# TARGET T0231 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0231.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 173.519 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.192 0.131 0.230 0.161 0.080 0.041 0.079 0.030 0.038 0.016 0.001 2 S 0.332 0.162 0.276 0.101 0.050 0.030 0.016 0.006 0.013 0.012 0.001 3 D 0.325 0.117 0.118 0.270 0.065 0.030 0.033 0.012 0.018 0.010 0.001 4 S 0.197 0.165 0.220 0.183 0.115 0.020 0.047 0.019 0.023 0.010 0.001 5 L 0.150 0.271 0.399 0.055 0.068 0.023 0.010 0.008 0.011 0.003 0.003 6 V 0.086 0.648 0.117 0.058 0.051 0.018 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 7 V 0.054 0.475 0.180 0.050 0.140 0.033 0.025 0.003 0.036 0.004 0.001 8 C 0.020 0.675 0.149 0.006 0.058 0.026 0.004 0.001 0.060 0.001 0.001 9 E 0.041 0.167 0.684 0.010 0.006 0.070 0.004 0.001 0.010 0.001 0.006 10 V 0.044 0.467 0.324 0.047 0.049 0.047 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 11 D 0.010 0.100 0.741 0.001 0.047 0.045 0.001 0.001 0.054 0.003 0.001 12 P 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.984 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.968 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 F 0.618 0.007 0.014 0.354 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 22 R 0.674 0.045 0.067 0.079 0.008 0.028 0.069 0.005 0.022 0.002 0.001 23 F 0.455 0.097 0.112 0.273 0.017 0.021 0.009 0.003 0.009 0.003 0.001 24 R 0.258 0.079 0.195 0.240 0.043 0.049 0.072 0.018 0.037 0.008 0.001 25 K 0.203 0.191 0.265 0.114 0.074 0.045 0.042 0.016 0.034 0.015 0.001 26 E 0.278 0.121 0.258 0.154 0.033 0.057 0.050 0.012 0.027 0.007 0.002 27 T 0.274 0.146 0.175 0.163 0.101 0.019 0.051 0.036 0.012 0.021 0.001 28 N 0.166 0.266 0.117 0.245 0.067 0.030 0.057 0.011 0.035 0.005 0.001 29 N 0.050 0.358 0.244 0.097 0.124 0.035 0.053 0.011 0.025 0.004 0.001 30 A 0.033 0.517 0.207 0.068 0.104 0.025 0.017 0.002 0.025 0.002 0.001 31 A 0.003 0.627 0.251 0.004 0.100 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 32 I 0.001 0.902 0.060 0.001 0.022 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 33 I 0.001 0.756 0.191 0.001 0.010 0.024 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 34 M 0.002 0.811 0.103 0.001 0.025 0.030 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 35 K 0.001 0.686 0.217 0.001 0.019 0.041 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 36 V 0.012 0.495 0.408 0.015 0.014 0.044 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 37 D 0.001 0.136 0.566 0.001 0.083 0.136 0.001 0.001 0.073 0.002 0.001 38 K 0.930 0.001 0.003 0.062 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 D 0.387 0.004 0.011 0.584 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 40 R 0.125 0.089 0.182 0.501 0.023 0.013 0.037 0.011 0.018 0.001 0.001 41 Q 0.024 0.369 0.453 0.028 0.033 0.027 0.033 0.001 0.030 0.001 0.001 42 M 0.011 0.387 0.523 0.007 0.009 0.043 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 43 V 0.006 0.613 0.330 0.002 0.010 0.023 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 44 V 0.003 0.565 0.350 0.001 0.003 0.054 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 45 L 0.014 0.210 0.657 0.002 0.002 0.099 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 46 E 0.279 0.350 0.157 0.066 0.076 0.029 0.006 0.002 0.031 0.004 0.001 47 D 0.302 0.182 0.213 0.085 0.145 0.024 0.027 0.004 0.012 0.005 0.002 48 E 0.288 0.317 0.130 0.184 0.053 0.011 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 49 L 0.144 0.224 0.248 0.135 0.068 0.057 0.043 0.010 0.063 0.006 0.001 50 Q 0.218 0.193 0.292 0.138 0.051 0.030 0.034 0.007 0.029 0.008 0.001 51 N 0.083 0.071 0.182 0.311 0.059 0.073 0.131 0.054 0.023 0.010 0.002 52 I 0.013 0.434 0.430 0.045 0.048 0.020 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 53 S 0.001 0.121 0.763 0.001 0.036 0.055 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 54 P 0.981 0.001 0.008 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 E 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.936 0.001 0.001 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.957 0.001 0.005 0.034 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 58 K 0.963 0.003 0.011 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.960 0.003 0.015 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.536 0.005 0.015 0.434 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 61 L 0.068 0.136 0.538 0.025 0.012 0.029 0.013 0.002 0.177 0.001 0.001 62 P 0.092 0.019 0.821 0.015 0.003 0.031 0.004 0.001 0.005 0.005 0.005 63 E 0.672 0.015 0.229 0.054 0.005 0.012 0.003 0.004 0.001 0.004 0.001 64 R 0.196 0.035 0.045 0.614 0.022 0.020 0.031 0.023 0.012 0.001 0.001 65 Q 0.030 0.296 0.300 0.035 0.056 0.027 0.031 0.001 0.223 0.002 0.001 66 P 0.010 0.021 0.935 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 67 R 0.224 0.233 0.078 0.407 0.029 0.019 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 68 F 0.001 0.751 0.034 0.001 0.209 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 69 V 0.001 0.925 0.042 0.001 0.011 0.007 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 70 V 0.001 0.782 0.175 0.001 0.005 0.023 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 71 Y 0.003 0.820 0.051 0.003 0.077 0.019 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 72 S 0.012 0.419 0.366 0.013 0.033 0.095 0.005 0.001 0.056 0.001 0.001 73 Y 0.043 0.413 0.286 0.026 0.129 0.035 0.019 0.001 0.043 0.002 0.002 74 K 0.216 0.124 0.510 0.054 0.007 0.063 0.004 0.001 0.015 0.001 0.004 75 Y 0.038 0.502 0.252 0.035 0.107 0.027 0.007 0.002 0.029 0.001 0.001 76 V 0.077 0.579 0.213 0.048 0.018 0.040 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 77 H 0.030 0.351 0.358 0.031 0.123 0.044 0.006 0.002 0.047 0.007 0.001 78 D 0.534 0.063 0.141 0.135 0.021 0.036 0.026 0.007 0.023 0.012 0.002 79 D 0.254 0.022 0.146 0.460 0.012 0.011 0.067 0.012 0.010 0.004 0.001 80 G 0.022 0.002 0.023 0.013 0.020 0.001 0.031 0.719 0.001 0.170 0.001 81 R 0.149 0.176 0.551 0.043 0.026 0.029 0.006 0.003 0.011 0.002 0.002 82 V 0.170 0.380 0.314 0.052 0.035 0.027 0.006 0.002 0.009 0.004 0.001 83 S 0.088 0.443 0.204 0.137 0.056 0.032 0.015 0.001 0.023 0.001 0.001 84 Y 0.003 0.507 0.317 0.001 0.079 0.008 0.002 0.001 0.083 0.001 0.001 85 P 0.069 0.019 0.783 0.007 0.001 0.070 0.001 0.001 0.003 0.001 0.048 86 L 0.004 0.595 0.325 0.002 0.040 0.020 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 87 C 0.004 0.868 0.077 0.002 0.015 0.013 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 88 F 0.001 0.808 0.134 0.001 0.020 0.018 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 89 I 0.003 0.839 0.094 0.002 0.011 0.033 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 90 F 0.005 0.695 0.108 0.006 0.092 0.055 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 91 S 0.036 0.518 0.146 0.070 0.119 0.052 0.010 0.001 0.043 0.003 0.001 92 S 0.012 0.240 0.407 0.002 0.153 0.037 0.016 0.001 0.124 0.007 0.001 93 P 0.333 0.010 0.471 0.046 0.001 0.028 0.001 0.001 0.002 0.001 0.107 94 V 0.245 0.098 0.445 0.137 0.031 0.014 0.014 0.005 0.006 0.003 0.001 95 G 0.046 0.014 0.046 0.137 0.036 0.005 0.128 0.507 0.006 0.074 0.001 96 C 0.030 0.129 0.697 0.015 0.056 0.014 0.011 0.007 0.022 0.019 0.001 97 K 0.027 0.053 0.813 0.005 0.011 0.048 0.010 0.001 0.022 0.002 0.009 98 P 0.457 0.017 0.437 0.019 0.003 0.038 0.003 0.003 0.003 0.002 0.016 99 E 0.749 0.073 0.081 0.072 0.008 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 100 Q 0.530 0.112 0.238 0.062 0.023 0.018 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 101 Q 0.585 0.117 0.143 0.083 0.025 0.014 0.014 0.004 0.013 0.002 0.001 102 M 0.468 0.197 0.174 0.026 0.069 0.027 0.010 0.002 0.022 0.004 0.001 103 M 0.609 0.164 0.143 0.025 0.007 0.037 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 104 Y 0.448 0.299 0.081 0.050 0.024 0.041 0.006 0.001 0.049 0.001 0.001 105 A 0.619 0.115 0.113 0.062 0.031 0.030 0.007 0.002 0.012 0.005 0.002 106 G 0.577 0.046 0.082 0.082 0.085 0.030 0.035 0.033 0.011 0.019 0.001 107 S 0.646 0.036 0.058 0.129 0.037 0.046 0.008 0.003 0.024 0.013 0.001 108 K 0.979 0.001 0.003 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 N 0.987 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 R 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 T 0.867 0.002 0.002 0.127 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.475 0.036 0.072 0.382 0.012 0.002 0.007 0.007 0.005 0.001 0.001 116 E 0.151 0.037 0.076 0.183 0.036 0.037 0.406 0.040 0.018 0.014 0.001 117 L 0.040 0.318 0.538 0.016 0.042 0.035 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 118 T 0.157 0.350 0.055 0.346 0.072 0.007 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 119 K 0.002 0.717 0.177 0.002 0.087 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 120 V 0.004 0.853 0.088 0.001 0.007 0.024 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 121 F 0.011 0.778 0.080 0.010 0.066 0.018 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 122 E 0.005 0.669 0.220 0.005 0.052 0.035 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 123 I 0.008 0.681 0.180 0.008 0.065 0.034 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 124 R 0.105 0.392 0.138 0.225 0.099 0.023 0.003 0.001 0.011 0.003 0.001 125 T 0.004 0.336 0.201 0.005 0.379 0.024 0.004 0.001 0.044 0.004 0.001 126 T 0.840 0.010 0.023 0.108 0.004 0.006 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 127 D 0.886 0.010 0.030 0.060 0.004 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 128 D 0.437 0.004 0.018 0.506 0.004 0.006 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 129 L 0.291 0.095 0.455 0.093 0.014 0.033 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 130 T 0.122 0.150 0.500 0.037 0.067 0.077 0.003 0.001 0.028 0.013 0.001 131 E 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 T 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 W 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 L 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 E 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 K 0.970 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 L 0.932 0.004 0.009 0.049 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 A 0.856 0.013 0.028 0.086 0.004 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 140 F 0.632 0.021 0.076 0.222 0.009 0.008 0.016 0.007 0.007 0.002 0.001 141 F 0.268 0.081 0.198 0.338 0.020 0.023 0.031 0.015 0.023 0.003 0.001 142 R 0.165 0.124 0.250 0.062 0.089 0.026 0.094 0.080 0.022 0.087 0.001