# TARGET T0225 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0225.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1309 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.074 0.002 0.002 0.003 0.155 0.764 2 K 0.538 0.013 0.001 0.003 0.034 0.411 3 I 0.913 0.006 0.001 0.001 0.008 0.071 4 L 0.965 0.002 0.001 0.001 0.005 0.026 5 I 0.944 0.007 0.001 0.001 0.008 0.039 6 T 0.691 0.007 0.008 0.004 0.052 0.238 7 G 0.102 0.009 0.024 0.007 0.357 0.502 8 A 0.009 0.004 0.090 0.025 0.628 0.243 9 N 0.010 0.008 0.060 0.077 0.598 0.248 10 G 0.008 0.015 0.031 0.125 0.373 0.448 11 Q 0.003 0.004 0.019 0.871 0.044 0.059 12 L 0.002 0.002 0.022 0.946 0.018 0.012 13 G 0.001 0.001 0.009 0.979 0.007 0.004 14 R 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.001 15 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.002 16 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 17 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 19 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 21 K 0.001 0.001 0.004 0.987 0.006 0.002 22 G 0.001 0.001 0.006 0.959 0.020 0.015 23 K 0.001 0.001 0.010 0.755 0.066 0.167 24 N 0.002 0.001 0.001 0.003 0.073 0.921 25 V 0.056 0.002 0.001 0.001 0.116 0.824 26 E 0.705 0.006 0.001 0.001 0.062 0.225 27 V 0.976 0.002 0.001 0.001 0.005 0.017 28 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 29 P 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 30 T 0.875 0.002 0.001 0.001 0.028 0.091 31 D 0.475 0.008 0.006 0.003 0.162 0.347 32 V 0.149 0.009 0.040 0.007 0.463 0.332 33 Q 0.060 0.013 0.073 0.012 0.510 0.332 34 D 0.083 0.022 0.126 0.016 0.546 0.207 35 L 0.097 0.022 0.084 0.014 0.574 0.209 36 D 0.087 0.007 0.047 0.008 0.553 0.298 37 I 0.255 0.012 0.080 0.021 0.493 0.139 38 T 0.326 0.077 0.051 0.024 0.334 0.188 39 N 0.240 0.036 0.023 0.067 0.358 0.276 40 V 0.003 0.001 0.148 0.758 0.069 0.021 41 L 0.004 0.001 0.078 0.845 0.051 0.021 42 A 0.001 0.001 0.049 0.927 0.019 0.004 43 V 0.001 0.001 0.007 0.973 0.010 0.009 44 N 0.001 0.001 0.007 0.977 0.011 0.003 45 K 0.001 0.001 0.006 0.976 0.014 0.004 46 F 0.001 0.001 0.008 0.976 0.011 0.004 47 F 0.001 0.001 0.021 0.960 0.014 0.004 48 N 0.001 0.001 0.044 0.930 0.020 0.005 49 E 0.002 0.001 0.036 0.832 0.083 0.047 50 K 0.005 0.004 0.026 0.399 0.186 0.380 51 K 0.009 0.003 0.004 0.021 0.263 0.700 52 P 0.036 0.004 0.013 0.026 0.456 0.465 53 N 0.200 0.003 0.023 0.023 0.393 0.358 54 V 0.949 0.003 0.002 0.006 0.017 0.022 55 V 0.988 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 56 I 0.977 0.004 0.001 0.004 0.003 0.011 57 N 0.884 0.003 0.006 0.018 0.023 0.067 58 C 0.285 0.002 0.119 0.061 0.200 0.334 59 A 0.116 0.009 0.304 0.122 0.309 0.141 60 A 0.059 0.006 0.362 0.140 0.307 0.126 61 H 0.091 0.025 0.240 0.210 0.302 0.131 62 T 0.082 0.019 0.151 0.229 0.326 0.194 63 A 0.080 0.015 0.044 0.095 0.349 0.417 64 V 0.044 0.012 0.033 0.100 0.412 0.398 65 D 0.042 0.015 0.057 0.126 0.427 0.332 66 K 0.041 0.012 0.202 0.250 0.363 0.132 67 C 0.045 0.011 0.175 0.261 0.375 0.132 68 E 0.039 0.013 0.091 0.364 0.351 0.142 69 E 0.022 0.012 0.038 0.394 0.287 0.246 70 Q 0.015 0.012 0.007 0.133 0.204 0.630 71 Y 0.004 0.002 0.038 0.798 0.087 0.071 72 D 0.008 0.001 0.033 0.850 0.078 0.030 73 L 0.009 0.002 0.045 0.875 0.057 0.013 74 A 0.015 0.003 0.027 0.907 0.034 0.014 75 Y 0.013 0.001 0.012 0.937 0.025 0.013 76 K 0.011 0.001 0.006 0.944 0.022 0.017 77 I 0.006 0.001 0.003 0.938 0.018 0.034 78 N 0.012 0.005 0.002 0.772 0.040 0.170 79 A 0.008 0.001 0.001 0.910 0.020 0.059 80 I 0.007 0.001 0.002 0.942 0.017 0.031 81 G 0.004 0.002 0.003 0.963 0.010 0.017 82 P 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.004 83 K 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 84 N 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 85 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 86 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 87 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 88 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 89 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 90 Y 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 91 S 0.001 0.001 0.003 0.978 0.011 0.009 92 V 0.001 0.001 0.004 0.825 0.035 0.134 93 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.955 94 A 0.021 0.001 0.001 0.002 0.091 0.884 95 E 0.397 0.007 0.001 0.002 0.084 0.510 96 I 0.971 0.003 0.001 0.001 0.005 0.020 97 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 98 Q 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 99 I 0.916 0.001 0.001 0.002 0.017 0.062 100 S 0.569 0.006 0.004 0.003 0.108 0.310 101 T 0.236 0.014 0.023 0.013 0.394 0.320 102 D 0.215 0.013 0.104 0.049 0.434 0.185 103 Y 0.330 0.020 0.135 0.090 0.335 0.090 104 V 0.324 0.028 0.115 0.124 0.335 0.074 105 F 0.219 0.013 0.046 0.095 0.431 0.196 106 D 0.076 0.012 0.035 0.038 0.612 0.227 107 G 0.034 0.008 0.042 0.018 0.692 0.205 108 E 0.042 0.022 0.091 0.015 0.629 0.201 109 A 0.067 0.013 0.068 0.015 0.553 0.283 110 K 0.060 0.020 0.059 0.011 0.374 0.475 111 E 0.181 0.043 0.026 0.011 0.246 0.494 112 P 0.242 0.064 0.015 0.006 0.150 0.523 113 I 0.177 0.096 0.008 0.006 0.123 0.590 114 T 0.111 0.054 0.023 0.009 0.582 0.221 115 E 0.035 0.009 0.107 0.027 0.727 0.095 116 F 0.014 0.004 0.090 0.018 0.800 0.074 117 D 0.044 0.058 0.076 0.012 0.710 0.100 118 E 0.069 0.040 0.024 0.020 0.337 0.511 119 V 0.063 0.099 0.040 0.028 0.302 0.468 120 N 0.040 0.043 0.036 0.019 0.616 0.246 121 P 0.023 0.040 0.045 0.040 0.541 0.311 122 Q 0.013 0.025 0.018 0.063 0.466 0.415 123 S 0.006 0.012 0.009 0.076 0.354 0.542 124 A 0.001 0.002 0.010 0.899 0.052 0.036 125 Y 0.001 0.001 0.008 0.959 0.024 0.007 126 G 0.001 0.001 0.004 0.985 0.009 0.002 127 K 0.001 0.001 0.004 0.988 0.007 0.001 128 T 0.001 0.001 0.003 0.986 0.007 0.004 129 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 130 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 131 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 132 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 133 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 134 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 135 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 136 V 0.001 0.001 0.004 0.985 0.008 0.003 137 K 0.001 0.001 0.007 0.981 0.009 0.003 138 A 0.001 0.001 0.007 0.963 0.018 0.011 139 L 0.002 0.001 0.010 0.684 0.087 0.216 140 N 0.001 0.001 0.001 0.005 0.097 0.895 141 P 0.013 0.002 0.001 0.002 0.191 0.791 142 K 0.136 0.003 0.002 0.001 0.147 0.711 143 Y 0.933 0.004 0.001 0.001 0.015 0.047 144 Y 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 145 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 146 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 147 R 0.855 0.005 0.001 0.001 0.021 0.118 148 T 0.491 0.008 0.007 0.006 0.128 0.360 149 A 0.273 0.013 0.030 0.007 0.287 0.391 150 W 0.182 0.029 0.064 0.009 0.381 0.335 151 L 0.130 0.032 0.052 0.012 0.396 0.378 152 Y 0.111 0.051 0.036 0.016 0.341 0.445 153 G 0.041 0.022 0.021 0.015 0.537 0.363 154 D 0.013 0.008 0.043 0.023 0.622 0.292 155 G 0.006 0.008 0.048 0.045 0.648 0.245 156 N 0.009 0.006 0.046 0.112 0.622 0.205 157 N 0.014 0.018 0.038 0.318 0.287 0.326 158 F 0.009 0.013 0.036 0.822 0.063 0.057 159 V 0.007 0.002 0.020 0.923 0.028 0.021 160 K 0.005 0.001 0.017 0.951 0.016 0.011 161 T 0.004 0.001 0.013 0.964 0.010 0.008 162 M 0.002 0.001 0.004 0.981 0.006 0.006 163 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.003 164 N 0.002 0.001 0.001 0.991 0.004 0.002 165 L 0.001 0.001 0.002 0.987 0.007 0.003 166 G 0.001 0.001 0.004 0.971 0.013 0.010 167 K 0.001 0.001 0.006 0.960 0.020 0.013 168 T 0.001 0.001 0.007 0.867 0.054 0.070 169 H 0.003 0.001 0.004 0.089 0.174 0.730 170 D 0.020 0.003 0.006 0.015 0.171 0.784 171 E 0.159 0.043 0.010 0.013 0.214 0.560 172 L 0.211 0.033 0.011 0.014 0.236 0.496 173 K 0.240 0.023 0.013 0.008 0.238 0.477 174 V 0.254 0.033 0.016 0.009 0.261 0.427 175 V 0.180 0.021 0.024 0.010 0.375 0.390 176 H 0.106 0.012 0.043 0.020 0.526 0.294 177 D 0.100 0.012 0.051 0.021 0.554 0.263 178 Q 0.202 0.028 0.037 0.027 0.396 0.310 179 V 0.328 0.039 0.030 0.030 0.251 0.322 180 G 0.373 0.032 0.022 0.021 0.202 0.350 181 T 0.346 0.009 0.021 0.026 0.243 0.355 182 P 0.432 0.018 0.031 0.068 0.158 0.293 183 T 0.448 0.088 0.010 0.051 0.112 0.291 184 S 0.205 0.025 0.008 0.107 0.121 0.534 185 T 0.003 0.001 0.049 0.894 0.028 0.026 186 V 0.002 0.001 0.048 0.897 0.037 0.016 187 D 0.001 0.001 0.044 0.912 0.024 0.018 188 L 0.001 0.001 0.008 0.985 0.003 0.004 189 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 190 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 191 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 192 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 193 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 194 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 195 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 196 I 0.001 0.001 0.003 0.986 0.005 0.004 197 D 0.003 0.002 0.006 0.933 0.027 0.030 198 E 0.011 0.005 0.012 0.570 0.162 0.240 199 K 0.011 0.007 0.009 0.045 0.557 0.371 200 N 0.012 0.005 0.017 0.014 0.764 0.187 201 Y 0.025 0.003 0.021 0.011 0.802 0.139 202 G 0.225 0.007 0.025 0.013 0.538 0.191 203 T 0.845 0.013 0.004 0.005 0.051 0.082 204 F 0.937 0.006 0.002 0.004 0.019 0.032 205 H 0.925 0.007 0.002 0.002 0.021 0.043 206 C 0.723 0.011 0.005 0.005 0.101 0.154 207 T 0.257 0.009 0.010 0.007 0.422 0.295 208 C 0.056 0.008 0.015 0.010 0.692 0.219 209 K 0.032 0.010 0.033 0.009 0.650 0.267 210 G 0.133 0.031 0.027 0.018 0.430 0.361 211 I 0.228 0.018 0.014 0.020 0.178 0.541 212 C 0.383 0.074 0.006 0.023 0.076 0.438 213 S 0.248 0.058 0.004 0.051 0.063 0.577 214 W 0.001 0.001 0.011 0.972 0.010 0.006 215 Y 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.001 216 D 0.001 0.001 0.005 0.987 0.007 0.001 217 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 218 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 219 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 220 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 221 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 222 F 0.001 0.001 0.002 0.992 0.006 0.001 223 R 0.001 0.001 0.004 0.979 0.013 0.004 224 L 0.001 0.001 0.006 0.968 0.015 0.011 225 T 0.001 0.002 0.007 0.898 0.025 0.067 226 G 0.002 0.001 0.004 0.029 0.109 0.855 227 I 0.027 0.007 0.013 0.012 0.201 0.739 228 D 0.102 0.018 0.018 0.006 0.228 0.629 229 V 0.139 0.014 0.035 0.010 0.271 0.532 230 K 0.180 0.007 0.028 0.009 0.174 0.602 231 V 0.422 0.024 0.032 0.014 0.150 0.358 232 T 0.509 0.018 0.016 0.016 0.139 0.303 233 P 0.483 0.018 0.011 0.015 0.133 0.340 234 C 0.334 0.025 0.009 0.015 0.180 0.438 235 T 0.196 0.009 0.020 0.027 0.246 0.501 236 T 0.151 0.016 0.111 0.073 0.298 0.352 237 E 0.182 0.019 0.102 0.080 0.274 0.342 238 E 0.185 0.019 0.084 0.087 0.244 0.380 239 F 0.140 0.018 0.029 0.079 0.222 0.513 240 P 0.096 0.014 0.025 0.081 0.205 0.580 241 R 0.053 0.013 0.029 0.085 0.236 0.583 242 P 0.039 0.013 0.038 0.077 0.377 0.455 243 A 0.028 0.013 0.048 0.091 0.441 0.379 244 K 0.025 0.007 0.042 0.079 0.464 0.384 245 R 0.026 0.013 0.033 0.057 0.434 0.438 246 P 0.031 0.016 0.060 0.116 0.395 0.382 247 K 0.050 0.013 0.114 0.106 0.409 0.308 248 Y 0.079 0.012 0.198 0.068 0.358 0.283 249 S 0.233 0.016 0.125 0.049 0.291 0.287 250 V 0.379 0.031 0.045 0.030 0.184 0.331 251 L 0.441 0.049 0.009 0.017 0.113 0.372 252 R 0.217 0.029 0.003 0.029 0.085 0.637 253 N 0.002 0.001 0.016 0.942 0.028 0.011 254 Y 0.001 0.001 0.005 0.977 0.016 0.002 255 M 0.001 0.001 0.002 0.990 0.007 0.001 256 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.007 0.001 257 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 258 L 0.001 0.001 0.004 0.985 0.008 0.002 259 T 0.001 0.001 0.002 0.978 0.011 0.009 260 T 0.001 0.001 0.002 0.817 0.026 0.153 261 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.029 0.963 262 D 0.003 0.003 0.001 0.003 0.054 0.935 263 I 0.019 0.007 0.001 0.003 0.061 0.909 264 T 0.020 0.008 0.003 0.006 0.063 0.900 265 R 0.043 0.017 0.004 0.017 0.081 0.838 266 E 0.022 0.007 0.004 0.037 0.053 0.876 267 W 0.001 0.001 0.014 0.950 0.013 0.022 268 K 0.001 0.001 0.010 0.968 0.014 0.007 269 E 0.001 0.001 0.011 0.966 0.017 0.006 270 S 0.001 0.001 0.005 0.979 0.010 0.004 271 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 272 K 0.001 0.001 0.002 0.986 0.007 0.004 273 E 0.001 0.001 0.002 0.979 0.010 0.009 274 Y 0.001 0.001 0.003 0.985 0.007 0.005 275 I 0.001 0.001 0.006 0.958 0.021 0.014 276 D 0.001 0.001 0.010 0.923 0.043 0.024 277 L 0.001 0.001 0.013 0.862 0.070 0.054 278 L 0.002 0.003 0.019 0.705 0.117 0.154 279 Q 0.004 0.007 0.031 0.650 0.113 0.195 280 M 0.002 0.003 0.021 0.208 0.165 0.600