# TARGET T0224 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0224.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.009 0.797 0.007 0.009 0.035 0.002 0.001 0.016 0.058 0.012 0.026 0.025 2 A 0.010 0.008 0.607 0.028 0.020 0.053 0.008 0.006 0.060 0.067 0.028 0.008 0.095 3 L 0.093 0.017 0.128 0.008 0.009 0.043 0.073 0.077 0.311 0.029 0.015 0.149 0.048 4 V 0.143 0.010 0.046 0.007 0.005 0.063 0.100 0.193 0.220 0.014 0.009 0.023 0.166 5 L 0.139 0.008 0.124 0.067 0.004 0.074 0.094 0.092 0.149 0.025 0.011 0.136 0.078 6 V 0.088 0.008 0.236 0.022 0.006 0.056 0.053 0.055 0.150 0.051 0.023 0.112 0.140 7 K 0.026 0.038 0.340 0.011 0.014 0.047 0.018 0.021 0.101 0.165 0.043 0.030 0.146 8 Y 0.002 0.007 0.684 0.004 0.013 0.022 0.001 0.001 0.031 0.152 0.025 0.039 0.018 9 G 0.001 0.010 0.356 0.002 0.076 0.037 0.001 0.001 0.010 0.170 0.308 0.003 0.027 10 T 0.001 0.013 0.252 0.001 0.103 0.038 0.001 0.001 0.003 0.195 0.383 0.005 0.005 11 D 0.001 0.020 0.312 0.001 0.151 0.072 0.001 0.001 0.003 0.183 0.246 0.002 0.009 12 H 0.001 0.005 0.163 0.001 0.136 0.190 0.001 0.001 0.001 0.156 0.343 0.002 0.002 13 P 0.001 0.010 0.200 0.001 0.073 0.285 0.001 0.001 0.001 0.196 0.225 0.001 0.007 14 V 0.001 0.012 0.192 0.001 0.034 0.604 0.001 0.001 0.001 0.084 0.066 0.001 0.006 15 E 0.001 0.001 0.012 0.001 0.011 0.943 0.001 0.001 0.001 0.012 0.019 0.001 0.001 16 K 0.001 0.001 0.010 0.001 0.019 0.946 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.017 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 18 K 0.001 0.002 0.009 0.001 0.017 0.949 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 19 I 0.001 0.004 0.006 0.001 0.046 0.910 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.001 0.002 20 R 0.002 0.001 0.016 0.002 0.068 0.798 0.001 0.001 0.001 0.017 0.092 0.003 0.001 21 S 0.001 0.002 0.038 0.001 0.112 0.533 0.001 0.001 0.001 0.048 0.252 0.001 0.009 22 A 0.001 0.087 0.407 0.001 0.038 0.118 0.001 0.001 0.006 0.196 0.120 0.013 0.013 23 K 0.001 0.007 0.786 0.001 0.015 0.015 0.001 0.001 0.001 0.123 0.041 0.001 0.010 24 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.036 0.044 0.001 0.001 0.001 0.017 0.897 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.024 0.030 0.001 0.001 0.001 0.023 0.915 0.001 0.001 26 D 0.003 0.003 0.615 0.001 0.026 0.055 0.001 0.001 0.004 0.223 0.054 0.008 0.005 27 K 0.022 0.007 0.465 0.022 0.005 0.036 0.011 0.024 0.140 0.175 0.018 0.005 0.072 28 I 0.143 0.012 0.061 0.006 0.001 0.013 0.055 0.400 0.215 0.010 0.002 0.044 0.038 29 V 0.131 0.004 0.011 0.001 0.001 0.008 0.071 0.637 0.070 0.001 0.001 0.032 0.031 30 L 0.134 0.004 0.037 0.005 0.003 0.043 0.026 0.597 0.052 0.006 0.005 0.010 0.078 31 I 0.179 0.014 0.230 0.091 0.011 0.054 0.023 0.074 0.065 0.065 0.042 0.104 0.048 32 Q 0.051 0.005 0.303 0.047 0.015 0.041 0.005 0.009 0.038 0.233 0.153 0.027 0.073 33 N 0.022 0.002 0.187 0.074 0.019 0.049 0.002 0.004 0.013 0.396 0.196 0.015 0.023 34 G 0.405 0.011 0.106 0.002 0.009 0.115 0.013 0.022 0.044 0.039 0.030 0.091 0.115 35 V 0.548 0.007 0.038 0.004 0.006 0.136 0.026 0.092 0.013 0.006 0.006 0.026 0.092 36 F 0.552 0.003 0.024 0.011 0.007 0.206 0.030 0.038 0.011 0.004 0.008 0.061 0.045 37 W 0.585 0.002 0.015 0.029 0.009 0.187 0.031 0.015 0.007 0.009 0.015 0.023 0.075 38 A 0.507 0.003 0.025 0.006 0.029 0.246 0.029 0.004 0.005 0.013 0.042 0.042 0.049 39 L 0.430 0.008 0.046 0.002 0.027 0.198 0.044 0.003 0.008 0.018 0.059 0.060 0.096 40 E 0.150 0.020 0.126 0.007 0.027 0.129 0.017 0.003 0.012 0.062 0.279 0.064 0.102 41 E 0.019 0.010 0.240 0.013 0.021 0.042 0.003 0.001 0.004 0.181 0.335 0.050 0.080 42 L 0.003 0.016 0.425 0.012 0.035 0.030 0.001 0.001 0.002 0.210 0.171 0.043 0.053 43 E 0.002 0.047 0.412 0.012 0.029 0.012 0.001 0.001 0.006 0.210 0.100 0.014 0.156 44 T 0.001 0.021 0.564 0.035 0.016 0.007 0.001 0.001 0.004 0.217 0.058 0.058 0.018 45 P 0.002 0.020 0.680 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 0.014 0.104 0.084 0.007 0.062 46 A 0.021 0.006 0.511 0.062 0.003 0.006 0.006 0.002 0.030 0.167 0.055 0.071 0.059 47 K 0.168 0.009 0.249 0.016 0.002 0.009 0.073 0.041 0.120 0.048 0.015 0.076 0.175 48 V 0.291 0.007 0.036 0.001 0.001 0.008 0.223 0.210 0.092 0.006 0.002 0.045 0.079 49 Y 0.321 0.003 0.024 0.003 0.001 0.011 0.234 0.184 0.115 0.003 0.002 0.053 0.046 50 A 0.121 0.006 0.088 0.001 0.002 0.013 0.120 0.173 0.287 0.010 0.009 0.102 0.069 51 I 0.045 0.014 0.300 0.009 0.003 0.045 0.022 0.020 0.156 0.058 0.090 0.014 0.225 52 K 0.012 0.010 0.311 0.007 0.030 0.356 0.003 0.001 0.012 0.089 0.131 0.022 0.016 53 D 0.003 0.005 0.104 0.003 0.047 0.660 0.001 0.001 0.003 0.075 0.082 0.004 0.012 54 D 0.001 0.002 0.043 0.001 0.053 0.810 0.001 0.001 0.003 0.022 0.051 0.003 0.009 55 F 0.005 0.003 0.022 0.001 0.034 0.876 0.003 0.002 0.004 0.013 0.029 0.002 0.007 56 L 0.006 0.004 0.022 0.001 0.039 0.798 0.004 0.001 0.004 0.005 0.109 0.002 0.006 57 A 0.013 0.004 0.044 0.002 0.046 0.657 0.004 0.001 0.006 0.014 0.195 0.006 0.007 58 R 0.006 0.005 0.058 0.001 0.043 0.346 0.001 0.001 0.002 0.052 0.468 0.005 0.010 59 G 0.003 0.009 0.084 0.001 0.036 0.167 0.001 0.001 0.002 0.063 0.620 0.003 0.010 60 Y 0.005 0.013 0.245 0.001 0.082 0.355 0.002 0.001 0.002 0.107 0.160 0.009 0.019 61 S 0.001 0.010 0.099 0.013 0.157 0.364 0.002 0.001 0.004 0.070 0.258 0.004 0.017 62 E 0.001 0.001 0.102 0.003 0.218 0.336 0.002 0.001 0.003 0.081 0.231 0.015 0.006 63 E 0.001 0.017 0.141 0.001 0.226 0.350 0.003 0.003 0.012 0.070 0.151 0.003 0.022 64 D 0.001 0.022 0.267 0.003 0.151 0.239 0.002 0.004 0.010 0.117 0.156 0.011 0.017 65 S 0.001 0.002 0.057 0.031 0.081 0.042 0.001 0.001 0.003 0.132 0.643 0.004 0.003 66 K 0.001 0.002 0.106 0.034 0.043 0.011 0.001 0.001 0.010 0.073 0.709 0.002 0.010 67 V 0.001 0.002 0.714 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.031 0.204 0.009 0.014 0.012 68 P 0.001 0.003 0.428 0.017 0.002 0.001 0.004 0.002 0.311 0.180 0.004 0.029 0.017 69 L 0.005 0.029 0.048 0.002 0.001 0.001 0.057 0.103 0.649 0.008 0.001 0.008 0.090 70 I 0.012 0.106 0.091 0.011 0.001 0.004 0.089 0.200 0.379 0.008 0.001 0.075 0.022 71 T 0.001 0.025 0.454 0.001 0.001 0.006 0.005 0.009 0.235 0.029 0.001 0.001 0.233 72 Y 0.001 0.001 0.049 0.001 0.030 0.758 0.001 0.001 0.001 0.074 0.087 0.001 0.001 73 S 0.001 0.001 0.005 0.001 0.045 0.724 0.001 0.001 0.001 0.031 0.194 0.001 0.001 74 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.026 0.901 0.001 0.001 0.001 0.024 0.039 0.001 0.001 75 F 0.001 0.002 0.014 0.001 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.002 76 I 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 77 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 79 L 0.001 0.002 0.003 0.001 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 80 E 0.001 0.001 0.012 0.001 0.017 0.919 0.001 0.001 0.001 0.006 0.041 0.002 0.001 81 G 0.001 0.001 0.030 0.001 0.022 0.734 0.001 0.001 0.001 0.033 0.173 0.001 0.003 82 E 0.001 0.008 0.087 0.001 0.046 0.458 0.001 0.001 0.001 0.068 0.317 0.002 0.009 83 E 0.001 0.008 0.213 0.001 0.072 0.263 0.001 0.001 0.003 0.225 0.183 0.021 0.008 84 K 0.002 0.011 0.311 0.003 0.097 0.207 0.001 0.001 0.003 0.139 0.183 0.010 0.034 85 F 0.002 0.055 0.429 0.001 0.064 0.119 0.001 0.001 0.009 0.127 0.136 0.012 0.045 86 I 0.001 0.036 0.770 0.001 0.014 0.045 0.001 0.001 0.009 0.037 0.058 0.008 0.023 87 G 0.001 0.002 0.949 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.015 0.009 0.001 0.004