# TARGET T0231 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0231.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 65.097 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.188 0.117 0.086 0.120 0.089 0.087 0.085 0.066 0.065 0.053 0.044 2 S 0.170 0.100 0.045 0.075 0.075 0.074 0.115 0.097 0.100 0.085 0.065 3 D 0.306 0.189 0.095 0.129 0.099 0.064 0.054 0.028 0.019 0.010 0.005 4 S 0.300 0.122 0.064 0.150 0.118 0.081 0.072 0.037 0.025 0.018 0.014 5 L 0.093 0.067 0.077 0.132 0.119 0.110 0.115 0.081 0.079 0.071 0.057 6 V 0.069 0.086 0.075 0.151 0.137 0.122 0.141 0.085 0.069 0.041 0.023 7 V 0.084 0.079 0.086 0.166 0.138 0.125 0.138 0.082 0.052 0.033 0.018 8 C 0.012 0.011 0.014 0.024 0.038 0.059 0.172 0.157 0.196 0.172 0.145 9 E 0.097 0.179 0.210 0.252 0.143 0.061 0.038 0.011 0.006 0.003 0.002 10 V 0.001 0.006 0.005 0.008 0.010 0.017 0.050 0.081 0.157 0.271 0.395 11 D 0.019 0.360 0.147 0.204 0.150 0.069 0.039 0.008 0.003 0.001 0.001 12 P 0.898 0.068 0.018 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.673 0.125 0.077 0.090 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.005 0.005 0.008 0.042 0.228 0.231 0.253 0.150 0.077 15 K 0.001 0.002 0.025 0.110 0.203 0.320 0.233 0.070 0.025 0.009 0.003 16 E 0.009 0.021 0.921 0.039 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.001 0.002 0.043 0.057 0.102 0.252 0.370 0.112 0.041 0.017 0.004 18 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.004 0.060 0.122 0.236 0.307 0.257 19 R 0.001 0.004 0.419 0.264 0.197 0.079 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 20 K 0.003 0.017 0.790 0.112 0.055 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 21 F 0.001 0.002 0.013 0.009 0.020 0.079 0.331 0.200 0.187 0.110 0.047 22 R 0.028 0.035 0.081 0.093 0.107 0.119 0.252 0.141 0.085 0.043 0.016 23 F 0.006 0.028 0.206 0.083 0.090 0.085 0.131 0.104 0.094 0.094 0.079 24 R 0.017 0.080 0.221 0.229 0.176 0.118 0.094 0.032 0.019 0.010 0.004 25 K 0.266 0.118 0.069 0.118 0.095 0.091 0.117 0.056 0.038 0.021 0.012 26 E 0.473 0.146 0.111 0.117 0.053 0.039 0.029 0.013 0.010 0.006 0.005 27 T 0.207 0.129 0.126 0.126 0.089 0.089 0.116 0.049 0.037 0.022 0.010 28 N 0.179 0.255 0.119 0.217 0.099 0.060 0.042 0.014 0.008 0.004 0.002 29 N 0.023 0.064 0.080 0.135 0.170 0.147 0.148 0.092 0.075 0.044 0.023 30 A 0.009 0.028 0.033 0.172 0.209 0.216 0.208 0.071 0.034 0.014 0.006 31 A 0.001 0.003 0.006 0.030 0.054 0.099 0.185 0.196 0.197 0.147 0.083 32 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.015 0.096 0.213 0.270 0.258 0.134 33 I 0.001 0.004 0.013 0.105 0.169 0.195 0.199 0.151 0.088 0.051 0.025 34 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.035 0.081 0.250 0.332 0.294 35 K 0.002 0.011 0.014 0.166 0.258 0.194 0.228 0.081 0.034 0.011 0.003 36 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.055 0.107 0.251 0.313 0.259 37 D 0.014 0.124 0.120 0.347 0.239 0.095 0.046 0.010 0.003 0.001 0.001 38 K 0.331 0.347 0.071 0.139 0.066 0.028 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 39 D 0.710 0.167 0.038 0.060 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.377 0.148 0.053 0.152 0.111 0.084 0.052 0.014 0.007 0.002 0.001 41 Q 0.130 0.123 0.090 0.167 0.127 0.127 0.133 0.056 0.029 0.012 0.006 42 M 0.019 0.070 0.097 0.226 0.190 0.185 0.130 0.047 0.022 0.011 0.003 43 V 0.006 0.009 0.026 0.029 0.050 0.103 0.214 0.179 0.174 0.137 0.074 44 V 0.037 0.108 0.179 0.259 0.190 0.102 0.071 0.027 0.015 0.008 0.004 45 L 0.007 0.018 0.030 0.047 0.069 0.091 0.201 0.164 0.159 0.132 0.081 46 E 0.068 0.115 0.106 0.236 0.220 0.112 0.085 0.032 0.017 0.006 0.003 47 D 0.378 0.180 0.135 0.134 0.077 0.044 0.034 0.010 0.005 0.002 0.001 48 E 0.184 0.152 0.109 0.164 0.124 0.086 0.093 0.040 0.026 0.015 0.008 49 L 0.088 0.087 0.048 0.090 0.124 0.129 0.195 0.098 0.078 0.043 0.020 50 Q 0.439 0.195 0.087 0.119 0.065 0.038 0.033 0.012 0.007 0.004 0.002 51 N 0.352 0.105 0.070 0.128 0.101 0.078 0.095 0.034 0.022 0.009 0.004 52 I 0.042 0.054 0.027 0.075 0.112 0.150 0.217 0.154 0.087 0.057 0.026 53 S 0.036 0.757 0.050 0.084 0.035 0.017 0.009 0.004 0.003 0.002 0.001 54 P 0.015 0.014 0.008 0.062 0.214 0.307 0.227 0.090 0.045 0.015 0.005 55 E 0.932 0.050 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.015 0.079 0.133 0.491 0.195 0.063 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.059 0.163 0.245 0.282 0.233 58 K 0.003 0.014 0.056 0.196 0.308 0.273 0.116 0.023 0.008 0.002 0.001 59 L 0.016 0.050 0.805 0.095 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.027 0.043 0.035 0.137 0.162 0.239 0.264 0.058 0.020 0.009 0.006 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.052 0.127 0.227 0.293 0.289 62 P 0.096 0.215 0.139 0.223 0.152 0.098 0.048 0.015 0.008 0.004 0.004 63 E 0.512 0.146 0.217 0.082 0.026 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 64 R 0.155 0.099 0.039 0.141 0.127 0.149 0.173 0.062 0.029 0.017 0.009 65 Q 0.074 0.171 0.055 0.237 0.161 0.133 0.088 0.032 0.025 0.014 0.010 66 P 0.002 0.003 0.002 0.008 0.016 0.028 0.095 0.150 0.251 0.253 0.193 67 R 0.002 0.014 0.017 0.111 0.163 0.228 0.276 0.105 0.047 0.023 0.013 68 F 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.038 0.122 0.207 0.250 0.227 0.131 69 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.025 0.101 0.197 0.237 0.238 0.184 70 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.010 0.019 0.067 0.162 0.272 0.278 0.183 71 Y 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.037 0.130 0.197 0.283 0.207 0.114 72 S 0.010 0.062 0.037 0.275 0.213 0.148 0.146 0.066 0.030 0.010 0.003 73 Y 0.001 0.002 0.002 0.015 0.036 0.070 0.196 0.231 0.227 0.159 0.061 74 K 0.210 0.381 0.100 0.237 0.058 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Y 0.003 0.006 0.002 0.019 0.043 0.069 0.196 0.216 0.208 0.162 0.076 76 V 0.091 0.331 0.080 0.263 0.124 0.055 0.031 0.012 0.007 0.003 0.003 77 H 0.026 0.049 0.012 0.092 0.154 0.199 0.230 0.113 0.074 0.035 0.016 78 D 0.544 0.183 0.056 0.101 0.044 0.028 0.020 0.010 0.007 0.005 0.004 79 D 0.474 0.188 0.044 0.132 0.070 0.039 0.029 0.011 0.007 0.004 0.002 80 G 0.639 0.152 0.031 0.071 0.032 0.023 0.020 0.010 0.009 0.006 0.006 81 R 0.096 0.100 0.043 0.137 0.111 0.130 0.146 0.082 0.072 0.049 0.035 82 V 0.039 0.069 0.065 0.171 0.128 0.172 0.168 0.075 0.056 0.034 0.022 83 S 0.058 0.128 0.123 0.249 0.176 0.104 0.082 0.036 0.024 0.012 0.008 84 Y 0.006 0.012 0.014 0.065 0.098 0.116 0.222 0.196 0.146 0.090 0.036 85 P 0.012 0.048 0.046 0.203 0.279 0.196 0.135 0.048 0.022 0.009 0.004 86 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.020 0.097 0.202 0.257 0.244 0.168 87 C 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.031 0.145 0.270 0.241 0.186 0.114 88 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.052 0.163 0.282 0.265 0.229 89 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.103 0.220 0.349 0.295 90 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 0.068 0.149 0.272 0.269 0.219 91 S 0.001 0.003 0.002 0.016 0.021 0.034 0.111 0.196 0.270 0.224 0.122 92 S 0.008 0.017 0.009 0.069 0.104 0.120 0.207 0.205 0.143 0.080 0.039 93 P 0.015 0.029 0.020 0.101 0.139 0.144 0.182 0.167 0.117 0.061 0.025 94 V 0.145 0.124 0.032 0.179 0.190 0.124 0.095 0.056 0.032 0.016 0.007 95 G 0.232 0.151 0.044 0.190 0.126 0.094 0.080 0.039 0.026 0.012 0.006 96 C 0.025 0.014 0.006 0.021 0.029 0.051 0.123 0.150 0.208 0.200 0.173 97 K 0.207 0.534 0.076 0.126 0.037 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 98 P 0.139 0.049 0.015 0.053 0.054 0.072 0.131 0.133 0.147 0.122 0.084 99 E 0.226 0.190 0.106 0.205 0.149 0.070 0.038 0.009 0.004 0.001 0.001 100 Q 0.079 0.073 0.106 0.220 0.149 0.133 0.151 0.053 0.024 0.009 0.004 101 Q 0.016 0.034 0.067 0.216 0.220 0.178 0.130 0.068 0.041 0.022 0.009 102 M 0.025 0.015 0.048 0.033 0.043 0.075 0.195 0.208 0.174 0.120 0.062 103 M 0.005 0.025 0.111 0.184 0.186 0.148 0.149 0.088 0.055 0.034 0.015 104 Y 0.004 0.019 0.078 0.046 0.049 0.081 0.218 0.165 0.155 0.125 0.059 105 A 0.037 0.036 0.126 0.125 0.093 0.078 0.138 0.114 0.122 0.084 0.046 106 G 0.067 0.062 0.136 0.091 0.093 0.106 0.207 0.104 0.077 0.038 0.020 107 S 0.002 0.018 0.060 0.055 0.034 0.041 0.110 0.143 0.204 0.208 0.125 108 K 0.002 0.005 0.030 0.035 0.083 0.179 0.335 0.159 0.096 0.049 0.028 109 N 0.111 0.078 0.400 0.221 0.096 0.046 0.030 0.010 0.005 0.002 0.001 110 R 0.004 0.014 0.043 0.136 0.213 0.241 0.230 0.072 0.030 0.012 0.004 111 L 0.001 0.001 0.015 0.005 0.003 0.003 0.019 0.055 0.193 0.317 0.388 112 V 0.001 0.001 0.019 0.059 0.183 0.259 0.310 0.105 0.045 0.015 0.005 113 Q 0.012 0.033 0.744 0.149 0.043 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 114 T 0.002 0.010 0.020 0.044 0.096 0.214 0.402 0.131 0.053 0.020 0.006 115 A 0.010 0.005 0.005 0.008 0.008 0.017 0.089 0.158 0.241 0.247 0.211 116 E 0.311 0.335 0.160 0.128 0.047 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 117 L 0.024 0.023 0.034 0.050 0.053 0.081 0.176 0.159 0.189 0.132 0.078 118 T 0.205 0.249 0.109 0.195 0.121 0.059 0.039 0.013 0.006 0.003 0.001 119 K 0.125 0.097 0.053 0.163 0.143 0.141 0.149 0.063 0.038 0.019 0.010 120 V 0.072 0.119 0.115 0.227 0.180 0.135 0.083 0.034 0.019 0.010 0.005 121 F 0.005 0.007 0.007 0.020 0.038 0.074 0.181 0.194 0.223 0.166 0.085 122 E 0.039 0.125 0.098 0.295 0.206 0.101 0.081 0.029 0.014 0.007 0.004 123 I 0.004 0.003 0.004 0.008 0.014 0.021 0.087 0.130 0.239 0.247 0.243 124 R 0.064 0.131 0.108 0.259 0.214 0.117 0.070 0.022 0.010 0.004 0.002 125 T 0.113 0.380 0.087 0.169 0.100 0.060 0.051 0.020 0.011 0.006 0.002 126 T 0.370 0.149 0.072 0.157 0.122 0.065 0.039 0.014 0.008 0.003 0.001 127 D 0.680 0.184 0.045 0.058 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 128 D 0.100 0.132 0.100 0.194 0.141 0.109 0.129 0.050 0.029 0.011 0.005 129 L 0.027 0.022 0.015 0.034 0.065 0.126 0.210 0.171 0.140 0.112 0.079 130 T 0.045 0.441 0.165 0.175 0.075 0.044 0.031 0.011 0.006 0.003 0.002 131 E 0.059 0.054 0.084 0.211 0.242 0.192 0.107 0.031 0.014 0.005 0.002 132 T 0.804 0.097 0.058 0.030 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 W 0.012 0.031 0.075 0.226 0.200 0.210 0.185 0.041 0.015 0.004 0.001 134 L 0.003 0.004 0.023 0.014 0.018 0.033 0.137 0.189 0.233 0.210 0.136 135 K 0.005 0.024 0.247 0.230 0.237 0.163 0.073 0.014 0.005 0.001 0.001 136 E 0.038 0.039 0.724 0.123 0.042 0.020 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 137 K 0.008 0.015 0.041 0.098 0.135 0.230 0.306 0.096 0.044 0.021 0.006 138 L 0.005 0.011 0.047 0.018 0.014 0.025 0.142 0.196 0.238 0.198 0.106 139 A 0.015 0.060 0.279 0.259 0.200 0.101 0.049 0.021 0.010 0.005 0.002 140 F 0.031 0.062 0.276 0.105 0.099 0.118 0.151 0.071 0.049 0.027 0.010 141 F 0.022 0.043 0.083 0.114 0.126 0.104 0.157 0.134 0.114 0.070 0.033 142 R 0.076 0.091 0.042 0.093 0.120 0.115 0.180 0.111 0.086 0.055 0.032