# TARGET T0231 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0231.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 142 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.768 0.168 0.048 0.013 0.003 0.001 0.001 2 S 0.690 0.184 0.073 0.039 0.012 0.002 0.001 3 D 0.622 0.190 0.085 0.060 0.032 0.009 0.001 4 S 0.666 0.203 0.079 0.037 0.012 0.003 0.001 5 L 0.615 0.216 0.096 0.051 0.018 0.004 0.001 6 V 0.424 0.248 0.149 0.102 0.056 0.018 0.003 7 V 0.424 0.270 0.151 0.091 0.046 0.017 0.001 8 C 0.325 0.181 0.169 0.185 0.099 0.039 0.003 9 E 0.315 0.337 0.207 0.099 0.034 0.007 0.001 10 V 0.193 0.196 0.190 0.272 0.129 0.019 0.001 11 D 0.284 0.402 0.214 0.085 0.013 0.001 0.001 12 P 0.761 0.204 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 13 E 0.374 0.416 0.168 0.038 0.004 0.001 0.001 14 L 0.024 0.046 0.091 0.278 0.422 0.136 0.003 15 K 0.026 0.199 0.381 0.291 0.090 0.012 0.001 16 E 0.214 0.576 0.165 0.036 0.008 0.002 0.001 17 T 0.006 0.050 0.271 0.454 0.193 0.026 0.001 18 L 0.006 0.015 0.045 0.208 0.495 0.225 0.006 19 R 0.098 0.385 0.310 0.150 0.046 0.009 0.001 20 K 0.180 0.412 0.280 0.100 0.024 0.005 0.001 21 F 0.011 0.042 0.132 0.371 0.344 0.097 0.003 22 R 0.067 0.228 0.285 0.249 0.143 0.027 0.001 23 F 0.236 0.278 0.215 0.175 0.080 0.015 0.001 24 R 0.371 0.353 0.176 0.081 0.017 0.003 0.001 25 K 0.572 0.243 0.110 0.060 0.013 0.001 0.001 26 E 0.805 0.154 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001 27 T 0.628 0.256 0.083 0.029 0.004 0.001 0.001 28 N 0.354 0.455 0.151 0.036 0.004 0.001 0.001 29 N 0.020 0.110 0.204 0.347 0.262 0.056 0.001 30 A 0.004 0.057 0.236 0.457 0.210 0.034 0.001 31 A 0.001 0.005 0.017 0.074 0.279 0.546 0.077 32 I 0.001 0.001 0.002 0.019 0.130 0.619 0.230 33 I 0.001 0.004 0.026 0.105 0.257 0.483 0.125 34 M 0.001 0.001 0.003 0.013 0.083 0.526 0.374 35 K 0.001 0.014 0.128 0.338 0.333 0.172 0.015 36 V 0.001 0.006 0.033 0.189 0.499 0.262 0.010 37 D 0.088 0.388 0.324 0.145 0.046 0.008 0.001 38 K 0.375 0.326 0.172 0.096 0.026 0.005 0.001 39 D 0.651 0.250 0.072 0.022 0.004 0.001 0.001 40 R 0.490 0.336 0.125 0.040 0.008 0.001 0.001 41 Q 0.425 0.333 0.167 0.061 0.013 0.001 0.001 42 M 0.138 0.354 0.301 0.165 0.038 0.004 0.001 43 V 0.025 0.058 0.139 0.311 0.359 0.105 0.003 44 V 0.076 0.284 0.340 0.220 0.069 0.010 0.001 45 L 0.041 0.090 0.171 0.333 0.281 0.081 0.003 46 E 0.169 0.287 0.252 0.190 0.084 0.017 0.001 47 D 0.349 0.281 0.180 0.125 0.051 0.013 0.001 48 E 0.549 0.240 0.115 0.063 0.026 0.007 0.001 49 L 0.558 0.263 0.114 0.048 0.014 0.003 0.001 50 Q 0.440 0.269 0.158 0.099 0.029 0.004 0.001 51 N 0.612 0.258 0.090 0.032 0.007 0.001 0.001 52 I 0.555 0.268 0.111 0.046 0.016 0.004 0.001 53 S 0.323 0.387 0.176 0.086 0.025 0.003 0.001 54 P 0.048 0.148 0.311 0.337 0.137 0.019 0.001 55 E 0.578 0.350 0.061 0.009 0.001 0.001 0.001 56 E 0.155 0.498 0.263 0.073 0.010 0.001 0.001 57 L 0.005 0.016 0.066 0.280 0.516 0.114 0.002 58 K 0.030 0.184 0.353 0.318 0.100 0.014 0.001 59 L 0.348 0.524 0.097 0.023 0.006 0.002 0.001 60 E 0.013 0.122 0.379 0.379 0.096 0.010 0.001 61 L 0.006 0.018 0.067 0.276 0.495 0.135 0.003 62 P 0.279 0.461 0.190 0.059 0.010 0.001 0.001 63 E 0.542 0.356 0.080 0.018 0.003 0.001 0.001 64 R 0.083 0.271 0.283 0.250 0.094 0.018 0.001 65 Q 0.005 0.057 0.145 0.292 0.345 0.145 0.011 66 P 0.003 0.006 0.017 0.077 0.201 0.472 0.224 67 R 0.002 0.010 0.019 0.054 0.174 0.408 0.333 68 F 0.001 0.001 0.004 0.014 0.049 0.298 0.633 69 V 0.001 0.002 0.005 0.019 0.053 0.272 0.649 70 V 0.001 0.001 0.005 0.021 0.066 0.308 0.597 71 Y 0.001 0.002 0.007 0.029 0.153 0.544 0.265 72 S 0.003 0.031 0.120 0.275 0.365 0.176 0.031 73 Y 0.013 0.052 0.127 0.214 0.309 0.261 0.025 74 K 0.075 0.259 0.249 0.265 0.123 0.028 0.001 75 Y 0.042 0.111 0.249 0.326 0.219 0.052 0.001 76 V 0.310 0.349 0.205 0.099 0.030 0.006 0.001 77 H 0.358 0.247 0.173 0.142 0.065 0.013 0.001 78 D 0.704 0.188 0.073 0.027 0.007 0.002 0.001 79 D 0.745 0.187 0.047 0.016 0.005 0.001 0.001 80 G 0.555 0.270 0.103 0.053 0.015 0.003 0.001 81 R 0.243 0.239 0.218 0.193 0.091 0.015 0.001 82 V 0.329 0.374 0.189 0.090 0.018 0.002 0.001 83 S 0.270 0.448 0.197 0.069 0.014 0.001 0.001 84 Y 0.017 0.120 0.233 0.378 0.221 0.031 0.001 85 P 0.002 0.055 0.230 0.441 0.226 0.045 0.001 86 L 0.001 0.001 0.004 0.034 0.213 0.616 0.133 87 C 0.001 0.001 0.002 0.013 0.094 0.506 0.385 88 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.264 0.704 89 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.169 0.814 90 F 0.001 0.004 0.013 0.040 0.106 0.355 0.481 91 S 0.002 0.008 0.020 0.065 0.216 0.472 0.216 92 S 0.006 0.035 0.086 0.197 0.374 0.257 0.045 93 P 0.041 0.135 0.256 0.294 0.190 0.075 0.009 94 V 0.231 0.308 0.215 0.153 0.070 0.021 0.002 95 G 0.389 0.297 0.162 0.096 0.044 0.013 0.001 96 C 0.205 0.192 0.221 0.230 0.117 0.032 0.003 97 K 0.593 0.276 0.088 0.031 0.010 0.003 0.001 98 P 0.282 0.254 0.208 0.169 0.072 0.015 0.001 99 E 0.226 0.246 0.218 0.186 0.093 0.027 0.003 100 Q 0.286 0.309 0.191 0.127 0.063 0.021 0.003 101 Q 0.179 0.223 0.243 0.211 0.108 0.031 0.003 102 M 0.138 0.129 0.128 0.180 0.221 0.176 0.028 103 M 0.118 0.136 0.161 0.227 0.192 0.140 0.027 104 Y 0.118 0.152 0.164 0.200 0.188 0.153 0.026 105 A 0.169 0.162 0.173 0.196 0.177 0.104 0.018 106 G 0.130 0.165 0.188 0.212 0.178 0.108 0.018 107 S 0.159 0.147 0.117 0.186 0.224 0.150 0.018 108 K 0.081 0.171 0.302 0.283 0.132 0.029 0.002 109 N 0.533 0.358 0.085 0.019 0.004 0.001 0.001 110 R 0.199 0.373 0.305 0.103 0.018 0.002 0.001 111 L 0.050 0.066 0.111 0.367 0.355 0.051 0.001 112 V 0.170 0.429 0.297 0.091 0.012 0.001 0.001 113 Q 0.745 0.227 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 114 T 0.264 0.347 0.247 0.116 0.024 0.003 0.001 115 A 0.160 0.137 0.252 0.310 0.128 0.013 0.001 116 E 0.582 0.326 0.074 0.016 0.003 0.001 0.001 117 L 0.275 0.312 0.233 0.147 0.031 0.003 0.001 118 T 0.407 0.357 0.158 0.063 0.013 0.002 0.001 119 K 0.276 0.365 0.185 0.115 0.051 0.008 0.001 120 V 0.118 0.293 0.295 0.218 0.063 0.012 0.001 121 F 0.014 0.043 0.099 0.253 0.372 0.205 0.014 122 E 0.042 0.158 0.262 0.288 0.185 0.061 0.004 123 I 0.028 0.061 0.112 0.253 0.330 0.200 0.016 124 R 0.142 0.264 0.268 0.209 0.090 0.024 0.002 125 T 0.232 0.310 0.206 0.150 0.078 0.022 0.002 126 T 0.223 0.249 0.225 0.201 0.079 0.021 0.002 127 D 0.462 0.344 0.124 0.050 0.015 0.004 0.001 128 D 0.288 0.285 0.214 0.139 0.057 0.016 0.001 129 L 0.104 0.181 0.225 0.272 0.173 0.043 0.002 130 T 0.314 0.353 0.180 0.107 0.039 0.007 0.001 131 E 0.214 0.314 0.258 0.163 0.045 0.006 0.001 132 T 0.628 0.312 0.051 0.008 0.001 0.001 0.001 133 W 0.159 0.281 0.290 0.200 0.061 0.008 0.001 134 L 0.063 0.082 0.153 0.306 0.300 0.094 0.003 135 K 0.203 0.345 0.255 0.138 0.049 0.009 0.001 136 E 0.372 0.375 0.171 0.060 0.017 0.005 0.001 137 K 0.085 0.138 0.203 0.269 0.216 0.080 0.009 138 L 0.046 0.073 0.147 0.248 0.281 0.184 0.021 139 A 0.157 0.180 0.179 0.189 0.152 0.118 0.026 140 F 0.218 0.165 0.143 0.172 0.162 0.121 0.019 141 F 0.159 0.101 0.106 0.183 0.243 0.174 0.033 142 R 0.350 0.240 0.172 0.135 0.069 0.028 0.006