# TARGET T0231 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0231.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 173.519 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.002 0.006 0.023 0.013 0.020 0.929 2 S 0.025 0.033 0.017 0.048 0.021 0.061 0.796 3 D 0.036 0.015 0.071 0.062 0.168 0.138 0.510 4 S 0.039 0.003 0.185 0.064 0.207 0.233 0.269 5 L 0.108 0.015 0.167 0.056 0.110 0.195 0.349 6 V 0.182 0.034 0.118 0.066 0.115 0.106 0.379 7 V 0.420 0.042 0.041 0.070 0.040 0.081 0.305 8 C 0.600 0.032 0.027 0.041 0.059 0.025 0.216 9 E 0.653 0.038 0.023 0.019 0.071 0.038 0.158 10 V 0.123 0.051 0.017 0.030 0.185 0.041 0.552 11 D 0.007 0.008 0.001 0.005 0.161 0.002 0.815 12 P 0.001 0.001 0.094 0.786 0.009 0.102 0.009 13 E 0.001 0.001 0.057 0.881 0.002 0.056 0.003 14 L 0.001 0.001 0.022 0.967 0.001 0.009 0.001 15 K 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.007 0.001 16 E 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.015 0.001 17 T 0.001 0.001 0.007 0.974 0.001 0.011 0.006 18 L 0.001 0.001 0.006 0.973 0.002 0.013 0.004 19 R 0.001 0.001 0.012 0.946 0.004 0.033 0.003 20 K 0.001 0.001 0.014 0.900 0.003 0.078 0.003 21 F 0.007 0.002 0.013 0.830 0.014 0.077 0.057 22 R 0.022 0.009 0.018 0.708 0.028 0.109 0.106 23 F 0.088 0.032 0.034 0.439 0.050 0.172 0.185 24 R 0.082 0.006 0.037 0.150 0.116 0.372 0.236 25 K 0.096 0.013 0.038 0.054 0.290 0.186 0.323 26 E 0.091 0.009 0.114 0.017 0.177 0.286 0.305 27 T 0.090 0.009 0.108 0.004 0.245 0.365 0.179 28 N 0.185 0.013 0.061 0.001 0.209 0.265 0.266 29 N 0.419 0.010 0.013 0.001 0.176 0.037 0.344 30 A 0.705 0.004 0.003 0.001 0.072 0.015 0.200 31 A 0.972 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 32 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 33 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 34 M 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 35 K 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 36 V 0.946 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 37 D 0.295 0.003 0.001 0.001 0.045 0.014 0.643 38 K 0.034 0.001 0.040 0.005 0.146 0.753 0.022 39 D 0.013 0.001 0.042 0.002 0.087 0.833 0.022 40 R 0.160 0.012 0.051 0.002 0.194 0.132 0.448 41 Q 0.556 0.006 0.004 0.002 0.094 0.023 0.316 42 M 0.965 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 43 V 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 44 V 0.982 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 45 L 0.923 0.003 0.001 0.004 0.004 0.003 0.061 46 E 0.484 0.007 0.013 0.010 0.086 0.032 0.367 47 D 0.145 0.007 0.102 0.022 0.234 0.241 0.250 48 E 0.075 0.021 0.124 0.023 0.155 0.339 0.265 49 L 0.048 0.022 0.106 0.015 0.238 0.130 0.440 50 Q 0.060 0.011 0.072 0.015 0.213 0.387 0.243 51 N 0.056 0.025 0.048 0.006 0.243 0.323 0.299 52 I 0.059 0.101 0.005 0.003 0.275 0.027 0.530 53 S 0.014 0.019 0.003 0.001 0.044 0.003 0.916 54 P 0.001 0.001 0.405 0.539 0.003 0.040 0.011 55 E 0.001 0.001 0.454 0.503 0.002 0.037 0.004 56 E 0.001 0.001 0.383 0.596 0.001 0.015 0.004 57 L 0.001 0.002 0.161 0.798 0.003 0.027 0.008 58 K 0.001 0.001 0.276 0.659 0.005 0.046 0.011 59 L 0.001 0.001 0.160 0.526 0.013 0.291 0.009 60 E 0.005 0.015 0.108 0.475 0.087 0.231 0.080 61 L 0.004 0.013 0.002 0.007 0.463 0.007 0.503 62 P 0.004 0.004 0.012 0.003 0.044 0.084 0.849 63 E 0.001 0.003 0.064 0.008 0.067 0.843 0.015 64 R 0.007 0.002 0.157 0.017 0.234 0.524 0.059 65 Q 0.038 0.007 0.006 0.001 0.364 0.004 0.580 66 P 0.133 0.016 0.001 0.001 0.050 0.014 0.785 67 R 0.751 0.009 0.002 0.001 0.118 0.008 0.113 68 F 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 69 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 70 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 Y 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 72 S 0.887 0.002 0.001 0.001 0.009 0.003 0.100 73 Y 0.461 0.004 0.012 0.003 0.119 0.099 0.303 74 K 0.497 0.009 0.027 0.007 0.159 0.123 0.178 75 Y 0.630 0.025 0.019 0.007 0.079 0.055 0.184 76 V 0.552 0.110 0.010 0.008 0.077 0.040 0.203 77 H 0.266 0.016 0.011 0.004 0.126 0.045 0.533 78 D 0.087 0.009 0.032 0.006 0.168 0.569 0.129 79 D 0.012 0.002 0.026 0.002 0.098 0.833 0.027 80 G 0.035 0.003 0.047 0.003 0.377 0.424 0.112 81 R 0.145 0.036 0.038 0.005 0.146 0.066 0.564 82 V 0.488 0.109 0.022 0.005 0.065 0.042 0.269 83 S 0.448 0.029 0.017 0.003 0.092 0.043 0.368 84 Y 0.371 0.005 0.003 0.001 0.191 0.012 0.418 85 P 0.327 0.002 0.004 0.001 0.221 0.041 0.404 86 L 0.932 0.002 0.001 0.001 0.017 0.005 0.043 87 C 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 88 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 90 F 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 91 S 0.772 0.006 0.001 0.001 0.038 0.002 0.181 92 S 0.218 0.014 0.001 0.001 0.081 0.008 0.677 93 P 0.077 0.010 0.014 0.003 0.202 0.139 0.555 94 V 0.014 0.008 0.018 0.003 0.242 0.590 0.125 95 G 0.019 0.008 0.018 0.005 0.326 0.362 0.262 96 C 0.012 0.018 0.003 0.007 0.203 0.010 0.749 97 K 0.015 0.026 0.006 0.012 0.036 0.008 0.897 98 P 0.002 0.002 0.127 0.747 0.009 0.092 0.021 99 E 0.005 0.002 0.101 0.764 0.011 0.093 0.024 100 Q 0.014 0.003 0.091 0.812 0.010 0.031 0.040 101 Q 0.072 0.005 0.020 0.827 0.018 0.024 0.034 102 M 0.174 0.010 0.024 0.719 0.013 0.025 0.034 103 M 0.194 0.011 0.028 0.658 0.025 0.061 0.023 104 Y 0.179 0.007 0.027 0.630 0.016 0.107 0.035 105 A 0.137 0.015 0.034 0.460 0.041 0.134 0.179 106 G 0.072 0.026 0.019 0.224 0.289 0.150 0.220 107 S 0.035 0.035 0.013 0.150 0.205 0.046 0.515 108 K 0.001 0.001 0.018 0.966 0.001 0.012 0.003 109 N 0.001 0.001 0.022 0.970 0.001 0.006 0.001 110 R 0.001 0.001 0.021 0.973 0.001 0.003 0.002 111 L 0.003 0.001 0.013 0.972 0.001 0.007 0.003 112 V 0.007 0.002 0.015 0.953 0.003 0.019 0.002 113 Q 0.009 0.001 0.013 0.888 0.003 0.084 0.004 114 T 0.015 0.001 0.020 0.695 0.028 0.194 0.048 115 A 0.041 0.009 0.019 0.216 0.091 0.363 0.261 116 E 0.033 0.005 0.011 0.022 0.102 0.381 0.446 117 L 0.221 0.007 0.005 0.004 0.093 0.033 0.637 118 T 0.475 0.002 0.002 0.002 0.090 0.020 0.409 119 K 0.944 0.002 0.001 0.001 0.014 0.004 0.036 120 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 121 F 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 122 E 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 123 I 0.858 0.003 0.001 0.001 0.008 0.005 0.125 124 R 0.537 0.013 0.001 0.001 0.145 0.024 0.279 125 T 0.161 0.015 0.002 0.003 0.235 0.016 0.568 126 T 0.011 0.001 0.299 0.217 0.044 0.368 0.060 127 D 0.008 0.001 0.372 0.195 0.050 0.344 0.030 128 D 0.016 0.012 0.370 0.174 0.057 0.213 0.158 129 L 0.050 0.131 0.017 0.201 0.168 0.042 0.391 130 T 0.023 0.022 0.005 0.149 0.046 0.026 0.730 131 E 0.001 0.001 0.010 0.979 0.001 0.009 0.001 132 T 0.001 0.001 0.008 0.986 0.001 0.005 0.001 133 W 0.001 0.001 0.027 0.965 0.001 0.004 0.003 134 L 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.003 0.002 135 K 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.002 0.001 136 E 0.001 0.001 0.010 0.980 0.001 0.008 0.001 137 K 0.001 0.001 0.010 0.958 0.002 0.026 0.004 138 L 0.002 0.001 0.010 0.927 0.006 0.046 0.007 139 A 0.001 0.001 0.017 0.755 0.016 0.177 0.032 140 F 0.001 0.001 0.014 0.378 0.056 0.468 0.083 141 F 0.003 0.007 0.006 0.104 0.061 0.134 0.686 142 R 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.988