# TARGET T0231 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0231.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 173.519 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.028 0.735 0.004 0.014 0.023 0.001 0.001 0.004 0.085 0.057 0.013 0.034 2 S 0.002 0.028 0.650 0.006 0.023 0.031 0.001 0.001 0.003 0.125 0.096 0.012 0.023 3 D 0.001 0.013 0.410 0.005 0.059 0.057 0.001 0.001 0.003 0.334 0.093 0.013 0.012 4 S 0.002 0.007 0.244 0.006 0.128 0.119 0.001 0.001 0.004 0.217 0.241 0.013 0.017 5 L 0.011 0.031 0.233 0.019 0.139 0.098 0.006 0.002 0.029 0.127 0.229 0.015 0.061 6 V 0.026 0.035 0.285 0.014 0.055 0.093 0.015 0.005 0.110 0.112 0.084 0.095 0.072 7 V 0.050 0.049 0.264 0.015 0.017 0.068 0.026 0.011 0.199 0.069 0.037 0.031 0.166 8 C 0.033 0.028 0.296 0.005 0.014 0.043 0.011 0.003 0.124 0.130 0.028 0.212 0.073 9 E 0.009 0.049 0.527 0.003 0.009 0.022 0.005 0.001 0.068 0.056 0.035 0.029 0.187 10 V 0.001 0.101 0.651 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 0.032 0.117 0.044 0.017 0.018 11 D 0.001 0.003 0.821 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.163 0.003 0.001 0.002 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.920 0.001 0.001 0.001 0.004 0.046 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 15 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 20 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.911 0.001 0.001 0.001 0.002 0.080 0.001 0.001 21 F 0.001 0.001 0.024 0.001 0.016 0.855 0.001 0.001 0.001 0.011 0.093 0.001 0.001 22 R 0.001 0.008 0.149 0.001 0.040 0.507 0.001 0.001 0.002 0.051 0.239 0.001 0.003 23 F 0.001 0.016 0.400 0.001 0.045 0.264 0.001 0.001 0.005 0.094 0.159 0.006 0.009 24 R 0.001 0.009 0.454 0.003 0.038 0.078 0.001 0.001 0.002 0.190 0.210 0.008 0.007 25 K 0.001 0.008 0.442 0.004 0.051 0.037 0.001 0.001 0.002 0.224 0.207 0.004 0.020 26 E 0.001 0.012 0.399 0.006 0.097 0.033 0.001 0.001 0.003 0.210 0.196 0.021 0.022 27 T 0.002 0.015 0.252 0.010 0.108 0.024 0.001 0.001 0.005 0.222 0.292 0.025 0.045 28 N 0.006 0.017 0.295 0.045 0.051 0.012 0.002 0.001 0.005 0.246 0.221 0.038 0.062 29 N 0.043 0.009 0.299 0.045 0.016 0.003 0.006 0.001 0.014 0.186 0.076 0.155 0.147 30 A 0.205 0.004 0.193 0.081 0.003 0.001 0.043 0.004 0.041 0.080 0.014 0.113 0.218 31 A 0.588 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.060 0.004 0.012 0.002 0.001 0.164 0.152 32 I 0.849 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.065 0.041 33 I 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.034 34 M 0.866 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.040 0.001 0.002 0.001 0.001 0.031 0.054 35 K 0.778 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.003 0.001 0.001 0.115 0.069 36 V 0.485 0.009 0.027 0.005 0.001 0.001 0.030 0.001 0.005 0.004 0.001 0.050 0.384 37 D 0.046 0.007 0.398 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.037 0.041 0.208 0.250 38 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.898 0.002 0.006 39 D 0.005 0.002 0.015 0.003 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.142 0.756 0.036 0.011 40 R 0.023 0.005 0.140 0.017 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.325 0.298 0.065 0.096 41 Q 0.105 0.009 0.349 0.007 0.003 0.001 0.013 0.001 0.006 0.088 0.028 0.162 0.229 42 M 0.178 0.026 0.034 0.011 0.001 0.001 0.041 0.001 0.002 0.006 0.001 0.067 0.633 43 V 0.270 0.004 0.084 0.053 0.001 0.001 0.060 0.001 0.008 0.003 0.001 0.319 0.198 44 V 0.238 0.003 0.057 0.003 0.001 0.001 0.041 0.001 0.009 0.003 0.001 0.382 0.263 45 L 0.078 0.007 0.119 0.017 0.001 0.001 0.019 0.001 0.010 0.003 0.001 0.061 0.682 46 E 0.041 0.004 0.226 0.274 0.023 0.003 0.013 0.001 0.030 0.027 0.011 0.206 0.142 47 D 0.017 0.006 0.209 0.047 0.088 0.009 0.007 0.001 0.054 0.190 0.057 0.125 0.190 48 E 0.016 0.027 0.219 0.012 0.081 0.023 0.012 0.001 0.075 0.131 0.052 0.100 0.249 49 L 0.005 0.055 0.384 0.024 0.034 0.027 0.005 0.002 0.099 0.137 0.046 0.092 0.090 50 Q 0.002 0.011 0.208 0.015 0.030 0.020 0.001 0.001 0.025 0.243 0.372 0.019 0.054 51 N 0.001 0.009 0.227 0.007 0.020 0.005 0.001 0.001 0.012 0.328 0.353 0.008 0.029 52 I 0.001 0.068 0.341 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.009 0.478 0.022 0.063 0.011 53 S 0.001 0.022 0.890 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.062 0.001 0.001 0.020 54 P 0.001 0.001 0.009 0.001 0.063 0.881 0.001 0.001 0.001 0.003 0.043 0.001 0.001 55 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 56 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.059 0.920 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 58 K 0.001 0.002 0.013 0.001 0.159 0.784 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.001 0.001 59 L 0.001 0.002 0.008 0.001 0.106 0.678 0.001 0.001 0.001 0.005 0.199 0.001 0.001 60 E 0.001 0.001 0.029 0.001 0.064 0.309 0.001 0.001 0.001 0.023 0.573 0.001 0.001 61 L 0.001 0.008 0.544 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.416 0.016 0.001 0.001 62 P 0.001 0.003 0.920 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 0.021 0.001 0.001 63 E 0.001 0.002 0.070 0.001 0.099 0.005 0.001 0.001 0.001 0.097 0.725 0.001 0.001 64 R 0.001 0.002 0.055 0.003 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.785 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.018 0.575 0.001 0.020 0.002 0.001 0.001 0.003 0.308 0.029 0.030 0.013 66 P 0.006 0.015 0.511 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 0.076 0.050 0.020 0.271 67 R 0.176 0.015 0.190 0.037 0.005 0.001 0.021 0.003 0.023 0.044 0.025 0.345 0.115 68 F 0.559 0.002 0.023 0.003 0.001 0.001 0.032 0.003 0.013 0.008 0.001 0.096 0.258 69 V 0.789 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.057 0.002 0.003 0.001 0.001 0.076 0.058 70 V 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.002 0.001 0.001 0.039 0.041 71 Y 0.807 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.112 0.045 72 S 0.734 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.004 0.001 0.059 0.170 73 Y 0.536 0.001 0.041 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.017 0.014 0.235 0.134 74 K 0.472 0.003 0.061 0.011 0.005 0.001 0.015 0.001 0.007 0.051 0.064 0.085 0.224 75 Y 0.412 0.008 0.045 0.003 0.004 0.001 0.020 0.001 0.006 0.030 0.018 0.290 0.159 76 V 0.318 0.085 0.056 0.007 0.002 0.001 0.029 0.001 0.006 0.027 0.016 0.082 0.369 77 H 0.045 0.063 0.428 0.010 0.005 0.003 0.006 0.001 0.005 0.055 0.039 0.105 0.236 78 D 0.005 0.008 0.118 0.006 0.022 0.008 0.001 0.001 0.001 0.101 0.679 0.020 0.032 79 D 0.001 0.003 0.029 0.002 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.085 0.840 0.006 0.007 80 G 0.002 0.005 0.138 0.005 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.358 0.439 0.019 0.007 81 R 0.009 0.015 0.496 0.003 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.187 0.129 0.022 0.116 82 V 0.042 0.119 0.235 0.005 0.016 0.003 0.008 0.001 0.001 0.097 0.042 0.118 0.314 83 S 0.081 0.054 0.264 0.101 0.022 0.003 0.011 0.001 0.002 0.094 0.048 0.149 0.172 84 Y 0.042 0.011 0.331 0.051 0.019 0.003 0.004 0.001 0.004 0.169 0.048 0.193 0.126 85 P 0.051 0.002 0.316 0.205 0.011 0.001 0.010 0.001 0.006 0.107 0.035 0.033 0.224 86 L 0.320 0.002 0.090 0.034 0.003 0.001 0.101 0.006 0.031 0.042 0.003 0.248 0.119 87 C 0.587 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.211 0.029 0.019 0.002 0.001 0.056 0.087 88 F 0.584 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.225 0.053 0.023 0.001 0.001 0.056 0.045 89 I 0.433 0.001 0.015 0.091 0.001 0.001 0.269 0.071 0.038 0.002 0.001 0.024 0.055 90 F 0.412 0.001 0.044 0.006 0.001 0.001 0.206 0.044 0.073 0.005 0.001 0.147 0.060 91 S 0.234 0.012 0.096 0.005 0.001 0.001 0.121 0.017 0.084 0.022 0.002 0.022 0.384 92 S 0.018 0.007 0.357 0.021 0.002 0.001 0.012 0.003 0.115 0.068 0.005 0.369 0.022 93 P 0.002 0.011 0.569 0.008 0.015 0.003 0.002 0.001 0.033 0.127 0.097 0.004 0.128 94 V 0.001 0.007 0.227 0.008 0.039 0.003 0.001 0.001 0.006 0.277 0.416 0.009 0.007 95 G 0.001 0.015 0.255 0.002 0.027 0.003 0.001 0.001 0.004 0.531 0.150 0.004 0.008 96 C 0.001 0.018 0.469 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.481 0.016 0.004 0.003 97 K 0.001 0.023 0.893 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.053 0.004 0.001 0.010 98 P 0.001 0.002 0.029 0.001 0.018 0.925 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 99 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 100 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 101 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 102 M 0.001 0.002 0.009 0.001 0.006 0.955 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 103 M 0.002 0.002 0.012 0.001 0.008 0.935 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 0.001 0.004 104 Y 0.002 0.001 0.014 0.001 0.012 0.924 0.001 0.001 0.001 0.008 0.035 0.002 0.002 105 A 0.001 0.002 0.036 0.001 0.024 0.830 0.001 0.001 0.002 0.013 0.089 0.002 0.002 106 G 0.001 0.011 0.115 0.001 0.014 0.659 0.001 0.001 0.002 0.084 0.108 0.003 0.003 107 S 0.001 0.004 0.115 0.001 0.007 0.768 0.001 0.001 0.001 0.046 0.055 0.001 0.004 108 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 109 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 114 T 0.001 0.001 0.010 0.001 0.013 0.904 0.001 0.001 0.001 0.004 0.069 0.001 0.001 115 A 0.001 0.004 0.048 0.001 0.018 0.489 0.001 0.001 0.002 0.048 0.389 0.001 0.001 116 E 0.001 0.003 0.077 0.005 0.011 0.022 0.001 0.001 0.001 0.043 0.835 0.001 0.001 117 L 0.001 0.005 0.758 0.004 0.004 0.006 0.001 0.001 0.021 0.135 0.023 0.010 0.033 118 T 0.004 0.006 0.482 0.060 0.004 0.001 0.005 0.001 0.081 0.276 0.025 0.032 0.023 119 K 0.012 0.006 0.126 0.003 0.002 0.001 0.039 0.024 0.561 0.034 0.004 0.089 0.099 120 V 0.031 0.005 0.071 0.038 0.001 0.001 0.105 0.106 0.521 0.007 0.001 0.014 0.100 121 F 0.054 0.001 0.026 0.016 0.001 0.001 0.152 0.181 0.459 0.004 0.001 0.089 0.015 122 E 0.089 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 0.189 0.141 0.405 0.002 0.001 0.018 0.116 123 I 0.094 0.010 0.165 0.011 0.001 0.001 0.144 0.058 0.325 0.015 0.005 0.077 0.093 124 R 0.013 0.012 0.461 0.018 0.002 0.001 0.015 0.010 0.166 0.127 0.014 0.098 0.062 125 T 0.001 0.007 0.694 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.034 0.202 0.017 0.007 0.032 126 T 0.001 0.004 0.096 0.001 0.383 0.055 0.001 0.001 0.001 0.116 0.337 0.001 0.005 127 D 0.001 0.002 0.034 0.001 0.412 0.068 0.001 0.001 0.001 0.094 0.383 0.002 0.002 128 D 0.001 0.007 0.124 0.001 0.460 0.124 0.001 0.001 0.001 0.044 0.235 0.001 0.004 129 L 0.001 0.073 0.431 0.001 0.065 0.127 0.001 0.001 0.001 0.210 0.077 0.006 0.008 130 T 0.001 0.007 0.671 0.001 0.013 0.149 0.001 0.001 0.001 0.120 0.029 0.001 0.009 131 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 132 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 136 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 137 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 138 L 0.001 0.001 0.021 0.001 0.007 0.931 0.001 0.001 0.001 0.010 0.030 0.001 0.001 139 A 0.001 0.003 0.037 0.001 0.028 0.738 0.001 0.001 0.001 0.019 0.174 0.001 0.001 140 F 0.001 0.003 0.085 0.001 0.019 0.451 0.001 0.001 0.001 0.054 0.386 0.001 0.001 141 F 0.001 0.003 0.723 0.001 0.004 0.040 0.001 0.001 0.001 0.110 0.118 0.001 0.001 142 R 0.001 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001