# TARGET T0225 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0225.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1309 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.074 0.239 0.265 0.255 0.135 0.031 0.001 2 K 0.005 0.057 0.161 0.350 0.316 0.106 0.005 3 I 0.001 0.003 0.008 0.046 0.196 0.554 0.193 4 L 0.001 0.001 0.003 0.012 0.060 0.375 0.550 5 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.186 0.785 6 T 0.001 0.003 0.006 0.016 0.047 0.212 0.716 7 G 0.003 0.011 0.020 0.049 0.102 0.305 0.510 8 A 0.002 0.007 0.016 0.051 0.132 0.349 0.441 9 N 0.003 0.011 0.032 0.076 0.176 0.340 0.361 10 G 0.006 0.026 0.076 0.150 0.263 0.305 0.173 11 Q 0.004 0.021 0.067 0.200 0.300 0.262 0.147 12 L 0.001 0.003 0.007 0.023 0.086 0.455 0.425 13 G 0.001 0.001 0.002 0.014 0.081 0.415 0.487 14 R 0.001 0.023 0.107 0.286 0.317 0.218 0.047 15 E 0.001 0.011 0.054 0.229 0.366 0.289 0.050 16 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.039 0.465 0.490 17 Q 0.001 0.001 0.005 0.064 0.312 0.555 0.063 18 K 0.002 0.107 0.304 0.329 0.207 0.049 0.002 19 Q 0.001 0.011 0.100 0.415 0.357 0.112 0.003 20 L 0.001 0.006 0.013 0.073 0.397 0.491 0.019 21 K 0.028 0.157 0.347 0.349 0.102 0.015 0.001 22 G 0.472 0.429 0.073 0.021 0.004 0.001 0.001 23 K 0.129 0.338 0.379 0.139 0.014 0.001 0.001 24 N 0.452 0.407 0.106 0.028 0.006 0.001 0.001 25 V 0.030 0.144 0.281 0.347 0.175 0.022 0.001 26 E 0.045 0.243 0.330 0.284 0.085 0.014 0.001 27 V 0.004 0.012 0.034 0.129 0.379 0.399 0.043 28 I 0.004 0.027 0.088 0.207 0.331 0.300 0.043 29 P 0.002 0.005 0.016 0.061 0.180 0.510 0.226 30 T 0.004 0.013 0.032 0.090 0.217 0.441 0.203 31 D 0.008 0.040 0.091 0.196 0.284 0.305 0.075 32 V 0.029 0.097 0.179 0.267 0.267 0.137 0.024 33 Q 0.075 0.207 0.247 0.246 0.157 0.060 0.008 34 D 0.204 0.355 0.235 0.131 0.054 0.019 0.002 35 L 0.028 0.063 0.132 0.285 0.311 0.164 0.018 36 D 0.101 0.248 0.259 0.215 0.117 0.055 0.004 37 I 0.014 0.020 0.046 0.138 0.315 0.415 0.052 38 T 0.058 0.176 0.245 0.268 0.182 0.065 0.006 39 N 0.076 0.302 0.294 0.209 0.090 0.027 0.003 40 V 0.043 0.197 0.335 0.271 0.121 0.032 0.003 41 L 0.436 0.440 0.101 0.018 0.004 0.001 0.001 42 A 0.022 0.204 0.388 0.272 0.099 0.014 0.001 43 V 0.004 0.014 0.046 0.189 0.471 0.268 0.008 44 N 0.023 0.246 0.400 0.261 0.062 0.007 0.001 45 K 0.147 0.599 0.203 0.044 0.007 0.001 0.001 46 F 0.005 0.036 0.151 0.416 0.333 0.058 0.001 47 F 0.006 0.017 0.069 0.302 0.476 0.128 0.003 48 N 0.311 0.541 0.128 0.019 0.002 0.001 0.001 49 E 0.408 0.482 0.093 0.015 0.002 0.001 0.001 50 K 0.009 0.084 0.265 0.439 0.184 0.018 0.001 51 K 0.063 0.494 0.328 0.095 0.019 0.002 0.001 52 P 0.001 0.003 0.019 0.145 0.470 0.346 0.016 53 N 0.001 0.009 0.049 0.214 0.460 0.255 0.014 54 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.070 0.523 0.399 55 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.124 0.869 56 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.076 0.919 57 N 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.104 0.885 58 C 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.177 0.802 59 A 0.001 0.001 0.002 0.012 0.054 0.282 0.648 60 A 0.001 0.002 0.006 0.025 0.114 0.395 0.458 61 H 0.002 0.012 0.034 0.088 0.220 0.416 0.228 62 T 0.010 0.037 0.073 0.154 0.254 0.342 0.131 63 A 0.023 0.071 0.128 0.196 0.257 0.259 0.065 64 V 0.049 0.093 0.132 0.248 0.254 0.186 0.037 65 D 0.189 0.259 0.202 0.159 0.118 0.061 0.012 66 K 0.187 0.236 0.227 0.182 0.108 0.049 0.011 67 C 0.179 0.151 0.160 0.209 0.185 0.102 0.015 68 E 0.318 0.245 0.178 0.139 0.079 0.035 0.007 69 E 0.527 0.264 0.111 0.059 0.026 0.011 0.003 70 Q 0.206 0.265 0.218 0.168 0.093 0.040 0.011 71 Y 0.112 0.147 0.194 0.229 0.196 0.101 0.021 72 D 0.180 0.243 0.204 0.190 0.124 0.050 0.009 73 L 0.109 0.186 0.238 0.238 0.153 0.064 0.011 74 A 0.041 0.048 0.063 0.138 0.289 0.332 0.088 75 Y 0.023 0.059 0.111 0.226 0.278 0.237 0.066 76 K 0.045 0.110 0.169 0.236 0.220 0.166 0.054 77 I 0.014 0.024 0.040 0.102 0.237 0.367 0.215 78 N 0.003 0.005 0.010 0.028 0.093 0.408 0.453 79 A 0.003 0.011 0.033 0.110 0.251 0.363 0.229 80 I 0.001 0.011 0.041 0.154 0.277 0.326 0.190 81 G 0.001 0.001 0.002 0.009 0.063 0.381 0.545 82 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.210 0.767 83 K 0.001 0.009 0.053 0.240 0.296 0.309 0.093 84 N 0.001 0.006 0.030 0.156 0.360 0.334 0.114 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.216 0.774 86 A 0.001 0.001 0.001 0.018 0.130 0.636 0.215 87 A 0.001 0.036 0.175 0.362 0.323 0.095 0.009 88 A 0.001 0.003 0.025 0.189 0.407 0.360 0.017 89 A 0.001 0.002 0.005 0.038 0.336 0.576 0.042 90 Y 0.009 0.098 0.355 0.404 0.109 0.023 0.001 91 S 0.286 0.531 0.127 0.045 0.011 0.001 0.001 92 V 0.011 0.124 0.387 0.391 0.082 0.005 0.001 93 G 0.201 0.622 0.155 0.020 0.002 0.001 0.001 94 A 0.001 0.005 0.037 0.196 0.518 0.236 0.008 95 E 0.001 0.007 0.048 0.275 0.459 0.201 0.010 96 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.061 0.518 0.414 97 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.118 0.876 98 Q 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.105 0.883 99 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.092 0.899 100 S 0.001 0.001 0.002 0.008 0.039 0.248 0.703 101 T 0.001 0.002 0.008 0.030 0.111 0.346 0.502 102 D 0.002 0.009 0.030 0.075 0.192 0.406 0.286 103 Y 0.006 0.024 0.056 0.133 0.259 0.394 0.128 104 V 0.006 0.020 0.048 0.147 0.302 0.401 0.076 105 F 0.011 0.052 0.130 0.268 0.347 0.179 0.013 106 D 0.058 0.232 0.309 0.254 0.114 0.030 0.003 107 G 0.298 0.318 0.206 0.126 0.041 0.009 0.001 108 E 0.449 0.266 0.149 0.089 0.036 0.010 0.001 109 A 0.524 0.283 0.121 0.050 0.017 0.005 0.001 110 K 0.397 0.286 0.176 0.095 0.035 0.009 0.001 111 E 0.196 0.209 0.225 0.214 0.117 0.037 0.002 112 P 0.193 0.283 0.223 0.177 0.093 0.028 0.002 113 I 0.053 0.087 0.152 0.278 0.290 0.126 0.014 114 T 0.183 0.271 0.250 0.188 0.082 0.024 0.003 115 E 0.117 0.153 0.190 0.250 0.196 0.084 0.010 116 F 0.360 0.309 0.151 0.095 0.055 0.025 0.004 117 D 0.200 0.215 0.227 0.204 0.110 0.038 0.005 118 E 0.243 0.254 0.192 0.169 0.095 0.040 0.007 119 V 0.238 0.206 0.155 0.158 0.147 0.082 0.015 120 N 0.218 0.235 0.221 0.183 0.097 0.039 0.007 121 P 0.207 0.168 0.160 0.193 0.158 0.094 0.021 122 Q 0.193 0.213 0.173 0.167 0.140 0.084 0.029 123 S 0.133 0.156 0.174 0.202 0.183 0.118 0.035 124 A 0.075 0.106 0.129 0.198 0.193 0.193 0.106 125 Y 0.037 0.040 0.053 0.102 0.199 0.318 0.251 126 G 0.029 0.043 0.066 0.127 0.221 0.320 0.194 127 K 0.014 0.034 0.058 0.135 0.218 0.313 0.228 128 T 0.006 0.016 0.031 0.083 0.178 0.361 0.324 129 K 0.004 0.011 0.022 0.049 0.132 0.378 0.405 130 L 0.029 0.057 0.088 0.145 0.184 0.312 0.185 131 E 0.013 0.061 0.126 0.224 0.234 0.203 0.138 132 G 0.013 0.016 0.018 0.053 0.152 0.460 0.288 133 E 0.011 0.033 0.073 0.199 0.291 0.329 0.064 134 N 0.049 0.233 0.263 0.234 0.154 0.061 0.006 135 F 0.010 0.037 0.114 0.298 0.373 0.161 0.009 136 V 0.009 0.024 0.055 0.186 0.409 0.297 0.020 137 K 0.113 0.366 0.295 0.171 0.043 0.010 0.002 138 A 0.291 0.460 0.167 0.062 0.017 0.003 0.001 139 L 0.041 0.144 0.304 0.335 0.154 0.022 0.001 140 N 0.305 0.431 0.191 0.058 0.013 0.001 0.001 141 P 0.043 0.113 0.207 0.336 0.249 0.051 0.001 142 K 0.024 0.178 0.307 0.327 0.133 0.029 0.001 143 Y 0.001 0.004 0.015 0.079 0.292 0.509 0.100 144 Y 0.001 0.001 0.006 0.032 0.129 0.411 0.421 145 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.193 0.774 146 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.119 0.866 147 R 0.001 0.001 0.005 0.015 0.043 0.196 0.740 148 T 0.001 0.003 0.008 0.021 0.057 0.218 0.693 149 A 0.002 0.006 0.013 0.034 0.103 0.294 0.549 150 W 0.007 0.018 0.034 0.074 0.144 0.319 0.404 151 L 0.022 0.032 0.045 0.093 0.154 0.313 0.342 152 Y 0.039 0.052 0.071 0.129 0.205 0.310 0.196 153 G 0.048 0.094 0.121 0.185 0.239 0.218 0.095 154 D 0.072 0.149 0.197 0.243 0.202 0.106 0.032 155 G 0.123 0.266 0.258 0.204 0.101 0.039 0.009 156 N 0.171 0.325 0.257 0.159 0.068 0.018 0.003 157 N 0.120 0.270 0.285 0.203 0.088 0.030 0.005 158 F 0.009 0.026 0.066 0.175 0.326 0.342 0.057 159 V 0.003 0.010 0.026 0.082 0.254 0.492 0.133 160 K 0.020 0.108 0.224 0.281 0.197 0.143 0.027 161 T 0.007 0.046 0.150 0.313 0.298 0.166 0.020 162 M 0.002 0.004 0.006 0.022 0.135 0.596 0.234 163 I 0.002 0.010 0.043 0.186 0.371 0.342 0.045 164 N 0.027 0.235 0.329 0.240 0.119 0.047 0.003 165 L 0.009 0.059 0.186 0.381 0.274 0.086 0.004 166 G 0.006 0.022 0.055 0.190 0.420 0.292 0.015 167 K 0.099 0.242 0.256 0.245 0.120 0.034 0.003 168 T 0.459 0.370 0.111 0.044 0.012 0.003 0.001 169 H 0.276 0.365 0.228 0.097 0.028 0.005 0.001 170 D 0.298 0.314 0.207 0.119 0.049 0.011 0.001 171 E 0.116 0.175 0.232 0.264 0.163 0.048 0.003 172 L 0.068 0.089 0.140 0.251 0.288 0.153 0.012 173 K 0.065 0.117 0.172 0.240 0.239 0.147 0.020 174 V 0.055 0.072 0.113 0.217 0.286 0.215 0.041 175 V 0.197 0.237 0.183 0.178 0.127 0.063 0.015 176 H 0.207 0.223 0.195 0.185 0.117 0.057 0.016 177 D 0.248 0.283 0.193 0.142 0.082 0.041 0.011 178 Q 0.099 0.146 0.180 0.226 0.200 0.122 0.027 179 V 0.059 0.111 0.150 0.220 0.238 0.180 0.041 180 G 0.036 0.064 0.102 0.190 0.266 0.259 0.083 181 T 0.035 0.094 0.137 0.204 0.238 0.213 0.079 182 P 0.010 0.042 0.089 0.180 0.272 0.296 0.112 183 T 0.008 0.021 0.043 0.129 0.267 0.371 0.162 184 S 0.003 0.014 0.039 0.109 0.229 0.398 0.208 185 T 0.001 0.004 0.010 0.043 0.185 0.448 0.309 186 V 0.002 0.039 0.128 0.302 0.314 0.173 0.041 187 D 0.001 0.004 0.033 0.170 0.321 0.352 0.119 188 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.302 0.679 189 A 0.001 0.001 0.001 0.016 0.137 0.546 0.300 190 R 0.001 0.005 0.055 0.242 0.347 0.312 0.039 191 V 0.001 0.001 0.001 0.014 0.113 0.505 0.367 192 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.173 0.821 193 L 0.001 0.003 0.022 0.149 0.315 0.447 0.064 194 K 0.001 0.011 0.058 0.257 0.442 0.218 0.014 195 V 0.001 0.001 0.005 0.034 0.194 0.578 0.187 196 I 0.001 0.005 0.025 0.124 0.357 0.429 0.059 197 D 0.024 0.243 0.294 0.273 0.131 0.032 0.003 198 E 0.053 0.232 0.282 0.294 0.116 0.021 0.003 199 K 0.112 0.294 0.307 0.193 0.074 0.017 0.001 200 N 0.176 0.325 0.263 0.161 0.063 0.012 0.001 201 Y 0.058 0.198 0.259 0.282 0.162 0.039 0.003 202 G 0.025 0.109 0.201 0.302 0.254 0.102 0.007 203 T 0.004 0.012 0.034 0.107 0.273 0.440 0.131 204 F 0.002 0.003 0.009 0.032 0.115 0.431 0.408 205 H 0.003 0.008 0.021 0.056 0.133 0.409 0.369 206 C 0.004 0.007 0.019 0.053 0.143 0.436 0.338 207 T 0.008 0.034 0.076 0.185 0.290 0.305 0.103 208 C 0.041 0.133 0.209 0.263 0.221 0.107 0.027 209 K 0.137 0.269 0.226 0.187 0.113 0.055 0.014 210 G 0.158 0.288 0.234 0.172 0.098 0.042 0.007 211 I 0.054 0.186 0.258 0.267 0.162 0.066 0.008 212 C 0.012 0.042 0.098 0.244 0.357 0.224 0.023 213 S 0.007 0.064 0.180 0.305 0.279 0.148 0.018 214 W 0.001 0.007 0.019 0.074 0.281 0.507 0.111 215 Y 0.005 0.073 0.220 0.345 0.255 0.092 0.010 216 D 0.006 0.083 0.269 0.392 0.186 0.058 0.006 217 F 0.001 0.001 0.003 0.020 0.163 0.622 0.192 218 A 0.001 0.001 0.006 0.049 0.242 0.580 0.122 219 V 0.001 0.088 0.352 0.371 0.148 0.038 0.002 220 E 0.001 0.008 0.069 0.331 0.438 0.149 0.006 221 I 0.001 0.001 0.001 0.007 0.110 0.721 0.160 222 F 0.001 0.024 0.154 0.400 0.308 0.105 0.008 223 R 0.050 0.405 0.355 0.144 0.038 0.008 0.001 224 L 0.011 0.068 0.179 0.363 0.290 0.085 0.004 225 T 0.009 0.036 0.132 0.329 0.376 0.115 0.003 226 G 0.254 0.412 0.209 0.089 0.029 0.006 0.001 227 I 0.191 0.316 0.236 0.182 0.061 0.012 0.001 228 D 0.361 0.363 0.186 0.069 0.017 0.003 0.001 229 V 0.160 0.191 0.218 0.231 0.160 0.038 0.002 230 K 0.332 0.303 0.186 0.128 0.042 0.008 0.001 231 V 0.192 0.191 0.196 0.213 0.154 0.051 0.003 232 T 0.267 0.240 0.194 0.172 0.095 0.030 0.002 233 P 0.318 0.254 0.172 0.134 0.081 0.037 0.004 234 C 0.264 0.218 0.186 0.184 0.106 0.038 0.005 235 T 0.355 0.252 0.164 0.121 0.073 0.032 0.004 236 T 0.309 0.219 0.175 0.160 0.092 0.039 0.006 237 E 0.393 0.263 0.156 0.104 0.057 0.024 0.003 238 E 0.277 0.230 0.179 0.159 0.103 0.045 0.006 239 F 0.220 0.189 0.185 0.205 0.138 0.056 0.007 240 P 0.325 0.266 0.179 0.129 0.069 0.028 0.004 241 R 0.234 0.229 0.193 0.178 0.115 0.045 0.006 242 P 0.228 0.205 0.186 0.196 0.128 0.052 0.006 243 A 0.333 0.234 0.167 0.146 0.084 0.032 0.004 244 K 0.373 0.271 0.154 0.112 0.061 0.025 0.004 245 R 0.242 0.224 0.185 0.179 0.114 0.049 0.007 246 P 0.203 0.202 0.191 0.187 0.138 0.068 0.011 247 K 0.183 0.224 0.207 0.194 0.129 0.056 0.007 248 Y 0.119 0.211 0.232 0.233 0.141 0.057 0.007 249 S 0.031 0.071 0.116 0.227 0.304 0.225 0.026 250 V 0.038 0.100 0.157 0.237 0.244 0.197 0.027 251 L 0.008 0.015 0.037 0.110 0.275 0.456 0.099 252 R 0.030 0.119 0.173 0.281 0.262 0.119 0.016 253 N 0.027 0.093 0.172 0.250 0.253 0.175 0.031 254 Y 0.285 0.420 0.186 0.070 0.027 0.010 0.002 255 M 0.038 0.260 0.374 0.219 0.084 0.023 0.003 256 L 0.003 0.009 0.040 0.216 0.498 0.227 0.007 257 E 0.030 0.191 0.345 0.310 0.104 0.019 0.001 258 L 0.426 0.480 0.076 0.014 0.003 0.001 0.001 259 T 0.033 0.162 0.363 0.339 0.092 0.011 0.001 260 T 0.022 0.039 0.129 0.368 0.347 0.092 0.003 261 G 0.355 0.409 0.149 0.059 0.022 0.005 0.001 262 D 0.113 0.180 0.217 0.245 0.172 0.069 0.004 263 I 0.197 0.436 0.249 0.096 0.019 0.003 0.001 264 T 0.051 0.145 0.232 0.282 0.229 0.058 0.003 265 R 0.324 0.300 0.187 0.139 0.042 0.007 0.001 266 E 0.127 0.409 0.283 0.133 0.042 0.006 0.001 267 W 0.006 0.031 0.097 0.287 0.412 0.158 0.008 268 K 0.024 0.257 0.369 0.246 0.089 0.014 0.001 269 E 0.077 0.398 0.340 0.148 0.032 0.004 0.001 270 S 0.002 0.011 0.041 0.145 0.403 0.371 0.029 271 L 0.001 0.006 0.021 0.117 0.387 0.428 0.040 272 K 0.024 0.277 0.417 0.223 0.052 0.008 0.001 273 E 0.033 0.108 0.263 0.377 0.174 0.044 0.001 274 Y 0.007 0.011 0.011 0.037 0.222 0.626 0.087 275 I 0.021 0.038 0.146 0.338 0.325 0.123 0.010 276 D 0.148 0.384 0.289 0.140 0.033 0.007 0.001 277 L 0.047 0.113 0.218 0.325 0.235 0.059 0.003 278 L 0.051 0.110 0.163 0.265 0.262 0.138 0.012 279 Q 0.223 0.305 0.233 0.158 0.064 0.016 0.001 280 M 0.346 0.244 0.148 0.141 0.094 0.025 0.002