# TARGET T0231 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0231.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 173.519 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.097 0.109 0.062 0.034 0.128 0.028 0.049 0.155 0.093 0.178 0.067 2 S 0.100 0.191 0.068 0.026 0.172 0.025 0.043 0.131 0.095 0.097 0.051 3 D 0.076 0.145 0.088 0.037 0.135 0.033 0.053 0.144 0.126 0.120 0.043 4 S 0.089 0.199 0.089 0.015 0.211 0.012 0.037 0.105 0.106 0.106 0.031 5 L 0.197 0.151 0.028 0.010 0.274 0.015 0.034 0.058 0.055 0.098 0.080 6 V 0.177 0.169 0.041 0.016 0.413 0.012 0.022 0.037 0.027 0.036 0.049 7 V 0.221 0.123 0.022 0.005 0.436 0.008 0.021 0.035 0.037 0.041 0.049 8 C 0.073 0.344 0.078 0.009 0.386 0.007 0.013 0.030 0.020 0.019 0.023 9 E 0.218 0.247 0.027 0.001 0.407 0.001 0.006 0.019 0.006 0.017 0.051 10 V 0.040 0.344 0.132 0.022 0.114 0.023 0.033 0.041 0.059 0.140 0.051 11 D 0.057 0.476 0.124 0.002 0.306 0.001 0.001 0.022 0.005 0.001 0.006 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.602 0.394 0.002 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.935 0.040 0.021 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.842 0.092 0.065 0.001 15 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.057 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.020 0.001 0.001 17 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.953 0.032 0.006 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.901 0.089 0.007 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.852 0.128 0.003 0.001 20 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.752 0.120 0.079 0.001 21 F 0.039 0.096 0.031 0.003 0.088 0.004 0.023 0.479 0.131 0.088 0.020 22 R 0.072 0.047 0.012 0.007 0.071 0.016 0.054 0.440 0.132 0.103 0.047 23 F 0.092 0.082 0.027 0.013 0.146 0.018 0.073 0.232 0.103 0.161 0.052 24 R 0.107 0.122 0.090 0.030 0.234 0.030 0.046 0.115 0.066 0.107 0.053 25 K 0.093 0.136 0.085 0.026 0.139 0.016 0.029 0.164 0.138 0.130 0.045 26 E 0.103 0.147 0.065 0.029 0.151 0.031 0.077 0.184 0.104 0.070 0.040 27 T 0.052 0.104 0.051 0.034 0.078 0.035 0.083 0.164 0.189 0.161 0.049 28 N 0.072 0.098 0.040 0.022 0.109 0.031 0.080 0.102 0.126 0.256 0.065 29 N 0.175 0.192 0.037 0.012 0.290 0.012 0.016 0.028 0.037 0.134 0.066 30 A 0.294 0.074 0.022 0.028 0.378 0.026 0.029 0.009 0.011 0.067 0.060 31 A 0.177 0.142 0.015 0.003 0.655 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 32 I 0.134 0.060 0.002 0.001 0.798 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 33 I 0.437 0.017 0.002 0.001 0.503 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 34 M 0.166 0.175 0.012 0.001 0.614 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 35 K 0.329 0.099 0.007 0.001 0.513 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.046 36 V 0.064 0.484 0.093 0.007 0.298 0.011 0.005 0.004 0.003 0.011 0.019 37 D 0.120 0.225 0.152 0.008 0.470 0.002 0.003 0.003 0.002 0.003 0.013 38 K 0.004 0.006 0.012 0.004 0.003 0.004 0.015 0.385 0.541 0.022 0.004 39 D 0.002 0.120 0.057 0.012 0.015 0.019 0.252 0.348 0.129 0.042 0.002 40 R 0.059 0.440 0.049 0.004 0.144 0.001 0.003 0.005 0.012 0.208 0.074 41 Q 0.183 0.212 0.098 0.005 0.266 0.005 0.008 0.010 0.008 0.048 0.156 42 M 0.155 0.219 0.028 0.001 0.580 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.009 43 V 0.176 0.161 0.015 0.001 0.636 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 44 V 0.235 0.170 0.024 0.001 0.533 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.030 45 L 0.257 0.191 0.051 0.010 0.343 0.007 0.009 0.015 0.008 0.023 0.085 46 E 0.057 0.368 0.178 0.040 0.224 0.021 0.029 0.032 0.024 0.014 0.013 47 D 0.141 0.149 0.046 0.009 0.235 0.014 0.035 0.130 0.107 0.076 0.056 48 E 0.102 0.151 0.058 0.017 0.178 0.017 0.065 0.132 0.100 0.126 0.055 49 L 0.130 0.132 0.080 0.048 0.168 0.034 0.047 0.082 0.096 0.123 0.061 50 Q 0.024 0.180 0.094 0.082 0.093 0.101 0.146 0.113 0.078 0.066 0.023 51 N 0.074 0.060 0.050 0.011 0.083 0.008 0.008 0.021 0.044 0.473 0.169 52 I 0.044 0.397 0.219 0.012 0.238 0.009 0.024 0.015 0.009 0.018 0.015 53 S 0.028 0.617 0.199 0.001 0.148 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 54 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.593 0.397 0.004 0.001 55 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.861 0.132 0.003 0.001 56 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.826 0.124 0.045 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.796 0.161 0.039 0.001 58 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.686 0.289 0.008 0.001 59 L 0.001 0.012 0.005 0.001 0.004 0.002 0.070 0.779 0.113 0.013 0.001 60 E 0.010 0.004 0.002 0.001 0.009 0.007 0.074 0.177 0.200 0.504 0.013 61 L 0.091 0.451 0.163 0.005 0.177 0.001 0.006 0.055 0.017 0.013 0.021 62 P 0.007 0.320 0.493 0.044 0.045 0.014 0.004 0.022 0.030 0.017 0.004 63 E 0.002 0.025 0.008 0.006 0.009 0.035 0.279 0.407 0.217 0.009 0.002 64 R 0.013 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.005 0.018 0.115 0.710 0.128 65 Q 0.021 0.508 0.247 0.004 0.171 0.002 0.009 0.011 0.011 0.014 0.003 66 P 0.283 0.141 0.016 0.001 0.501 0.001 0.002 0.003 0.003 0.009 0.040 67 R 0.197 0.111 0.026 0.028 0.382 0.058 0.093 0.021 0.023 0.021 0.040 68 F 0.236 0.073 0.007 0.003 0.659 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 69 V 0.104 0.088 0.003 0.001 0.798 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 70 V 0.412 0.019 0.001 0.001 0.500 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.063 71 Y 0.195 0.165 0.031 0.008 0.521 0.007 0.009 0.003 0.001 0.009 0.051 72 S 0.317 0.093 0.012 0.002 0.417 0.002 0.003 0.003 0.003 0.031 0.117 73 Y 0.172 0.234 0.082 0.011 0.358 0.006 0.006 0.018 0.037 0.032 0.044 74 K 0.208 0.087 0.031 0.012 0.277 0.030 0.063 0.045 0.045 0.107 0.096 75 Y 0.159 0.257 0.055 0.005 0.374 0.003 0.011 0.021 0.019 0.052 0.045 76 V 0.098 0.209 0.054 0.006 0.378 0.012 0.025 0.055 0.038 0.080 0.044 77 H 0.031 0.217 0.568 0.023 0.070 0.005 0.009 0.038 0.021 0.009 0.008 78 D 0.014 0.031 0.039 0.022 0.020 0.035 0.115 0.533 0.155 0.026 0.010 79 D 0.004 0.588 0.203 0.047 0.040 0.016 0.036 0.029 0.015 0.018 0.004 80 G 0.029 0.016 0.017 0.025 0.014 0.007 0.004 0.013 0.026 0.524 0.326 81 R 0.075 0.294 0.072 0.008 0.244 0.007 0.018 0.092 0.090 0.073 0.026 82 V 0.233 0.132 0.036 0.004 0.412 0.005 0.014 0.037 0.048 0.033 0.047 83 S 0.151 0.124 0.090 0.029 0.212 0.035 0.121 0.064 0.061 0.064 0.050 84 Y 0.111 0.374 0.148 0.006 0.306 0.002 0.009 0.013 0.005 0.007 0.018 85 P 0.208 0.231 0.020 0.004 0.453 0.006 0.008 0.010 0.007 0.017 0.036 86 L 0.246 0.069 0.004 0.002 0.657 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.013 87 C 0.182 0.051 0.002 0.002 0.750 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 88 F 0.202 0.057 0.003 0.001 0.722 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 89 I 0.395 0.041 0.003 0.002 0.436 0.003 0.005 0.005 0.002 0.012 0.096 90 F 0.200 0.162 0.042 0.010 0.379 0.009 0.013 0.011 0.007 0.041 0.126 91 S 0.114 0.171 0.087 0.047 0.193 0.039 0.050 0.040 0.046 0.120 0.093 92 S 0.062 0.341 0.286 0.032 0.182 0.007 0.009 0.020 0.019 0.019 0.023 93 P 0.050 0.155 0.064 0.023 0.119 0.033 0.044 0.173 0.248 0.067 0.024 94 V 0.019 0.110 0.065 0.031 0.063 0.073 0.242 0.200 0.132 0.049 0.015 95 G 0.066 0.024 0.020 0.016 0.046 0.015 0.029 0.059 0.078 0.531 0.116 96 C 0.051 0.383 0.229 0.022 0.169 0.010 0.024 0.041 0.018 0.031 0.022 97 K 0.044 0.477 0.216 0.007 0.176 0.003 0.005 0.042 0.011 0.008 0.011 98 P 0.021 0.042 0.014 0.002 0.037 0.004 0.012 0.586 0.253 0.023 0.007 99 E 0.010 0.026 0.008 0.006 0.025 0.011 0.034 0.700 0.141 0.034 0.006 100 Q 0.017 0.030 0.005 0.004 0.046 0.009 0.042 0.761 0.064 0.017 0.004 101 Q 0.033 0.027 0.008 0.008 0.068 0.017 0.043 0.560 0.104 0.115 0.017 102 M 0.085 0.091 0.017 0.005 0.204 0.007 0.019 0.414 0.073 0.057 0.027 103 M 0.096 0.072 0.011 0.005 0.169 0.014 0.051 0.396 0.077 0.060 0.049 104 Y 0.091 0.085 0.023 0.013 0.168 0.011 0.049 0.299 0.095 0.103 0.064 105 A 0.032 0.087 0.048 0.019 0.069 0.032 0.122 0.382 0.126 0.060 0.023 106 G 0.026 0.119 0.083 0.030 0.043 0.025 0.064 0.288 0.143 0.148 0.030 107 S 0.033 0.214 0.083 0.010 0.071 0.007 0.014 0.346 0.124 0.077 0.022 108 K 0.004 0.020 0.007 0.002 0.008 0.005 0.011 0.657 0.247 0.036 0.004 109 N 0.002 0.007 0.002 0.001 0.006 0.002 0.011 0.866 0.093 0.007 0.002 110 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.891 0.076 0.019 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.851 0.118 0.021 0.001 112 V 0.002 0.009 0.002 0.001 0.006 0.004 0.016 0.799 0.153 0.007 0.001 113 Q 0.003 0.003 0.003 0.002 0.003 0.004 0.116 0.718 0.122 0.023 0.003 114 T 0.006 0.019 0.009 0.004 0.014 0.017 0.233 0.471 0.124 0.099 0.003 115 A 0.088 0.490 0.085 0.004 0.249 0.002 0.004 0.016 0.011 0.023 0.027 116 E 0.198 0.074 0.040 0.031 0.141 0.043 0.045 0.061 0.039 0.169 0.159 117 L 0.421 0.062 0.013 0.003 0.365 0.002 0.006 0.008 0.008 0.033 0.079 118 T 0.151 0.139 0.022 0.027 0.450 0.074 0.072 0.018 0.010 0.015 0.022 119 K 0.199 0.072 0.004 0.001 0.710 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 120 V 0.368 0.027 0.002 0.001 0.568 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.024 121 F 0.164 0.101 0.007 0.002 0.701 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.016 122 E 0.405 0.043 0.003 0.001 0.435 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.101 123 I 0.291 0.111 0.013 0.007 0.357 0.006 0.006 0.008 0.013 0.054 0.133 124 R 0.015 0.026 0.022 0.082 0.027 0.236 0.334 0.099 0.096 0.051 0.012 125 T 0.171 0.189 0.118 0.005 0.333 0.001 0.003 0.015 0.031 0.060 0.075 126 T 0.017 0.012 0.002 0.001 0.023 0.002 0.004 0.172 0.710 0.045 0.012 127 D 0.007 0.017 0.010 0.006 0.014 0.023 0.098 0.407 0.343 0.065 0.009 128 D 0.123 0.042 0.005 0.001 0.090 0.002 0.015 0.125 0.092 0.425 0.081 129 L 0.124 0.260 0.078 0.006 0.225 0.005 0.007 0.058 0.028 0.138 0.070 130 T 0.020 0.530 0.335 0.004 0.064 0.001 0.001 0.027 0.004 0.010 0.005 131 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.861 0.131 0.004 0.001 132 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.022 0.001 0.001 133 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.020 0.004 0.001 134 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.031 0.003 0.001 135 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.064 0.004 0.001 136 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.919 0.046 0.004 0.001 137 K 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.034 0.828 0.090 0.038 0.001 138 L 0.013 0.015 0.006 0.004 0.012 0.006 0.031 0.601 0.207 0.096 0.009 139 A 0.009 0.040 0.017 0.016 0.018 0.034 0.074 0.524 0.208 0.053 0.007 140 F 0.023 0.084 0.035 0.016 0.065 0.019 0.089 0.340 0.161 0.143 0.024 141 F 0.105 0.061 0.028 0.010 0.105 0.015 0.055 0.129 0.120 0.266 0.106 142 R 0.094 0.249 0.098 0.017 0.225 0.011 0.029 0.123 0.064 0.057 0.034