# TARGET T0224 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0224.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.047 0.002 0.002 0.005 0.086 0.858 2 A 0.350 0.013 0.007 0.023 0.071 0.537 3 L 0.643 0.018 0.010 0.032 0.058 0.239 4 V 0.725 0.013 0.034 0.055 0.062 0.111 5 L 0.707 0.011 0.030 0.041 0.078 0.134 6 V 0.671 0.010 0.023 0.034 0.107 0.155 7 K 0.413 0.022 0.032 0.032 0.188 0.313 8 Y 0.114 0.013 0.017 0.021 0.343 0.493 9 G 0.037 0.013 0.043 0.014 0.513 0.380 10 T 0.014 0.015 0.036 0.017 0.593 0.325 11 D 0.007 0.010 0.047 0.063 0.544 0.330 12 H 0.002 0.002 0.071 0.302 0.354 0.269 13 P 0.002 0.002 0.102 0.637 0.164 0.095 14 V 0.001 0.002 0.106 0.832 0.047 0.011 15 E 0.002 0.003 0.095 0.853 0.034 0.014 16 K 0.004 0.001 0.100 0.836 0.043 0.015 17 L 0.004 0.001 0.074 0.871 0.032 0.018 18 K 0.009 0.003 0.046 0.896 0.028 0.018 19 I 0.012 0.004 0.105 0.825 0.038 0.016 20 R 0.025 0.002 0.152 0.713 0.070 0.038 21 S 0.038 0.006 0.171 0.567 0.134 0.084 22 A 0.062 0.037 0.045 0.380 0.185 0.291 23 K 0.031 0.021 0.012 0.086 0.645 0.205 24 A 0.010 0.003 0.074 0.104 0.746 0.063 25 E 0.019 0.002 0.042 0.032 0.857 0.049 26 D 0.096 0.007 0.064 0.023 0.729 0.082 27 K 0.588 0.010 0.009 0.017 0.117 0.258 28 I 0.891 0.012 0.006 0.010 0.034 0.048 29 V 0.944 0.003 0.003 0.006 0.020 0.024 30 L 0.939 0.008 0.002 0.006 0.018 0.026 31 I 0.774 0.012 0.006 0.017 0.110 0.081 32 Q 0.224 0.003 0.037 0.063 0.544 0.130 33 N 0.104 0.007 0.040 0.074 0.667 0.109 34 G 0.276 0.013 0.048 0.152 0.394 0.118 35 V 0.572 0.011 0.015 0.221 0.086 0.095 36 F 0.724 0.008 0.011 0.196 0.033 0.027 37 W 0.693 0.007 0.013 0.214 0.043 0.030 38 A 0.560 0.003 0.020 0.269 0.089 0.059 39 L 0.423 0.005 0.022 0.302 0.148 0.099 40 E 0.194 0.012 0.034 0.315 0.276 0.169 41 E 0.082 0.008 0.022 0.095 0.440 0.352 42 L 0.056 0.018 0.021 0.029 0.554 0.322 43 E 0.062 0.016 0.028 0.019 0.566 0.310 44 T 0.045 0.011 0.018 0.026 0.509 0.390 45 P 0.067 0.008 0.019 0.014 0.365 0.527 46 A 0.190 0.011 0.009 0.015 0.277 0.498 47 K 0.389 0.005 0.008 0.009 0.105 0.483 48 V 0.924 0.004 0.002 0.006 0.010 0.054 49 Y 0.967 0.002 0.001 0.006 0.005 0.019 50 A 0.954 0.005 0.001 0.010 0.005 0.026 51 I 0.792 0.005 0.007 0.038 0.031 0.126 52 K 0.269 0.007 0.042 0.182 0.237 0.263 53 D 0.044 0.004 0.069 0.484 0.294 0.104 54 D 0.036 0.010 0.060 0.474 0.345 0.075 55 F 0.029 0.005 0.081 0.684 0.166 0.035 56 L 0.027 0.004 0.059 0.789 0.088 0.033 57 A 0.026 0.003 0.046 0.835 0.065 0.025 58 R 0.014 0.002 0.017 0.730 0.112 0.124 59 G 0.017 0.004 0.015 0.262 0.187 0.514 60 Y 0.016 0.010 0.083 0.485 0.219 0.187 61 S 0.011 0.013 0.211 0.492 0.213 0.060 62 E 0.010 0.006 0.266 0.443 0.227 0.048 63 E 0.014 0.005 0.147 0.488 0.227 0.120 64 D 0.014 0.007 0.166 0.322 0.408 0.082 65 S 0.009 0.003 0.106 0.170 0.552 0.160 66 K 0.020 0.002 0.064 0.031 0.596 0.288 67 V 0.145 0.007 0.020 0.008 0.467 0.354 68 P 0.507 0.008 0.007 0.004 0.125 0.349 69 L 0.901 0.011 0.001 0.002 0.019 0.065 70 I 0.902 0.015 0.001 0.003 0.014 0.066 71 T 0.538 0.014 0.001 0.009 0.028 0.410 72 Y 0.097 0.002 0.057 0.498 0.105 0.241 73 S 0.040 0.002 0.100 0.514 0.228 0.115 74 E 0.019 0.004 0.086 0.591 0.218 0.082 75 F 0.029 0.005 0.035 0.794 0.086 0.052 76 I 0.018 0.003 0.012 0.923 0.031 0.012 77 D 0.016 0.001 0.008 0.933 0.029 0.012 78 L 0.013 0.001 0.007 0.913 0.035 0.030 79 L 0.018 0.005 0.008 0.856 0.043 0.070 80 E 0.031 0.004 0.029 0.796 0.080 0.061 81 G 0.025 0.004 0.044 0.723 0.114 0.089 82 E 0.045 0.011 0.068 0.433 0.253 0.189 83 E 0.040 0.008 0.115 0.269 0.371 0.198 84 K 0.022 0.007 0.142 0.201 0.391 0.237 85 F 0.023 0.029 0.122 0.194 0.327 0.306 86 I 0.019 0.015 0.041 0.119 0.198 0.608 87 G 0.001 0.001 0.002 0.006 0.039 0.952