# TARGET T0231 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0231.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 142 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.176 0.122 0.047 0.034 0.226 0.021 0.023 0.098 0.065 0.117 0.070 2 S 0.122 0.212 0.082 0.033 0.230 0.025 0.035 0.118 0.058 0.052 0.034 3 D 0.148 0.086 0.044 0.050 0.142 0.046 0.053 0.139 0.107 0.116 0.069 4 S 0.048 0.116 0.070 0.096 0.087 0.047 0.074 0.166 0.132 0.128 0.037 5 L 0.141 0.071 0.027 0.023 0.125 0.023 0.028 0.078 0.069 0.270 0.145 6 V 0.087 0.183 0.046 0.044 0.236 0.040 0.056 0.073 0.076 0.118 0.041 7 V 0.134 0.171 0.050 0.029 0.331 0.016 0.020 0.039 0.065 0.097 0.050 8 C 0.137 0.253 0.069 0.008 0.436 0.007 0.008 0.013 0.021 0.020 0.028 9 E 0.246 0.197 0.034 0.001 0.405 0.001 0.004 0.005 0.007 0.019 0.081 10 V 0.036 0.434 0.320 0.013 0.133 0.004 0.002 0.001 0.002 0.027 0.028 11 D 0.005 0.587 0.317 0.004 0.084 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.625 0.361 0.004 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.875 0.112 0.005 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.892 0.072 0.031 0.001 15 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.914 0.071 0.009 0.001 16 E 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.888 0.077 0.005 0.004 17 T 0.001 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.016 0.796 0.136 0.037 0.001 18 L 0.011 0.031 0.005 0.001 0.016 0.002 0.017 0.623 0.221 0.061 0.012 19 R 0.004 0.008 0.003 0.004 0.004 0.008 0.048 0.664 0.214 0.037 0.007 20 K 0.004 0.009 0.004 0.005 0.007 0.010 0.032 0.430 0.193 0.292 0.014 21 F 0.103 0.235 0.041 0.003 0.282 0.004 0.005 0.095 0.070 0.101 0.062 22 R 0.084 0.056 0.014 0.006 0.124 0.012 0.055 0.343 0.157 0.101 0.048 23 F 0.138 0.172 0.033 0.008 0.252 0.007 0.013 0.175 0.069 0.098 0.035 24 R 0.133 0.159 0.067 0.041 0.251 0.025 0.053 0.155 0.049 0.032 0.035 25 K 0.088 0.085 0.063 0.061 0.112 0.068 0.069 0.209 0.135 0.077 0.031 26 E 0.060 0.140 0.077 0.083 0.133 0.044 0.057 0.122 0.111 0.121 0.053 27 T 0.071 0.112 0.070 0.056 0.140 0.043 0.056 0.079 0.085 0.219 0.068 28 N 0.206 0.120 0.035 0.018 0.269 0.020 0.048 0.043 0.051 0.107 0.085 29 N 0.261 0.159 0.020 0.019 0.368 0.013 0.009 0.008 0.009 0.043 0.092 30 A 0.200 0.086 0.014 0.034 0.452 0.039 0.077 0.020 0.008 0.034 0.036 31 A 0.222 0.069 0.004 0.001 0.693 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 32 I 0.210 0.043 0.002 0.001 0.735 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 33 I 0.435 0.019 0.001 0.001 0.459 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.079 34 M 0.190 0.210 0.030 0.006 0.504 0.004 0.003 0.002 0.001 0.007 0.043 35 K 0.246 0.159 0.028 0.001 0.527 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.031 36 V 0.178 0.259 0.066 0.014 0.359 0.012 0.004 0.005 0.003 0.022 0.079 37 D 0.036 0.338 0.347 0.075 0.162 0.013 0.007 0.010 0.005 0.003 0.005 38 K 0.004 0.012 0.020 0.028 0.006 0.029 0.068 0.459 0.349 0.022 0.002 39 D 0.009 0.099 0.061 0.017 0.037 0.023 0.120 0.316 0.216 0.094 0.008 40 R 0.088 0.135 0.022 0.008 0.164 0.008 0.021 0.060 0.070 0.289 0.135 41 Q 0.141 0.194 0.041 0.016 0.304 0.022 0.057 0.047 0.026 0.090 0.062 42 M 0.160 0.211 0.021 0.001 0.582 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.013 43 V 0.433 0.055 0.003 0.001 0.478 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 44 V 0.155 0.248 0.028 0.005 0.530 0.008 0.005 0.004 0.001 0.002 0.015 45 L 0.405 0.084 0.015 0.003 0.381 0.002 0.004 0.007 0.004 0.008 0.088 46 E 0.145 0.225 0.070 0.042 0.289 0.052 0.045 0.036 0.028 0.033 0.034 47 D 0.157 0.196 0.082 0.023 0.287 0.011 0.014 0.034 0.036 0.067 0.093 48 E 0.089 0.194 0.116 0.054 0.173 0.032 0.056 0.071 0.081 0.083 0.051 49 L 0.051 0.264 0.166 0.080 0.147 0.040 0.041 0.055 0.078 0.055 0.024 50 Q 0.074 0.158 0.090 0.024 0.166 0.027 0.048 0.101 0.135 0.126 0.051 51 N 0.144 0.119 0.054 0.009 0.189 0.006 0.017 0.068 0.096 0.214 0.085 52 I 0.022 0.252 0.108 0.027 0.121 0.058 0.086 0.152 0.088 0.066 0.019 53 S 0.069 0.507 0.216 0.003 0.131 0.001 0.001 0.020 0.008 0.020 0.024 54 P 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.569 0.383 0.029 0.003 55 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.845 0.140 0.002 0.001 56 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.833 0.109 0.035 0.001 57 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.808 0.142 0.033 0.001 58 K 0.003 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.015 0.611 0.329 0.029 0.003 59 L 0.001 0.006 0.003 0.002 0.004 0.008 0.093 0.699 0.177 0.008 0.001 60 E 0.012 0.013 0.007 0.006 0.011 0.008 0.133 0.195 0.130 0.471 0.012 61 L 0.046 0.384 0.300 0.025 0.119 0.005 0.014 0.026 0.016 0.039 0.026 62 P 0.013 0.284 0.468 0.093 0.037 0.011 0.005 0.038 0.024 0.017 0.010 63 E 0.002 0.025 0.013 0.011 0.012 0.053 0.294 0.382 0.196 0.009 0.001 64 R 0.007 0.003 0.005 0.007 0.006 0.013 0.052 0.116 0.200 0.562 0.028 65 Q 0.079 0.354 0.089 0.008 0.239 0.007 0.031 0.032 0.039 0.093 0.030 66 P 0.317 0.117 0.016 0.006 0.384 0.002 0.002 0.006 0.005 0.024 0.121 67 R 0.046 0.094 0.017 0.036 0.230 0.122 0.357 0.042 0.014 0.029 0.013 68 F 0.277 0.056 0.003 0.001 0.640 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 69 V 0.222 0.065 0.002 0.001 0.696 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 70 V 0.357 0.031 0.002 0.001 0.524 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.078 71 Y 0.205 0.168 0.031 0.012 0.497 0.006 0.007 0.005 0.003 0.009 0.057 72 S 0.299 0.082 0.029 0.014 0.316 0.016 0.012 0.010 0.017 0.077 0.128 73 Y 0.115 0.266 0.118 0.049 0.275 0.015 0.012 0.025 0.041 0.034 0.051 74 K 0.123 0.143 0.052 0.025 0.199 0.037 0.078 0.093 0.112 0.092 0.047 75 Y 0.177 0.203 0.055 0.007 0.325 0.007 0.015 0.029 0.034 0.079 0.068 76 V 0.131 0.238 0.060 0.027 0.307 0.023 0.021 0.032 0.026 0.080 0.054 77 H 0.043 0.242 0.463 0.090 0.074 0.014 0.007 0.022 0.016 0.015 0.013 78 D 0.012 0.022 0.061 0.085 0.014 0.081 0.093 0.361 0.211 0.049 0.012 79 D 0.013 0.237 0.168 0.138 0.044 0.048 0.052 0.106 0.073 0.101 0.018 80 G 0.026 0.064 0.038 0.035 0.035 0.013 0.011 0.046 0.058 0.483 0.191 81 R 0.103 0.218 0.055 0.010 0.248 0.017 0.027 0.092 0.091 0.099 0.039 82 V 0.171 0.159 0.050 0.011 0.300 0.013 0.033 0.102 0.081 0.038 0.042 83 S 0.122 0.077 0.060 0.059 0.134 0.058 0.107 0.077 0.087 0.156 0.064 84 Y 0.062 0.423 0.174 0.034 0.203 0.009 0.018 0.024 0.022 0.018 0.012 85 P 0.189 0.156 0.044 0.011 0.329 0.011 0.041 0.055 0.043 0.048 0.074 86 L 0.209 0.101 0.005 0.001 0.658 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.014 87 C 0.227 0.029 0.001 0.001 0.728 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 88 F 0.229 0.045 0.003 0.001 0.711 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 89 I 0.404 0.027 0.004 0.002 0.430 0.003 0.002 0.003 0.001 0.006 0.119 90 F 0.304 0.094 0.016 0.005 0.408 0.007 0.017 0.021 0.011 0.032 0.085 91 S 0.110 0.174 0.067 0.039 0.244 0.026 0.034 0.027 0.034 0.161 0.083 92 S 0.093 0.277 0.211 0.059 0.264 0.014 0.013 0.013 0.010 0.012 0.033 93 P 0.075 0.188 0.081 0.044 0.124 0.045 0.055 0.107 0.137 0.109 0.035 94 V 0.036 0.109 0.069 0.048 0.078 0.087 0.260 0.144 0.089 0.064 0.016 95 G 0.108 0.063 0.041 0.037 0.077 0.026 0.027 0.046 0.069 0.363 0.143 96 C 0.021 0.271 0.325 0.140 0.074 0.044 0.017 0.032 0.018 0.040 0.019 97 K 0.061 0.482 0.188 0.006 0.124 0.003 0.008 0.074 0.017 0.018 0.019 98 P 0.023 0.015 0.006 0.003 0.022 0.004 0.005 0.567 0.271 0.070 0.015 99 E 0.011 0.026 0.011 0.007 0.016 0.011 0.019 0.713 0.170 0.011 0.005 100 Q 0.010 0.017 0.008 0.005 0.022 0.006 0.032 0.756 0.121 0.020 0.003 101 Q 0.006 0.007 0.006 0.006 0.010 0.009 0.033 0.707 0.144 0.068 0.006 102 M 0.028 0.030 0.007 0.005 0.055 0.003 0.007 0.572 0.178 0.084 0.031 103 M 0.007 0.018 0.006 0.004 0.026 0.013 0.027 0.729 0.145 0.020 0.005 104 Y 0.044 0.031 0.018 0.005 0.075 0.005 0.022 0.634 0.106 0.042 0.018 105 A 0.027 0.029 0.008 0.005 0.040 0.006 0.030 0.587 0.180 0.067 0.021 106 G 0.010 0.086 0.025 0.008 0.039 0.012 0.041 0.618 0.110 0.041 0.008 107 S 0.019 0.133 0.042 0.005 0.038 0.003 0.008 0.618 0.077 0.047 0.012 108 K 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.840 0.125 0.015 0.002 109 N 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.904 0.076 0.005 0.001 110 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.944 0.045 0.004 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.040 0.002 0.001 112 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.911 0.079 0.003 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.060 0.853 0.081 0.001 0.001 114 T 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.007 0.205 0.630 0.123 0.022 0.001 115 A 0.018 0.663 0.164 0.003 0.111 0.001 0.001 0.004 0.007 0.021 0.006 116 E 0.144 0.054 0.044 0.071 0.075 0.022 0.018 0.030 0.040 0.285 0.217 117 L 0.211 0.227 0.040 0.005 0.347 0.005 0.007 0.021 0.023 0.046 0.067 118 T 0.164 0.125 0.020 0.060 0.302 0.096 0.065 0.037 0.030 0.040 0.063 119 K 0.305 0.088 0.015 0.011 0.453 0.013 0.013 0.017 0.013 0.024 0.047 120 V 0.252 0.096 0.014 0.004 0.593 0.002 0.002 0.003 0.002 0.006 0.026 121 F 0.148 0.163 0.015 0.001 0.651 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.014 122 E 0.232 0.097 0.018 0.001 0.517 0.001 0.002 0.002 0.003 0.019 0.106 123 I 0.275 0.163 0.027 0.007 0.354 0.005 0.013 0.019 0.017 0.041 0.078 124 R 0.047 0.143 0.071 0.044 0.150 0.086 0.132 0.063 0.057 0.168 0.039 125 T 0.048 0.451 0.292 0.017 0.170 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.011 126 T 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.007 0.264 0.675 0.035 0.003 127 D 0.005 0.029 0.022 0.005 0.014 0.011 0.046 0.525 0.298 0.041 0.004 128 D 0.017 0.009 0.002 0.001 0.018 0.002 0.016 0.191 0.141 0.569 0.034 129 L 0.059 0.219 0.023 0.002 0.133 0.007 0.017 0.305 0.111 0.088 0.036 130 T 0.026 0.437 0.182 0.011 0.072 0.002 0.005 0.182 0.041 0.029 0.014 131 E 0.003 0.003 0.002 0.001 0.007 0.002 0.005 0.809 0.152 0.016 0.001 132 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.890 0.091 0.003 0.001 133 W 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.905 0.067 0.016 0.001 134 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.895 0.087 0.014 0.001 135 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.770 0.211 0.008 0.001 136 E 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.029 0.836 0.123 0.003 0.001 137 K 0.003 0.003 0.002 0.003 0.004 0.005 0.080 0.684 0.151 0.063 0.002 138 L 0.062 0.089 0.013 0.004 0.120 0.004 0.019 0.306 0.199 0.146 0.038 139 A 0.023 0.024 0.017 0.026 0.032 0.043 0.058 0.421 0.249 0.086 0.020 140 F 0.045 0.072 0.070 0.022 0.111 0.019 0.050 0.360 0.139 0.090 0.022 141 F 0.074 0.073 0.036 0.024 0.117 0.021 0.059 0.291 0.145 0.116 0.043 142 R 0.054 0.142 0.081 0.040 0.138 0.036 0.055 0.219 0.111 0.090 0.034