# TARGET T0225 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0225.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1309 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.983 2 K 0.619 0.005 0.001 0.004 0.083 0.007 0.281 3 I 0.921 0.010 0.001 0.002 0.005 0.001 0.060 4 L 0.979 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 5 I 0.951 0.003 0.001 0.003 0.004 0.002 0.037 6 T 0.708 0.006 0.002 0.006 0.035 0.014 0.230 7 G 0.126 0.006 0.015 0.018 0.245 0.113 0.477 8 A 0.021 0.006 0.033 0.026 0.328 0.349 0.237 9 N 0.006 0.007 0.073 0.069 0.153 0.616 0.077 10 G 0.011 0.006 0.030 0.196 0.353 0.276 0.128 11 Q 0.009 0.008 0.026 0.712 0.062 0.068 0.116 12 L 0.003 0.006 0.011 0.873 0.019 0.054 0.033 13 G 0.001 0.001 0.004 0.958 0.008 0.019 0.011 14 R 0.001 0.001 0.002 0.990 0.002 0.004 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 17 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 19 Q 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 20 L 0.001 0.001 0.002 0.984 0.002 0.008 0.003 21 K 0.001 0.001 0.007 0.952 0.003 0.031 0.005 22 G 0.001 0.001 0.014 0.794 0.010 0.171 0.009 23 K 0.001 0.001 0.009 0.164 0.032 0.786 0.008 24 N 0.001 0.001 0.002 0.005 0.037 0.910 0.044 25 V 0.076 0.003 0.001 0.001 0.115 0.008 0.797 26 E 0.630 0.015 0.001 0.001 0.061 0.003 0.290 27 V 0.932 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.058 28 I 0.965 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 29 P 0.943 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.045 30 T 0.864 0.005 0.002 0.002 0.024 0.008 0.095 31 D 0.432 0.016 0.009 0.007 0.101 0.030 0.405 32 V 0.067 0.006 0.021 0.008 0.207 0.069 0.622 33 Q 0.030 0.012 0.034 0.007 0.271 0.166 0.479 34 D 0.026 0.011 0.093 0.018 0.293 0.316 0.242 35 L 0.026 0.029 0.045 0.017 0.467 0.069 0.347 36 D 0.044 0.052 0.028 0.027 0.129 0.038 0.683 37 I 0.035 0.015 0.132 0.258 0.123 0.219 0.219 38 T 0.025 0.026 0.082 0.216 0.274 0.229 0.147 39 N 0.017 0.016 0.019 0.237 0.322 0.055 0.334 40 V 0.001 0.001 0.020 0.943 0.008 0.018 0.010 41 L 0.001 0.001 0.015 0.956 0.004 0.020 0.004 42 A 0.001 0.001 0.022 0.946 0.002 0.025 0.004 43 V 0.001 0.001 0.007 0.975 0.003 0.009 0.004 44 N 0.001 0.001 0.004 0.980 0.003 0.008 0.004 45 K 0.001 0.001 0.007 0.963 0.004 0.021 0.005 46 F 0.001 0.001 0.009 0.950 0.005 0.028 0.007 47 F 0.001 0.002 0.018 0.929 0.008 0.030 0.012 48 N 0.001 0.001 0.037 0.718 0.006 0.231 0.006 49 E 0.001 0.001 0.028 0.343 0.020 0.585 0.022 50 K 0.010 0.022 0.009 0.160 0.345 0.082 0.373 51 K 0.030 0.041 0.002 0.010 0.123 0.024 0.771 52 P 0.041 0.003 0.002 0.013 0.080 0.013 0.848 53 N 0.121 0.001 0.001 0.008 0.752 0.007 0.111 54 V 0.974 0.004 0.001 0.010 0.005 0.001 0.006 55 V 0.987 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.003 56 I 0.983 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.003 57 N 0.928 0.001 0.002 0.025 0.007 0.005 0.032 58 C 0.398 0.002 0.055 0.071 0.097 0.055 0.324 59 A 0.106 0.008 0.211 0.130 0.208 0.136 0.201 60 A 0.075 0.019 0.331 0.132 0.109 0.157 0.177 61 H 0.080 0.018 0.312 0.142 0.107 0.129 0.211 62 T 0.071 0.023 0.158 0.135 0.190 0.160 0.263 63 A 0.072 0.025 0.077 0.128 0.128 0.194 0.377 64 V 0.040 0.012 0.048 0.133 0.109 0.054 0.604 65 D 0.049 0.017 0.091 0.281 0.084 0.119 0.358 66 K 0.028 0.009 0.140 0.355 0.118 0.184 0.165 67 C 0.024 0.006 0.191 0.361 0.100 0.189 0.130 68 E 0.031 0.004 0.122 0.347 0.118 0.220 0.158 69 E 0.022 0.011 0.055 0.359 0.205 0.146 0.202 70 Q 0.017 0.009 0.008 0.167 0.242 0.033 0.524 71 Y 0.004 0.002 0.043 0.741 0.031 0.094 0.085 72 D 0.004 0.002 0.054 0.846 0.016 0.058 0.021 73 L 0.005 0.001 0.062 0.867 0.012 0.036 0.017 74 A 0.010 0.002 0.023 0.920 0.008 0.019 0.018 75 Y 0.017 0.001 0.010 0.930 0.007 0.023 0.010 76 K 0.013 0.001 0.009 0.932 0.007 0.025 0.013 77 I 0.004 0.001 0.007 0.933 0.010 0.033 0.012 78 N 0.002 0.001 0.004 0.929 0.015 0.032 0.016 79 A 0.001 0.001 0.002 0.954 0.008 0.021 0.014 80 I 0.001 0.001 0.002 0.965 0.005 0.021 0.006 81 G 0.001 0.001 0.001 0.971 0.005 0.018 0.006 82 P 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 0.002 83 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 84 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 86 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 87 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 88 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 89 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 90 Y 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.010 0.001 91 S 0.001 0.001 0.004 0.880 0.004 0.108 0.003 92 V 0.001 0.001 0.003 0.172 0.017 0.804 0.004 93 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.906 0.061 94 A 0.021 0.001 0.001 0.001 0.033 0.002 0.943 95 E 0.632 0.006 0.001 0.001 0.094 0.002 0.265 96 I 0.963 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 97 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 98 Q 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 99 I 0.882 0.002 0.001 0.001 0.014 0.002 0.100 100 S 0.531 0.009 0.004 0.002 0.089 0.013 0.352 101 T 0.220 0.014 0.052 0.016 0.191 0.073 0.434 102 D 0.117 0.018 0.153 0.041 0.256 0.169 0.246 103 Y 0.156 0.038 0.199 0.065 0.130 0.216 0.197 104 V 0.172 0.079 0.121 0.084 0.143 0.202 0.199 105 F 0.162 0.037 0.041 0.051 0.227 0.247 0.235 106 D 0.077 0.015 0.024 0.017 0.314 0.264 0.289 107 G 0.042 0.024 0.043 0.017 0.295 0.257 0.323 108 E 0.050 0.024 0.068 0.013 0.267 0.209 0.368 109 A 0.038 0.011 0.103 0.017 0.208 0.445 0.178 110 K 0.044 0.013 0.071 0.020 0.221 0.326 0.306 111 E 0.082 0.035 0.025 0.017 0.275 0.039 0.526 112 P 0.170 0.056 0.015 0.016 0.081 0.029 0.632 113 I 0.155 0.109 0.023 0.019 0.086 0.026 0.581 114 T 0.092 0.062 0.032 0.012 0.067 0.032 0.703 115 E 0.054 0.011 0.115 0.023 0.136 0.279 0.382 116 F 0.029 0.029 0.115 0.029 0.262 0.232 0.304 117 D 0.010 0.021 0.027 0.010 0.440 0.032 0.460 118 E 0.013 0.013 0.018 0.008 0.170 0.121 0.656 119 V 0.024 0.057 0.027 0.013 0.278 0.121 0.481 120 N 0.016 0.036 0.019 0.012 0.279 0.040 0.598 121 P 0.015 0.020 0.027 0.023 0.109 0.141 0.664 122 Q 0.021 0.032 0.038 0.048 0.263 0.141 0.457 123 S 0.014 0.025 0.020 0.091 0.303 0.035 0.511 124 A 0.004 0.007 0.039 0.629 0.056 0.080 0.186 125 Y 0.003 0.003 0.022 0.788 0.037 0.069 0.079 126 G 0.003 0.002 0.012 0.883 0.021 0.045 0.033 127 K 0.003 0.001 0.005 0.941 0.012 0.015 0.022 128 T 0.002 0.001 0.003 0.945 0.011 0.013 0.023 129 K 0.002 0.001 0.001 0.976 0.006 0.008 0.007 130 L 0.002 0.001 0.001 0.982 0.003 0.006 0.006 131 E 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.009 0.003 132 G 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.008 0.002 133 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 0.002 134 N 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 0.002 135 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 136 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 137 K 0.001 0.001 0.003 0.973 0.001 0.020 0.002 138 A 0.001 0.001 0.005 0.874 0.005 0.111 0.004 139 L 0.001 0.001 0.006 0.364 0.051 0.559 0.019 140 N 0.002 0.001 0.003 0.009 0.052 0.799 0.134 141 P 0.016 0.002 0.001 0.001 0.088 0.010 0.881 142 K 0.192 0.003 0.001 0.001 0.354 0.013 0.437 143 Y 0.923 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.065 144 Y 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 145 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 146 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 147 R 0.873 0.002 0.001 0.001 0.015 0.002 0.107 148 T 0.427 0.005 0.007 0.005 0.078 0.035 0.443 149 A 0.127 0.012 0.046 0.012 0.273 0.132 0.398 150 W 0.136 0.025 0.097 0.030 0.315 0.152 0.246 151 L 0.117 0.065 0.118 0.043 0.214 0.127 0.316 152 Y 0.063 0.054 0.039 0.028 0.336 0.089 0.390 153 G 0.025 0.019 0.035 0.024 0.318 0.125 0.454 154 D 0.009 0.010 0.066 0.025 0.216 0.322 0.352 155 G 0.005 0.007 0.144 0.033 0.162 0.383 0.267 156 N 0.004 0.005 0.136 0.059 0.271 0.261 0.265 157 N 0.008 0.016 0.094 0.161 0.228 0.207 0.286 158 F 0.005 0.015 0.056 0.659 0.075 0.054 0.136 159 V 0.005 0.005 0.013 0.861 0.016 0.013 0.086 160 K 0.002 0.001 0.007 0.958 0.006 0.011 0.016 161 T 0.001 0.001 0.004 0.976 0.003 0.009 0.007 162 M 0.001 0.001 0.003 0.980 0.003 0.008 0.005 163 I 0.001 0.001 0.002 0.982 0.003 0.007 0.005 164 N 0.002 0.001 0.001 0.978 0.004 0.010 0.005 165 L 0.001 0.001 0.003 0.962 0.006 0.018 0.010 166 G 0.002 0.003 0.007 0.936 0.008 0.030 0.014 167 K 0.001 0.002 0.010 0.862 0.009 0.100 0.015 168 T 0.002 0.001 0.008 0.401 0.033 0.532 0.024 169 H 0.006 0.001 0.005 0.056 0.163 0.569 0.200 170 D 0.024 0.008 0.003 0.009 0.204 0.024 0.728 171 E 0.185 0.074 0.007 0.012 0.091 0.013 0.617 172 L 0.310 0.037 0.015 0.016 0.070 0.027 0.524 173 K 0.353 0.038 0.019 0.013 0.081 0.054 0.442 174 V 0.275 0.030 0.022 0.015 0.143 0.094 0.420 175 V 0.147 0.018 0.034 0.017 0.246 0.220 0.317 176 H 0.085 0.013 0.064 0.023 0.264 0.328 0.222 177 D 0.111 0.015 0.056 0.018 0.348 0.178 0.275 178 Q 0.240 0.020 0.040 0.027 0.242 0.106 0.324 179 V 0.352 0.083 0.039 0.034 0.116 0.096 0.280 180 G 0.330 0.049 0.037 0.023 0.176 0.061 0.324 181 T 0.256 0.013 0.041 0.016 0.218 0.081 0.375 182 P 0.263 0.028 0.037 0.030 0.153 0.094 0.395 183 T 0.237 0.103 0.013 0.018 0.206 0.032 0.393 184 S 0.230 0.050 0.003 0.024 0.119 0.007 0.567 185 T 0.002 0.001 0.063 0.910 0.005 0.010 0.010 186 V 0.001 0.001 0.040 0.939 0.006 0.010 0.004 187 D 0.001 0.001 0.028 0.955 0.003 0.011 0.003 188 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.003 0.003 189 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 190 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 191 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 192 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 193 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 194 K 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.010 0.001 195 V 0.001 0.001 0.004 0.969 0.001 0.024 0.002 196 I 0.002 0.001 0.013 0.916 0.004 0.057 0.007 197 D 0.002 0.001 0.034 0.696 0.012 0.244 0.012 198 E 0.005 0.003 0.030 0.315 0.195 0.342 0.109 199 K 0.009 0.008 0.034 0.049 0.242 0.150 0.508 200 N 0.026 0.009 0.056 0.016 0.204 0.351 0.338 201 Y 0.072 0.004 0.042 0.005 0.274 0.312 0.292 202 G 0.260 0.005 0.017 0.005 0.383 0.041 0.290 203 T 0.788 0.023 0.004 0.004 0.021 0.007 0.154 204 F 0.899 0.014 0.002 0.003 0.007 0.003 0.071 205 H 0.869 0.013 0.003 0.003 0.011 0.005 0.096 206 C 0.635 0.014 0.006 0.005 0.035 0.029 0.276 207 T 0.277 0.014 0.014 0.008 0.169 0.218 0.300 208 C 0.042 0.008 0.017 0.009 0.306 0.424 0.194 209 K 0.017 0.003 0.014 0.003 0.464 0.322 0.177 210 G 0.141 0.010 0.012 0.009 0.400 0.106 0.323 211 I 0.348 0.048 0.006 0.008 0.110 0.042 0.437 212 C 0.366 0.084 0.002 0.006 0.113 0.006 0.422 213 S 0.208 0.071 0.001 0.010 0.054 0.002 0.655 214 W 0.001 0.001 0.006 0.981 0.004 0.003 0.004 215 Y 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 0.001 216 D 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 217 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 218 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 219 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 220 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 221 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 222 F 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.006 0.001 223 R 0.001 0.001 0.002 0.970 0.001 0.027 0.001 224 L 0.001 0.001 0.002 0.931 0.003 0.061 0.002 225 T 0.001 0.003 0.004 0.586 0.033 0.348 0.025 226 G 0.002 0.002 0.006 0.048 0.147 0.485 0.309 227 I 0.019 0.013 0.011 0.020 0.280 0.054 0.604 228 D 0.077 0.027 0.019 0.016 0.164 0.037 0.660 229 V 0.112 0.011 0.027 0.023 0.162 0.035 0.629 230 K 0.270 0.015 0.022 0.026 0.122 0.038 0.508 231 V 0.444 0.049 0.021 0.033 0.061 0.025 0.367 232 T 0.404 0.021 0.014 0.039 0.070 0.026 0.425 233 P 0.253 0.021 0.019 0.044 0.122 0.051 0.490 234 C 0.134 0.020 0.026 0.047 0.174 0.063 0.535 235 T 0.072 0.016 0.042 0.046 0.153 0.099 0.573 236 T 0.053 0.015 0.116 0.098 0.184 0.176 0.357 237 E 0.057 0.016 0.148 0.105 0.173 0.171 0.330 238 E 0.059 0.024 0.136 0.131 0.128 0.126 0.396 239 F 0.053 0.023 0.069 0.106 0.148 0.088 0.514 240 P 0.054 0.014 0.061 0.079 0.139 0.160 0.493 241 R 0.037 0.034 0.060 0.084 0.192 0.102 0.491 242 P 0.023 0.032 0.056 0.059 0.150 0.063 0.617 243 A 0.015 0.007 0.091 0.060 0.116 0.425 0.287 244 K 0.014 0.008 0.085 0.036 0.169 0.413 0.276 245 R 0.013 0.022 0.045 0.028 0.290 0.053 0.549 246 P 0.026 0.021 0.100 0.095 0.146 0.125 0.487 247 K 0.029 0.010 0.230 0.130 0.106 0.260 0.234 248 Y 0.046 0.016 0.324 0.098 0.117 0.182 0.217 249 S 0.152 0.019 0.176 0.126 0.107 0.139 0.281 250 V 0.224 0.030 0.061 0.137 0.137 0.132 0.278 251 L 0.300 0.100 0.011 0.085 0.135 0.032 0.335 252 R 0.114 0.039 0.003 0.100 0.058 0.019 0.666 253 N 0.001 0.001 0.008 0.968 0.004 0.013 0.007 254 Y 0.001 0.001 0.007 0.982 0.002 0.008 0.001 255 M 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.006 0.001 256 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.002 257 E 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.006 0.002 258 L 0.001 0.001 0.006 0.975 0.002 0.016 0.001 259 T 0.001 0.001 0.007 0.947 0.002 0.043 0.001 260 T 0.001 0.002 0.006 0.627 0.034 0.315 0.016 261 G 0.002 0.002 0.003 0.044 0.086 0.546 0.316 262 D 0.004 0.004 0.002 0.005 0.137 0.017 0.830 263 I 0.041 0.018 0.005 0.005 0.143 0.009 0.779 264 T 0.045 0.021 0.011 0.010 0.109 0.020 0.784 265 R 0.036 0.015 0.008 0.017 0.184 0.019 0.722 266 E 0.029 0.030 0.004 0.031 0.074 0.012 0.819 267 W 0.001 0.001 0.030 0.922 0.011 0.015 0.021 268 K 0.001 0.001 0.012 0.964 0.005 0.013 0.007 269 E 0.001 0.001 0.007 0.975 0.005 0.009 0.003 270 S 0.001 0.001 0.002 0.984 0.002 0.008 0.003 271 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.002 272 K 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.001 273 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 274 Y 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.008 0.002 275 I 0.001 0.001 0.002 0.983 0.003 0.008 0.003 276 D 0.001 0.001 0.004 0.970 0.003 0.020 0.003 277 L 0.001 0.001 0.009 0.902 0.006 0.077 0.005 278 L 0.005 0.002 0.012 0.763 0.031 0.152 0.035 279 Q 0.009 0.007 0.024 0.411 0.005 0.433 0.112 280 M 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.004 0.977