# TARGET T0225 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0225.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2174 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.966 2 K 0.699 0.008 0.001 0.001 0.034 0.006 0.252 3 I 0.949 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.046 4 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 5 I 0.975 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 6 T 0.812 0.006 0.001 0.001 0.013 0.008 0.160 7 G 0.148 0.003 0.015 0.005 0.192 0.232 0.406 8 A 0.039 0.013 0.042 0.013 0.231 0.490 0.173 9 N 0.034 0.013 0.094 0.048 0.169 0.512 0.129 10 G 0.040 0.020 0.058 0.090 0.352 0.316 0.125 11 Q 0.032 0.038 0.077 0.322 0.179 0.150 0.202 12 L 0.013 0.014 0.053 0.713 0.050 0.071 0.086 13 G 0.001 0.002 0.016 0.920 0.008 0.020 0.034 14 R 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.002 0.001 15 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 0.001 16 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 17 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 19 Q 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 20 L 0.001 0.001 0.006 0.970 0.002 0.016 0.005 21 K 0.001 0.001 0.026 0.850 0.002 0.120 0.001 22 G 0.001 0.001 0.044 0.468 0.009 0.472 0.005 23 K 0.001 0.001 0.023 0.031 0.053 0.870 0.021 24 N 0.006 0.001 0.005 0.001 0.080 0.829 0.079 25 V 0.112 0.005 0.001 0.001 0.062 0.005 0.815 26 E 0.922 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.062 27 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 28 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 29 P 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 30 T 0.651 0.002 0.001 0.001 0.054 0.007 0.284 31 D 0.476 0.003 0.001 0.001 0.152 0.017 0.350 32 V 0.375 0.005 0.006 0.004 0.074 0.018 0.517 33 Q 0.759 0.012 0.008 0.015 0.044 0.015 0.147 34 D 0.747 0.011 0.013 0.027 0.036 0.024 0.143 35 L 0.467 0.015 0.011 0.028 0.084 0.030 0.365 36 D 0.337 0.009 0.012 0.036 0.062 0.053 0.490 37 I 0.170 0.020 0.057 0.117 0.110 0.213 0.313 38 T 0.137 0.039 0.036 0.127 0.231 0.158 0.273 39 N 0.066 0.021 0.026 0.142 0.257 0.036 0.452 40 V 0.001 0.001 0.023 0.948 0.003 0.017 0.009 41 L 0.001 0.001 0.015 0.975 0.001 0.007 0.001 42 A 0.001 0.001 0.018 0.975 0.001 0.004 0.003 43 V 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.003 0.001 44 N 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.004 0.001 45 K 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.010 0.001 46 F 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.008 0.001 47 F 0.001 0.001 0.012 0.956 0.006 0.022 0.003 48 N 0.001 0.001 0.025 0.822 0.003 0.147 0.002 49 E 0.001 0.001 0.024 0.559 0.019 0.387 0.010 50 K 0.005 0.005 0.015 0.386 0.243 0.188 0.158 51 K 0.015 0.008 0.003 0.010 0.262 0.027 0.674 52 P 0.039 0.004 0.024 0.018 0.137 0.150 0.627 53 N 0.116 0.001 0.010 0.009 0.710 0.074 0.080 54 V 0.948 0.002 0.005 0.008 0.007 0.004 0.028 55 V 0.986 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.004 56 I 0.984 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 57 N 0.908 0.001 0.001 0.023 0.003 0.002 0.062 58 C 0.483 0.003 0.011 0.068 0.051 0.032 0.352 59 A 0.205 0.010 0.091 0.137 0.155 0.089 0.312 60 A 0.134 0.009 0.166 0.318 0.102 0.099 0.172 61 H 0.111 0.010 0.126 0.441 0.097 0.086 0.130 62 T 0.041 0.016 0.071 0.533 0.098 0.134 0.107 63 A 0.016 0.007 0.032 0.421 0.125 0.150 0.249 64 V 0.004 0.004 0.032 0.701 0.069 0.062 0.128 65 D 0.002 0.001 0.035 0.851 0.025 0.054 0.032 66 K 0.002 0.001 0.042 0.849 0.020 0.060 0.025 67 C 0.004 0.002 0.032 0.860 0.019 0.050 0.035 68 E 0.004 0.003 0.035 0.872 0.012 0.060 0.015 69 E 0.004 0.002 0.026 0.817 0.023 0.108 0.021 70 Q 0.006 0.007 0.020 0.669 0.056 0.059 0.182 71 Y 0.001 0.001 0.018 0.918 0.008 0.025 0.029 72 D 0.001 0.001 0.019 0.961 0.002 0.013 0.004 73 L 0.001 0.001 0.036 0.940 0.002 0.017 0.003 74 A 0.003 0.001 0.028 0.923 0.003 0.037 0.006 75 Y 0.004 0.002 0.020 0.920 0.008 0.039 0.008 76 K 0.006 0.002 0.013 0.893 0.010 0.066 0.010 77 I 0.009 0.004 0.015 0.817 0.031 0.079 0.044 78 N 0.019 0.009 0.013 0.702 0.068 0.069 0.119 79 A 0.022 0.021 0.015 0.516 0.081 0.217 0.127 80 I 0.012 0.008 0.013 0.647 0.123 0.129 0.068 81 G 0.005 0.003 0.008 0.810 0.063 0.036 0.075 82 P 0.001 0.001 0.003 0.973 0.002 0.007 0.014 83 K 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 84 N 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 86 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 87 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 88 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 89 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 90 Y 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.008 0.001 91 S 0.001 0.001 0.004 0.939 0.001 0.055 0.001 92 V 0.001 0.001 0.007 0.295 0.011 0.682 0.005 93 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.965 0.019 94 A 0.009 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 0.967 95 E 0.383 0.004 0.001 0.001 0.229 0.005 0.377 96 I 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 97 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 98 Q 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 99 I 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.050 100 S 0.545 0.003 0.002 0.001 0.054 0.010 0.385 101 T 0.139 0.009 0.026 0.011 0.159 0.042 0.614 102 D 0.077 0.008 0.222 0.080 0.240 0.081 0.291 103 Y 0.104 0.009 0.361 0.187 0.054 0.133 0.153 104 V 0.114 0.036 0.244 0.201 0.080 0.123 0.202 105 F 0.097 0.060 0.103 0.115 0.163 0.283 0.178 106 D 0.025 0.012 0.044 0.032 0.191 0.508 0.188 107 G 0.012 0.009 0.045 0.013 0.291 0.194 0.436 108 E 0.015 0.015 0.144 0.012 0.191 0.266 0.358 109 A 0.020 0.018 0.121 0.010 0.171 0.376 0.285 110 K 0.046 0.032 0.084 0.011 0.348 0.174 0.306 111 E 0.056 0.024 0.002 0.001 0.550 0.007 0.361 112 P 0.070 0.027 0.002 0.001 0.051 0.019 0.829 113 I 0.123 0.128 0.004 0.001 0.115 0.019 0.609 114 T 0.197 0.069 0.012 0.002 0.117 0.025 0.577 115 E 0.114 0.032 0.095 0.016 0.154 0.191 0.397 116 F 0.078 0.066 0.066 0.014 0.295 0.196 0.285 117 D 0.030 0.034 0.014 0.001 0.480 0.023 0.418 118 E 0.029 0.029 0.034 0.005 0.212 0.251 0.440 119 V 0.026 0.062 0.028 0.007 0.311 0.201 0.365 120 N 0.030 0.046 0.015 0.005 0.235 0.061 0.608 121 P 0.023 0.028 0.045 0.036 0.103 0.198 0.567 122 Q 0.031 0.045 0.049 0.082 0.297 0.168 0.330 123 S 0.026 0.021 0.038 0.179 0.365 0.052 0.319 124 A 0.007 0.006 0.055 0.742 0.031 0.087 0.072 125 Y 0.007 0.004 0.047 0.795 0.020 0.084 0.043 126 G 0.003 0.002 0.023 0.911 0.014 0.027 0.020 127 K 0.004 0.001 0.014 0.936 0.010 0.022 0.013 128 T 0.006 0.003 0.015 0.912 0.013 0.029 0.022 129 K 0.001 0.001 0.006 0.968 0.003 0.019 0.003 130 L 0.001 0.001 0.003 0.969 0.006 0.017 0.003 131 E 0.001 0.001 0.004 0.963 0.003 0.018 0.009 132 G 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.002 133 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 134 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 135 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 136 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 137 K 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.009 0.001 138 A 0.001 0.001 0.004 0.902 0.002 0.091 0.001 139 L 0.001 0.001 0.004 0.562 0.013 0.406 0.014 140 N 0.002 0.002 0.003 0.009 0.114 0.146 0.723 141 P 0.007 0.002 0.019 0.004 0.123 0.153 0.693 142 K 0.059 0.001 0.027 0.002 0.600 0.211 0.101 143 Y 0.875 0.002 0.008 0.001 0.010 0.005 0.099 144 Y 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 145 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 147 R 0.935 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.053 148 T 0.748 0.003 0.003 0.001 0.028 0.007 0.210 149 A 0.583 0.005 0.019 0.005 0.100 0.036 0.252 150 W 0.540 0.014 0.046 0.017 0.110 0.069 0.204 151 L 0.364 0.040 0.061 0.029 0.110 0.126 0.270 152 Y 0.230 0.058 0.040 0.022 0.150 0.159 0.340 153 G 0.045 0.021 0.022 0.006 0.370 0.138 0.399 154 D 0.013 0.014 0.029 0.005 0.311 0.295 0.332 155 G 0.005 0.006 0.069 0.020 0.225 0.383 0.292 156 N 0.004 0.005 0.115 0.081 0.257 0.365 0.174 157 N 0.007 0.021 0.103 0.324 0.176 0.240 0.128 158 F 0.013 0.021 0.044 0.677 0.052 0.075 0.119 159 V 0.002 0.001 0.007 0.964 0.005 0.006 0.015 160 K 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.002 0.003 161 T 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.002 0.001 162 M 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.005 0.001 163 I 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 164 N 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.010 0.001 165 L 0.001 0.001 0.009 0.951 0.001 0.032 0.005 166 G 0.003 0.002 0.028 0.794 0.020 0.109 0.044 167 K 0.008 0.005 0.047 0.554 0.023 0.299 0.063 168 T 0.006 0.003 0.037 0.221 0.050 0.636 0.047 169 H 0.007 0.001 0.016 0.013 0.250 0.449 0.263 170 D 0.025 0.004 0.011 0.004 0.311 0.112 0.533 171 E 0.204 0.030 0.021 0.005 0.139 0.080 0.522 172 L 0.512 0.025 0.006 0.003 0.044 0.006 0.404 173 K 0.725 0.017 0.004 0.003 0.016 0.004 0.231 174 V 0.826 0.052 0.004 0.003 0.014 0.004 0.097 175 V 0.594 0.025 0.008 0.005 0.051 0.040 0.278 176 H 0.183 0.011 0.029 0.004 0.231 0.226 0.316 177 D 0.063 0.010 0.047 0.005 0.300 0.313 0.262 178 Q 0.066 0.015 0.068 0.009 0.255 0.291 0.296 179 V 0.161 0.044 0.021 0.005 0.309 0.143 0.316 180 G 0.155 0.050 0.011 0.003 0.340 0.072 0.370 181 T 0.147 0.008 0.004 0.003 0.320 0.030 0.487 182 P 0.263 0.019 0.005 0.005 0.069 0.028 0.611 183 T 0.468 0.080 0.002 0.007 0.092 0.007 0.343 184 S 0.454 0.040 0.005 0.029 0.058 0.007 0.408 185 T 0.019 0.001 0.029 0.897 0.004 0.022 0.027 186 V 0.007 0.001 0.032 0.907 0.011 0.029 0.013 187 D 0.004 0.002 0.023 0.938 0.007 0.008 0.018 188 L 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.002 0.001 189 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 190 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 191 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 192 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 193 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 194 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 195 V 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.015 0.001 196 I 0.001 0.001 0.006 0.938 0.004 0.049 0.003 197 D 0.003 0.002 0.020 0.746 0.011 0.195 0.023 198 E 0.012 0.005 0.061 0.385 0.163 0.167 0.208 199 K 0.010 0.003 0.075 0.140 0.249 0.270 0.252 200 N 0.035 0.011 0.075 0.020 0.224 0.353 0.282 201 Y 0.060 0.011 0.042 0.008 0.274 0.336 0.269 202 G 0.188 0.003 0.018 0.002 0.337 0.203 0.248 203 T 0.765 0.014 0.005 0.002 0.024 0.005 0.186 204 F 0.943 0.013 0.001 0.001 0.004 0.001 0.037 205 H 0.927 0.012 0.003 0.001 0.009 0.002 0.046 206 C 0.672 0.010 0.005 0.001 0.025 0.020 0.267 207 T 0.336 0.019 0.007 0.001 0.140 0.090 0.407 208 C 0.118 0.020 0.005 0.002 0.392 0.080 0.383 209 K 0.032 0.008 0.017 0.005 0.498 0.280 0.160 210 G 0.043 0.011 0.030 0.012 0.330 0.343 0.231 211 I 0.108 0.046 0.016 0.022 0.180 0.107 0.521 212 C 0.178 0.124 0.001 0.017 0.197 0.009 0.474 213 S 0.146 0.079 0.001 0.035 0.100 0.005 0.633 214 W 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.003 0.003 215 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 216 D 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 217 F 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 218 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 219 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 220 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 221 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 222 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 223 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.008 0.001 224 L 0.001 0.001 0.001 0.964 0.001 0.033 0.001 225 T 0.001 0.001 0.003 0.616 0.006 0.368 0.007 226 G 0.001 0.002 0.004 0.020 0.048 0.769 0.157 227 I 0.006 0.004 0.001 0.002 0.089 0.007 0.891 228 D 0.035 0.005 0.004 0.001 0.066 0.011 0.877 229 V 0.169 0.021 0.011 0.004 0.103 0.016 0.676 230 K 0.501 0.014 0.011 0.003 0.050 0.011 0.410 231 V 0.690 0.042 0.002 0.003 0.017 0.002 0.244 232 T 0.583 0.019 0.001 0.001 0.021 0.003 0.373 233 P 0.339 0.025 0.002 0.001 0.051 0.005 0.576 234 C 0.179 0.025 0.002 0.001 0.112 0.013 0.668 235 T 0.115 0.040 0.006 0.001 0.151 0.038 0.649 236 T 0.042 0.029 0.026 0.003 0.149 0.039 0.712 237 E 0.030 0.017 0.095 0.013 0.278 0.212 0.354 238 E 0.028 0.021 0.095 0.015 0.225 0.314 0.301 239 F 0.037 0.055 0.014 0.004 0.320 0.038 0.531 240 P 0.025 0.038 0.012 0.004 0.145 0.051 0.724 241 R 0.022 0.047 0.005 0.003 0.233 0.013 0.676 242 P 0.018 0.015 0.041 0.006 0.071 0.089 0.761 243 A 0.014 0.025 0.123 0.023 0.111 0.293 0.412 244 K 0.024 0.028 0.133 0.046 0.185 0.293 0.291 245 R 0.018 0.010 0.005 0.004 0.369 0.007 0.588 246 P 0.031 0.012 0.054 0.044 0.083 0.188 0.587 247 K 0.108 0.023 0.083 0.071 0.208 0.259 0.248 248 Y 0.284 0.028 0.079 0.094 0.088 0.079 0.349 249 S 0.531 0.021 0.030 0.097 0.061 0.032 0.229 250 V 0.572 0.023 0.025 0.159 0.060 0.036 0.124 251 L 0.422 0.051 0.018 0.152 0.054 0.036 0.269 252 R 0.140 0.010 0.016 0.203 0.069 0.040 0.522 253 N 0.024 0.002 0.054 0.713 0.050 0.067 0.090 254 Y 0.015 0.001 0.028 0.849 0.020 0.060 0.027 255 M 0.013 0.003 0.036 0.861 0.010 0.052 0.024 256 L 0.043 0.007 0.034 0.813 0.019 0.043 0.041 257 E 0.069 0.010 0.039 0.749 0.020 0.033 0.080 258 L 0.018 0.002 0.075 0.761 0.016 0.094 0.034 259 T 0.007 0.002 0.039 0.641 0.018 0.251 0.041 260 T 0.010 0.004 0.083 0.290 0.059 0.411 0.143 261 G 0.013 0.003 0.039 0.066 0.179 0.488 0.212 262 D 0.055 0.028 0.040 0.023 0.260 0.118 0.474 263 I 0.077 0.055 0.019 0.014 0.389 0.035 0.411 264 T 0.056 0.037 0.018 0.016 0.137 0.026 0.710 265 R 0.034 0.039 0.008 0.044 0.321 0.018 0.537 266 E 0.029 0.063 0.010 0.051 0.087 0.013 0.746 267 W 0.001 0.001 0.026 0.961 0.001 0.004 0.007 268 K 0.001 0.001 0.014 0.983 0.001 0.002 0.001 269 E 0.001 0.001 0.009 0.989 0.001 0.001 0.001 270 S 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.002 0.001 271 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 272 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 273 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 274 Y 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.012 0.002 275 I 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.008 0.001 276 D 0.001 0.001 0.006 0.967 0.001 0.025 0.002 277 L 0.001 0.001 0.012 0.908 0.005 0.063 0.012 278 L 0.001 0.002 0.016 0.787 0.023 0.139 0.031 279 Q 0.004 0.006 0.022 0.558 0.024 0.272 0.114 280 M 0.004 0.001 0.012 0.204 0.065 0.065 0.650