# TARGET T0225 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0225.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2174 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.004 0.003 0.006 0.140 0.761 2 K 0.522 0.008 0.002 0.008 0.089 0.371 3 I 0.911 0.007 0.001 0.003 0.022 0.056 4 L 0.952 0.014 0.001 0.004 0.013 0.017 5 I 0.892 0.007 0.001 0.004 0.043 0.053 6 T 0.512 0.007 0.002 0.011 0.204 0.263 7 G 0.087 0.009 0.007 0.009 0.440 0.447 8 A 0.050 0.023 0.020 0.034 0.546 0.327 9 N 0.058 0.046 0.033 0.063 0.518 0.282 10 G 0.067 0.015 0.064 0.179 0.471 0.203 11 Q 0.035 0.017 0.037 0.666 0.155 0.090 12 L 0.032 0.011 0.035 0.743 0.088 0.092 13 G 0.010 0.003 0.020 0.882 0.032 0.053 14 R 0.003 0.001 0.025 0.943 0.017 0.011 15 E 0.004 0.001 0.038 0.936 0.015 0.006 16 I 0.004 0.001 0.016 0.966 0.009 0.005 17 Q 0.003 0.001 0.008 0.979 0.005 0.004 18 K 0.001 0.001 0.007 0.984 0.005 0.002 19 Q 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.002 20 L 0.001 0.001 0.004 0.985 0.005 0.005 21 K 0.001 0.001 0.010 0.969 0.013 0.006 22 G 0.001 0.001 0.017 0.923 0.034 0.025 23 K 0.001 0.002 0.018 0.715 0.106 0.159 24 N 0.002 0.001 0.003 0.008 0.166 0.820 25 V 0.026 0.001 0.001 0.001 0.084 0.888 26 E 0.717 0.009 0.002 0.001 0.044 0.229 27 V 0.950 0.004 0.001 0.001 0.009 0.037 28 I 0.954 0.003 0.001 0.001 0.008 0.034 29 P 0.903 0.002 0.001 0.001 0.023 0.071 30 T 0.694 0.005 0.002 0.001 0.062 0.237 31 D 0.407 0.008 0.003 0.001 0.199 0.382 32 V 0.263 0.015 0.015 0.003 0.381 0.324 33 Q 0.272 0.016 0.023 0.004 0.344 0.341 34 D 0.284 0.017 0.029 0.010 0.352 0.307 35 L 0.189 0.039 0.015 0.011 0.254 0.492 36 D 0.125 0.064 0.009 0.014 0.297 0.491 37 I 0.053 0.025 0.094 0.115 0.483 0.230 38 T 0.037 0.014 0.040 0.110 0.527 0.272 39 N 0.024 0.007 0.018 0.139 0.405 0.408 40 V 0.001 0.001 0.030 0.946 0.015 0.008 41 L 0.001 0.001 0.025 0.959 0.012 0.004 42 A 0.001 0.001 0.030 0.950 0.015 0.003 43 V 0.002 0.001 0.009 0.976 0.006 0.005 44 N 0.004 0.001 0.013 0.970 0.007 0.005 45 K 0.003 0.001 0.013 0.961 0.013 0.010 46 F 0.003 0.001 0.010 0.961 0.012 0.013 47 F 0.004 0.003 0.017 0.919 0.030 0.027 48 N 0.004 0.001 0.044 0.826 0.092 0.034 49 E 0.003 0.002 0.026 0.799 0.102 0.068 50 K 0.003 0.004 0.015 0.698 0.101 0.179 51 K 0.007 0.011 0.005 0.048 0.306 0.622 52 P 0.019 0.004 0.007 0.059 0.518 0.392 53 N 0.062 0.003 0.009 0.021 0.627 0.278 54 V 0.887 0.010 0.003 0.013 0.059 0.028 55 V 0.983 0.002 0.001 0.009 0.003 0.004 56 I 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 57 N 0.935 0.001 0.001 0.053 0.003 0.008 58 C 0.699 0.001 0.008 0.129 0.040 0.122 59 A 0.471 0.005 0.039 0.177 0.127 0.182 60 A 0.460 0.008 0.097 0.144 0.159 0.132 61 H 0.291 0.007 0.087 0.292 0.180 0.144 62 T 0.112 0.015 0.060 0.410 0.145 0.258 63 A 0.069 0.016 0.084 0.243 0.214 0.375 64 V 0.040 0.009 0.080 0.478 0.190 0.204 65 D 0.025 0.005 0.090 0.622 0.133 0.125 66 K 0.012 0.004 0.070 0.768 0.086 0.060 67 C 0.015 0.005 0.056 0.627 0.145 0.153 68 E 0.009 0.004 0.047 0.742 0.117 0.081 69 E 0.014 0.007 0.032 0.720 0.125 0.101 70 Q 0.015 0.008 0.021 0.541 0.165 0.250 71 Y 0.004 0.001 0.038 0.853 0.058 0.045 72 D 0.010 0.001 0.044 0.803 0.092 0.049 73 L 0.015 0.001 0.035 0.883 0.049 0.017 74 A 0.031 0.002 0.021 0.884 0.038 0.023 75 Y 0.049 0.002 0.016 0.877 0.032 0.024 76 K 0.041 0.001 0.013 0.881 0.038 0.026 77 I 0.033 0.003 0.011 0.891 0.025 0.038 78 N 0.034 0.004 0.010 0.705 0.060 0.186 79 A 0.033 0.006 0.011 0.771 0.061 0.118 80 I 0.021 0.008 0.007 0.844 0.035 0.085 81 G 0.014 0.004 0.008 0.820 0.038 0.116 82 P 0.002 0.001 0.008 0.939 0.016 0.034 83 K 0.001 0.001 0.004 0.983 0.006 0.006 84 N 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 86 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 87 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 88 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 89 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 90 Y 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 91 S 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.006 92 V 0.001 0.001 0.006 0.891 0.014 0.088 93 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.981 94 A 0.020 0.002 0.001 0.001 0.068 0.910 95 E 0.467 0.002 0.001 0.001 0.070 0.460 96 I 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 97 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 98 Q 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 99 I 0.866 0.002 0.001 0.002 0.012 0.117 100 S 0.297 0.009 0.003 0.005 0.137 0.548 101 T 0.083 0.012 0.097 0.056 0.423 0.329 102 D 0.032 0.004 0.424 0.098 0.348 0.095 103 Y 0.032 0.005 0.476 0.146 0.304 0.037 104 V 0.054 0.037 0.136 0.221 0.495 0.058 105 F 0.084 0.045 0.044 0.136 0.547 0.144 106 D 0.027 0.014 0.016 0.032 0.708 0.203 107 G 0.023 0.010 0.021 0.009 0.766 0.171 108 E 0.043 0.019 0.034 0.005 0.615 0.284 109 A 0.039 0.014 0.044 0.006 0.668 0.230 110 K 0.061 0.015 0.026 0.005 0.541 0.351 111 E 0.097 0.022 0.008 0.003 0.260 0.610 112 P 0.142 0.031 0.010 0.005 0.207 0.605 113 I 0.202 0.075 0.010 0.006 0.130 0.578 114 T 0.247 0.049 0.008 0.004 0.271 0.422 115 E 0.169 0.029 0.032 0.015 0.491 0.264 116 F 0.083 0.015 0.025 0.008 0.626 0.242 117 D 0.032 0.016 0.011 0.004 0.685 0.252 118 E 0.024 0.024 0.019 0.007 0.530 0.396 119 V 0.026 0.108 0.018 0.012 0.334 0.501 120 N 0.015 0.053 0.011 0.008 0.551 0.362 121 P 0.013 0.020 0.037 0.022 0.580 0.328 122 Q 0.022 0.035 0.036 0.030 0.564 0.313 123 S 0.013 0.022 0.023 0.043 0.653 0.246 124 A 0.010 0.015 0.068 0.240 0.506 0.162 125 Y 0.018 0.025 0.070 0.259 0.466 0.162 126 G 0.010 0.009 0.089 0.359 0.415 0.117 127 K 0.017 0.014 0.081 0.508 0.221 0.159 128 T 0.018 0.026 0.034 0.641 0.097 0.183 129 K 0.008 0.004 0.020 0.780 0.072 0.117 130 L 0.002 0.001 0.012 0.926 0.031 0.028 131 E 0.002 0.001 0.011 0.961 0.014 0.012 132 G 0.002 0.001 0.010 0.976 0.006 0.006 133 E 0.001 0.001 0.006 0.984 0.004 0.004 134 N 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 135 F 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 136 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 137 K 0.001 0.001 0.004 0.993 0.003 0.001 138 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.004 139 L 0.001 0.001 0.003 0.952 0.010 0.034 140 N 0.001 0.002 0.002 0.009 0.113 0.874 141 P 0.006 0.001 0.007 0.001 0.303 0.682 142 K 0.090 0.002 0.016 0.001 0.457 0.434 143 Y 0.920 0.007 0.004 0.001 0.039 0.030 144 Y 0.994 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 145 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 147 R 0.814 0.002 0.001 0.001 0.036 0.147 148 T 0.352 0.005 0.005 0.002 0.206 0.430 149 A 0.240 0.015 0.042 0.006 0.376 0.322 150 W 0.365 0.024 0.080 0.018 0.334 0.178 151 L 0.408 0.032 0.087 0.033 0.304 0.135 152 Y 0.382 0.058 0.046 0.028 0.296 0.190 153 G 0.187 0.051 0.025 0.019 0.453 0.265 154 D 0.049 0.036 0.014 0.021 0.536 0.345 155 G 0.015 0.016 0.021 0.029 0.717 0.202 156 N 0.004 0.005 0.068 0.161 0.637 0.125 157 N 0.003 0.006 0.077 0.443 0.365 0.106 158 F 0.003 0.009 0.050 0.811 0.091 0.036 159 V 0.003 0.003 0.009 0.932 0.022 0.030 160 K 0.001 0.001 0.006 0.973 0.010 0.008 161 T 0.002 0.001 0.009 0.979 0.006 0.004 162 M 0.001 0.001 0.005 0.988 0.003 0.002 163 I 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.002 164 N 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.002 165 L 0.001 0.001 0.011 0.969 0.011 0.007 166 G 0.003 0.001 0.029 0.895 0.051 0.021 167 K 0.005 0.003 0.047 0.781 0.137 0.027 168 T 0.005 0.002 0.037 0.679 0.177 0.100 169 H 0.006 0.003 0.012 0.040 0.295 0.645 170 D 0.016 0.003 0.008 0.003 0.242 0.728 171 E 0.189 0.011 0.008 0.002 0.179 0.611 172 L 0.574 0.030 0.007 0.002 0.099 0.287 173 K 0.734 0.015 0.003 0.002 0.064 0.182 174 V 0.750 0.014 0.003 0.002 0.069 0.161 175 V 0.631 0.027 0.004 0.002 0.137 0.199 176 H 0.403 0.014 0.007 0.002 0.332 0.242 177 D 0.173 0.008 0.010 0.002 0.529 0.278 178 Q 0.159 0.011 0.012 0.002 0.495 0.321 179 V 0.343 0.060 0.006 0.003 0.287 0.301 180 G 0.172 0.030 0.002 0.002 0.315 0.478 181 T 0.117 0.005 0.002 0.002 0.226 0.648 182 P 0.454 0.020 0.006 0.020 0.146 0.353 183 T 0.636 0.047 0.008 0.051 0.067 0.191 184 S 0.613 0.024 0.016 0.113 0.032 0.203 185 T 0.133 0.003 0.036 0.746 0.015 0.067 186 V 0.009 0.001 0.018 0.950 0.006 0.017 187 D 0.001 0.001 0.015 0.981 0.001 0.001 188 L 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 189 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 190 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 191 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 192 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 193 L 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 194 K 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 195 V 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.003 196 I 0.001 0.002 0.011 0.934 0.013 0.039 197 D 0.003 0.002 0.025 0.833 0.061 0.076 198 E 0.007 0.006 0.054 0.468 0.225 0.240 199 K 0.006 0.005 0.070 0.128 0.350 0.440 200 N 0.013 0.008 0.041 0.029 0.450 0.460 201 Y 0.025 0.006 0.027 0.022 0.477 0.443 202 G 0.081 0.004 0.009 0.004 0.379 0.523 203 T 0.557 0.012 0.007 0.005 0.134 0.284 204 F 0.870 0.018 0.003 0.004 0.024 0.081 205 H 0.880 0.020 0.002 0.004 0.024 0.070 206 C 0.655 0.017 0.004 0.004 0.078 0.242 207 T 0.203 0.007 0.011 0.003 0.311 0.465 208 C 0.082 0.017 0.013 0.005 0.369 0.514 209 K 0.030 0.012 0.011 0.003 0.486 0.458 210 G 0.027 0.002 0.003 0.001 0.250 0.717 211 I 0.278 0.027 0.005 0.003 0.151 0.537 212 C 0.330 0.138 0.002 0.003 0.066 0.461 213 S 0.201 0.025 0.002 0.008 0.023 0.740 214 W 0.001 0.001 0.016 0.977 0.001 0.004 215 Y 0.001 0.001 0.009 0.988 0.001 0.001 216 D 0.001 0.001 0.006 0.993 0.001 0.001 217 F 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 218 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 219 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 220 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 221 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 222 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 223 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 224 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 225 T 0.001 0.001 0.002 0.955 0.005 0.038 226 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.972 227 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.072 0.920 228 D 0.034 0.005 0.002 0.001 0.118 0.840 229 V 0.141 0.018 0.011 0.002 0.170 0.660 230 K 0.274 0.012 0.010 0.002 0.162 0.540 231 V 0.606 0.018 0.011 0.002 0.090 0.273 232 T 0.521 0.018 0.007 0.003 0.099 0.353 233 P 0.311 0.018 0.007 0.004 0.108 0.552 234 C 0.107 0.018 0.004 0.002 0.090 0.779 235 T 0.073 0.019 0.009 0.005 0.205 0.689 236 T 0.022 0.014 0.281 0.045 0.387 0.251 237 E 0.017 0.006 0.459 0.072 0.339 0.107 238 E 0.018 0.008 0.497 0.071 0.335 0.071 239 F 0.029 0.024 0.085 0.075 0.402 0.386 240 P 0.027 0.029 0.023 0.035 0.214 0.672 241 R 0.023 0.033 0.014 0.011 0.214 0.705 242 P 0.025 0.022 0.031 0.012 0.464 0.446 243 A 0.009 0.012 0.158 0.028 0.485 0.308 244 K 0.014 0.014 0.091 0.027 0.512 0.342 245 R 0.018 0.013 0.043 0.018 0.483 0.425 246 P 0.018 0.008 0.078 0.055 0.410 0.431 247 K 0.039 0.018 0.129 0.098 0.387 0.329 248 Y 0.125 0.021 0.203 0.129 0.311 0.210 249 S 0.343 0.025 0.099 0.139 0.180 0.215 250 V 0.387 0.037 0.057 0.133 0.154 0.231 251 L 0.237 0.034 0.023 0.122 0.180 0.404 252 R 0.079 0.010 0.011 0.135 0.161 0.603 253 N 0.010 0.002 0.013 0.821 0.052 0.102 254 Y 0.002 0.001 0.011 0.966 0.013 0.008 255 M 0.003 0.001 0.011 0.969 0.013 0.004 256 L 0.003 0.001 0.010 0.972 0.009 0.004 257 E 0.003 0.001 0.010 0.968 0.012 0.005 258 L 0.003 0.001 0.013 0.955 0.018 0.010 259 T 0.003 0.003 0.009 0.909 0.039 0.038 260 T 0.003 0.005 0.016 0.680 0.125 0.170 261 G 0.003 0.002 0.006 0.020 0.185 0.784 262 D 0.014 0.012 0.020 0.009 0.214 0.732 263 I 0.028 0.026 0.023 0.012 0.270 0.641 264 T 0.032 0.021 0.021 0.018 0.235 0.672 265 R 0.015 0.013 0.017 0.058 0.237 0.660 266 E 0.014 0.008 0.011 0.130 0.146 0.691 267 W 0.001 0.001 0.007 0.979 0.007 0.006 268 K 0.001 0.001 0.005 0.984 0.006 0.004 269 E 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.002 270 S 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.004 271 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 272 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 273 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.003 274 Y 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 275 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 276 D 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.002 277 L 0.001 0.001 0.005 0.973 0.009 0.012 278 L 0.002 0.001 0.005 0.916 0.015 0.062 279 Q 0.003 0.003 0.004 0.795 0.030 0.165 280 M 0.003 0.001 0.002 0.169 0.046 0.780