# TARGET T0225 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0225.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2174 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.318 0.283 0.204 0.089 0.019 0.002 2 K 0.008 0.043 0.158 0.377 0.316 0.090 0.008 3 I 0.001 0.001 0.002 0.016 0.114 0.635 0.232 4 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.320 0.652 5 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.097 0.894 6 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.075 0.920 7 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.161 0.816 8 A 0.001 0.001 0.003 0.012 0.051 0.246 0.688 9 N 0.001 0.002 0.007 0.026 0.096 0.315 0.553 10 G 0.002 0.010 0.034 0.092 0.196 0.360 0.306 11 Q 0.002 0.010 0.035 0.089 0.210 0.364 0.291 12 L 0.001 0.003 0.008 0.029 0.107 0.418 0.434 13 G 0.001 0.002 0.004 0.015 0.073 0.396 0.510 14 R 0.002 0.019 0.097 0.299 0.345 0.211 0.028 15 E 0.001 0.016 0.094 0.251 0.386 0.218 0.034 16 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.044 0.545 0.406 17 Q 0.001 0.003 0.015 0.113 0.382 0.446 0.040 18 K 0.010 0.206 0.384 0.263 0.104 0.029 0.004 19 Q 0.001 0.030 0.180 0.458 0.269 0.060 0.002 20 L 0.001 0.002 0.013 0.117 0.489 0.364 0.012 21 K 0.024 0.268 0.430 0.229 0.046 0.002 0.001 22 G 0.572 0.356 0.063 0.008 0.001 0.001 0.001 23 K 0.261 0.393 0.272 0.067 0.006 0.001 0.001 24 N 0.652 0.287 0.051 0.009 0.001 0.001 0.001 25 V 0.030 0.082 0.238 0.393 0.232 0.025 0.001 26 E 0.085 0.264 0.336 0.212 0.080 0.021 0.001 27 V 0.013 0.029 0.055 0.144 0.326 0.386 0.047 28 I 0.013 0.045 0.090 0.188 0.305 0.298 0.061 29 P 0.015 0.044 0.082 0.163 0.248 0.314 0.135 30 T 0.021 0.041 0.071 0.163 0.272 0.316 0.115 31 D 0.050 0.143 0.200 0.232 0.197 0.138 0.039 32 V 0.036 0.080 0.137 0.219 0.259 0.198 0.071 33 Q 0.075 0.148 0.186 0.212 0.204 0.142 0.033 34 D 0.106 0.222 0.239 0.209 0.134 0.069 0.022 35 L 0.019 0.050 0.102 0.203 0.290 0.278 0.057 36 D 0.017 0.101 0.225 0.271 0.222 0.138 0.025 37 I 0.012 0.016 0.030 0.099 0.272 0.455 0.116 38 T 0.028 0.116 0.201 0.277 0.236 0.118 0.025 39 N 0.050 0.161 0.209 0.236 0.193 0.123 0.028 40 V 0.032 0.157 0.273 0.283 0.160 0.080 0.014 41 L 0.154 0.366 0.255 0.134 0.066 0.021 0.003 42 A 0.021 0.136 0.279 0.281 0.200 0.074 0.008 43 V 0.003 0.005 0.014 0.094 0.363 0.465 0.056 44 N 0.017 0.168 0.358 0.329 0.106 0.021 0.001 45 K 0.053 0.512 0.322 0.097 0.015 0.002 0.001 46 F 0.001 0.012 0.072 0.322 0.440 0.147 0.005 47 F 0.002 0.011 0.069 0.321 0.492 0.102 0.003 48 N 0.220 0.575 0.175 0.027 0.003 0.001 0.001 49 E 0.338 0.447 0.164 0.045 0.006 0.001 0.001 50 K 0.012 0.118 0.369 0.356 0.132 0.013 0.001 51 K 0.048 0.348 0.364 0.192 0.044 0.005 0.001 52 P 0.001 0.005 0.027 0.148 0.465 0.333 0.023 53 N 0.002 0.022 0.080 0.238 0.390 0.234 0.033 54 V 0.001 0.001 0.002 0.018 0.112 0.563 0.304 55 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.183 0.807 56 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.104 0.888 57 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.072 0.921 58 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.107 0.886 59 A 0.001 0.001 0.001 0.007 0.039 0.233 0.721 60 A 0.001 0.001 0.004 0.021 0.089 0.348 0.537 61 H 0.002 0.013 0.039 0.121 0.243 0.388 0.193 62 T 0.011 0.052 0.105 0.185 0.253 0.287 0.108 63 A 0.018 0.049 0.091 0.175 0.259 0.306 0.102 64 V 0.049 0.073 0.115 0.196 0.245 0.253 0.069 65 D 0.185 0.259 0.214 0.173 0.098 0.055 0.015 66 K 0.181 0.254 0.220 0.181 0.101 0.049 0.012 67 C 0.083 0.094 0.139 0.250 0.276 0.139 0.018 68 E 0.185 0.271 0.246 0.170 0.087 0.034 0.007 69 E 0.336 0.336 0.172 0.089 0.043 0.019 0.005 70 Q 0.087 0.226 0.261 0.225 0.135 0.056 0.010 71 Y 0.044 0.085 0.164 0.289 0.263 0.129 0.026 72 D 0.199 0.331 0.226 0.135 0.067 0.035 0.008 73 L 0.044 0.118 0.221 0.277 0.215 0.106 0.019 74 A 0.018 0.026 0.041 0.101 0.230 0.419 0.166 75 Y 0.010 0.026 0.053 0.139 0.257 0.357 0.158 76 K 0.021 0.097 0.189 0.243 0.209 0.176 0.065 77 I 0.008 0.020 0.047 0.118 0.237 0.372 0.197 78 N 0.003 0.008 0.019 0.049 0.145 0.403 0.371 79 A 0.007 0.021 0.040 0.076 0.157 0.363 0.337 80 I 0.004 0.021 0.063 0.158 0.286 0.301 0.166 81 G 0.001 0.003 0.011 0.044 0.162 0.445 0.335 82 P 0.001 0.001 0.002 0.009 0.067 0.434 0.487 83 K 0.001 0.008 0.055 0.247 0.396 0.253 0.039 84 N 0.001 0.009 0.051 0.163 0.371 0.308 0.099 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.189 0.803 86 A 0.001 0.001 0.002 0.021 0.134 0.533 0.309 87 A 0.001 0.026 0.180 0.373 0.266 0.111 0.044 88 A 0.001 0.001 0.014 0.120 0.358 0.450 0.056 89 A 0.001 0.001 0.001 0.013 0.158 0.615 0.213 90 Y 0.002 0.062 0.251 0.409 0.235 0.039 0.002 91 S 0.071 0.410 0.315 0.150 0.046 0.008 0.001 92 V 0.004 0.059 0.275 0.426 0.204 0.031 0.001 93 G 0.076 0.483 0.311 0.107 0.020 0.003 0.001 94 A 0.001 0.009 0.042 0.198 0.481 0.252 0.017 95 E 0.002 0.012 0.063 0.224 0.397 0.266 0.037 96 I 0.001 0.001 0.002 0.010 0.061 0.458 0.468 97 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.158 0.831 98 Q 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.116 0.865 99 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.093 0.897 100 S 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.192 0.779 101 T 0.001 0.001 0.003 0.013 0.062 0.343 0.579 102 D 0.001 0.004 0.017 0.063 0.187 0.377 0.352 103 Y 0.003 0.014 0.035 0.082 0.189 0.438 0.239 104 V 0.003 0.012 0.032 0.098 0.262 0.443 0.151 105 F 0.010 0.025 0.064 0.183 0.340 0.321 0.058 106 D 0.085 0.225 0.267 0.242 0.132 0.043 0.005 107 G 0.255 0.319 0.227 0.144 0.046 0.009 0.001 108 E 0.591 0.262 0.098 0.038 0.009 0.002 0.001 109 A 0.615 0.216 0.097 0.050 0.018 0.004 0.001 110 K 0.529 0.244 0.129 0.066 0.026 0.007 0.001 111 E 0.255 0.310 0.236 0.134 0.052 0.012 0.001 112 P 0.095 0.174 0.226 0.242 0.175 0.079 0.009 113 I 0.044 0.092 0.163 0.274 0.268 0.142 0.017 114 T 0.108 0.237 0.253 0.205 0.124 0.058 0.013 115 E 0.051 0.086 0.152 0.282 0.282 0.128 0.018 116 F 0.256 0.289 0.214 0.133 0.068 0.031 0.008 117 D 0.214 0.272 0.241 0.171 0.071 0.026 0.005 118 E 0.419 0.281 0.142 0.089 0.045 0.021 0.004 119 V 0.117 0.123 0.170 0.237 0.217 0.117 0.020 120 N 0.174 0.228 0.213 0.182 0.115 0.070 0.018 121 P 0.119 0.126 0.145 0.194 0.193 0.163 0.059 122 Q 0.143 0.185 0.192 0.195 0.155 0.093 0.036 123 S 0.084 0.155 0.212 0.205 0.163 0.125 0.056 124 A 0.046 0.072 0.103 0.164 0.226 0.268 0.121 125 Y 0.022 0.035 0.062 0.122 0.217 0.327 0.215 126 G 0.014 0.031 0.058 0.133 0.210 0.333 0.220 127 K 0.012 0.053 0.121 0.209 0.255 0.238 0.113 128 T 0.002 0.007 0.021 0.075 0.202 0.445 0.247 129 K 0.002 0.006 0.011 0.030 0.096 0.373 0.482 130 L 0.005 0.026 0.074 0.184 0.274 0.348 0.089 131 E 0.003 0.031 0.138 0.305 0.335 0.148 0.040 132 G 0.001 0.001 0.002 0.010 0.067 0.452 0.468 133 E 0.001 0.009 0.027 0.135 0.331 0.401 0.095 134 N 0.013 0.166 0.300 0.264 0.153 0.085 0.018 135 F 0.001 0.016 0.109 0.332 0.363 0.164 0.014 136 V 0.001 0.002 0.008 0.053 0.284 0.553 0.100 137 K 0.012 0.135 0.300 0.351 0.169 0.032 0.002 138 A 0.125 0.390 0.276 0.141 0.053 0.013 0.001 139 L 0.012 0.081 0.266 0.380 0.217 0.041 0.002 140 N 0.170 0.427 0.255 0.116 0.026 0.004 0.001 141 P 0.026 0.113 0.193 0.304 0.281 0.077 0.005 142 K 0.016 0.130 0.283 0.317 0.182 0.063 0.009 143 Y 0.001 0.001 0.008 0.056 0.253 0.554 0.127 144 Y 0.001 0.001 0.003 0.017 0.112 0.470 0.397 145 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.190 0.790 146 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.091 0.902 147 R 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.126 0.854 148 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.123 0.863 149 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.200 0.773 150 W 0.001 0.001 0.003 0.015 0.068 0.308 0.605 151 L 0.001 0.002 0.004 0.014 0.080 0.397 0.503 152 Y 0.001 0.007 0.014 0.048 0.172 0.473 0.284 153 G 0.003 0.015 0.045 0.150 0.350 0.351 0.086 154 D 0.030 0.168 0.289 0.292 0.152 0.056 0.013 155 G 0.107 0.280 0.278 0.227 0.085 0.020 0.003 156 N 0.124 0.323 0.303 0.169 0.064 0.015 0.002 157 N 0.069 0.248 0.312 0.218 0.119 0.031 0.004 158 F 0.001 0.006 0.030 0.131 0.383 0.406 0.044 159 V 0.001 0.004 0.017 0.087 0.307 0.504 0.080 160 K 0.007 0.115 0.324 0.342 0.156 0.052 0.004 161 T 0.004 0.035 0.160 0.338 0.320 0.135 0.009 162 M 0.001 0.002 0.004 0.017 0.125 0.677 0.176 163 I 0.003 0.010 0.047 0.211 0.420 0.289 0.020 164 N 0.033 0.289 0.352 0.215 0.086 0.023 0.003 165 L 0.012 0.092 0.212 0.343 0.244 0.090 0.007 166 G 0.006 0.032 0.095 0.259 0.389 0.212 0.008 167 K 0.134 0.312 0.283 0.193 0.068 0.010 0.001 168 T 0.680 0.244 0.058 0.015 0.003 0.001 0.001 169 H 0.541 0.323 0.110 0.023 0.003 0.001 0.001 170 D 0.462 0.379 0.124 0.030 0.004 0.001 0.001 171 E 0.148 0.421 0.297 0.112 0.020 0.002 0.001 172 L 0.010 0.030 0.109 0.322 0.414 0.112 0.003 173 K 0.029 0.184 0.337 0.328 0.104 0.017 0.001 174 V 0.012 0.027 0.052 0.148 0.326 0.388 0.046 175 V 0.029 0.108 0.200 0.308 0.244 0.098 0.014 176 H 0.087 0.225 0.281 0.237 0.116 0.045 0.009 177 D 0.206 0.259 0.208 0.170 0.099 0.048 0.011 178 Q 0.146 0.193 0.217 0.205 0.151 0.073 0.015 179 V 0.109 0.192 0.228 0.206 0.143 0.092 0.029 180 G 0.045 0.089 0.129 0.202 0.239 0.216 0.079 181 T 0.029 0.081 0.126 0.188 0.217 0.243 0.116 182 P 0.012 0.042 0.086 0.158 0.232 0.304 0.167 183 T 0.004 0.013 0.037 0.099 0.237 0.405 0.205 184 S 0.002 0.009 0.037 0.114 0.238 0.385 0.216 185 T 0.001 0.002 0.004 0.015 0.083 0.430 0.465 186 V 0.002 0.019 0.064 0.197 0.354 0.289 0.077 187 D 0.001 0.007 0.042 0.150 0.284 0.361 0.154 188 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.183 0.797 189 A 0.001 0.001 0.001 0.008 0.063 0.405 0.523 190 R 0.001 0.002 0.028 0.159 0.332 0.296 0.183 191 V 0.001 0.001 0.001 0.010 0.076 0.529 0.384 192 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.180 0.814 193 L 0.001 0.001 0.013 0.082 0.286 0.472 0.145 194 K 0.001 0.013 0.112 0.358 0.357 0.133 0.024 195 V 0.001 0.002 0.008 0.055 0.260 0.572 0.103 196 I 0.001 0.006 0.023 0.139 0.452 0.355 0.025 197 D 0.049 0.316 0.373 0.200 0.055 0.006 0.001 198 E 0.261 0.457 0.210 0.062 0.009 0.001 0.001 199 K 0.368 0.339 0.181 0.087 0.021 0.003 0.001 200 N 0.480 0.325 0.133 0.049 0.012 0.001 0.001 201 Y 0.216 0.240 0.250 0.198 0.081 0.013 0.001 202 G 0.159 0.256 0.244 0.195 0.105 0.037 0.004 203 T 0.034 0.107 0.194 0.264 0.237 0.141 0.024 204 F 0.006 0.016 0.037 0.105 0.265 0.423 0.147 205 H 0.010 0.036 0.075 0.164 0.256 0.303 0.156 206 C 0.007 0.016 0.026 0.074 0.188 0.421 0.268 207 T 0.017 0.048 0.085 0.184 0.274 0.275 0.118 208 C 0.040 0.103 0.201 0.290 0.224 0.115 0.028 209 K 0.248 0.352 0.222 0.114 0.044 0.015 0.006 210 G 0.176 0.281 0.244 0.177 0.085 0.031 0.006 211 I 0.059 0.196 0.249 0.225 0.168 0.088 0.016 212 C 0.014 0.037 0.085 0.169 0.296 0.311 0.087 213 S 0.005 0.036 0.106 0.198 0.255 0.304 0.095 214 W 0.002 0.005 0.010 0.050 0.191 0.503 0.240 215 Y 0.006 0.056 0.177 0.316 0.274 0.145 0.026 216 D 0.008 0.075 0.230 0.313 0.241 0.111 0.022 217 F 0.001 0.002 0.005 0.017 0.097 0.507 0.372 218 A 0.001 0.002 0.006 0.044 0.211 0.546 0.189 219 V 0.003 0.065 0.274 0.394 0.187 0.069 0.009 220 E 0.001 0.010 0.073 0.317 0.413 0.174 0.011 221 I 0.001 0.001 0.002 0.009 0.084 0.624 0.279 222 F 0.002 0.017 0.084 0.290 0.415 0.183 0.009 223 R 0.035 0.278 0.333 0.219 0.101 0.030 0.004 224 L 0.014 0.057 0.154 0.339 0.301 0.124 0.012 225 T 0.014 0.043 0.112 0.274 0.348 0.190 0.020 226 G 0.255 0.346 0.198 0.114 0.061 0.023 0.003 227 I 0.178 0.263 0.272 0.196 0.076 0.014 0.001 228 D 0.342 0.440 0.150 0.050 0.013 0.004 0.001 229 V 0.025 0.059 0.171 0.335 0.295 0.108 0.008 230 K 0.115 0.325 0.291 0.162 0.074 0.028 0.004 231 V 0.027 0.045 0.111 0.270 0.356 0.176 0.016 232 T 0.068 0.158 0.219 0.272 0.199 0.077 0.007 233 P 0.066 0.188 0.260 0.242 0.159 0.077 0.009 234 C 0.068 0.117 0.190 0.288 0.241 0.090 0.006 235 T 0.301 0.270 0.210 0.137 0.060 0.019 0.002 236 T 0.487 0.256 0.141 0.080 0.029 0.007 0.001 237 E 0.633 0.242 0.082 0.031 0.010 0.002 0.001 238 E 0.546 0.257 0.121 0.056 0.017 0.003 0.001 239 F 0.180 0.211 0.251 0.232 0.103 0.022 0.001 240 P 0.547 0.303 0.100 0.036 0.011 0.003 0.001 241 R 0.254 0.263 0.230 0.171 0.067 0.014 0.001 242 P 0.247 0.253 0.214 0.176 0.082 0.027 0.002 243 A 0.451 0.271 0.140 0.085 0.040 0.011 0.002 244 K 0.393 0.292 0.182 0.088 0.033 0.011 0.002 245 R 0.198 0.228 0.203 0.201 0.121 0.044 0.004 246 P 0.193 0.208 0.208 0.196 0.127 0.057 0.010 247 K 0.206 0.255 0.230 0.172 0.089 0.039 0.009 248 Y 0.093 0.112 0.150 0.213 0.217 0.172 0.043 249 S 0.052 0.063 0.092 0.168 0.249 0.282 0.095 250 V 0.065 0.099 0.135 0.185 0.204 0.222 0.091 251 L 0.047 0.051 0.074 0.132 0.193 0.309 0.195 252 R 0.048 0.072 0.089 0.135 0.186 0.285 0.184 253 N 0.061 0.091 0.135 0.179 0.199 0.209 0.126 254 Y 0.141 0.184 0.180 0.193 0.156 0.108 0.037 255 M 0.063 0.107 0.154 0.212 0.226 0.187 0.050 256 L 0.076 0.061 0.083 0.191 0.315 0.242 0.032 257 E 0.164 0.296 0.270 0.178 0.073 0.018 0.002 258 L 0.271 0.306 0.215 0.131 0.055 0.019 0.002 259 T 0.114 0.254 0.276 0.204 0.107 0.041 0.004 260 T 0.093 0.101 0.175 0.276 0.255 0.093 0.005 261 G 0.422 0.289 0.154 0.084 0.037 0.011 0.002 262 D 0.198 0.195 0.215 0.206 0.135 0.046 0.004 263 I 0.206 0.354 0.250 0.134 0.047 0.010 0.001 264 T 0.088 0.183 0.267 0.277 0.150 0.034 0.002 265 R 0.585 0.281 0.092 0.029 0.010 0.003 0.001 266 E 0.525 0.312 0.109 0.042 0.010 0.002 0.001 267 W 0.075 0.086 0.153 0.358 0.260 0.065 0.003 268 K 0.187 0.387 0.270 0.116 0.033 0.007 0.001 269 E 0.267 0.471 0.195 0.053 0.012 0.002 0.001 270 S 0.022 0.060 0.159 0.328 0.315 0.110 0.006 271 L 0.014 0.027 0.072 0.231 0.412 0.229 0.014 272 K 0.158 0.395 0.307 0.117 0.021 0.003 0.001 273 E 0.164 0.356 0.310 0.140 0.027 0.003 0.001 274 Y 0.070 0.058 0.083 0.191 0.345 0.244 0.009 275 I 0.088 0.105 0.181 0.313 0.249 0.062 0.001 276 D 0.306 0.443 0.182 0.056 0.011 0.002 0.001 277 L 0.198 0.208 0.241 0.238 0.095 0.019 0.001 278 L 0.152 0.135 0.168 0.240 0.214 0.086 0.005 279 Q 0.578 0.259 0.105 0.044 0.012 0.002 0.001 280 M 0.716 0.192 0.065 0.021 0.006 0.001 0.001