PFRMAT RR TARGET T0225 AUTHOR 4204-4258-2837 REMARK From group SAM-TO4-hand under the direction of REMARK Kevin Karplus. REMARK Project by George Shackelford and Kevin Karplus REMARK The value given is an approximation of the probability REMARK as provided by the neural network. REMARK The predictions are limited to a score >= .18 which REMARK is an approximation of the probability. REMARK METHOD The predictor is an artificial neural network METHOD using 280 inputs. METHOD Input includes separation and sequence length, corrected METHOD mutual information between columns (M. Cline) and METHOD an e-value measure of correlation between columns (K Karplus) METHOD NN: NN280-240n300.net.28 METHOD Other inputs are from alignments and METHOD secondary predictions from SAM-t2k and SAM-t04 of METHOD University of California, Santa Cruz MODEL 1 MKILITGANGQLGREIQKQLKGKNVEVIPTDVQDLDITNVLAVNKFFNEK KPNVVINCAAHTAVDKCEEQYDLAYKINAIGPKNLAAAAYSVGAEIVQIS TDYVFDGEAKEPITEFDEVNPQSAYGKTKLEGENFVKALNPKYYIVRTAW LYGDGNNFVKTMINLGKTHDELKVVHDQVGTPTSTVDLARVVLKVIDEKN YGTFHCTCKGICSWYDFAVEIFRLTGIDVKVTPCTTEEFPRPAKRPKYSV LRNYMLELTTGDITREWKESLKEYIDLLQM 6 57 0 8 0.8143 2 26 0 8 0.7837 56 196 0 8 0.77605 8 29 0 8 0.7667 96 132 0 8 0.7599 3 25 0 8 0.7548 5 17 0 8 0.73865 58 99 0 8 0.73525 147 204 0 8 0.7293 5 56 0 8 0.72675 146 195 0 8 0.7174 6 59 0 8 0.7072 124 262 0 8 0.69615 2 25 0 8 0.69615 55 94 0 8 0.6817 58 192 0 8 0.6766 57 96 0 8 0.6681 8 17 0 8 0.6681 101 132 0 8 0.6647 194 264 0 8 0.65025 16 56 0 8 0.64685 54 196 0 8 0.6375 86 205 0 8 0.6256 5 27 0 8 0.6239 105 126 0 8 0.61965 99 192 0 8 0.6154 101 129 0 8 0.6137 184 270 0 8 0.60775 1 25 0 8 0.60775 37 81 0 8 0.6052 98 145 0 8 0.60095 89 188 0 8 0.59075 58 98 0 8 0.5865 6 82 0 8 0.58395 5 57 0 8 0.5797 6 37 0 8 0.57035 100 133 0 8 0.5661 57 195 0 8 0.56355 100 132 0 8 0.56185 3 56 0 8 0.55675 152 270 0 8 0.54315 96 143 0 8 0.54315 86 113 0 8 0.5355 57 82 0 8 0.53125 194 262 0 8 0.5236 57 98 0 8 0.5219 132 145 0 8 0.5066 86 132 0 8 0.50405 19 190 0 8 0.50405 54 195 0 8 0.50235 105 207 0 8 0.4998 99 193 0 8 0.49725 5 58 0 8 0.49725 97 144 0 8 0.49215 99 191 0 8 0.48705 86 96 0 8 0.48195 17 27 0 8 0.4794 14 71 0 8 0.47685 152 271 0 8 0.4743 10 37 0 8 0.4743 8 28 0 8 0.4743 57 192 0 8 0.4692 13 43 0 8 0.4692 205 218 0 8 0.46665 105 203 0 8 0.46155 56 195 0 8 0.46155 56 97 0 8 0.46155 148 192 0 8 0.459 191 262 0 8 0.4488 105 205 0 8 0.4488 103 262 0 8 0.4488 46 81 0 8 0.44625 28 50 0 8 0.44625 74 267 0 8 0.44115 46 82 0 8 0.44115 17 29 0 8 0.43945 58 89 0 8 0.4369 113 267 0 8 0.43435 16 58 0 8 0.43435 192 270 0 8 0.4318 97 145 0 8 0.4318 56 98 0 8 0.4318 192 205 0 8 0.42075 162 217 0 8 0.42075 105 204 0 8 0.42075 82 132 0 8 0.42075 78 128 0 8 0.42075 132 146 0 8 0.41565 104 205 0 8 0.41565 195 256 0 8 0.4131 115 255 0 8 0.4131 185 270 0 8 0.40885 129 174 0 8 0.40885 56 96 0 8 0.40885 8 30 0 8 0.40375 90 139 0 8 0.4012 13 60 0 8 0.4012 166 221 0 8 0.3961 141 262 0 8 0.3961 97 146 0 8 0.39355 147 203 0 8 0.391 191 256 0 8 0.38845 148 191 0 8 0.38845 57 158 0 8 0.38845 98 133 0 8 0.3859 185 274 0 8 0.38335 104 214 0 8 0.38335 192 251 0 8 0.3808 19 193 0 8 0.3808 211 262 0 8 0.37825 192 225 0 8 0.37825 147 195 0 8 0.37825 56 132 0 8 0.3757 136 195 0 8 0.37315 86 136 0 8 0.3706 27 82 0 8 0.3706 118 226 0 8 0.36805 186 270 0 8 0.3655 183 274 0 8 0.3655 94 113 0 8 0.3655 85 96 0 8 0.36295 5 16 0 8 0.36295 191 206 0 8 0.3604 99 132 0 8 0.3604 98 192 0 8 0.3604 20 193 0 8 0.3604 97 128 0 8 0.35785 145 195 0 8 0.3553 113 262 0 8 0.3553 97 133 0 8 0.35275 60 78 0 8 0.35275 54 136 0 8 0.3502 152 184 0 8 0.34765 113 215 0 8 0.34765 85 217 0 8 0.34765 47 89 0 8 0.34765 187 215 0 8 0.34595 183 214 0 8 0.34595 180 267 0 8 0.34595 74 132 0 8 0.34595 153 270 0 8 0.3434 146 203 0 8 0.3434 89 192 0 8 0.3434 74 218 0 8 0.3434 74 262 0 8 0.34085 141 267 0 8 0.3383 56 192 0 8 0.33575 4 147 0 8 0.3332 99 145 0 8 0.33065 60 174 0 8 0.33065 56 99 0 8 0.33065 6 136 0 8 0.33065 225 270 0 8 0.3281 172 214 0 8 0.3281 4 25 0 8 0.3281 181 208 0 8 0.3264 133 146 0 8 0.3264 132 267 0 8 0.3264 25 54 0 8 0.3264 3 146 0 8 0.3264 162 214 0 8 0.32385 57 79 0 8 0.32385 56 183 0 8 0.32385 132 253 0 8 0.3213 98 191 0 8 0.3213 98 188 0 8 0.3213 97 183 0 8 0.3213 12 185 0 8 0.3213 90 141 0 8 0.31875 16 29 0 8 0.31875 206 256 0 8 0.3162 192 206 0 8 0.3162 104 126 0 8 0.3162 89 278 0 8 0.3162 79 141 0 8 0.3162 57 99 0 8 0.3162 13 78 0 8 0.3162 97 136 0 8 0.3145 94 218 0 8 0.3145 68 270 0 8 0.3145 44 91 0 8 0.3145 205 264 0 8 0.31195 99 148 0 8 0.31195 86 222 0 8 0.31195 182 231 0 8 0.3094 98 136 0 8 0.3094 78 101 0 8 0.30685 74 192 0 8 0.30685 159 221 0 8 0.3043 136 221 0 8 0.3043 99 146 0 8 0.3043 78 129 0 8 0.3043 16 27 0 8 0.3043 9 29 0 8 0.3043 224 271 0 8 0.3026 204 264 0 8 0.3026 135 150 0 8 0.3026 96 214 0 8 0.3026 86 141 0 8 0.3026 57 132 0 8 0.3026 20 191 0 8 0.3026 17 30 0 8 0.3026 184 274 0 8 0.30005 94 188 0 8 0.30005 253 264 0 8 0.2975 86 267 0 8 0.2975 71 264 0 8 0.2975 57 141 0 8 0.2975 37 85 0 8 0.2975 27 141 0 8 0.2975 251 267 0 8 0.29495 100 192 0 8 0.29495 98 185 0 8 0.29325 77 128 0 8 0.29325 57 86 0 8 0.29325 56 95 0 8 0.29325 105 180 0 8 0.2907 89 225 0 8 0.2907 98 146 0 8 0.28815 89 195 0 8 0.28815 81 147 0 8 0.28815 43 89 0 8 0.28815 212 267 0 8 0.28645 204 262 0 8 0.28645 130 203 0 8 0.28645 59 193 0 8 0.28645 58 96 0 8 0.28645 245 262 0 8 0.2839 138 168 0 8 0.2839 98 251 0 8 0.2839 96 151 0 8 0.2839 16 221 0 8 0.2839 174 267 0 8 0.28135 103 148 0 8 0.28135 46 88 0 8 0.28135 146 204 0 8 0.27965 101 128 0 8 0.27965 58 191 0 8 0.27965 6 225 0 8 0.27965 6 30 0 8 0.27965 205 262 0 8 0.2771 86 192 0 8 0.2771 60 203 0 8 0.2771 94 195 0 8 0.27455 88 189 0 8 0.27455 85 204 0 8 0.27455 174 214 0 8 0.27285 147 162 0 8 0.27285 79 267 0 8 0.27285 56 89 0 8 0.27285 3 151 0 8 0.27285 217 267 0 8 0.2703 180 207 0 8 0.2703 154 199 0 8 0.2703 152 185 0 8 0.2703 78 264 0 8 0.2703 54 113 0 8 0.2703 13 136 0 8 0.2703 4 152 0 8 0.2703 153 185 0 8 0.2686 117 205 0 8 0.2686 113 270 0 8 0.2686 82 214 0 8 0.2686 77 204 0 8 0.2686 56 81 0 8 0.2686 205 231 0 8 0.26605 105 182 0 8 0.26605 94 192 0 8 0.26605 78 126 0 8 0.26605 78 94 0 8 0.26605 74 89 0 8 0.26605 150 205 0 8 0.2635 78 205 0 8 0.2635 18 194 0 8 0.2635 204 259 0 8 0.2618 190 262 0 8 0.2618 78 174 0 8 0.2618 28 92 0 8 0.2618 16 192 0 8 0.2618 174 218 0 8 0.25925 151 270 0 8 0.25925 97 192 0 8 0.25925 78 130 0 8 0.25925 55 74 0 8 0.25925 16 89 0 8 0.25925 148 162 0 8 0.25755 143 262 0 8 0.25755 113 203 0 8 0.25755 98 132 0 8 0.25755 85 146 0 8 0.25755 82 141 0 8 0.25755 82 94 0 8 0.25755 78 204 0 8 0.25755 67 132 0 8 0.25755 18 155 0 8 0.25755 146 192 0 8 0.255 133 145 0 8 0.255 56 82 0 8 0.255 27 191 0 8 0.255 12 113 0 8 0.255 191 271 0 8 0.2533 180 205 0 8 0.2533 150 182 0 8 0.2533 100 144 0 8 0.2533 86 214 0 8 0.2533 58 86 0 8 0.2533 12 94 0 8 0.2533 5 185 0 8 0.2533 4 50 0 8 0.2533 125 152 0 8 0.25075 105 195 0 8 0.25075 96 136 0 8 0.25075 27 74 0 8 0.25075 229 270 0 8 0.24905 225 271 0 8 0.24905 218 231 0 8 0.24905 186 273 0 8 0.24905 148 188 0 8 0.24905 145 225 0 8 0.24905 78 148 0 8 0.24905 57 153 0 8 0.24905 19 194 0 8 0.24905 6 96 0 8 0.24905 147 192 0 8 0.2465 113 126 0 8 0.2465 96 129 0 8 0.2465 88 184 0 8 0.2465 58 148 0 8 0.2465 58 74 0 8 0.2465 57 188 0 8 0.2465 6 77 0 8 0.2465 59 78 0 8 0.2448 58 126 0 8 0.2448 47 82 0 8 0.2448 9 270 0 8 0.2448 5 105 0 8 0.2448 151 229 0 8 0.24225 151 214 0 8 0.24225 148 193 0 8 0.24225 29 74 0 8 0.24225 206 251 0 8 0.24055 192 271 0 8 0.24055 178 270 0 8 0.24055 101 130 0 8 0.24055 74 94 0 8 0.24055 9 77 0 8 0.24055 182 267 0 8 0.238 104 207 0 8 0.238 98 144 0 8 0.238 60 172 0 8 0.238 6 143 0 8 0.238 4 96 0 8 0.238 262 277 0 8 0.2363 187 262 0 8 0.2363 183 270 0 8 0.2363 162 270 0 8 0.2363 99 141 0 8 0.2363 95 135 0 8 0.2363 77 105 0 8 0.2363 43 192 0 8 0.2363 191 205 0 8 0.2346 151 205 0 8 0.2346 97 148 0 8 0.2346 86 183 0 8 0.2346 56 278 0 8 0.2346 29 278 0 8 0.2346 28 49 0 8 0.2346 15 71 0 8 0.2346 13 77 0 8 0.2346 4 77 0 8 0.2346 205 256 0 8 0.23205 133 147 0 8 0.23205 129 182 0 8 0.23205 59 81 0 8 0.23205 25 136 0 8 0.23205 143 201 0 8 0.23035 101 143 0 8 0.23035 58 218 0 8 0.23035 5 217 0 8 0.23035 4 74 0 8 0.23035 3 97 0 8 0.23035 185 267 0 8 0.2278 180 189 0 8 0.2278 151 221 0 8 0.2278 146 205 0 8 0.2278 94 148 0 8 0.2278 86 139 0 8 0.2278 77 203 0 8 0.2278 60 146 0 8 0.2278 29 56 0 8 0.2278 163 225 0 8 0.2261 153 184 0 8 0.2261 128 182 0 8 0.2261 101 192 0 8 0.2261 58 214 0 8 0.2261 57 174 0 8 0.2261 57 81 0 8 0.2261 43 136 0 8 0.2261 13 225 0 8 0.2261 3 188 0 8 0.2261 97 195 0 8 0.2244 97 147 0 8 0.2244 17 274 0 8 0.2244 217 275 0 8 0.22185 214 231 0 8 0.22185 126 231 0 8 0.22185 115 256 0 8 0.22185 105 149 0 8 0.22185 102 180 0 8 0.22185 102 128 0 8 0.22185 98 193 0 8 0.22185 77 229 0 8 0.22185 58 82 0 8 0.22185 56 146 0 8 0.22185 29 58 0 8 0.22185 27 149 0 8 0.22185 21 103 0 8 0.22185 12 225 0 8 0.22185 79 195 0 8 0.22015 78 136 0 8 0.22015 206 218 0 8 0.21845 135 151 0 8 0.21845 100 191 0 8 0.21845 74 86 0 8 0.21845 67 214 0 8 0.21845 57 267 0 8 0.21845 221 278 0 8 0.21675 192 203 0 8 0.21675 132 141 0 8 0.21675 96 141 0 8 0.21675 84 95 0 8 0.21675 77 199 0 8 0.21675 47 132 0 8 0.21675 30 174 0 8 0.21675 9 86 0 8 0.21675 249 267 0 8 0.2142 203 256 0 8 0.2142 188 229 0 8 0.2142 182 207 0 8 0.2142 132 188 0 8 0.2142 105 132 0 8 0.2142 78 102 0 8 0.2142 58 225 0 8 0.2142 57 136 0 8 0.2142 57 74 0 8 0.2142 20 143 0 8 0.2142 11 201 0 8 0.2142 249 262 0 8 0.2125 205 253 0 8 0.2125 162 180 0 8 0.2125 149 182 0 8 0.2125 148 189 0 8 0.2125 103 180 0 8 0.2125 88 105 0 8 0.2125 59 73 0 8 0.2125 225 278 0 8 0.2108 159 274 0 8 0.2108 105 148 0 8 0.2108 96 192 0 8 0.2108 30 77 0 8 0.2108 188 218 0 8 0.2091 179 266 0 8 0.2091 149 218 0 8 0.2091 148 203 0 8 0.2091 147 251 0 8 0.2091 126 205 0 8 0.2091 101 251 0 8 0.2091 60 204 0 8 0.2091 58 141 0 8 0.2091 57 85 0 8 0.2091 56 193 0 8 0.2091 32 141 0 8 0.2091 182 205 0 8 0.20655 113 205 0 8 0.20655 103 150 0 8 0.20655 94 132 0 8 0.20655 89 231 0 8 0.20655 86 148 0 8 0.20655 81 133 0 8 0.20655 78 96 0 8 0.20655 35 141 0 8 0.20655 35 86 0 8 0.20655 27 67 0 8 0.20655 16 185 0 8 0.20655 12 56 0 8 0.20655 6 74 0 8 0.20655 4 57 0 8 0.20655 150 251 0 8 0.20485 146 188 0 8 0.20485 132 192 0 8 0.20485 96 188 0 8 0.20485 85 136 0 8 0.20485 6 175 0 8 0.20485 5 148 0 8 0.20485 207 262 0 8 0.20315 151 195 0 8 0.20315 102 196 0 8 0.20315 20 98 0 8 0.20315 5 78 0 8 0.20315 4 35 0 8 0.20315 214 225 0 8 0.20145 194 260 0 8 0.20145 152 183 0 8 0.20145 151 267 0 8 0.20145 147 194 0 8 0.20145 122 173 0 8 0.20145 81 100 0 8 0.20145 79 102 0 8 0.20145 78 105 0 8 0.20145 78 98 0 8 0.20145 65 173 0 8 0.20145 60 192 0 8 0.20145 214 267 0 8 0.19975 195 225 0 8 0.19975 191 225 0 8 0.19975 147 214 0 8 0.19975 146 191 0 8 0.19975 105 267 0 8 0.19975 101 145 0 8 0.19975 86 234 0 8 0.19975 81 94 0 8 0.19975 56 188 0 8 0.19975 27 99 0 8 0.19975 8 54 0 8 0.19975 126 203 0 8 0.1972 124 267 0 8 0.1972 99 147 0 8 0.1972 98 225 0 8 0.1972 98 152 0 8 0.1972 94 221 0 8 0.1972 82 192 0 8 0.1972 78 124 0 8 0.1972 77 267 0 8 0.1972 56 113 0 8 0.1972 194 256 0 8 0.1955 154 184 0 8 0.1955 146 206 0 8 0.1955 136 229 0 8 0.1955 89 129 0 8 0.1955 89 98 0 8 0.1955 58 132 0 8 0.1955 54 95 0 8 0.1955 15 119 0 8 0.1955 13 58 0 8 0.1955 8 195 0 8 0.1955 6 86 0 8 0.1955 6 43 0 8 0.1955 225 275 0 8 0.1938 202 233 0 8 0.1938 148 215 0 8 0.1938 103 182 0 8 0.1938 101 222 0 8 0.1938 101 125 0 8 0.1938 97 151 0 8 0.1938 89 132 0 8 0.1938 56 141 0 8 0.1938 19 92 0 8 0.1938 12 54 0 8 0.1938 9 231 0 8 0.1938 172 205 0 8 0.1921 151 245 0 8 0.1921 146 162 0 8 0.1921 104 180 0 8 0.1921 97 143 0 8 0.1921 77 192 0 8 0.1921 57 133 0 8 0.1921 21 160 0 8 0.1921 20 192 0 8 0.1921 8 225 0 8 0.1921 220 267 0 8 0.1904 151 271 0 8 0.1904 150 242 0 8 0.1904 147 231 0 8 0.1904 133 188 0 8 0.1904 100 188 0 8 0.1904 100 148 0 8 0.1904 89 146 0 8 0.1904 83 139 0 8 0.1904 82 225 0 8 0.1904 77 99 0 8 0.1904 58 267 0 8 0.1904 58 113 0 8 0.1904 58 77 0 8 0.1904 49 92 0 8 0.1904 13 88 0 8 0.1904 6 145 0 8 0.1904 4 225 0 8 0.1904 215 262 0 8 0.1887 214 253 0 8 0.1887 184 204 0 8 0.1887 180 270 0 8 0.1887 149 251 0 8 0.1887 149 221 0 8 0.1887 129 180 0 8 0.1887 126 180 0 8 0.1887 105 214 0 8 0.1887 82 133 0 8 0.1887 64 214 0 8 0.1887 57 100 0 8 0.1887 19 192 0 8 0.1887 3 54 0 8 0.1887 190 264 0 8 0.187 185 205 0 8 0.187 180 262 0 8 0.187 113 251 0 8 0.187 104 146 0 8 0.187 104 132 0 8 0.187 78 220 0 8 0.187 78 103 0 8 0.187 57 89 0 8 0.187 29 113 0 8 0.187 221 275 0 8 0.1853 182 245 0 8 0.1853 166 225 0 8 0.1853 154 168 0 8 0.1853 149 214 0 8 0.1853 148 253 0 8 0.1853 99 251 0 8 0.1853 99 136 0 8 0.1853 85 162 0 8 0.1853 74 195 0 8 0.1853 70 188 0 8 0.1853 60 145 0 8 0.1853 59 98 0 8 0.1853 11 260 0 8 0.1853 215 233 0 8 0.1836 195 221 0 8 0.1836 186 205 0 8 0.1836 174 191 0 8 0.1836 150 215 0 8 0.1836 146 214 0 8 0.1836 129 152 0 8 0.1836 113 213 0 8 0.1836 100 206 0 8 0.1836 97 189 0 8 0.1836 86 262 0 8 0.1836 79 148 0 8 0.1836 77 264 0 8 0.1836 67 205 0 8 0.1836 64 231 0 8 0.1836 56 86 0 8 0.1836 54 192 0 8 0.1836 29 188 0 8 0.1836 12 150 0 8 0.1836 9 32 0 8 0.1836 214 260 0 8 0.1819 188 207 0 8 0.1819 154 262 0 8 0.1819 121 175 0 8 0.1819 103 126 0 8 0.1819 86 135 0 8 0.1819 77 148 0 8 0.1819 56 78 0 8 0.1819 35 46 0 8 0.1819 4 85 0 8 0.1819 180 214 0 8 0.1802 174 251 0 8 0.1802 174 221 0 8 0.1802 150 180 0 8 0.1802 148 217 0 8 0.1802 146 260 0 8 0.1802 144 203 0 8 0.1802 139 205 0 8 0.1802 130 196 0 8 0.1802 113 225 0 8 0.1802 97 267 0 8 0.1802 94 185 0 8 0.1802 79 136 0 8 0.1802 78 113 0 8 0.1802 4 99 0 8 0.1802 END