# TARGET T0231 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0231.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 173.519 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.569 0.229 0.099 0.057 0.028 0.015 0.003 2 S 0.353 0.198 0.157 0.150 0.096 0.041 0.006 3 D 0.556 0.215 0.112 0.069 0.033 0.013 0.002 4 S 0.432 0.246 0.154 0.098 0.045 0.019 0.004 5 L 0.329 0.239 0.189 0.127 0.075 0.034 0.009 6 V 0.139 0.178 0.206 0.213 0.164 0.081 0.019 7 V 0.089 0.165 0.179 0.201 0.179 0.146 0.041 8 C 0.065 0.084 0.121 0.214 0.300 0.190 0.027 9 E 0.070 0.249 0.321 0.242 0.093 0.022 0.002 10 V 0.028 0.068 0.126 0.295 0.350 0.126 0.007 11 D 0.092 0.337 0.340 0.177 0.047 0.006 0.001 12 P 0.537 0.350 0.086 0.021 0.004 0.001 0.001 13 E 0.111 0.375 0.325 0.152 0.032 0.005 0.001 14 L 0.002 0.007 0.031 0.205 0.516 0.232 0.007 15 K 0.019 0.200 0.410 0.289 0.073 0.010 0.001 16 E 0.189 0.628 0.154 0.025 0.003 0.001 0.001 17 T 0.004 0.040 0.229 0.429 0.254 0.044 0.001 18 L 0.002 0.004 0.018 0.155 0.527 0.287 0.008 19 R 0.059 0.375 0.400 0.143 0.021 0.002 0.001 20 K 0.101 0.505 0.296 0.086 0.012 0.001 0.001 21 F 0.004 0.014 0.067 0.293 0.457 0.161 0.004 22 R 0.026 0.190 0.329 0.307 0.125 0.022 0.001 23 F 0.219 0.348 0.235 0.138 0.051 0.008 0.001 24 R 0.364 0.354 0.195 0.070 0.015 0.002 0.001 25 K 0.747 0.194 0.046 0.011 0.002 0.001 0.001 26 E 0.804 0.145 0.034 0.013 0.004 0.001 0.001 27 T 0.368 0.335 0.190 0.084 0.021 0.002 0.001 28 N 0.116 0.360 0.296 0.179 0.042 0.006 0.001 29 N 0.007 0.056 0.165 0.350 0.336 0.082 0.004 30 A 0.003 0.028 0.148 0.360 0.347 0.108 0.007 31 A 0.001 0.003 0.014 0.060 0.234 0.563 0.126 32 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.070 0.533 0.387 33 I 0.001 0.001 0.014 0.087 0.277 0.428 0.194 34 M 0.001 0.001 0.001 0.006 0.083 0.574 0.337 35 K 0.001 0.008 0.043 0.175 0.337 0.396 0.041 36 V 0.001 0.013 0.077 0.298 0.438 0.168 0.005 37 D 0.042 0.310 0.412 0.191 0.040 0.004 0.001 38 K 0.677 0.257 0.053 0.011 0.002 0.001 0.001 39 D 0.730 0.192 0.060 0.015 0.002 0.001 0.001 40 R 0.511 0.328 0.130 0.027 0.004 0.001 0.001 41 Q 0.261 0.344 0.253 0.111 0.028 0.003 0.001 42 M 0.063 0.271 0.362 0.226 0.068 0.009 0.001 43 V 0.007 0.021 0.075 0.259 0.465 0.168 0.006 44 V 0.037 0.218 0.348 0.281 0.096 0.019 0.001 45 L 0.036 0.102 0.202 0.337 0.255 0.065 0.002 46 E 0.308 0.354 0.216 0.094 0.024 0.003 0.001 47 D 0.591 0.276 0.090 0.033 0.008 0.001 0.001 48 E 0.398 0.316 0.185 0.077 0.021 0.004 0.001 49 L 0.366 0.293 0.192 0.110 0.034 0.005 0.001 50 Q 0.469 0.279 0.148 0.075 0.024 0.005 0.001 51 N 0.556 0.249 0.118 0.056 0.018 0.003 0.001 52 I 0.210 0.246 0.255 0.195 0.079 0.014 0.001 53 S 0.314 0.415 0.178 0.071 0.019 0.003 0.001 54 P 0.043 0.132 0.288 0.349 0.166 0.022 0.001 55 E 0.516 0.346 0.103 0.028 0.007 0.001 0.001 56 E 0.130 0.404 0.329 0.118 0.018 0.002 0.001 57 L 0.010 0.018 0.062 0.339 0.462 0.109 0.001 58 K 0.061 0.291 0.419 0.191 0.035 0.002 0.001 59 L 0.502 0.411 0.074 0.012 0.001 0.001 0.001 60 E 0.135 0.367 0.326 0.142 0.028 0.003 0.001 61 L 0.011 0.040 0.153 0.388 0.336 0.070 0.001 62 P 0.366 0.397 0.167 0.056 0.012 0.002 0.001 63 E 0.684 0.242 0.056 0.015 0.003 0.001 0.001 64 R 0.227 0.332 0.268 0.132 0.034 0.006 0.001 65 Q 0.078 0.301 0.315 0.209 0.077 0.019 0.001 66 P 0.006 0.028 0.081 0.218 0.404 0.238 0.024 67 R 0.002 0.020 0.072 0.209 0.346 0.295 0.058 68 F 0.001 0.005 0.021 0.080 0.226 0.464 0.204 69 V 0.001 0.002 0.005 0.024 0.105 0.510 0.353 70 V 0.001 0.002 0.007 0.027 0.111 0.432 0.421 71 Y 0.001 0.001 0.003 0.022 0.131 0.536 0.307 72 S 0.001 0.015 0.099 0.299 0.369 0.195 0.023 73 Y 0.002 0.011 0.042 0.169 0.430 0.319 0.027 74 K 0.073 0.349 0.324 0.181 0.056 0.015 0.001 75 Y 0.044 0.107 0.218 0.328 0.245 0.057 0.002 76 V 0.323 0.422 0.193 0.052 0.009 0.001 0.001 77 H 0.210 0.201 0.216 0.242 0.112 0.018 0.001 78 D 0.673 0.216 0.072 0.028 0.008 0.002 0.001 79 D 0.747 0.194 0.043 0.012 0.003 0.001 0.001 80 G 0.546 0.266 0.121 0.052 0.013 0.002 0.001 81 R 0.313 0.293 0.199 0.135 0.050 0.009 0.001 82 V 0.356 0.309 0.196 0.099 0.034 0.006 0.001 83 S 0.174 0.329 0.264 0.158 0.059 0.014 0.002 84 Y 0.009 0.045 0.136 0.289 0.347 0.158 0.016 85 P 0.007 0.027 0.093 0.238 0.356 0.239 0.040 86 L 0.001 0.004 0.010 0.032 0.140 0.541 0.272 87 C 0.001 0.002 0.006 0.023 0.091 0.335 0.542 88 F 0.001 0.001 0.002 0.006 0.019 0.150 0.822 89 I 0.001 0.002 0.005 0.015 0.041 0.171 0.766 90 F 0.003 0.006 0.011 0.025 0.051 0.252 0.652 91 S 0.009 0.019 0.034 0.090 0.169 0.336 0.343 92 S 0.032 0.072 0.086 0.156 0.216 0.319 0.119 93 P 0.107 0.178 0.189 0.224 0.181 0.097 0.024 94 V 0.147 0.253 0.224 0.194 0.115 0.058 0.008 95 G 0.218 0.312 0.242 0.144 0.061 0.019 0.003 96 C 0.084 0.100 0.155 0.278 0.266 0.107 0.010 97 K 0.275 0.350 0.232 0.102 0.032 0.008 0.002 98 P 0.152 0.163 0.187 0.251 0.170 0.064 0.013 99 E 0.293 0.312 0.209 0.116 0.048 0.017 0.005 100 Q 0.184 0.274 0.222 0.169 0.090 0.044 0.016 101 Q 0.065 0.080 0.135 0.217 0.239 0.200 0.063 102 M 0.032 0.065 0.102 0.153 0.224 0.302 0.122 103 M 0.032 0.061 0.095 0.154 0.193 0.295 0.170 104 Y 0.022 0.045 0.060 0.113 0.196 0.365 0.200 105 A 0.055 0.066 0.093 0.162 0.225 0.277 0.123 106 G 0.050 0.103 0.137 0.178 0.189 0.239 0.103 107 S 0.043 0.091 0.155 0.249 0.239 0.171 0.052 108 K 0.071 0.156 0.201 0.258 0.200 0.090 0.025 109 N 0.391 0.387 0.139 0.057 0.018 0.006 0.002 110 R 0.057 0.224 0.333 0.271 0.095 0.020 0.002 111 L 0.016 0.016 0.039 0.174 0.437 0.302 0.015 112 V 0.053 0.207 0.350 0.281 0.097 0.013 0.001 113 Q 0.266 0.442 0.180 0.079 0.025 0.007 0.001 114 T 0.157 0.276 0.298 0.185 0.067 0.016 0.001 115 A 0.111 0.131 0.212 0.300 0.196 0.047 0.002 116 E 0.565 0.298 0.097 0.030 0.008 0.002 0.001 117 L 0.167 0.151 0.203 0.264 0.167 0.044 0.003 118 T 0.383 0.328 0.189 0.071 0.022 0.006 0.001 119 K 0.210 0.235 0.219 0.197 0.108 0.030 0.002 120 V 0.190 0.269 0.258 0.164 0.088 0.028 0.003 121 F 0.070 0.096 0.143 0.256 0.283 0.138 0.013 122 E 0.092 0.216 0.247 0.234 0.133 0.068 0.009 123 I 0.035 0.085 0.163 0.327 0.287 0.096 0.006 124 R 0.179 0.277 0.284 0.177 0.065 0.017 0.002 125 T 0.409 0.344 0.151 0.065 0.024 0.006 0.001 126 T 0.374 0.299 0.211 0.088 0.024 0.004 0.001 127 D 0.656 0.249 0.062 0.023 0.008 0.002 0.001 128 D 0.276 0.258 0.241 0.157 0.055 0.011 0.001 129 L 0.063 0.114 0.191 0.328 0.244 0.058 0.002 130 T 0.335 0.402 0.184 0.062 0.015 0.003 0.001 131 E 0.189 0.367 0.294 0.122 0.025 0.003 0.001 132 T 0.698 0.238 0.050 0.011 0.002 0.001 0.001 133 W 0.066 0.202 0.344 0.299 0.080 0.008 0.001 134 L 0.036 0.036 0.092 0.323 0.411 0.101 0.001 135 K 0.257 0.425 0.247 0.064 0.007 0.001 0.001 136 E 0.664 0.291 0.039 0.006 0.001 0.001 0.001 137 K 0.180 0.273 0.293 0.194 0.053 0.006 0.001 138 L 0.102 0.122 0.223 0.327 0.195 0.030 0.001 139 A 0.618 0.263 0.084 0.027 0.006 0.001 0.001 140 F 0.649 0.236 0.079 0.028 0.007 0.001 0.001 141 F 0.579 0.241 0.110 0.052 0.016 0.004 0.001 142 R 0.678 0.190 0.081 0.036 0.011 0.002 0.001