212 0.367 0.275 0.085 0.008 0.001 127 Q 0.742 0.208 0.040 0.008 0.001 0.001 0.001 128 E 0.502 0.346 0.113 0.032 0.006 0.001 0.001 129 F 0.038 0.069 0.165 0.405 0.281 0.041 0.001 130 V 0.050 0.241 0.358 0.271 0.072 0.008 0.001 131 P 0.408 0.460 0.111 0.018 0.002 0.001 0.001 132 R 0.038 0.190 0.380 0.294 0.086 0.011 0.001 133 L 0.002 0.005 0.019 0.126 0.469 0.370 0.009 134 Q 0.015 0.149 0.397 0.331 0.096 0.012 0.001 135 K 0.077 0.422 0.332 0.135 0.029 0.004 0.001 136 W 0.001 0.011 0.043 0.145 0.368 0.406 0.026 137 I 0.001 0.005 0.026 0.165 0.426 0.352 0.025 138 R 0.030 0.339 0.394 0.180 0.047 0.009 0.001 139 I 0.004 0.039 0.169 0.400 0.307 0.078 0.003 140 F 0.001 0.002 0.005 0.031 0.219 0.634 0.109 141 A 0.010 0.078 0.254 0.411 0.209 0.037 0.001 142 D 0.109 0.504 0.283 0.085 0.017 0.002 0.001 143 T 0.015 0.068 0.190 0.393 0.260 0.070 0.004 144 G 0.019 0.047 0.109 0.286 0.365 0.165 0.008 145 A 0.276 0.379 0.221 0.094 0.026 0.004 0.001 146 R 0.444 0.328 0.143 0.062 0.019 0.004 0.001 147 N 0.172 0.240 0.272 0.208 0.087 0.020 0.001 148 G 0.478 0.276 0.130 0.072 0.031 0.011 0.001 149 L 0.393 0.278 0.169 0.105 0.044 0.010 0.001 150 S 0.394 0.264 0.161 0.113 0.054 0.013 0.001 151 A 0.556 0.233 0.111 0.067 0.028 0.006 0.001 152 A 0.436 0.317 0.159 0.066 0.017 0.004 0.001 153 S 0.128 0.269 0.288 0.216 0.078 0.019 0.001 154 G 0.041 0.148 0.263 0.279 0.203 0.061 0.005 155 F 0.003 0.009 0.038 0.141 0.337 0.410 0.062 156 M 0.003 0.007 0.013 0.040 0.167 0.543 0.228 157 L 0.002 0.006 0.018 0.071 0.230 0.480 0.193 158 G 0.009 0.034 0.081 0.201 0.312 0.280 0.084 159 T 0.013 0.089 0.219 0.312 0.243 0.105 0.018 160 E 0.119 0.330 0.243 0.158 0.093 0.046 0.011 161 K 0.015 0.084 0.196 0.292 0.259 0.129 0.026 162 I 0.001 0.003 0.011 0.050 0.218 0.570 0.148 163 G 0.001 0.004 0.014 0.055 0.205 0.479 0.242 164 V 0.001 0.002 0.007 0.020 0.055 0.325 0.590 165 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.208 0.760 166 D 0.001 0.001 0.002 0.012 0.058 0.238 0.688 167 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.136 0.840 168 V 0.001 0.002 0.003 0.009 0.030 0.193 0.762 169 T 0.001 0.003 0.011 0.039 0.098 0.268 0.579 170 A 0.001 0.001 0.004 0.019 0.071 0.302 0.602 171 I 0.001 0.004 0.005 0.015 0.050 0.267 0.658 172 L 0.002 0.009 0.027 0.090 0.210 0.393 0.270 173 W 0.002 0.008 0.031 0.090 0.212 0.422 0.236 174 T 0.004 0.010 0.020 0.052 0.153 0.422 0.339 175 T 0.009 0.042 0.096 0.219 0.294 0.275 0.065 176 V 0.020 0.049 0.095 0.193 0.295 0.271 0.077 177 A 0.020 0.045 0.086 0.185 0.298 0.312 0.053 178 D 0.093 0.187 0.230 0.244 0.163 0.071 0.011 179 R 0.108 0.197 0.228 0.220 0.150 0.081 0.016 180 F 0.174 0.200 0.220 0.207 0.135 0.058 0.006 181 P 0.427 0.281 0.148 0.085 0.041 0.015 0.003 182 A 0.253 0.216 0.196 0.171 0.111 0.046 0.006 183 I 0.123 0.139 0.202 0.254 0.205 0.074 0.005 184 K 0.440 0.319 0.151 0.065 0.020 0.005 0.001 185 G 0.335 0.319 0.176 0.101 0.050 0.017 0.002 186 I 0.056 0.107 0.208 0.299 0.250 0.075 0.004 187 I 0.092 0.194 0.285 0.277 0.124 0.027 0.001 188 E 0.607 0.256 0.092 0.034 0.009 0.002 0.001 189 D 0.548 0.270 0.112 0.048 0.018 0.004 0.001 190 T 0.181 0.210 0.211 0.212 0.136 0.046 0.003 191 S 0.043 0.185 0.295 0.296 0.136 0.043 0.003 192 P 0.114 0.226 0.212 0.194 0.168 0.075 0.010 193 I 0.009 0.060 0.171 0.261 0.287 0.185 0.028 194 I 0.002 0.003 0.006 0.050 0.247 0.561 0.131 195 W 0.004 0.062 0.262 0.412 0.203 0.054 0.003 196 G 0.010 0.059 0.200 0.346 0.283 0.097 0.006 197 L 0.002 0.003 0.005 0.013 0.096 0.622 0.258 198 S 0.001 0.004 0.019 0.138 0.404 0.388 0.045 199 R 0.014 0.206 0.398 0.266 0.091 0.022 0.003 200 R 0.003 0.034 0.151 0.415 0.319 0.074 0.003 201 V 0.001 0.003 0.007 0.042 0.270 0.597 0.081 202 V 0.009 0.098 0.272 0.348 0.216 0.053 0.004 203 A 0.175 0.426 0.235 0.108 0.041 0.012 0.002 204 T 0.029 0.130 0.297 0.355 0.155 0.032 0.002 205 A 0.293 0.321 0.192 0.123 0.053 0.017 0.002 206 P 0.174 0.298 0.217 0.160 0.101 0.045 0.005 207 L 0.028 0.043 0.101 0.267 0.365 0.181 0.015 208 A 0.137 0.326 0.285 0.178 0.057 0.016 0.002 209 A 0.150 0.358 0.263 0.153 0.056 0.018 0.002 210 L 0.020 0.052 0.133 0.285 0.339 0.157 0.014 211 N 0.080 0.142 0.219 0.301 0.198 0.057 0.004 212 S 0.463 0.364 0.120 0.040 0.011 0.002 0.001 213 K 0.457 0.320 0.136 0.059 0.020 0.006 0.001 214 S 0.203 0.300 0.234 0.157 0.075 0.028 0.003 215 F 0.100 0.206 0.245 0.241 0.147 0.053 0.007 216 E 0.190 0.269 0.242 0.169 0.085 0.034 0.010 217 E 0.145 0.214 0.208 0.188 0.134 0.086 0.026 218 Y 0.047 0.057 0.095 0.195 0.279 0.257 0.070 219 G 0.105 0.088 0.092 0.131 0.192 0.262 0.131 220 N 0.092 0.070 0.069 0.102 0.153 0.287 0.226 221 A 0.078 0.090 0.110 0.157 0.177 0.224 0.163 222 Y 0.058 0.056 0.078 0.136 0.191 0.259 0.222 223 C 0.044 0.058 0.088 0.140 0.201 0.272 0.197 224 G 0.053 0.068 0.104 0.145 0.205 0.243 0.180 225 G 0.037 0.053 0.086 0.136 0.224 0.283 0.180 226 E 0.050 0.099 0.112 0.157 0.209 0.249 0.123 227 I 0.022 0.033 0.062 0.168 0.316 0.329 0.070 228 E 0.077 0.216 0.275 0.249 0.135 0.043 0.005 229 K 0.079 0.175 0.277 0.268 0.149 0.045 0.007 230 S 0.379 0.353 0.145 0.072 0.033 0.016 0.004 231 L 0.059 0.051 0.105 0.257 0.330 0.183 0.015 232 R 0.195 0.264 0.260 0.177 0.075 0.027 0.002 233 K 0.149 0.276 0.261 0.192 0.089 0.029 0.003 234 V 0.080 0.077 0.121 0.229 0.289 0.180 0.024 235 A 0.177 0.214 0.206 0.205 0.133 0.058 0.007 236 S 0.497 0.239 0.120 0.076 0.040 0.022 0.006